More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_5192 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010552  BamMC406_5192  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 284 aa  575  1.0000000000000001e-163  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.746305 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4664  shikimate 5-dehydrogenase  98.24 
 
 		 284 aa  565  1e-160  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.589898  normal  0.583924 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0345  shikimate 5-dehydrogenase  95.07 
 
 		 284 aa  488  1e-137  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.916967  normal  0.720007 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3064  shikimate 5-dehydrogenase  93.66 
 
 		 284 aa  487  1e-136  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5303  shikimate 5-dehydrogenase  93.66 
 
 		 284 aa  487  1e-136  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0352079 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4965  shikimate 5-dehydrogenase  93.66 
 
 		 284 aa  487  1e-136  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0261415 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3420  shikimate 5-dehydrogenase  91.35 
 
 		 289 aa  460  1e-129  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0516943  normal  0.167185 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2208  shikimate 5-dehydrogenase  79.23 
 
 		 284 aa  397  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1754  shikimate 5-dehydrogenase  79.23 
 
 		 284 aa  397  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.198827  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0893  shikimate 5-dehydrogenase  79.23 
 
 		 284 aa  397  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.171328  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0850  shikimate 5-dehydrogenase  78.87 
 
 		 284 aa  396  1e-109  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0580  shikimate 5-dehydrogenase  78.87 
 
 		 284 aa  395  1e-109  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1897  shikimate 5-dehydrogenase  78.87 
 
 		 284 aa  395  1e-109  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0483  shikimate 5-dehydrogenase  79.23 
 
 		 284 aa  396  1e-109  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4569  shikimate 5-dehydrogenase  74.29 
 
 		 304 aa  395  1e-109  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.988976  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2057  shikimate 5-dehydrogenase  78.79 
 
 		 284 aa  389  1e-107  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0884  shikimate 5-dehydrogenase  72.5 
 
 		 296 aa  366  1e-100  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0118  shikimate 5-dehydrogenase  64.18 
 
 		 291 aa  323  2e-87  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.758312  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4903  shikimate 5-dehydrogenase  60.99 
 
 		 284 aa  323  2e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1398  shikimate 5-dehydrogenase  68.1 
 
 		 315 aa  319  3e-86  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000150041  normal  0.643629 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38080  shikimate 5-dehydrogenase  64.62 
 
 		 284 aa  314  9e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.797056  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2132  shikimate 5-dehydrogenase  60.36 
 
 		 284 aa  310  2e-83  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.123171  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2348  shikimate 5-dehydrogenase, putative  59.21 
 
 		 284 aa  301  8.000000000000001e-81  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.43472  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5698  shikimate 5-dehydrogenase  58.63 
 
 		 299 aa  299  4e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.341043  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2247  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  59.45 
 
 		 292 aa  298  8e-80  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.261853  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1912  shikimate 5-dehydrogenase  57.8 
 
 		 282 aa  298  9e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.820542  normal  0.253219 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2374  shikimate 5-dehydrogenase  59.22 
 
 		 289 aa  296  3e-79  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2406  shikimate 5-dehydrogenase  58.01 
 
 		 282 aa  295  4e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03020  shikimate 5-dehydrogenase  59.57 
 
 		 284 aa  294  1e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000201937 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0329  shikimate 5-dehydrogenase  59.42 
 
 		 278 aa  293  3e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.24235  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3289  shikimate 5-dehydrogenase  57.65 
 
 		 282 aa  291  7e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.618073 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2040  shikimate 5-dehydrogenase  56.94 
 
 		 282 aa  290  2e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.842464 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5454  shikimate 5-dehydrogenase  57.65 
 
 		 289 aa  286  2.9999999999999996e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.558316  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3465  shikimate 5-dehydrogenase  56.03 
 
 		 286 aa  285  5.999999999999999e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.259749  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3856  shikimate 5-dehydrogenase  56.94 
 
 		 293 aa  274  1.0000000000000001e-72  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4080  shikimate 5-dehydrogenase  56.23 
 
 		 293 aa  271  6e-72  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5094  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain-containing protein  53.69 
 
 		 310 aa  269  2.9999999999999997e-71  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0348844 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4426  shikimate 5-dehydrogenase  54.87 
 
 		 289 aa  265  5.999999999999999e-70  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5913  shikimate 5-dehydrogenase  51.28 
 
 		 304 aa  228  7e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.705052  decreased coverage  0.00175054 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1590  shikimate 5-dehydrogenase  48.87 
 
 		 276 aa  211  7.999999999999999e-54  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.494855  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6119  shikimate 5-dehydrogenase  42.29 
 
 		 293 aa  192  4e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.288801 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4753  shikimate 5-dehydrogenase  40.07 
 
 		 285 aa  175  7e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.236468  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0120  shikimate 5-dehydrogenase  42.15 
 
 		 296 aa  163  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.115547  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3919  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  35 
 
 		 289 aa  161  1e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.509677  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0293  shikimate dehydrogenase  36.79 
 
 		 288 aa  156  4e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  31.65 
 
 		 278 aa  149  5e-35  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  35.79 
 
 		 286 aa  139  4.999999999999999e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  33.94 
 
 		 277 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  31.29 
 
 		 280 aa  134  9.999999999999999e-31  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  29.72 
 
 		 280 aa  135  9.999999999999999e-31  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  33.45 
 
 		 277 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  34.43 
 
 		 277 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  35.42 
 
 		 279 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  31.67 
 
 		 271 aa  133  3e-30  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1774  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 293 aa  132  5e-30  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  34.05 
 
 		 277 aa  132  6e-30  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0693  shikimate 5-dehydrogenase  31.45 
 
 		 271 aa  132  6e-30  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0110194  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  32.51 
 
 		 290 aa  132  7.999999999999999e-30  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 		 276 aa  130  3e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  32.97 
 
 		 289 aa  130  3e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  33.58 
 
 		 284 aa  129  7.000000000000001e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  34.69 
 
 		 279 aa  129  7.000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 		 277 aa  129  8.000000000000001e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  30 
 
 		 279 aa  128  9.000000000000001e-29  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 277 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 308 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2226  shikimate 5-dehydrogenase  37.86 
 
 		 269 aa  128  1.0000000000000001e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.584439  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  29.64 
 
 		 284 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 277 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 277 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  34.69 
 
 		 279 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12500  shikimate 5-dehydrogenase  32.51 
 
 		 292 aa  126  3e-28  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  29.78 
 
 		 294 aa  127  3e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  32.47 
 
 		 277 aa  126  5e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0483  shikimate 5-dehydrogenase  36.65 
 
 		 296 aa  125  7e-28  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  32.37 
 
 		 277 aa  125  8.000000000000001e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0708  shikimate dehydrogenase  32.86 
 
 		 295 aa  124  1e-27  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  30.57 
 
 		 268 aa  124  2e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  30.57 
 
 		 268 aa  124  2e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  35.14 
 
 		 280 aa  123  4e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2066  shikimate 5-dehydrogenase  33.7 
 
 		 283 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1908  quinate/shikimate dehydrogenase  31.48 
 
 		 288 aa  120  3e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1504  quinate/shikimate dehydrogenase  31.11 
 
 		 288 aa  119  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010931 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2408  quinate/shikimate dehydrogenase  31.11 
 
 		 288 aa  119  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.419065 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01661  quinate/shikimate 5-dehydrogenase, NAD(P)-binding  31.11 
 
 		 288 aa  119  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1950  Quinate/shikimate dehydrogenase  31.11 
 
 		 288 aa  119  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.210326  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1939  quinate/shikimate dehydrogenase  31.11 
 
 		 288 aa  119  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000737953 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1773  quinate/shikimate dehydrogenase  31.11 
 
 		 288 aa  119  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1895  quinate/shikimate dehydrogenase  31.11 
 
 		 288 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01650  hypothetical protein  31.11 
 
 		 288 aa  119  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  34.46 
 
 		 278 aa  119  7e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  26.28 
 
 		 279 aa  118  9.999999999999999e-26  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  29.48 
 
 		 269 aa  117  1.9999999999999998e-25  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1345  quinate/shikimate 5-dehydrogenase  32.62 
 
 		 287 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.786263  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  31.39 
 
 		 286 aa  117  3e-25  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0253  shikimate 5-dehydrogenase  27.93 
 
 		 284 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.624987  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1654  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  32.12 
 
 		 290 aa  115  6.9999999999999995e-25  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.910773  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  29.57 
 
 		 288 aa  115  6.9999999999999995e-25  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  31.99 
 
 		 286 aa  115  6.9999999999999995e-25  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  33.45 
 
 		 278 aa  114  1.0000000000000001e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>