More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_0052 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_0052  M20 family peptidase  100 
 
 
376 aa  755  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5033  peptidase dimerisation domain-containing protein  50.41 
 
 
376 aa  333  3e-90  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.379056  hitchhiker  0.00853617 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5339  peptidase dimerisation domain protein  51.52 
 
 
377 aa  328  8e-89  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.538527  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1198  carboxypeptidase  46.4 
 
 
376 aa  305  1e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1410  carboxypeptidase  44 
 
 
376 aa  286  3e-76  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.212173  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4023  carboxypeptidase  43.47 
 
 
376 aa  282  7e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.50112  normal  0.963752 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1225  carboxypeptidase  42.67 
 
 
376 aa  280  3e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5255  carboxypeptidase  42.67 
 
 
376 aa  278  1e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.481639  normal  0.0388322 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1368  carboxypeptidase  43.09 
 
 
376 aa  266  5e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0896  carboxypeptidase  43.21 
 
 
388 aa  251  1e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.417572  normal  0.0534097 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0492  peptidase M20  41.3 
 
 
376 aa  247  2e-64  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0471333  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0873  carboxypeptidase  42.47 
 
 
376 aa  239  4e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0366  peptidase M20  41.42 
 
 
367 aa  236  5e-61  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3807  peptidase M20  41.85 
 
 
378 aa  233  5e-60  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.116948  normal  0.414196 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0038  peptidase M20  38.89 
 
 
388 aa  227  3e-58  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0036  peptidase M20  38.89 
 
 
388 aa  227  3e-58  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0916  peptidase M20  38.29 
 
 
391 aa  221  1e-56  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0237  peptidase M20  37.4 
 
 
388 aa  220  3e-56  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0328  peptidase M20  43.05 
 
 
372 aa  212  9e-54  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0895  peptidase M20  40.73 
 
 
372 aa  204  1e-51  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.111399  normal  0.0352819 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001112  acetylornithine deacetylase  35.66 
 
 
374 aa  204  3e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04865  carboxypeptidase G2  35.73 
 
 
374 aa  203  4e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0967  peptidase dimerization domain protein  35.36 
 
 
385 aa  199  9e-50  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3983  peptidase dimerization domain protein  38.69 
 
 
381 aa  189  5e-47  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6820  peptidase M20  40.69 
 
 
412 aa  184  3e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.547293  decreased coverage  0.0081642 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4146  peptidase M20  43.04 
 
 
420 aa  183  4e-45  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.74761  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0934  Glutamate carboxypeptidase  40 
 
 
391 aa  182  7e-45  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28060  glutamate carboxypeptidase  34.42 
 
 
412 aa  176  4e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0939662  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2417  peptidase M20  37.65 
 
 
383 aa  176  8e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0660551  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2730  peptidase dimerization domain protein  35.07 
 
 
385 aa  174  2e-42  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.319557  normal  0.0559311 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2375  peptidase M20  36.94 
 
 
408 aa  172  6e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12450  acetylornithine deacetylase/succinyldiaminopimelate desuccinylase-like deacylase  37.98 
 
 
376 aa  172  6e-42  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2444  glutamate carboxypeptidase  34.86 
 
 
409 aa  172  7e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.922253  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0028  peptidase M20  37.43 
 
 
385 aa  172  1e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.36117 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2261  peptidase M20:peptidase M20  35.88 
 
 
383 aa  170  4e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.158188  normal  0.807548 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3818  peptidase dimerisation domain-containing protein  32.97 
 
 
405 aa  169  5e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1914  peptidase M20  33.77 
 
 
409 aa  167  2e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.28653  hitchhiker  0.00843843 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2570  peptidase, M20/M25/M40 family  36.45 
 
 
383 aa  167  2e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.27383  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5703  peptidase M20  35.23 
 
 
405 aa  164  3e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.231398  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4254  peptidase M20  35.17 
 
 
375 aa  162  7e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.749883  normal  0.443673 
 
 
-
 
NC_003296  RS03691  glutamate carboxypeptidase  32.79 
 
 
394 aa  162  8e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.262776  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2204  glutamate carboxypeptidase  30.87 
 
 
410 aa  161  2e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.498847  normal  0.749824 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3233  peptidase, M20/M25/M40 family  32.28 
 
 
413 aa  153  5e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0190  peptidase dimerisation domain protein  36.45 
 
 
382 aa  153  5e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0831507  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0179  peptidase dimerisation domain protein  36.12 
 
 
382 aa  152  1e-35  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.884566  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0179  glutamate carboxypeptidase  33.06 
 
 
382 aa  150  4e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.881663 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1369  peptidase dimerisation domain-containing protein  34.68 
 
 
394 aa  150  5e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0170  glutamate carboxypeptidase  35.79 
 
 
382 aa  149  6e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.334086  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1915  glutamate carboxypeptidase  30.48 
 
 
432 aa  149  6e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00180426 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0034  peptidase M20  38.98 
 
 
389 aa  149  7e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3078  glutamate carboxypeptidase  31.7 
 
 
413 aa  149  7e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.125209  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2120  peptidase, M20/M25/M40 family  28.95 
 
 
415 aa  148  2e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3030  glutamate carboxypeptidase  29.97 
 
 
436 aa  147  3e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2050  glutamate carboxypeptidase  30.58 
 
 
409 aa  147  3e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2460  peptidase dimerisation domain-containing protein  34.06 
 
 
363 aa  146  7e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.308375  normal  0.162998 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3093  glutamate carboxypeptidase  30.23 
 
 
436 aa  145  8e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0060  glutamate carboxypeptidase  30.08 
 
 
429 aa  145  8e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1688  hypothetical protein  31.91 
 
 
387 aa  145  9e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3377  glutamate carboxypeptidase  29.63 
 
 
436 aa  145  1e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4731  peptidase M20  32.71 
 
 
416 aa  145  1e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1337  carboxypeptidase G2  30.4 
 
 
372 aa  143  5e-33  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.214507  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1203  glutamate carboxypeptidase  30.75 
 
 
418 aa  142  1e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1664  hypothetical protein  33.12 
 
 
407 aa  136  5e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1560  glutamate carboxypeptidase  29.38 
 
 
422 aa  135  9e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.400095  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4369  glutamate carboxypeptidase  30.4 
 
 
424 aa  133  6e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.407974  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1670  hypothetical protein  33.12 
 
 
407 aa  132  8e-30  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1543  glutamate carboxypeptidase  29.24 
 
 
428 aa  131  2e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0024  glutamate carboxypeptidase  30.03 
 
 
438 aa  131  2e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0818  peptidase dimerisation domain-containing protein  30.13 
 
 
358 aa  129  8e-29  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.548763  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0795  peptidase dimerisation domain-containing protein  30.13 
 
 
358 aa  129  8e-29  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1858  hypothetical protein  30.85 
 
 
423 aa  126  8e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0460852  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4870  glutamate carboxypeptidase  28.5 
 
 
417 aa  125  2e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.120273  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2201  hypothetical protein  32.09 
 
 
418 aa  118  1e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.449085 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0884  hypothetical protein  30.26 
 
 
402 aa  114  2e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.187161  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1939  hypothetical protein  33.78 
 
 
402 aa  113  4e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0530  hypothetical protein  28.8 
 
 
401 aa  112  1e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3250  peptidase M20  26.48 
 
 
424 aa  87.4  4e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.470437  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3180  peptidase M20  30.77 
 
 
364 aa  82  1e-14  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.689816  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0524  peptidase, M20/M25/M40 family  25 
 
 
432 aa  82  2e-14  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1704  peptidase M20  27.72 
 
 
369 aa  81.3  3e-14  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1814  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28 
 
 
376 aa  80.1  5e-14  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.93447  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1265  hypothetical protein  28.68 
 
 
395 aa  77  4e-13  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.729138 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3276  peptidase T-like protein  28.71 
 
 
381 aa  77  5e-13  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1297  peptidase M20  27.44 
 
 
434 aa  75.9  1e-12  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0144616  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1008  D-alanine--D-alanine ligase  23.69 
 
 
743 aa  75.1  2e-12  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0591  peptidase M20  24.05 
 
 
390 aa  73.2  6e-12  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06810  peptidase T-like protein  23.64 
 
 
377 aa  73.6  6e-12  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3656  tripeptidase T  28.04 
 
 
368 aa  73.2  7e-12  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3614  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25 
 
 
386 aa  73.2  7e-12  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.718454  normal  0.0448181 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1862  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.85 
 
 
376 aa  72.8  1e-11  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  2.41136e-05 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1765  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.7 
 
 
377 aa  72.8  1e-11  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.803337  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1895  peptidase T-like protein  27.81 
 
 
368 aa  72  2e-11  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2918  peptidase M20  29.59 
 
 
389 aa  71.2  3e-11  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.579726  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1647  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.47 
 
 
382 aa  70.9  4e-11  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.841755 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3752  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.57 
 
 
357 aa  70.9  4e-11  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0165343  normal  0.317622 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2277  peptidase T-like protein  24.93 
 
 
370 aa  70.1  6e-11  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00122308  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1040  peptidase dimerisation  32.99 
 
 
337 aa  69.3  9e-11  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.108705  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1388  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.04 
 
 
393 aa  69.3  1e-10  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0811726  normal  0.459687 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1912  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.01 
 
 
381 aa  69.3  1e-10  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000271061 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4134  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.72 
 
 
357 aa  69.3  1e-10  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.100674  normal  0.0650172 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>