More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0530 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_0530  hypothetical protein  100 
 
 
401 aa  782    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1939  hypothetical protein  68.96 
 
 
402 aa  500  1e-140  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0884  hypothetical protein  62.76 
 
 
402 aa  424  1e-117  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.187161  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1670  hypothetical protein  44.96 
 
 
407 aa  323  4e-87  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1664  hypothetical protein  44.19 
 
 
407 aa  319  7e-86  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1858  hypothetical protein  44.39 
 
 
423 aa  317  2e-85  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0460852  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2201  hypothetical protein  47.61 
 
 
418 aa  294  2e-78  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.449085 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1688  hypothetical protein  39.26 
 
 
387 aa  207  3e-52  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0967  peptidase dimerization domain protein  33.07 
 
 
385 aa  162  1e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4254  peptidase M20  36.81 
 
 
375 aa  149  1.0000000000000001e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.749883  normal  0.443673 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0492  peptidase M20  33.33 
 
 
376 aa  146  7.0000000000000006e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0471333  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0916  peptidase M20  34.3 
 
 
391 aa  145  9e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5033  peptidase dimerisation domain-containing protein  35.48 
 
 
376 aa  144  4e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.379056  hitchhiker  0.00853617 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0038  peptidase M20  35.83 
 
 
388 aa  139  7.999999999999999e-32  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0036  peptidase M20  35.83 
 
 
388 aa  139  7.999999999999999e-32  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS03691  glutamate carboxypeptidase  31.83 
 
 
394 aa  139  1e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.262776  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0934  Glutamate carboxypeptidase  37.15 
 
 
391 aa  138  2e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2050  glutamate carboxypeptidase  33.54 
 
 
409 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6820  peptidase M20  38.04 
 
 
412 aa  136  8e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.547293  decreased coverage  0.0081642 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1543  glutamate carboxypeptidase  30.81 
 
 
428 aa  135  9e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001112  acetylornithine deacetylase  29.82 
 
 
374 aa  135  9.999999999999999e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0237  peptidase M20  31.93 
 
 
388 aa  135  9.999999999999999e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04865  carboxypeptidase G2  29.82 
 
 
374 aa  134  1.9999999999999998e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3233  peptidase, M20/M25/M40 family  33.55 
 
 
413 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5339  peptidase dimerisation domain protein  36.45 
 
 
377 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.538527  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3807  peptidase M20  35.22 
 
 
378 aa  132  2.0000000000000002e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.116948  normal  0.414196 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2730  peptidase dimerization domain protein  33.93 
 
 
385 aa  131  3e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.319557  normal  0.0559311 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3078  glutamate carboxypeptidase  32.91 
 
 
413 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.125209  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0895  peptidase M20  34.84 
 
 
372 aa  127  2.0000000000000002e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.111399  normal  0.0352819 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0034  peptidase M20  32.14 
 
 
389 aa  126  7e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0328  peptidase M20  32.63 
 
 
372 aa  123  5e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2417  peptidase M20  34.23 
 
 
383 aa  122  7e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0660551  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12450  acetylornithine deacetylase/succinyldiaminopimelate desuccinylase-like deacylase  34.94 
 
 
376 aa  122  8e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4731  peptidase M20  31.61 
 
 
416 aa  121  1.9999999999999998e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5703  peptidase M20  33.52 
 
 
405 aa  121  1.9999999999999998e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.231398  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1337  carboxypeptidase G2  29.97 
 
 
372 aa  121  1.9999999999999998e-26  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.214507  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28060  glutamate carboxypeptidase  30.73 
 
 
412 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0939662  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2444  glutamate carboxypeptidase  30.3 
 
 
409 aa  120  3e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.922253  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0795  peptidase dimerisation domain-containing protein  29.94 
 
 
358 aa  120  6e-26  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0818  peptidase dimerisation domain-containing protein  29.94 
 
 
358 aa  120  6e-26  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.548763  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0052  M20 family peptidase  28.76 
 
 
376 aa  119  9.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2120  peptidase, M20/M25/M40 family  28.97 
 
 
415 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1368  carboxypeptidase  33.42 
 
 
376 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1915  glutamate carboxypeptidase  28.57 
 
 
432 aa  117  3e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00180426 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2204  glutamate carboxypeptidase  29 
 
 
410 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.498847  normal  0.749824 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0024  glutamate carboxypeptidase  28.08 
 
 
438 aa  116  6e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1203  glutamate carboxypeptidase  28.78 
 
 
418 aa  115  8.999999999999998e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3093  glutamate carboxypeptidase  29.87 
 
 
436 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4023  carboxypeptidase  31.21 
 
 
376 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.50112  normal  0.963752 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3983  peptidase dimerization domain protein  31.33 
 
 
381 aa  114  2.0000000000000002e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2460  peptidase dimerisation domain-containing protein  31.82 
 
 
363 aa  114  2.0000000000000002e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.308375  normal  0.162998 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0896  carboxypeptidase  31.36 
 
 
388 aa  113  5e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.417572  normal  0.0534097 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1225  carboxypeptidase  30.77 
 
 
376 aa  113  5e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1410  carboxypeptidase  30.89 
 
 
376 aa  113  7.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.212173  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0873  carboxypeptidase  32 
 
 
376 aa  113  7.000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4369  glutamate carboxypeptidase  29.6 
 
 
424 aa  112  8.000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.407974  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5255  carboxypeptidase  30.75 
 
 
376 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.481639  normal  0.0388322 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3377  glutamate carboxypeptidase  28.19 
 
 
436 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3030  glutamate carboxypeptidase  28.19 
 
 
436 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1560  glutamate carboxypeptidase  28.08 
 
 
422 aa  111  3e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.400095  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4870  glutamate carboxypeptidase  30.2 
 
 
417 aa  110  3e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.120273  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0366  peptidase M20  33.24 
 
 
367 aa  109  7.000000000000001e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0028  peptidase M20  32.69 
 
 
385 aa  108  1e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.36117 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1198  carboxypeptidase  32.01 
 
 
376 aa  109  1e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4146  peptidase M20  33.87 
 
 
420 aa  108  2e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.74761  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1297  peptidase M20  27.29 
 
 
434 aa  105  1e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0144616  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2261  peptidase M20:peptidase M20  31.56 
 
 
383 aa  105  2e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.158188  normal  0.807548 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0170  glutamate carboxypeptidase  32.7 
 
 
382 aa  104  3e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.334086  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0179  peptidase dimerisation domain protein  32.36 
 
 
382 aa  103  7e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.884566  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0190  peptidase dimerisation domain protein  32.36 
 
 
382 aa  103  8e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0831507  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0060  glutamate carboxypeptidase  26.8 
 
 
429 aa  102  1e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0524  peptidase, M20/M25/M40 family  27.82 
 
 
432 aa  100  6e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2570  peptidase, M20/M25/M40 family  30.77 
 
 
383 aa  99.8  7e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.27383  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0179  glutamate carboxypeptidase  31.56 
 
 
382 aa  98.2  2e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.881663 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1914  peptidase M20  30.91 
 
 
409 aa  98.6  2e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.28653  hitchhiker  0.00843843 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2375  peptidase M20  28.28 
 
 
408 aa  94.4  3e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3818  peptidase dimerisation domain-containing protein  29.22 
 
 
405 aa  92.8  1e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1369  peptidase dimerisation domain-containing protein  30.03 
 
 
394 aa  91.3  3e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0238  peptidase M20  30.27 
 
 
436 aa  89.7  8e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.489939  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3250  peptidase M20  27.59 
 
 
424 aa  87.8  3e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.470437  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4723  peptidase M20  28.78 
 
 
441 aa  80.9  0.00000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.454685  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4616  peptidase M20  30.55 
 
 
378 aa  80.9  0.00000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0561  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.15 
 
 
407 aa  79  0.0000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3485  peptidase T-like protein  27.74 
 
 
368 aa  78.6  0.0000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000911364  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0323  peptidase T-like protein  27.97 
 
 
374 aa  77  0.0000000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4317  acetylornithine deacetylase (ArgE)  29.37 
 
 
388 aa  75.9  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.663035  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02089  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.49 
 
 
390 aa  73.2  0.000000000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.569859  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2283  peptidase T-like protein  27.44 
 
 
372 aa  72.4  0.00000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00606916  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11210  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.45 
 
 
370 aa  71.6  0.00000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.331267  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0549  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.49 
 
 
407 aa  72  0.00000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.306298 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1635  peptidase M20  32.13 
 
 
400 aa  72  0.00000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.419911  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39150  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  29.05 
 
 
396 aa  70.9  0.00000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.96869  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0874  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  32.42 
 
 
376 aa  70.9  0.00000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.254055  normal  0.247532 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3180  peptidase M20  28.3 
 
 
364 aa  70.9  0.00000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.689816  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1674  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.49 
 
 
395 aa  70.5  0.00000000006  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000241888 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2805  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  29.36 
 
 
374 aa  70.1  0.00000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0351363  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2525  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  29.61 
 
 
378 aa  70.1  0.00000000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000873561 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1704  peptidase M20  27.95 
 
 
369 aa  70.1  0.00000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1093  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  29.89 
 
 
356 aa  69.7  0.00000000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.1255  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2471  peptidase T  30.19 
 
 
378 aa  69.7  0.00000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.00972327  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>