More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1560 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1560  glutamate carboxypeptidase  100 
 
 		 422 aa  842    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.400095  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1203  glutamate carboxypeptidase  64.82 
 
 		 418 aa  514  1e-144  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4870  glutamate carboxypeptidase  64.8 
 
 		 417 aa  499  1e-140  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.120273  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4369  glutamate carboxypeptidase  64.29 
 
 		 424 aa  494  9.999999999999999e-139  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.407974  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1543  glutamate carboxypeptidase  44.6 
 
 		 428 aa  327  3e-88  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3030  glutamate carboxypeptidase  44.53 
 
 		 436 aa  317  2e-85  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3377  glutamate carboxypeptidase  44.03 
 
 		 436 aa  315  9e-85  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4731  peptidase M20  44.9 
 
 		 416 aa  308  2.0000000000000002e-82  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3093  glutamate carboxypeptidase  42.54 
 
 		 436 aa  305  8.000000000000001e-82  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0024  glutamate carboxypeptidase  42.57 
 
 		 438 aa  300  2e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0060  glutamate carboxypeptidase  43.21 
 
 		 429 aa  297  2e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28060  glutamate carboxypeptidase  42.2 
 
 		 412 aa  293  5e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0939662  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2120  peptidase, M20/M25/M40 family  40.76 
 
 		 415 aa  283  6.000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2444  glutamate carboxypeptidase  40.73 
 
 		 409 aa  278  1e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.922253  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2204  glutamate carboxypeptidase  38.74 
 
 		 410 aa  277  2e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.498847  normal  0.749824 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1915  glutamate carboxypeptidase  40.1 
 
 		 432 aa  278  2e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00180426 
 
 
-
 
NC_003296  RS03691  glutamate carboxypeptidase  38.6 
 
 		 394 aa  253  4.0000000000000004e-66  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.262776  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2050  glutamate carboxypeptidase  37.41 
 
 		 409 aa  242  9e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3233  peptidase, M20/M25/M40 family  37.63 
 
 		 413 aa  239  5.999999999999999e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3078  glutamate carboxypeptidase  36.99 
 
 		 413 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.125209  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0492  peptidase M20  29.38 
 
 		 376 aa  149  8e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0471333  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1664  hypothetical protein  29.93 
 
 		 407 aa  141  1.9999999999999998e-32  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1198  carboxypeptidase  28.88 
 
 		 376 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1670  hypothetical protein  28.85 
 
 		 407 aa  135  9.999999999999999e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001112  acetylornithine deacetylase  27.25 
 
 		 374 aa  135  9.999999999999999e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0052  M20 family peptidase  29.38 
 
 		 376 aa  135  1.9999999999999998e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5033  peptidase dimerisation domain-containing protein  27.94 
 
 		 376 aa  133  6e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.379056  hitchhiker  0.00853617 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04865  carboxypeptidase G2  26.96 
 
 		 374 aa  132  1.0000000000000001e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0967  peptidase dimerization domain protein  29.05 
 
 		 385 aa  130  3e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0795  peptidase dimerisation domain-containing protein  29.13 
 
 		 358 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0818  peptidase dimerisation domain-containing protein  29.13 
 
 		 358 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.548763  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0895  peptidase M20  28.38 
 
 		 372 aa  125  1e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.111399  normal  0.0352819 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0328  peptidase M20  29.1 
 
 		 372 aa  124  2e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0366  peptidase M20  29.71 
 
 		 367 aa  123  8e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0036  peptidase M20  27.93 
 
 		 388 aa  122  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0038  peptidase M20  27.93 
 
 		 388 aa  122  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1410  carboxypeptidase  29.4 
 
 		 376 aa  121  3e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.212173  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5339  peptidase dimerisation domain protein  27.72 
 
 		 377 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.538527  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5255  carboxypeptidase  28.23 
 
 		 376 aa  117  3e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.481639  normal  0.0388322 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4023  carboxypeptidase  28.31 
 
 		 376 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.50112  normal  0.963752 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0034  peptidase M20  32.38 
 
 		 389 aa  116  7.999999999999999e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1225  carboxypeptidase  28.68 
 
 		 376 aa  116  8.999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12450  acetylornithine deacetylase/succinyldiaminopimelate desuccinylase-like deacylase  29.97 
 
 		 376 aa  116  8.999999999999998e-25  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1688  hypothetical protein  29.43 
 
 		 387 aa  115  1.0000000000000001e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2375  peptidase M20  27.75 
 
 		 408 aa  114  3e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4254  peptidase M20  28.72 
 
 		 375 aa  114  5e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.749883  normal  0.443673 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0916  peptidase M20  28.42 
 
 		 391 aa  114  5e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3807  peptidase M20  30 
 
 		 378 aa  111  2.0000000000000002e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.116948  normal  0.414196 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2417  peptidase M20  27.41 
 
 		 383 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0660551  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0896  carboxypeptidase  31.54 
 
 		 388 aa  108  1e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.417572  normal  0.0534097 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0028  peptidase M20  27.64 
 
 		 385 aa  109  1e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.36117 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2570  peptidase, M20/M25/M40 family  28.18 
 
 		 383 aa  108  2e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.27383  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2261  peptidase M20:peptidase M20  27.07 
 
 		 383 aa  108  2e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.158188  normal  0.807548 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1368  carboxypeptidase  27.7 
 
 		 376 aa  108  2e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4146  peptidase M20  30.56 
 
 		 420 aa  107  3e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.74761  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1858  hypothetical protein  27.48 
 
 		 423 aa  105  2e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0460852  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0934  Glutamate carboxypeptidase  29.67 
 
 		 391 aa  105  2e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0237  peptidase M20  28.5 
 
 		 388 aa  103  8e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3983  peptidase dimerization domain protein  30.2 
 
 		 381 aa  102  1e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0179  glutamate carboxypeptidase  26.42 
 
 		 382 aa  102  1e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.881663 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0873  carboxypeptidase  27.54 
 
 		 376 aa  101  3e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2460  peptidase dimerisation domain-containing protein  26.29 
 
 		 363 aa  100  5e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.308375  normal  0.162998 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0530  hypothetical protein  28.36 
 
 		 401 aa  99.4  1e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1914  peptidase M20  26.95 
 
 		 409 aa  98.2  2e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.28653  hitchhiker  0.00843843 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1369  peptidase dimerisation domain-containing protein  28.57 
 
 		 394 aa  97.4  4e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0524  peptidase, M20/M25/M40 family  26.17 
 
 		 432 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1939  hypothetical protein  29.87 
 
 		 402 aa  93.2  9e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0179  peptidase dimerisation domain protein  26.08 
 
 		 382 aa  90.5  5e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.884566  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0884  hypothetical protein  27.07 
 
 		 402 aa  90.5  5e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.187161  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2730  peptidase dimerization domain protein  27.37 
 
 		 385 aa  89.7  8e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.319557  normal  0.0559311 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0190  peptidase dimerisation domain protein  26.08 
 
 		 382 aa  89.7  1e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0831507  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4723  peptidase M20  26.06 
 
 		 441 aa  88.2  2e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.454685  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1337  carboxypeptidase G2  23.16 
 
 		 372 aa  87.4  4e-16  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.214507  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0170  glutamate carboxypeptidase  26.08 
 
 		 382 aa  87  6e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.334086  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3250  peptidase M20  24.71 
 
 		 424 aa  86.3  0.000000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.470437  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2201  hypothetical protein  27.1 
 
 		 418 aa  82  0.00000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.449085 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0238  peptidase M20  32.91 
 
 		 436 aa  81.3  0.00000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.489939  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6820  peptidase M20  28.13 
 
 		 412 aa  79.7  0.0000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.547293  decreased coverage  0.0081642 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3818  peptidase dimerisation domain-containing protein  25.75 
 
 		 405 aa  78.2  0.0000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1297  peptidase M20  24.87 
 
 		 434 aa  78.6  0.0000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0144616  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5703  peptidase M20  31.72 
 
 		 405 aa  73.9  0.000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.231398  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2386  acetylornithine deacetylase (ArgE)  30.84 
 
 		 402 aa  73.2  0.000000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1008  D-alanine--D-alanine ligase  25.13 
 
 		 743 aa  73.2  0.000000000009  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2196  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.58 
 
 		 385 aa  71.2  0.00000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3180  peptidase M20  24.66 
 
 		 364 aa  70.9  0.00000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.689816  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1635  peptidase M20  26.95 
 
 		 400 aa  67.8  0.0000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.419911  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0637  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.68 
 
 		 398 aa  67.4  0.0000000005  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  hitchhiker  0.00222046  hitchhiker  0.0000509449 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02174  tripeptidase T  25.65 
 
 		 368 aa  66.6  0.0000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2976  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.27 
 
 		 375 aa  66.6  0.0000000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0234315  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0364  acetylornithine deacetylase  26.7 
 
 		 388 aa  65.9  0.000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.216461  normal  0.359815 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4616  peptidase M20  27.18 
 
 		 378 aa  65.5  0.000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2374  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.08 
 
 		 410 aa  64.7  0.000000003  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.428442  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1278  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.68 
 
 		 375 aa  64.7  0.000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.645839 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3336  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.77 
 
 		 383 aa  63.9  0.000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0627884 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0081  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.49 
 
 		 377 aa  64.3  0.000000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2469  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.27 
 
 		 379 aa  63.9  0.000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.167643  hitchhiker  0.0000634543 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1025  peptidase M20  26.67 
 
 		 362 aa  63.5  0.000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2126  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27 
 
 		 376 aa  63.2  0.000000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.521922  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01145  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.17 
 
 		 376 aa  63.2  0.000000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0346694  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1646  peptidase  27.68 
 
 		 401 aa  63.2  0.000000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.017723 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>