184 genes were found for organism Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
SO_A0001  CDS  NC_004349  608  1489  +  882  replication protein RepA  NP_720340  normal  1  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0002  CDS  NC_004349  2651  2878  +  228  type II restriction-modification system activator, putative  NP_720341  hitchhiker  0.00243501  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0003  CDS  NC_004349  2887  3933  +  1047  type II restriction endonuclease, putative  NP_720342  unclonable  0.00000652415  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0004  CDS  NC_004349  3938  5650  -  1713  type II DNA modification methyltransferase  NP_720343  normal  0.606152  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0005  CDS  NC_004349  5714  6019  -  306  hypothetical protein  NP_720344  normal  0.395457  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0006  CDS  NC_004349  6037  6813  -  777  ParA family protein  NP_720345  normal  0.0843826  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0007  CDS  NC_004349  7113  7850  +  738  hypothetical protein  NP_720346  normal  1  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0008  CDS  NC_004349  7840  8559  +  720  hypothetical protein  NP_720347  normal  1  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0009  CDS  NC_004349  8573  8818  +  246  hypothetical protein  NP_720348  normal  1  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0010  CDS  NC_004349  8805  9323  +  519  hypothetical protein  NP_720349  normal  1  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0011  CDS  NC_004349  9465  9707  +  243  hypothetical protein  NP_720350  normal  0.151687  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0012  CDS  NC_004349  10078  11334  -  1257  SOS mutagenesis protein RulB  NP_720351  normal  0.374057  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0013  CDS  NC_004349  11335  11739  -  405  SOS mutagenesis protein RulA  NP_720352  normal  1  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0014  CDS  NC_004349  12332  12427  +  96  hypothetical protein  NP_720353  normal  1  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0015  CDS  NC_004349  12732  12878  -  147  hypothetical protein  NP_720354  normal  1  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0016  CDS  NC_004349  12945  15911  -  2967  ISSod9, transposase  NP_720355  normal  1  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0017  CDS  NC_004349  16075  16365  +  291  ISSo9, nucleotidyltransferase domain-containing protein  NP_720356  normal  0.378069  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0018  CDS  NC_004349  16362  16739  +  378  ISSod9 hypothetical protein  NP_720357  normal  0.231151  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0019  CDS  NC_004349  16733  17290  +  558  ISSod9, DNA-invertase  NP_720358  normal  1  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0020    NC_004349  17324  18154  +  831      normal  0.265414  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0021    NC_004349  18187  18462  +  276      normal  0.0941559  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0022  CDS  NC_004349  18774  19079  +  306  plasmid maintenance system toxin protein HigB  NP_720359  hitchhiker  0.00990261  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0023  CDS  NC_004349  19154  19453  +  300  plasmid maintenance system antidote protein HigA  NP_720360  normal  0.0227137  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0024  CDS  NC_004349  19523  20332  -  810  ISSod1, transposase OrfB  NP_720361  normal  0.0483506  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0025  CDS  NC_004349  19523  20682  -  1160  ISSod1, transposase OrfA  NP_720362  normal  0.137209  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0026  CDS  NC_004349  20759  21067  -  309  resolvase family site-specific recombinase  NP_720363  decreased coverage  0.000122476  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0028  CDS  NC_004349  21138  22297  +  1160  ISSod1, transposase OrfA  NP_720364  normal  0.234978  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0029  CDS  NC_004349  21488  22297  +  810  ISSod1, transposase OrfB  NP_720365  normal  1  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0030  CDS  NC_004349  22368  22490  -  123  hypothetical protein  NP_720366  normal  0.626326  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0031  CDS  NC_004349  22779  24653  +  1875  ParB family partitioning protein  NP_720367  normal  0.264156  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0032  CDS  NC_004349  24778  25233  +  456  hypothetical protein  NP_720368  normal  0.475298  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0033  CDS  NC_004349  25235  25723  +  489  hypothetical protein  NP_720369  normal  1  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0034  CDS  NC_004349  25754  25975  +  222  hypothetical protein  NP_720370  normal  0.941679  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0035  CDS  NC_004349  26127  27329  -  1203  ISSod4, transposase  NP_720371  normal  0.988899  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0036  CDS  NC_004349  27772  27996  +  225  HicB-related protein  NP_720372  normal  1  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0037  CDS  NC_004349  28346  29155  -  810  ISSod1, transposase OrfB  NP_720373  normal  1  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0038  CDS  NC_004349  28346  29505  -  1160  ISSod1, transposase OrfA  NP_720374  normal  1  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0039  CDS  NC_004349  29574  30668  +  1095  hypothetical protein  NP_720375  normal  1  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0040  CDS  NC_004349  30832  31083  +  252  antitoxin module of toxin-antitoxin system  NP_720376  normal  1  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0041  CDS  NC_004349  31077  31394  +  318  mRNA endonuclease-like protein PemK  NP_720377  normal  1  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0042  CDS  NC_004349  31539  32027  +  489  hypothetical protein  NP_720378  normal  0.853637  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0043  CDS  NC_004349  32113  32259  -  147  hypothetical protein  NP_720379  normal  1  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0044  CDS  NC_004349  32496  33626  +  1131  phage integrase family site specific recombinase  NP_720380  normal  0.374231  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0045  CDS  NC_004349  33623  34993  +  1371  phage integrase family site specific recombinase  NP_720381  normal  0.869382  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0046  CDS  NC_004349  35135  35236  -  102  hypothetical protein  NP_720382  normal  1  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0047  CDS  NC_004349  35430  35762  -  333  hypothetical protein  NP_720383  normal  1  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0048  CDS  NC_004349  35916  37844  -  1929  prolyl oligopeptidase family protein  NP_720384  normal  0.436282  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0049  CDS  NC_004349  38936  41113  -  2178  toxin secretion ABC transporter, ATP-binding subunit/permease protein, putative  NP_720385  normal  0.41671  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0050  CDS  NC_004349  41113  42360  -  1248  toxin secretion, membrane fusion protein  NP_720386  normal  0.516709  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0051  CDS  NC_004349  43722  44090  +  369  hypothetical protein  NP_720387  normal  0.132095  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0052    NC_004349  44152  44994  -  843      normal  1  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0053  CDS  NC_004349  45061  46220  +  1160  ISSod1, transposase OrfA  NP_720389  normal  1  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0054  CDS  NC_004349  45411  46220  +  810  ISSod1, transposase OrfB  NP_720390  normal  1  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0055    NC_004349  46229  46534  +  306      normal  1  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0056  CDS  NC_004349  46611  46793  +  183  hypothetical protein  NP_720392  normal  1  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0057  CDS  NC_004349  46822  47049  +  228  hypothetical protein  NP_720393  normal  1  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0058  CDS  NC_004349  47238  47987  +  750  hypothetical protein  NP_720394  normal  0.530734  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0059  CDS  NC_004349  48737  49027  +  291  hypothetical protein  NP_720395  normal  0.182008  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0060  CDS  NC_004349  49031  49558  +  528  acetyltransferase  NP_720396  normal  0.0967209  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0061  CDS  NC_004349  49745  50431  +  687  parA protein, putative  NP_720397  normal  0.0653211  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0062  CDS  NC_004349  50424  50783  +  360  hypothetical protein  NP_720398  normal  0.735684  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0063  CDS  NC_004349  50928  51485  +  558  ISSod8, transposase  NP_720399  normal  0.372655  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0064    NC_004349  51683  52591  -  909      normal  0.131206  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0065  CDS  NC_004349  52829  53988  +  1160  ISSod1, transposase OrfA  NP_720400  normal  1  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0066  CDS  NC_004349  53179  53988  +  810  ISSod1, transposase OrfB  NP_720401  normal  1  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0067  CDS  NC_004349  54504  55382  -  879  hypothetical protein  NP_720402  normal  1  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0068  CDS  NC_004349  55521  55808  -  288  hypothetical protein  NP_720403  normal  1  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0069  CDS  NC_004349  55805  56140  -  336  hypothetical protein  NP_720404  normal  0.138923  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0070  CDS  NC_004349  56571  57275  -  705  hypothetical protein  NP_720405  normal  0.26944  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0071  CDS  NC_004349  57546  57962  -  417  hypothetical protein  NP_720406  normal  0.0908628  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0072  CDS  NC_004349  57968  58279  -  312  hypothetical protein  NP_720407  normal  0.0995766  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0073    NC_004349  58421  58696  -  276      normal  0.0648349  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0074  CDS  NC_004349  58734  59492  -  759  ISSod6, transposase  NP_720408  normal  0.0426639  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0075    NC_004349  59581  59880  -  300      normal  0.0391461  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0076  CDS  NC_004349  59873  60157  -  285  hypothetical protein  NP_720410  normal  0.0337639  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0077  CDS  NC_004349  60346  60981  -  636  resolvase family site-specific recombinase  NP_720411  normal  0.349046  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0078  CDS  NC_004349  61181  61423  +  243  hypothetical protein  NP_720412  normal  1  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0079  CDS  NC_004349  61416  61715  +  300  hypothetical protein  NP_720413  normal  1  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0080  CDS  NC_004349  62110  62595  -  486  hypothetical protein  NP_720414  normal  1  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0081    NC_004349  62700  62918  -  219      normal  1  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0082    NC_004349  62973  63293  -  321      normal  1  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0083  CDS  NC_004349  63339  64541  +  1203  ISSod4, transposase  NP_720415  normal  0.21164  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0084    NC_004349  62973  64960  -  1988      normal  1  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0085  CDS  NC_004349  65906  66451  -  546  ISSod8, transposase  NP_720416  normal  0.0953687  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0086  CDS  NC_004349  66535  67125  -  591  resolvase family site-specific recombinase  NP_720417  normal  0.464664  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0087  CDS  NC_004349  67295  67555  +  261  hypothetical protein  NP_720418  normal  0.701253  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0088  CDS  NC_004349  67555  67866  +  312  plasmid stabilization protein ParE, putative  NP_720419  normal  0.839855  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0089    NC_004349  67890  72206  +  4317      normal  1  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0090  CDS  NC_004349  69314  70473  +  1160  ISSod1, transposase OrfA  NP_720420  normal  1  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0091  CDS  NC_004349  69664  70473  +  810  ISSod1, transposase OrfB  NP_720421  normal  1  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0092    NC_004349  70596  72206  +  1611      normal  1  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0093    NC_004349  72253  73026  +  774      normal  0.679412  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0094  CDS  NC_004349  73136  73243  -  108  hypothetical protein  NP_720422  normal  0.0707314  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0095  CDS  NC_004349  73412  74611  +  1200  plasmid partition protein ParA  NP_720423  normal  0.321654  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0096  CDS  NC_004349  74611  75705  +  1095  plasmid partition protein ParB  NP_720424  normal  1  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0097  CDS  NC_004349  75737  76495  -  759  ISSod6, transposase  NP_720425  normal  1  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0098  CDS  NC_004349  77039  77434  +  396  hypothetical protein  NP_720426  normal  1  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0099  CDS  NC_004349  77713  79446  +  1734  hypothetical protein  NP_720427  normal  0.119429  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0100  CDS  NC_004349  79656  81470  -  1815  hypothetical protein  NP_720428  normal  1  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
SO_A0101    NC_004349  81706  82824  -  1119      normal  0.652093  n/a    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>