More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1245 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1245  TatD-related deoxyribonuclease  100 
 
 		 286 aa  578  1e-164  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3885  TatD-related deoxyribonuclease  63.41 
 
 		 287 aa  352  5e-96  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.932753  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3243  TatD-related deoxyribonuclease  62.5 
 
 		 282 aa  343  2e-93  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3221  TatD-related deoxyribonuclease  63.1 
 
 		 283 aa  332  3e-90  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3060  putative TatD related DNase  61.76 
 
 		 284 aa  316  3e-85  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.074309  normal  0.521889 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2750  TatD-related deoxyribonuclease  61.79 
 
 		 279 aa  313  1.9999999999999998e-84  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.249902  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3416  TatD-related deoxyribonuclease  61.79 
 
 		 281 aa  313  1.9999999999999998e-84  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00399053  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1065  TatD-related deoxyribonuclease  63.35 
 
 		 288 aa  312  2.9999999999999996e-84  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.426746  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5398  TatD-related deoxyribonuclease  61.96 
 
 		 293 aa  300  2e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.177339  normal  0.604779 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2313  TatD-related deoxyribonuclease  60.58 
 
 		 282 aa  295  6e-79  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1444  TatD-related deoxyribonuclease  56.83 
 
 		 262 aa  288  1e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.640002  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4583  TatD-related deoxyribonuclease  59.78 
 
 		 273 aa  283  2.0000000000000002e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1889  TatD family hydrolase  54.79 
 
 		 262 aa  271  1e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2022  TatD-related deoxyribonuclease  55.17 
 
 		 262 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.602642  normal  0.212066 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5418  TatD-related deoxyribonuclease  54.79 
 
 		 262 aa  264  1e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.463654  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5965  TatD-related deoxyribonuclease  54.41 
 
 		 262 aa  262  4e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.439084  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2112  TatD-related deoxyribonuclease  54.41 
 
 		 262 aa  262  4e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.363991  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2130  TatD-related deoxyribonuclease  54.41 
 
 		 262 aa  261  6.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0924229  normal  0.0477053 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1158  TatD-related deoxyribonuclease  53.64 
 
 		 262 aa  261  1e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.227314  hitchhiker  0.00871913 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1078  TatD-related deoxyribonuclease  52.4 
 
 		 277 aa  260  2e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.013378  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1466  TatD-related deoxyribonuclease  49.3 
 
 		 278 aa  260  2e-68  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.876594  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2149  TatD-related deoxyribonuclease  54.02 
 
 		 262 aa  259  2e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.193647  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2582  putative deoxyribonuclease yjjV  53.64 
 
 		 262 aa  256  4e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.909143  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2716  TatD family hydrolase  53.64 
 
 		 262 aa  256  4e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1568  putative TatD-related deoxyribonuclease  54.02 
 
 		 262 aa  255  6e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.227212 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2199  TatD family hydrolase  53.64 
 
 		 262 aa  255  7e-67  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1694  TatD family hydrolase  53.64 
 
 		 262 aa  255  7e-67  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.928582  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1472  putative deoxyribonuclease yjjV  53.64 
 
 		 262 aa  255  7e-67  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2637  putative deoxyribonuclease yjjV  53.64 
 
 		 262 aa  255  7e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.00523609  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3119  TatD family hydrolase  53.64 
 
 		 262 aa  255  7e-67  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1058  TatD-related deoxyribonuclease  50.72 
 
 		 270 aa  254  1.0000000000000001e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.446908 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0962  TatD-related deoxyribonuclease  51.62 
 
 		 270 aa  254  1.0000000000000001e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00454471  normal  0.0309103 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1914  TatD-related deoxyribonuclease  51.44 
 
 		 268 aa  253  2.0000000000000002e-66  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000115474  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1042  TatD-related deoxyribonuclease  52.19 
 
 		 275 aa  250  2e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.681358 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2565  TatD-related deoxyribonuclease  52.87 
 
 		 262 aa  246  3e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0486072  normal  0.0819176 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0491  TatD-related deoxyribonuclease  50.79 
 
 		 244 aa  239  4e-62  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1119  deoxyribonuclease protein  49.82 
 
 		 271 aa  234  1.0000000000000001e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0735365  normal  0.209412 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3841  TatD-related deoxyribonuclease  50.55 
 
 		 253 aa  222  4e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0488  putative TatD related DNase  51.13 
 
 		 256 aa  215  5e-55  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2271  TatD-related deoxyribonuclease  47.46 
 
 		 263 aa  213  3.9999999999999995e-54  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3248  TatD-related deoxyribonuclease  48.71 
 
 		 255 aa  204  1e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0825  TatD family hydrolase  43.35 
 
 		 258 aa  190  2e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.716101 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4402  TatD-related deoxyribonuclease  43.98 
 
 		 258 aa  185  7e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.922162  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0791  TatD-like deoxyribonuclease  41.44 
 
 		 258 aa  177  2e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.631026  normal  0.262092 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1581  hypothetical protein  41.06 
 
 		 259 aa  176  3e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0819  TatD-related deoxyribonuclease  40.66 
 
 		 264 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.180224 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0783  TatD family hydrolase  39.92 
 
 		 259 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0555  TatD-related deoxyribonuclease  40.37 
 
 		 265 aa  172  5e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.41598  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2570  TatD-related deoxyribonuclease  42.21 
 
 		 260 aa  171  9e-42  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.54092  normal  0.0246673 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2645  hydrolase, TatD family  42.48 
 
 		 256 aa  171  2e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.430884  normal  0.313359 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0457  TatD-related deoxyribonuclease  39.63 
 
 		 265 aa  168  8e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.723414  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12140  TatD-related deoxyribonuclease  40.98 
 
 		 259 aa  168  9e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0791  TatD family deoxyribonuclease  42.21 
 
 		 258 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0814  TatD family hydrolase  42.21 
 
 		 258 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.636525  normal  0.110467 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4926  putative deoxyribonuclease YjjV  38.4 
 
 		 260 aa  166  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4613  putative deoxyribonuclease YjjV  37.69 
 
 		 260 aa  166  5e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4976  putative deoxyribonuclease YjjV  37.69 
 
 		 260 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.336461  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4922  putative deoxyribonuclease YjjV  38.11 
 
 		 260 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3678  putative deoxyribonuclease YjjV  38.11 
 
 		 260 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00508775 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04808  putative deoxyribonuclease YjjV  37.64 
 
 		 255 aa  162  4.0000000000000004e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0615  putative DNase  36.12 
 
 		 258 aa  162  8.000000000000001e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.830738  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5891  putative deoxyribonuclease YjjV  37.83 
 
 		 260 aa  162  8.000000000000001e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04254  predicted DNase  38.4 
 
 		 259 aa  161  1e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.555514  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3620  TatD-related deoxyribonuclease  38.4 
 
 		 259 aa  161  1e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04220  hypothetical protein  38.4 
 
 		 259 aa  161  1e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.478077  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0150  putative deoxyribonuclease  37.36 
 
 		 260 aa  161  1e-38  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0657  TatD-related deoxyribonuclease  41.15 
 
 		 257 aa  160  3e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.707092 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0952  hydrolase, TatD family  44.66 
 
 		 232 aa  156  4e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18210  TatD family deoxyribonuclease  41.7 
 
 		 225 aa  155  9e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3503  TatD-related deoxyribonuclease  36.53 
 
 		 259 aa  154  1e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.76474 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0538  TatD-related deoxyribonuclease  35.74 
 
 		 260 aa  155  1e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.807872  hitchhiker  0.00736337 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3583  TatD-related deoxyribonuclease  37 
 
 		 290 aa  154  2e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0034  TatD family hydrolase  35.34 
 
 		 255 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3114  TatD family hydrolase  35.16 
 
 		 268 aa  153  2.9999999999999998e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.677659  normal  0.341817 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3146  TatD-related deoxyribonuclease  35.79 
 
 		 256 aa  153  4e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.30888  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2184  hydrolase, TatD family  37.41 
 
 		 263 aa  151  8.999999999999999e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.124679  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4920  putative deoxyribonuclease YjjV  39.02 
 
 		 257 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.97182  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0038  TatD family deoxyribonuclease  36.06 
 
 		 255 aa  151  1e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0035  TatD related DNase  36.06 
 
 		 255 aa  151  1e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4885  putative deoxyribonuclease YjjV  39.02 
 
 		 257 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0324163  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0044  deoxyribonuclease, TatD family  36.06 
 
 		 255 aa  151  1e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0037  TatD family deoxyribonuclease  36.06 
 
 		 255 aa  151  1e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4979  putative deoxyribonuclease YjjV  39.02 
 
 		 257 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.305801  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4818  putative deoxyribonuclease YjjV  39.02 
 
 		 257 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0034  TatD family hydrolase  35.23 
 
 		 255 aa  151  1e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0037  TatD family deoxyribonuclease  35.23 
 
 		 255 aa  150  2e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5272  deoxyribonuclease, TatD family  35.23 
 
 		 255 aa  150  2e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0048  deoxyribonuclease, TatD family  35.34 
 
 		 255 aa  150  2e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0129  hydrolase, TatD family  35.34 
 
 		 259 aa  150  3e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0130316  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0044  deoxyribonuclease, TatD family  35.23 
 
 		 255 aa  150  3e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.413884  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3055  putative deoxyribonuclease  32.7 
 
 		 263 aa  149  7e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00078525 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4972  putative deoxyribonuclease YjjV  38.62 
 
 		 257 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0133  TatD-related deoxyribonuclease  36.09 
 
 		 260 aa  148  1.0000000000000001e-34  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.285851  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0035  TatD related DNase  35.69 
 
 		 255 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.305116  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4413  TatD family hydrolase  34.47 
 
 		 253 aa  147  3e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000106704  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0963  TatD family hydrolase  35.4 
 
 		 256 aa  147  3e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3236  TatD-related deoxyribonuclease:amidohydrolase 2  36.6 
 
 		 252 aa  146  4.0000000000000006e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0365762  normal  0.100841 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0540  hydrolase, TatD family  35.47 
 
 		 267 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1932  hypothetical protein  35.61 
 
 		 283 aa  145  6e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000096449  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3458  TatD-related deoxyribonuclease  37.87 
 
 		 251 aa  145  9e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000153404  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>