122 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tmel_0774 on replicon NC_009616
Organism: Thermosipho melanesiensis BI429



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009616  Tmel_0774  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 		 515 aa  1032    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0716  radical SAM domain-containing protein  60.08 
 
 		 535 aa  627  1e-178  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1191  radical SAM domain-containing protein  46.21 
 
 		 551 aa  492  9.999999999999999e-139  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000804505  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1264  radical SAM domain-containing protein  46.41 
 
 		 551 aa  492  9.999999999999999e-139  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3028  Radical SAM domain protein  40.04 
 
 		 572 aa  370  1e-101  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.377577  normal  0.0472174 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2273  radical SAM domain-containing protein  37.64 
 
 		 553 aa  359  7e-98  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.598477  normal  0.253528 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0927  Radical SAM domain protein  38.91 
 
 		 556 aa  358  9.999999999999999e-98  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.522384  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1297  Radical SAM domain protein  39.3 
 
 		 575 aa  358  9.999999999999999e-98  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0640  Radical SAM domain protein  39.38 
 
 		 625 aa  358  9.999999999999999e-98  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.47984  normal  0.740234 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2101  hypothetical protein  36.11 
 
 		 575 aa  358  1.9999999999999998e-97  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.833726  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1190  Radical SAM domain protein  38.21 
 
 		 590 aa  357  1.9999999999999998e-97  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.540561  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2769  Radical SAM domain protein  38.42 
 
 		 595 aa  355  8.999999999999999e-97  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.847713  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_17240  Radical SAM domain protein  38.72 
 
 		 542 aa  354  2e-96  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1966  Radical SAM domain protein  39.13 
 
 		 556 aa  353  4e-96  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000773606  normal  0.460793 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0614  radical SAM family protein  40.39 
 
 		 557 aa  345  1e-93  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.0664255 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0399  radical SAM domain-containing protein  36.67 
 
 		 550 aa  341  2e-92  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.34562  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0148  Radical SAM domain protein  37.09 
 
 		 547 aa  335  9e-91  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0117639 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0756  hypothetical protein  38.05 
 
 		 551 aa  335  1e-90  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.196935  normal  0.708325 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2247  radical SAM family Fe-S protein  37.48 
 
 		 566 aa  332  9e-90  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.747344  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1438  radical SAM domain-containing protein  39.11 
 
 		 517 aa  322  9.999999999999999e-87  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.328517  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2352  radical SAM domain-containing protein  36.78 
 
 		 565 aa  318  2e-85  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.530094 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0677  radical SAM domain-containing protein  35.57 
 
 		 565 aa  312  1e-83  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.866452  normal  0.655818 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1460  radical SAM domain-containing protein  40.08 
 
 		 509 aa  311  1e-83  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0475  radical SAM domain-containing protein  36.87 
 
 		 567 aa  311  2e-83  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0303  radical SAM domain-containing protein  39.73 
 
 		 510 aa  310  2.9999999999999997e-83  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2121  radical SAM domain-containing protein  36.92 
 
 		 565 aa  309  6.999999999999999e-83  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1017  radical SAM domain-containing protein  39.73 
 
 		 510 aa  308  2.0000000000000002e-82  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.111265  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1286  Radical SAM domain protein  38.34 
 
 		 532 aa  305  1.0000000000000001e-81  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.718238  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1611  radical SAM domain-containing protein  38.74 
 
 		 510 aa  305  1.0000000000000001e-81  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.204247  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1989  radical SAM domain-containing protein  35.38 
 
 		 565 aa  295  1e-78  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1228  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  23.53 
 
 		 443 aa  52  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.243595  normal  0.945155 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1197  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  23.53 
 
 		 470 aa  52  0.00003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11970  MiaB-like tRNA modifying enzyme  24.24 
 
 		 442 aa  52  0.00003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000060077  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4219  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  23.53 
 
 		 443 aa  52  0.00003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.862711 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4016  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  23.53 
 
 		 443 aa  51.6  0.00003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.588155  hitchhiker  0.00937866 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0973  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  26.01 
 
 		 463 aa  50.4  0.00008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.614031  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0150  hypothetical protein  35.82 
 
 		 434 aa  50.1  0.0001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1191  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  23.53 
 
 		 445 aa  49.3  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.215998 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2337  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  26.01 
 
 		 461 aa  48.9  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.947185  normal  0.102127 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1645  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  22.62 
 
 		 463 aa  49.3  0.0002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1848  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  26.01 
 
 		 461 aa  48.9  0.0002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0225494  normal  0.052969 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2867  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  23.08 
 
 		 471 aa  48.5  0.0003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0721568  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1630  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  24.9 
 
 		 436 aa  47.8  0.0004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0566409  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2609  putative tRNA modifying protein  38 
 
 		 467 aa  47.8  0.0005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3451  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  25.5 
 
 		 476 aa  47.8  0.0005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0499  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  25.5 
 
 		 476 aa  47.8  0.0005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.717124  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3627  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  25.5 
 
 		 480 aa  47.8  0.0005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0485  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  26.5 
 
 		 493 aa  47.8  0.0005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.926409 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1713  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  24.43 
 
 		 440 aa  47.4  0.0006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00416624  normal  0.0683771 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0957  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  43.55 
 
 		 430 aa  47.4  0.0006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00162656  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0935  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  43.55 
 
 		 430 aa  47.4  0.0007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000136513  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4019  conserved hypothetical protein TIGR01125  23.08 
 
 		 443 aa  47  0.0008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1392  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  23.08 
 
 		 447 aa  47  0.0008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1766  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  20.63 
 
 		 496 aa  47  0.0008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0893  tRNA-i(6)A37 thiotransferase enzyme MiaB  26.11 
 
 		 474 aa  47  0.0009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.188426  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5082  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  25.11 
 
 		 453 aa  46.2  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6297  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  25.11 
 
 		 453 aa  46.6  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1444  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  24.5 
 
 		 443 aa  46.6  0.001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1782  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  25.11 
 
 		 453 aa  46.6  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.339702  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3800  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  25.5 
 
 		 472 aa  46.6  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2590  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  22.32 
 
 		 468 aa  46.6  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.58458  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1484  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.1 
 
 		 486 aa  46.2  0.001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.317235 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0517  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  25.5 
 
 		 472 aa  46.6  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0538  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  25.5 
 
 		 472 aa  46.6  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1807  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  25.11 
 
 		 453 aa  46.2  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.580296 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1695  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  25.11 
 
 		 453 aa  46.2  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.184719  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0543  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  25.5 
 
 		 472 aa  46.6  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2751  hypothetical protein  39.71 
 
 		 440 aa  45.8  0.002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.639812 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1314  hypothetical protein  23.9 
 
 		 453 aa  45.8  0.002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000395672  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3331  hypothetical protein  22.17 
 
 		 479 aa  45.4  0.002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00577247 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1722  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  25.11 
 
 		 453 aa  45.8  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0599  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  25 
 
 		 472 aa  45.4  0.002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2197  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  23.5 
 
 		 470 aa  46.2  0.002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0278  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  25.7 
 
 		 443 aa  45.8  0.002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0071  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  41.43 
 
 		 430 aa  45.8  0.002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1354  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  24.76 
 
 		 507 aa  46.2  0.002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00027921 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0276  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  25.7 
 
 		 443 aa  45.8  0.002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0476614  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0391  radical SAM domain-containing protein  28.8 
 
 		 435 aa  45.4  0.003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1488  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  25.12 
 
 		 468 aa  45.1  0.003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.517417  normal  0.112156 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2295  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  23.58 
 
 		 449 aa  45.1  0.003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0651  RNA modification enzyme, MiaB family  36.92 
 
 		 480 aa  44.7  0.004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.455802  normal  0.358579 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2807  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  33.85 
 
 		 485 aa  44.7  0.004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00000000125377  hitchhiker  0.0000111604 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52420  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  23.08 
 
 		 440 aa  44.7  0.004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1859  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  24.84 
 
 		 448 aa  44.3  0.005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3779  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  24.35 
 
 		 459 aa  44.3  0.005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.187092 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4596  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  33.33 
 
 		 440 aa  44.3  0.005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0454  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  39.68 
 
 		 430 aa  44.3  0.005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.000369122  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2283  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  24.07 
 
 		 442 aa  44.3  0.005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.135903  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1055  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  39.68 
 
 		 510 aa  44.3  0.005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1095  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  32.31 
 
 		 473 aa  44.3  0.006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0866637 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3801  RNA modification enzyme, MiaB family  29.79 
 
 		 445 aa  44.3  0.006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.920944  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1155  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  28.97 
 
 		 427 aa  43.9  0.006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0256  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  25.25 
 
 		 430 aa  44.3  0.006  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1787  putative tRNA modifying protein  28.57 
 
 		 454 aa  43.9  0.007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.738768  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2047  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  20.28 
 
 		 497 aa  43.9  0.007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.731125 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1499  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.38 
 
 		 475 aa  43.9  0.007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.549888  normal  1 
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_26767  predicted protein  30.23 
 
 		 450 aa  43.9  0.007  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.071035 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4475  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  34.52 
 
 		 449 aa  43.9  0.007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.439189 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1975  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  32.91 
 
 		 464 aa  43.9  0.008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00113002  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1078  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  24.11 
 
 		 463 aa  43.9  0.008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.678525  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>