More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1713 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_00802  predicted SAM-dependent methyltransferase  71.53 
 
 
441 aa  663    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2807  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  71.53 
 
 
441 aa  663    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.929546  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1197  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  88.21 
 
 
470 aa  806    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4019  conserved hypothetical protein TIGR01125  81.04 
 
 
443 aa  756    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1944  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  71.56 
 
 
437 aa  652    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.41308  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1392  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  81.66 
 
 
447 aa  761    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1191  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  86.07 
 
 
445 aa  785    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.215998 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1003  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  72.44 
 
 
441 aa  668    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.902435  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0862  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  71.53 
 
 
441 aa  663    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.746353  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1228  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  88.21 
 
 
443 aa  806    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.243595  normal  0.945155 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4596  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  91.14 
 
 
440 aa  837    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2197  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  69.7 
 
 
470 aa  646    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1314  hypothetical protein  70.4 
 
 
453 aa  643    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000395672  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2811  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  68.18 
 
 
441 aa  637    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.185962  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0988  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  71.53 
 
 
441 aa  663    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.479636  normal  0.703934 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4219  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  87.76 
 
 
443 aa  806    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.862711 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1713  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  100 
 
 
440 aa  904    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00416624  normal  0.0683771 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2303  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  70.8 
 
 
467 aa  653    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.941264  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3331  hypothetical protein  72.12 
 
 
479 aa  669    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00577247 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0953  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  72.44 
 
 
441 aa  668    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.433184  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1673  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  71.1 
 
 
442 aa  650    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.548183  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2510  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  71.53 
 
 
441 aa  663    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.105116  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00819  hypothetical protein  71.53 
 
 
441 aa  663    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2402  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  71.95 
 
 
467 aa  660    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1834  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  70.09 
 
 
473 aa  650    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.044841  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0895  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  71.53 
 
 
441 aa  663    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.465773  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4016  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  88.26 
 
 
443 aa  808    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.588155  hitchhiker  0.00937866 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52420  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  91.36 
 
 
440 aa  845    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0906  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  71.53 
 
 
441 aa  663    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37650  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  82 
 
 
440 aa  767    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0920  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  72.44 
 
 
441 aa  668    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2807  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  71.53 
 
 
441 aa  663    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2732  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  74.94 
 
 
455 aa  687    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.106546  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0894  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  72.44 
 
 
441 aa  668    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.917524  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0982  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  72.67 
 
 
441 aa  670    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.195004  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1913  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  66.89 
 
 
454 aa  623  1e-177  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.823404  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01861  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  68.89 
 
 
485 aa  620  1e-176  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.322164  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0082  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  67.59 
 
 
437 aa  616  1e-175  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1596  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  67.05 
 
 
441 aa  614  1e-175  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.00000000318709  unclonable  0.000000244003 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3120  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  68.81 
 
 
443 aa  617  1e-175  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1764  hypothetical protein  68.58 
 
 
443 aa  613  9.999999999999999e-175  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.341507  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2751  hypothetical protein  66.06 
 
 
440 aa  608  1e-173  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.639812 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1636  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  66.67 
 
 
453 aa  606  9.999999999999999e-173  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.413832 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1979  hypothetical protein  65.91 
 
 
448 aa  605  9.999999999999999e-173  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1582  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  66.67 
 
 
453 aa  606  9.999999999999999e-173  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.386337  normal  0.0216178 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2865  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  66.44 
 
 
453 aa  604  9.999999999999999e-173  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1911  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  66.67 
 
 
453 aa  603  1.0000000000000001e-171  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0408943 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01247  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  67.12 
 
 
460 aa  602  1.0000000000000001e-171  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1787  putative tRNA modifying protein  68.42 
 
 
454 aa  599  1e-170  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.738768  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2966  2-alkenal reductase  66.59 
 
 
446 aa  598  1e-170  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0000212158  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1444  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  63.06 
 
 
443 aa  598  1e-170  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3627  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  64.83 
 
 
437 aa  599  1e-170  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.109581  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0566  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  64.38 
 
 
437 aa  597  1e-169  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0531  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  64.38 
 
 
438 aa  596  1e-169  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4382  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  65.37 
 
 
448 aa  596  1e-169  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.256577  normal  0.901821 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4277  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  65.14 
 
 
448 aa  591  1e-168  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.696931 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3910  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  65.14 
 
 
448 aa  591  1e-168  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0803729 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1361  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  65.85 
 
 
456 aa  593  1e-168  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0485  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  64.6 
 
 
493 aa  593  1e-168  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.926409 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1807  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  63.96 
 
 
453 aa  588  1e-167  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.580296 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3226  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  65.07 
 
 
441 aa  589  1e-167  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.262488  normal  0.901289 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6297  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  63.74 
 
 
453 aa  588  1e-167  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4475  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  64.32 
 
 
449 aa  588  1e-167  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.439189 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1722  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  63.96 
 
 
453 aa  588  1e-167  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1782  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  63.74 
 
 
453 aa  588  1e-167  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.339702  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4140  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  64.83 
 
 
441 aa  588  1e-167  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.124095 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1352  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  64.14 
 
 
452 aa  585  1e-166  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1695  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  63.74 
 
 
453 aa  587  1e-166  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.184719  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0517  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  62.64 
 
 
472 aa  584  1e-166  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5082  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  63.96 
 
 
453 aa  587  1e-166  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1488  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  63.74 
 
 
468 aa  584  1e-166  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.517417  normal  0.112156 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3451  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  63.27 
 
 
476 aa  584  1e-166  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0499  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  63.27 
 
 
476 aa  584  1e-166  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.717124  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1848  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  63.74 
 
 
461 aa  586  1e-166  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0225494  normal  0.052969 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0599  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  62.19 
 
 
472 aa  581  1.0000000000000001e-165  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2162  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  63.44 
 
 
463 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.692729  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1536  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  64.63 
 
 
525 aa  583  1.0000000000000001e-165  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0262193 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2327  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  63.44 
 
 
463 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.314823  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2259  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  63.88 
 
 
463 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.017952  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0543  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  62.64 
 
 
472 aa  584  1.0000000000000001e-165  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2337  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  63.66 
 
 
461 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.947185  normal  0.102127 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1715  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  64.41 
 
 
531 aa  584  1.0000000000000001e-165  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3800  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  62.64 
 
 
472 aa  584  1.0000000000000001e-165  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3627  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  62.73 
 
 
480 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2199  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  63.44 
 
 
463 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.148907  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0538  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  62.41 
 
 
472 aa  582  1.0000000000000001e-165  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1803  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  62.47 
 
 
524 aa  583  1.0000000000000001e-165  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.6995  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2295  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  61.59 
 
 
449 aa  584  1.0000000000000001e-165  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1078  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  63.44 
 
 
463 aa  579  1e-164  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.678525  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4072  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  62.99 
 
 
481 aa  578  1e-164  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1318  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  63.44 
 
 
463 aa  579  1e-164  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0862922  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2950  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  64.01 
 
 
441 aa  578  1e-164  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0973  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  62.91 
 
 
463 aa  578  1e-164  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.614031  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2620  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  64.16 
 
 
441 aa  579  1e-164  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.364941  normal  0.313039 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1807  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  63.44 
 
 
463 aa  579  1e-164  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.143313  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0089  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  63.44 
 
 
463 aa  579  1e-164  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1499  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  62.36 
 
 
443 aa  579  1e-164  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5119  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  65.9 
 
 
437 aa  581  1e-164  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.492181  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2055  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  62.75 
 
 
466 aa  576  1.0000000000000001e-163  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00235641 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2840  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  63.53 
 
 
441 aa  573  1.0000000000000001e-162  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>