More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2590 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_2867  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  84.72 
 
 		 471 aa  801    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0721568  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2055  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  83.04 
 
 		 466 aa  786    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00235641 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1636  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  71.02 
 
 		 453 aa  675    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.413832 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1078  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  71.15 
 
 		 463 aa  670    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.678525  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3232  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  81.94 
 
 		 462 aa  798    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.653415  normal  0.176593 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1582  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  70.8 
 
 		 453 aa  674    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.386337  normal  0.0216178 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1318  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  71.15 
 
 		 463 aa  670    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0862922  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3147  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  81.2 
 
 		 463 aa  779    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.317672  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1352  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  71.49 
 
 		 452 aa  674    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2327  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  71.15 
 
 		 463 aa  672    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.314823  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5082  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  71.21 
 
 		 453 aa  682    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0973  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  71 
 
 		 463 aa  682    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.614031  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2199  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  71.15 
 
 		 463 aa  672    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.148907  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1848  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  71.21 
 
 		 461 aa  676    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0225494  normal  0.052969 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2259  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  71.81 
 
 		 463 aa  679    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.017952  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0089  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  71.15 
 
 		 463 aa  670    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2494  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  81.41 
 
 		 463 aa  783    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.212042  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1975  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  85.26 
 
 		 464 aa  823    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00113002  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2701  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  87.63 
 
 		 469 aa  858    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0312438  normal  0.2083 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2337  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  70.9 
 
 		 461 aa  674    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.947185  normal  0.102127 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1361  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  71.88 
 
 		 456 aa  675    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1807  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  71.15 
 
 		 463 aa  670    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.143313  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6297  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  71.43 
 
 		 453 aa  685    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2590  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  100 
 
 		 468 aa  957    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.58458  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1488  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  71.21 
 
 		 468 aa  676    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.517417  normal  0.112156 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1911  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  70.8 
 
 		 453 aa  673    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0408943 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1722  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  71.21 
 
 		 453 aa  682    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1695  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  71.65 
 
 		 453 aa  686    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.184719  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1782  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  71.43 
 
 		 453 aa  685    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.339702  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1807  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  71.65 
 
 		 453 aa  685    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.580296 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2162  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  70.93 
 
 		 463 aa  670    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.692729  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0915  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  68.64 
 
 		 452 aa  655    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.642339  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1614  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  81.7 
 
 		 471 aa  792    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0719193  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0926  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  71.37 
 
 		 452 aa  676    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1645  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  84.83 
 
 		 463 aa  832    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2439  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  88.08 
 
 		 461 aa  845    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1979  hypothetical protein  64.89 
 
 		 448 aa  605  9.999999999999999e-173  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1596  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  64.46 
 
 		 441 aa  592  1e-168  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.00000000318709  unclonable  0.000000244003 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3120  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  63.88 
 
 		 443 aa  587  1e-166  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3331  hypothetical protein  61.67 
 
 		 479 aa  581  1.0000000000000001e-165  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00577247 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1764  hypothetical protein  61.74 
 
 		 443 aa  573  1.0000000000000001e-162  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.341507  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1834  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  60.61 
 
 		 473 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.044841  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2197  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  60.52 
 
 		 470 aa  569  1e-161  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01861  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  63.64 
 
 		 485 aa  565  1e-160  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.322164  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2402  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  60.22 
 
 		 467 aa  565  1e-160  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2751  hypothetical protein  61.33 
 
 		 440 aa  563  1.0000000000000001e-159  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.639812 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2732  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  60.57 
 
 		 455 aa  559  1e-158  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.106546  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1314  hypothetical protein  60.79 
 
 		 453 aa  556  1e-157  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000395672  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0982  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  58.68 
 
 		 441 aa  556  1e-157  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.195004  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1673  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  57.97 
 
 		 442 aa  556  1e-157  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.548183  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1944  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  59.47 
 
 		 437 aa  558  1e-157  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.41308  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00802  predicted SAM-dependent methyltransferase  58.02 
 
 		 441 aa  551  1e-156  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2807  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  58.02 
 
 		 441 aa  551  1e-156  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.929546  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1197  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  59.4 
 
 		 470 aa  553  1e-156  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0082  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  60.67 
 
 		 437 aa  553  1e-156  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00819  hypothetical protein  58.02 
 
 		 441 aa  551  1e-156  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2303  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  59.15 
 
 		 467 aa  551  1e-156  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.941264  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1392  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  58.97 
 
 		 447 aa  552  1e-156  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0862  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  58.02 
 
 		 441 aa  551  1e-156  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.746353  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0894  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  58.46 
 
 		 441 aa  554  1e-156  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.917524  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4016  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  59.4 
 
 		 443 aa  554  1e-156  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.588155  hitchhiker  0.00937866 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4596  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  60.09 
 
 		 440 aa  552  1e-156  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1713  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  60.31 
 
 		 440 aa  554  1e-156  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00416624  normal  0.0683771 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2510  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  58.24 
 
 		 441 aa  553  1e-156  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.105116  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0920  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  58.46 
 
 		 441 aa  554  1e-156  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1003  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  58.46 
 
 		 441 aa  554  1e-156  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.902435  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4219  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  59.4 
 
 		 443 aa  554  1e-156  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.862711 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0953  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  58.46 
 
 		 441 aa  554  1e-156  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.433184  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0895  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  58.02 
 
 		 441 aa  551  1e-156  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.465773  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0988  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  58.02 
 
 		 441 aa  551  1e-156  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.479636  normal  0.703934 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0906  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  58.02 
 
 		 441 aa  551  1e-156  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2807  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  58.02 
 
 		 441 aa  551  1e-156  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1228  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  59.31 
 
 		 443 aa  552  1e-156  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.243595  normal  0.945155 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2966  2-alkenal reductase  60.65 
 
 		 446 aa  550  1e-155  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0000212158  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1913  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  59.35 
 
 		 454 aa  550  1e-155  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.823404  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1191  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  60 
 
 		 445 aa  550  1e-155  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.215998 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37650  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  59.29 
 
 		 440 aa  550  1e-155  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52420  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  60.26 
 
 		 440 aa  550  1e-155  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4019  conserved hypothetical protein TIGR01125  59.08 
 
 		 443 aa  547  1e-154  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4382  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  57.88 
 
 		 448 aa  547  1e-154  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.256577  normal  0.901821 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4277  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  57.45 
 
 		 448 aa  544  1e-153  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.696931 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3910  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  57.24 
 
 		 448 aa  544  1e-153  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0803729 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0127  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  58.73 
 
 		 446 aa  536  1e-151  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0728871  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2865  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  58.48 
 
 		 453 aa  537  1e-151  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1639  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  56.99 
 
 		 448 aa  532  1e-150  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.981602 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1803  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  55.63 
 
 		 524 aa  531  1e-150  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.6995  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1444  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  55.7 
 
 		 443 aa  533  1e-150  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1787  putative tRNA modifying protein  60.83 
 
 		 454 aa  529  1e-149  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.738768  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2382  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  60.18 
 
 		 453 aa  528  1e-149  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  decreased coverage  0.00199073  normal  0.128025 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0599  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  56.14 
 
 		 472 aa  528  1e-149  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4475  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  57.93 
 
 		 449 aa  529  1e-149  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.439189 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0517  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  56.36 
 
 		 472 aa  529  1e-149  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0538  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  56.36 
 
 		 472 aa  529  1e-149  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1715  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  56.06 
 
 		 531 aa  530  1e-149  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0127  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  58.76 
 
 		 442 aa  530  1e-149  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0233399  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3451  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  56.47 
 
 		 476 aa  530  1e-149  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0499  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  56.47 
 
 		 476 aa  530  1e-149  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.717124  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3627  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  56.22 
 
 		 480 aa  529  1e-149  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0485  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  56.92 
 
 		 493 aa  530  1e-149  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.926409 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0543  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  56.36 
 
 		 472 aa  528  1e-148  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>