More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE2609 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002967  TDE2609  putative tRNA modifying protein  100 
 
 
467 aa  954    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1467  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.27 
 
 
444 aa  284  2.0000000000000002e-75  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.369998  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11970  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.83 
 
 
442 aa  273  4.0000000000000004e-72  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000060077  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1074  hypothetical protein  33.48 
 
 
432 aa  269  8.999999999999999e-71  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3231  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.06 
 
 
440 aa  263  6.999999999999999e-69  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.12995  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0034  2-methylthioadenine synthetase  34.2 
 
 
455 aa  262  8.999999999999999e-69  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1464  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.06 
 
 
440 aa  260  5.0000000000000005e-68  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1155  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  34.17 
 
 
427 aa  259  5.0000000000000005e-68  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1630  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.01 
 
 
436 aa  257  3e-67  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0566409  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0983  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.07 
 
 
440 aa  256  5e-67  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000730864  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0100  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  33.91 
 
 
469 aa  256  8e-67  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0256489  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0094  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  32.68 
 
 
470 aa  254  3e-66  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.199384 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2498  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  33.83 
 
 
486 aa  253  5.000000000000001e-66  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.620801  normal  0.98842 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0111  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  33.69 
 
 
469 aa  253  5.000000000000001e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0957  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  34.65 
 
 
430 aa  253  6e-66  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00162656  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0935  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  34.65 
 
 
430 aa  253  7e-66  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000136513  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0093  hypothetical protein  33.26 
 
 
483 aa  252  9.000000000000001e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0675  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.31 
 
 
430 aa  251  1e-65  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00122823  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0942  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  32.75 
 
 
453 aa  251  2e-65  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000000162674  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2144  hypothetical protein  31.06 
 
 
504 aa  251  3e-65  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1671  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  32.9 
 
 
487 aa  251  3e-65  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.813765  normal  0.219751 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1623  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  33.33 
 
 
452 aa  250  4e-65  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0078  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  32.62 
 
 
435 aa  249  8e-65  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.68199  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1405  hypothetical protein  33.48 
 
 
440 aa  246  6e-64  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.248691 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3124  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  31.83 
 
 
442 aa  245  1.9999999999999999e-63  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000009336  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1288  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  33.69 
 
 
431 aa  243  3.9999999999999997e-63  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1929  putative tRNA modifying protein  33.33 
 
 
445 aa  243  5e-63  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0632  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  33.33 
 
 
448 aa  243  7e-63  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  3.3058599999999997e-35 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13538  putative Fe-S oxidoreductase  34.26 
 
 
435 aa  242  7.999999999999999e-63  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.505425  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1262  2-methylthioadenine synthetase  33.04 
 
 
439 aa  242  9e-63  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.467346  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1757  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  32.97 
 
 
431 aa  242  1e-62  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3110  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  33.55 
 
 
446 aa  242  1e-62  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000143108  normal  0.954122 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1647  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  33.33 
 
 
445 aa  242  1e-62  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0839  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  33.98 
 
 
450 aa  240  4e-62  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1513  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  33.19 
 
 
433 aa  240  4e-62  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.627818  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1926  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  34.42 
 
 
444 aa  240  4e-62  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.587814  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0150  hypothetical protein  32.84 
 
 
434 aa  238  1e-61  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0716  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  32.84 
 
 
448 aa  238  2e-61  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000599844  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1760  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  34.05 
 
 
432 aa  237  4e-61  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_26767  predicted protein  33.05 
 
 
450 aa  236  8e-61  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.071035 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0678  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  31.2 
 
 
446 aa  236  9e-61  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000258003  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2173  RNA modification enzyme, MiaB-family  32.3 
 
 
469 aa  236  1.0000000000000001e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2732  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  33.19 
 
 
455 aa  235  1.0000000000000001e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.106546  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1592  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  32.84 
 
 
429 aa  235  1.0000000000000001e-60  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000486202  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0963  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  32.9 
 
 
442 aa  234  2.0000000000000002e-60  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3205  hypothetical protein  33.55 
 
 
445 aa  234  2.0000000000000002e-60  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000023464  hitchhiker  3.0015199999999995e-20 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1095  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  33.2 
 
 
473 aa  234  2.0000000000000002e-60  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0866637 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0865  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  34.89 
 
 
440 aa  234  2.0000000000000002e-60  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0318613  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0618  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  32.83 
 
 
448 aa  234  3e-60  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000754849  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1025  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  33.95 
 
 
433 aa  233  5e-60  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.813856  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0735  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  31.56 
 
 
463 aa  233  5e-60  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.512918  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2965  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  32.69 
 
 
441 aa  232  1e-59  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000711639  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3605  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  33.62 
 
 
436 aa  232  1e-59  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.757621 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3094  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  32.03 
 
 
450 aa  232  1e-59  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000316014  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3205  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  31.56 
 
 
447 aa  231  3e-59  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.112948  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3092  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  32.77 
 
 
435 aa  231  3e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.949904  normal  0.038543 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0982  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  34.06 
 
 
441 aa  230  4e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.195004  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1003  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  34.06 
 
 
441 aa  230  5e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.902435  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0953  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  34.06 
 
 
441 aa  230  5e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.433184  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0894  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  34.06 
 
 
441 aa  230  5e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.917524  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0920  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  34.06 
 
 
441 aa  230  5e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0795  hypothetical protein  32.25 
 
 
483 aa  229  7e-59  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0651  RNA modification enzyme, MiaB family  31.28 
 
 
480 aa  229  8e-59  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.455802  normal  0.358579 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0502  hypothetical protein  34.48 
 
 
433 aa  228  2e-58  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0653  2-methylthioadenine synthetase  33.64 
 
 
437 aa  228  2e-58  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.835098  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1585  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  32.4 
 
 
444 aa  228  2e-58  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.678841  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0713  hypothetical protein  34.1 
 
 
438 aa  227  3e-58  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0506  hypothetical protein  31.84 
 
 
430 aa  227  4e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.912527  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1737  hypothetical protein  32.64 
 
 
439 aa  227  4e-58  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7848  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  31.56 
 
 
529 aa  227  4e-58  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.329972 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2455  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  29.6 
 
 
440 aa  227  4e-58  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000298883  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2510  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  33.19 
 
 
441 aa  226  5.0000000000000005e-58  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.105116  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1392  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  32.84 
 
 
447 aa  226  6e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00802  predicted SAM-dependent methyltransferase  33.19 
 
 
441 aa  226  7e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2807  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  33.19 
 
 
441 aa  226  7e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.929546  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2807  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  33.19 
 
 
441 aa  226  7e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0906  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  33.19 
 
 
441 aa  226  7e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0895  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  33.19 
 
 
441 aa  226  7e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.465773  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0862  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  33.19 
 
 
441 aa  226  7e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.746353  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00819  hypothetical protein  33.19 
 
 
441 aa  226  7e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0988  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  33.19 
 
 
441 aa  226  7e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.479636  normal  0.703934 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5359  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  34.26 
 
 
437 aa  226  8e-58  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0599  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  32.4 
 
 
472 aa  226  9e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0485  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  31.75 
 
 
493 aa  226  9e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.926409 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3120  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  33.98 
 
 
443 aa  225  1e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1673  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  32.9 
 
 
442 aa  225  2e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.548183  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4596  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  33.12 
 
 
440 aa  224  2e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52420  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  32.69 
 
 
440 aa  224  2e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3199  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  30.6 
 
 
449 aa  224  3e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1944  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  32.9 
 
 
437 aa  224  3e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.41308  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0538  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  32.4 
 
 
472 aa  224  3e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0253  2-methylthioadenine synthetase  32.83 
 
 
444 aa  224  3e-57  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.484105  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37650  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  31.45 
 
 
440 aa  224  4e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0435  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  30.95 
 
 
436 aa  224  4e-57  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0517  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  32.4 
 
 
472 aa  223  4.9999999999999996e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3306  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  31.22 
 
 
484 aa  223  7e-57  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.434461  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4019  conserved hypothetical protein TIGR01125  32.62 
 
 
443 aa  222  9e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0258  conserved hypothetical protein, radical SAM domain family (UPF0004 domain protein)  33.02 
 
 
438 aa  222  9.999999999999999e-57  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25170  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG, TIGR01125  31.39 
 
 
480 aa  222  9.999999999999999e-57  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3568  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  30.96 
 
 
471 aa  221  1.9999999999999999e-56  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.192858  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>