More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tfu_2162 on replicon NC_007333
Organism: Thermobifida fusca YX



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007333  Tfu_2162  glutamate racemase  100 
 
 		 256 aa  493  1e-139  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3341  Glutamate racemase  66.54 
 
 		 261 aa  260  1e-68  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0263936  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0099  Glutamate racemase  48.24 
 
 		 265 aa  176  2e-43  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3247  glutamate racemase  40.49 
 
 		 266 aa  127  1.0000000000000001e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1257  glutamate racemase  33.05 
 
 		 256 aa  124  1e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.402225  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1755  glutamate racemase  33.2 
 
 		 266 aa  124  1e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000954192  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2045  glutamate racemase  36.02 
 
 		 281 aa  123  3e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.36787  normal  0.0203699 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00256  glutamate racemase  34.02 
 
 		 268 aa  118  9e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1752  glutamate racemase  39.18 
 
 		 276 aa  118  9.999999999999999e-26  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2893  glutamate racemase  28.57 
 
 		 260 aa  116  3e-25  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2597  glutamate racemase  34.92 
 
 		 271 aa  115  7.999999999999999e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002158  glutamate racemase  34.3 
 
 		 267 aa  115  1.0000000000000001e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000004702  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1276  glutamate racemase  33.33 
 
 		 271 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.696646  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2572  glutamate racemase  28.57 
 
 		 260 aa  114  2.0000000000000002e-24  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4214  glutamate racemase  35.1 
 
 		 254 aa  114  2.0000000000000002e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1207  glutamate racemase  38.46 
 
 		 268 aa  112  7.000000000000001e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0139  glutamate racemase  34.88 
 
 		 266 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000684264  normal  0.0718658 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1295  glutamate racemase  37.12 
 
 		 276 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0764463 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1140  glutamate racemase  33.2 
 
 		 268 aa  109  3e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1521  glutamate racemase  38.57 
 
 		 272 aa  109  4.0000000000000004e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00432739  normal  0.0343831 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0764  glutamate racemase  32.5 
 
 		 265 aa  108  7.000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2156  glutamate racemase  31.28 
 
 		 275 aa  108  7.000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.185114  normal  0.250573 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0736  glutamate racemase  32.92 
 
 		 265 aa  107  1e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0952  glutamate racemase  32.86 
 
 		 271 aa  107  1e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.44485  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2541  glutamate racemase  36.92 
 
 		 272 aa  107  1e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00114878 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4289  glutamate racemase  36.69 
 
 		 281 aa  107  1e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.244249 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0180  glutamate racemase  35.07 
 
 		 273 aa  107  1e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000177762  normal  0.815538 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0624  glutamate racemase  34.42 
 
 		 270 aa  106  3e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000306047  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3846  glutamate racemase  36.87 
 
 		 280 aa  106  4e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3920  glutamate racemase  36.87 
 
 		 280 aa  106  4e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0590  glutamate racemase  31.34 
 
 		 253 aa  106  4e-22  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.348712  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4745  glutamate racemase  31.45 
 
 		 263 aa  105  5e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.13389  normal  0.141854 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2517  glutamate racemase  36.63 
 
 		 269 aa  105  5e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0179  glutamate racemase  35.07 
 
 		 272 aa  105  5e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000377093  normal  0.781333 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11368  glutamate racemase  36.41 
 
 		 271 aa  105  6e-22  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000110986  normal  0.482837 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0174  glutamate racemase  34.6 
 
 		 272 aa  105  6e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000222817  normal  0.0305567 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3832  glutamate racemase  36.57 
 
 		 280 aa  105  8e-22  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.131097 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3782  glutamate racemase  34.12 
 
 		 295 aa  105  9e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.0000154676  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0278  glutamate racemase  28.46 
 
 		 264 aa  105  9e-22  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.424849  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0357  glutamate racemase  36.15 
 
 		 312 aa  105  9e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.264447  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5384  glutamate racemase  33.46 
 
 		 265 aa  105  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.571769  normal  0.572623 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1240  glutamate racemase  30.77 
 
 		 282 aa  104  1e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2339  glutamate racemase  33.07 
 
 		 265 aa  104  1e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000177868  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1326  glutamate racemase  37.95 
 
 		 287 aa  104  1e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.219508  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2884  glutamate racemase  32.81 
 
 		 272 aa  104  1e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.297231 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0777  glutamate racemase  32.08 
 
 		 265 aa  103  2e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3509  glutamate racemase  33.49 
 
 		 268 aa  104  2e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00151792  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2356  glutamate racemase  38.36 
 
 		 278 aa  103  2e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0280232  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2251  glutamate racemase  36.95 
 
 		 290 aa  103  2e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0194593  normal  0.0243965 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0207  glutamate racemase  32.48 
 
 		 302 aa  103  3e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41440  glutamate racemase  33.75 
 
 		 263 aa  103  4e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.420201  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0126  glutamate racemase  32.33 
 
 		 259 aa  102  5e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000153552  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2884  glutamate racemase  33.94 
 
 		 265 aa  102  6e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00254237  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2842  glutamate racemase  34.17 
 
 		 269 aa  102  7e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.446044  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2463  glutamate racemase  34.17 
 
 		 269 aa  102  7e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.794821  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0193  glutamate racemase  34.58 
 
 		 285 aa  102  8e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00438881  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1112  glutamate racemase  32.11 
 
 		 275 aa  101  1e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3847  glutamate racemase  38.39 
 
 		 305 aa  101  1e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.671121  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4337  glutamate racemase  35.48 
 
 		 282 aa  100  2e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000357145  hitchhiker  0.00000147212 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0199  glutamate racemase  33.8 
 
 		 285 aa  100  2e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000337886  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0754  glutamate racemase  31.58 
 
 		 268 aa  100  2e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1080  glutamate racemase  32.86 
 
 		 292 aa  100  2e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.878635  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4709  glutamate racemase  35.38 
 
 		 266 aa  100  3e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000583223  normal  0.0898893 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1453  glutamate racemase  29.03 
 
 		 267 aa  100  3e-20  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.010969  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1063  glutamate racemase  31.94 
 
 		 263 aa  99.8  4e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0133  glutamate racemase  33.33 
 
 		 290 aa  99  7e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00475482  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1992  glutamate racemase  32.51 
 
 		 266 aa  98.6  9e-20  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1448  glutamate racemase, putative  27.66 
 
 		 271 aa  97.8  1e-19  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1613  glutamate racemase  33.33 
 
 		 272 aa  97.8  1e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.572761  normal  0.655413 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1338  glutamate racemase  38.02 
 
 		 267 aa  98.2  1e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.537109  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0629  glutamate racemase  28.7 
 
 		 268 aa  97.4  2e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0165  glutamate racemase  33.03 
 
 		 268 aa  97.4  2e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000122262  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2338  glutamate racemase  34.82 
 
 		 270 aa  97.1  2e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.34847  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3000  glutamate racemase  32.31 
 
 		 270 aa  97.8  2e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2265  glutamate racemase  35.78 
 
 		 288 aa  97.1  3e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1403  glutamate racemase  31.34 
 
 		 271 aa  97.1  3e-19  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.011176  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0609  glutamate racemase  33.01 
 
 		 291 aa  97.1  3e-19  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.765975  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0181  glutamate racemase  34.74 
 
 		 274 aa  96.3  4e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000024601  hitchhiker  0.0092557 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0177  glutamate racemase  34.74 
 
 		 274 aa  96.3  4e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000496539  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1969  glutamate racemase  37.62 
 
 		 254 aa  96.7  4e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3790  glutamate racemase  31.84 
 
 		 270 aa  96.3  5e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0490998  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4537  glutamate racemase  35.05 
 
 		 260 aa  95.9  5e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00762513  hitchhiker  0.0000000000462365 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4373  glutamate racemase  35.05 
 
 		 260 aa  95.9  5e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000518556  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4463  glutamate racemase  35.05 
 
 		 260 aa  95.9  5e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.0000170429  hitchhiker  0.00000000000595997 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0143  glutamate racemase  34.12 
 
 		 287 aa  95.9  5e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000547214  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4453  glutamate racemase  32.09 
 
 		 265 aa  95.9  5e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0590  glutamate racemase  33.59 
 
 		 293 aa  95.9  6e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.169456  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1780  glutamate racemase  33.33 
 
 		 264 aa  95.9  6e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0073  glutamate racemase  34.86 
 
 		 286 aa  95.9  6e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0781  glutamate racemase  36.48 
 
 		 291 aa  95.9  6e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.264959 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4342  glutamate racemase  34.35 
 
 		 260 aa  95.9  6e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.000000513683  normal  0.657896 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08350  glutamate racemase  34.09 
 
 		 310 aa  95.9  6e-19  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1934  glutamate racemase  33.74 
 
 		 290 aa  95.5  7e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2221  glutamate racemase  34.27 
 
 		 285 aa  95.5  7e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0226254  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4075  glutamate racemase  34.74 
 
 		 274 aa  95.5  7e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000696712  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0524  glutamate racemase  33.74 
 
 		 290 aa  95.5  8e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4177  glutamate racemase  34.12 
 
 		 274 aa  95.5  8e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000486061  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4072  glutamate racemase  33.65 
 
 		 287 aa  94.7  1e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.0000000000383263  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2022  glutamate racemase  33.19 
 
 		 288 aa  95.1  1e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1799  glutamate racemase  36.36 
 
 		 277 aa  94.7  1e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.627391  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>