More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1780 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1780  glutamate racemase  100 
 
 		 264 aa  521  1e-147  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3694  glutamate racemase  79.55 
 
 		 264 aa  401  1e-111  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5384  glutamate racemase  77.36 
 
 		 265 aa  394  1e-109  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.571769  normal  0.572623 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1768  glutamate racemase  76.87 
 
 		 266 aa  387  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.454909  normal  0.641778 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1606  glutamate racemase  73.31 
 
 		 265 aa  347  1e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1645  glutamate racemase  69.81 
 
 		 265 aa  330  1e-89  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1317  glutamate racemase  68.13 
 
 		 271 aa  326  3e-88  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3847  glutamate racemase  61.32 
 
 		 305 aa  283  2.0000000000000002e-75  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.671121  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0781  glutamate racemase  61.73 
 
 		 291 aa  271  7e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.264959 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2251  glutamate racemase  62.86 
 
 		 290 aa  271  8.000000000000001e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0194593  normal  0.0243965 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0357  glutamate racemase  60.98 
 
 		 312 aa  263  3e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.264447  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1326  glutamate racemase  59.91 
 
 		 287 aa  261  8.999999999999999e-69  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.219508  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1516  glutamate racemase  54.34 
 
 		 271 aa  256  2e-67  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3541  glutamate racemase  58.46 
 
 		 286 aa  252  5.000000000000001e-66  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.476153 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3412  glutamate racemase  63.23 
 
 		 286 aa  251  9.000000000000001e-66  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3217  glutamate racemase  58.3 
 
 		 291 aa  251  9.000000000000001e-66  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0396  glutamate racemase  57.69 
 
 		 279 aa  248  8e-65  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.971705 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1996  glutamate racemase  59.19 
 
 		 278 aa  247  1e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1195  glutamate racemase  58.37 
 
 		 277 aa  244  8e-64  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1157  glutamate racemase  57.92 
 
 		 277 aa  240  2e-62  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.553374  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1269  glutamate racemase  53.64 
 
 		 274 aa  240  2e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.888431  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1949  glutamate racemase  52.29 
 
 		 266 aa  238  1e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.513252  normal  0.377399 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2160  glutamate racemase  51.54 
 
 		 267 aa  236  3e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0454609  normal  0.382904 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1916  glutamate racemase  49.25 
 
 		 269 aa  232  6e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0827  glutamate racemase  49.34 
 
 		 271 aa  216  2.9999999999999998e-55  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0389659  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1613  glutamate racemase  45.05 
 
 		 272 aa  190  2e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.572761  normal  0.655413 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1453  glutamate racemase  39.17 
 
 		 267 aa  189  2.9999999999999997e-47  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.010969  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0133  glutamate racemase  44.14 
 
 		 290 aa  182  4.0000000000000006e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00475482  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4769  glutamate racemase  39.84 
 
 		 287 aa  177  1e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000510238  normal  0.0239463 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00256  glutamate racemase  40.98 
 
 		 268 aa  178  1e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002158  glutamate racemase  41.74 
 
 		 267 aa  176  4e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000004702  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2339  glutamate racemase  42.22 
 
 		 265 aa  176  4e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000177868  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0143  glutamate racemase  43.05 
 
 		 287 aa  175  8e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000547214  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0174  glutamate racemase  44.09 
 
 		 272 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000222817  normal  0.0305567 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4072  glutamate racemase  42.6 
 
 		 287 aa  173  1.9999999999999998e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.0000000000383263  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3782  glutamate racemase  43.24 
 
 		 295 aa  172  3.9999999999999995e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.0000154676  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0180  glutamate racemase  40.74 
 
 		 273 aa  172  5e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000177762  normal  0.815538 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4342  glutamate racemase  40.32 
 
 		 260 aa  171  7.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.000000513683  normal  0.657896 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4373  glutamate racemase  40.32 
 
 		 260 aa  171  7.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000518556  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4537  glutamate racemase  40.32 
 
 		 260 aa  171  9e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00762513  hitchhiker  0.0000000000462365 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4075  glutamate racemase  42.27 
 
 		 274 aa  171  1e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000696712  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4463  glutamate racemase  41.13 
 
 		 260 aa  171  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.0000170429  hitchhiker  0.00000000000595997 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0199  glutamate racemase  41.85 
 
 		 285 aa  171  1e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000337886  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4460  glutamate racemase  39.92 
 
 		 260 aa  170  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00398465  hitchhiker  0.000459053 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0207  glutamate racemase  42.73 
 
 		 302 aa  170  2e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0177  glutamate racemase  42.27 
 
 		 274 aa  170  2e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000496539  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0193  glutamate racemase  42.29 
 
 		 285 aa  171  2e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00438881  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0181  glutamate racemase  42.27 
 
 		 274 aa  170  2e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000024601  hitchhiker  0.0092557 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4177  glutamate racemase  41.82 
 
 		 274 aa  169  4e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000486061  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3509  glutamate racemase  42.67 
 
 		 268 aa  169  4e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00151792  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0179  glutamate racemase  42.73 
 
 		 272 aa  169  4e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000377093  normal  0.781333 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0165  glutamate racemase  40.72 
 
 		 268 aa  168  6e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000122262  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3824  glutamate racemase  47.06 
 
 		 264 aa  168  9e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0482316  normal  0.0601496 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0232  glutamate racemase  42.15 
 
 		 277 aa  167  2e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000508837  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4709  glutamate racemase  41.36 
 
 		 266 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000583223  normal  0.0898893 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0055  glutamate racemase  44.14 
 
 		 272 aa  166  2.9999999999999998e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0124044  normal  0.0422358 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0629  glutamate racemase  37.6 
 
 		 268 aa  166  4e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4201  glutamate racemase  39.6 
 
 		 285 aa  166  4e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000637876  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4508  glutamate racemase  39.6 
 
 		 285 aa  166  4e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000739162  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3000  glutamate racemase  42.08 
 
 		 270 aa  163  3e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03852  glutamate racemase  39.2 
 
 		 285 aa  162  7e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000349509  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4019  glutamate racemase  39.2 
 
 		 285 aa  162  7e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000548786  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0139  glutamate racemase  41.52 
 
 		 266 aa  162  7e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000684264  normal  0.0718658 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03801  hypothetical protein  39.2 
 
 		 285 aa  162  7e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000631879  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2884  glutamate racemase  40.26 
 
 		 265 aa  161  1e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00254237  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4453  glutamate racemase  38.71 
 
 		 262 aa  159  4e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.00000000114143  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4019  glutamate racemase  40 
 
 		 283 aa  159  5e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.0000000394018  decreased coverage  0.00413197 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4414  glutamate racemase  38.71 
 
 		 262 aa  159  6e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000386576  hitchhiker  0.00203904 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5431  glutamate racemase  38.71 
 
 		 262 aa  159  6e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000134929  normal  0.011427 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4049  glutamate racemase  38.71 
 
 		 262 aa  157  1e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.0000985082  hitchhiker  0.00105289 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4337  glutamate racemase  40.18 
 
 		 282 aa  156  3e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000357145  hitchhiker  0.00000147212 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0126  glutamate racemase  37.78 
 
 		 259 aa  152  5e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000153552  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1338  glutamate racemase  43.08 
 
 		 267 aa  152  8e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.537109  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0194  glutamate racemase  37.34 
 
 		 266 aa  150  2e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000010481  normal  0.0134241 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0124  glutamate racemase  42 
 
 		 240 aa  150  3e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.000000284892  normal  0.0743553 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1799  glutamate racemase  40.47 
 
 		 277 aa  149  5e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.627391  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0153  glutamate racemase  32.59 
 
 		 274 aa  147  2.0000000000000003e-34  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  hitchhiker  0.000846216  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1207  glutamate racemase  46.82 
 
 		 268 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2226  glutamate racemase  43.12 
 
 		 281 aa  146  3e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1448  glutamate racemase, putative  34.7 
 
 		 271 aa  131  1.0000000000000001e-29  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1687  glutamate racemase  30.36 
 
 		 259 aa  124  1e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1240  glutamate racemase  34.02 
 
 		 282 aa  124  1e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1755  glutamate racemase  32.78 
 
 		 266 aa  124  1e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000954192  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1295  glutamate racemase  37.78 
 
 		 276 aa  124  1e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0764463 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0754  glutamate racemase  33.18 
 
 		 268 aa  124  2e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1063  glutamate racemase  35.57 
 
 		 263 aa  121  9e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0404  glutamate racemase  32.17 
 
 		 280 aa  121  9.999999999999999e-27  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1783  glutamate racemase  32.17 
 
 		 280 aa  121  9.999999999999999e-27  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1140  glutamate racemase  32.24 
 
 		 268 aa  121  9.999999999999999e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1112  glutamate racemase  32.67 
 
 		 275 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2022  glutamate racemase  37.73 
 
 		 288 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2517  glutamate racemase  39.11 
 
 		 269 aa  120  3e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3675  glutamate racemase  30.25 
 
 		 258 aa  119  3.9999999999999996e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00345939  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2509  glutamate racemase  36.44 
 
 		 291 aa  119  3.9999999999999996e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.194908 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04380  Glutamate racemase  29.11 
 
 		 263 aa  117  9.999999999999999e-26  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1088  glutamate racemase  32.73 
 
 		 266 aa  117  9.999999999999999e-26  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.105005 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2597  glutamate racemase  32.95 
 
 		 271 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1521  glutamate racemase  38.46 
 
 		 272 aa  117  1.9999999999999998e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00432739  normal  0.0343831 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1467  glutamate racemase  34.91 
 
 		 292 aa  116  3.9999999999999997e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0107271  normal  0.23474 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41440  glutamate racemase  34.96 
 
 		 263 aa  116  5e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.420201  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>