More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_0357 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_0357  glutamate racemase  100 
 
 
312 aa  602  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.264447  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2251  glutamate racemase  83.85 
 
 
290 aa  429  1e-119  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0194593  normal  0.0243965 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0781  glutamate racemase  65.53 
 
 
291 aa  338  5e-92  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.264959 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3217  glutamate racemase  66.55 
 
 
291 aa  331  9e-90  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3541  glutamate racemase  66.32 
 
 
286 aa  322  4e-87  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.476153 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3412  glutamate racemase  66.78 
 
 
286 aa  315  5e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0396  glutamate racemase  59.85 
 
 
279 aa  289  3e-77  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.971705 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1326  glutamate racemase  57.3 
 
 
287 aa  285  9e-76  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.219508  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5384  glutamate racemase  64.16 
 
 
265 aa  275  7e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.571769  normal  0.572623 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3847  glutamate racemase  61.32 
 
 
305 aa  275  8e-73  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.671121  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1780  glutamate racemase  60.98 
 
 
264 aa  274  1.0000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1768  glutamate racemase  60.62 
 
 
266 aa  273  3e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.454909  normal  0.641778 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3694  glutamate racemase  61.66 
 
 
264 aa  265  5.999999999999999e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1606  glutamate racemase  66.06 
 
 
265 aa  261  1e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1996  glutamate racemase  58.12 
 
 
278 aa  255  6e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1157  glutamate racemase  56.54 
 
 
277 aa  251  1e-65  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.553374  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1195  glutamate racemase  56.54 
 
 
277 aa  250  3e-65  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0827  glutamate racemase  55.36 
 
 
271 aa  248  1e-64  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0389659  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1516  glutamate racemase  55.37 
 
 
271 aa  246  3e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2160  glutamate racemase  52.8 
 
 
267 aa  240  2e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0454609  normal  0.382904 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1645  glutamate racemase  56.92 
 
 
265 aa  240  2.9999999999999997e-62  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1269  glutamate racemase  54.13 
 
 
274 aa  239  4e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.888431  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1317  glutamate racemase  56.18 
 
 
271 aa  239  5.999999999999999e-62  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1916  glutamate racemase  51.41 
 
 
269 aa  238  8e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1949  glutamate racemase  53.09 
 
 
266 aa  238  1e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.513252  normal  0.377399 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0133  glutamate racemase  46.46 
 
 
290 aa  201  9.999999999999999e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00475482  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0207  glutamate racemase  39.32 
 
 
302 aa  199  7e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1613  glutamate racemase  45.41 
 
 
272 aa  198  7e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.572761  normal  0.655413 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2884  glutamate racemase  43.95 
 
 
265 aa  198  9e-50  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00254237  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0232  glutamate racemase  46.9 
 
 
277 aa  192  4e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000508837  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0165  glutamate racemase  41 
 
 
268 aa  192  8e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000122262  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2339  glutamate racemase  45.25 
 
 
265 aa  191  1e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000177868  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4337  glutamate racemase  38.66 
 
 
282 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000357145  hitchhiker  0.00000147212 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3782  glutamate racemase  45.13 
 
 
295 aa  189  4e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.0000154676  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0174  glutamate racemase  41.44 
 
 
272 aa  189  4e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000222817  normal  0.0305567 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0180  glutamate racemase  41.29 
 
 
273 aa  189  4e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000177762  normal  0.815538 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0181  glutamate racemase  46.33 
 
 
274 aa  189  5e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000024601  hitchhiker  0.0092557 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4177  glutamate racemase  46.33 
 
 
274 aa  189  5e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000486061  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0177  glutamate racemase  46.33 
 
 
274 aa  189  5e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000496539  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4769  glutamate racemase  46.61 
 
 
287 aa  188  1e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000510238  normal  0.0239463 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0179  glutamate racemase  40.46 
 
 
272 aa  188  1e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000377093  normal  0.781333 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3509  glutamate racemase  41.6 
 
 
268 aa  187  2e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00151792  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002158  glutamate racemase  45.41 
 
 
267 aa  187  2e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000004702  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0629  glutamate racemase  37.31 
 
 
268 aa  187  3e-46  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4075  glutamate racemase  45.87 
 
 
274 aa  187  3e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000696712  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1453  glutamate racemase  40.45 
 
 
267 aa  186  4e-46  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.010969  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0126  glutamate racemase  41.11 
 
 
259 aa  186  5e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000153552  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0194  glutamate racemase  44.1 
 
 
266 aa  185  8e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000010481  normal  0.0134241 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00256  glutamate racemase  42.68 
 
 
268 aa  185  9e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0139  glutamate racemase  41.09 
 
 
266 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000684264  normal  0.0718658 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03852  glutamate racemase  43.46 
 
 
285 aa  183  3e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000349509  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4019  glutamate racemase  43.46 
 
 
285 aa  183  3e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000548786  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03801  hypothetical protein  43.46 
 
 
285 aa  183  3e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000631879  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0199  glutamate racemase  41.33 
 
 
285 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000337886  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4342  glutamate racemase  44 
 
 
260 aa  182  5.0000000000000004e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.000000513683  normal  0.657896 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4373  glutamate racemase  44 
 
 
260 aa  182  6e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000518556  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0193  glutamate racemase  44.69 
 
 
285 aa  182  6e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00438881  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4537  glutamate racemase  44 
 
 
260 aa  182  7e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00762513  hitchhiker  0.0000000000462365 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4463  glutamate racemase  43.48 
 
 
260 aa  181  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.0000170429  hitchhiker  0.00000000000595997 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4508  glutamate racemase  44.67 
 
 
285 aa  181  2e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000739162  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4201  glutamate racemase  44.67 
 
 
285 aa  181  2e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000637876  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4019  glutamate racemase  47.81 
 
 
283 aa  181  2e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.0000000394018  decreased coverage  0.00413197 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4460  glutamate racemase  43.6 
 
 
260 aa  181  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00398465  hitchhiker  0.000459053 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4049  glutamate racemase  43.48 
 
 
262 aa  180  2e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.0000985082  hitchhiker  0.00105289 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3824  glutamate racemase  43.3 
 
 
264 aa  177  2e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0482316  normal  0.0601496 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4414  glutamate racemase  44.73 
 
 
262 aa  177  2e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000386576  hitchhiker  0.00203904 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5431  glutamate racemase  44.73 
 
 
262 aa  177  2e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000134929  normal  0.011427 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0143  glutamate racemase  41.56 
 
 
287 aa  177  3e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000547214  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4072  glutamate racemase  41.13 
 
 
287 aa  176  6e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.0000000000383263  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4709  glutamate racemase  42.6 
 
 
266 aa  176  7e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000583223  normal  0.0898893 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4453  glutamate racemase  44.3 
 
 
262 aa  175  9e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.00000000114143  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3000  glutamate racemase  38.84 
 
 
270 aa  168  1e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0055  glutamate racemase  43.64 
 
 
272 aa  168  1e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0124044  normal  0.0422358 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1207  glutamate racemase  44.74 
 
 
268 aa  166  6.9999999999999995e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1799  glutamate racemase  41.6 
 
 
277 aa  165  9e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.627391  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1338  glutamate racemase  45.45 
 
 
267 aa  162  9e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.537109  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0153  glutamate racemase  30.59 
 
 
274 aa  159  5e-38  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  hitchhiker  0.000846216  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2226  glutamate racemase  43.78 
 
 
281 aa  158  9e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0124  glutamate racemase  40.38 
 
 
240 aa  150  3e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.000000284892  normal  0.0743553 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1063  glutamate racemase  41.28 
 
 
263 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1295  glutamate racemase  38.85 
 
 
276 aa  137  2e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0764463 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1521  glutamate racemase  41.47 
 
 
272 aa  135  6.0000000000000005e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00432739  normal  0.0343831 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1140  glutamate racemase  33.05 
 
 
268 aa  136  6.0000000000000005e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1112  glutamate racemase  37.66 
 
 
275 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1687  glutamate racemase  32.87 
 
 
259 aa  133  3.9999999999999996e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4745  glutamate racemase  36.16 
 
 
263 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.13389  normal  0.141854 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1240  glutamate racemase  34.41 
 
 
282 aa  131  1.0000000000000001e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2517  glutamate racemase  41.52 
 
 
269 aa  131  2.0000000000000002e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04380  Glutamate racemase  33.48 
 
 
263 aa  130  3e-29  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2274  glutamate racemase  36.8 
 
 
270 aa  130  3e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0643046  hitchhiker  0.00406767 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2085  glutamate racemase  39.46 
 
 
271 aa  130  3e-29  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0754  glutamate racemase  33.33 
 
 
268 aa  129  5.0000000000000004e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4404  glutamate racemase  33.61 
 
 
295 aa  129  7.000000000000001e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2541  glutamate racemase  37.84 
 
 
272 aa  128  1.0000000000000001e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00114878 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0952  glutamate racemase  37.33 
 
 
271 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.44485  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1755  glutamate racemase  28.84 
 
 
266 aa  127  3e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000954192  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41440  glutamate racemase  37.87 
 
 
263 aa  126  4.0000000000000003e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.420201  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1080  glutamate racemase  37.96 
 
 
292 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.878635  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0764  glutamate racemase  38.05 
 
 
265 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0624  glutamate racemase  36.77 
 
 
270 aa  125  1e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000306047  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>