More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_002158 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013456  VEA_002158  glutamate racemase  100 
 
 		 267 aa  538  9.999999999999999e-153  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000004702  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00256  glutamate racemase  85.82 
 
 		 268 aa  463  1e-129  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2339  glutamate racemase  67.55 
 
 		 265 aa  359  2e-98  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000177868  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2884  glutamate racemase  54.83 
 
 		 265 aa  281  6.000000000000001e-75  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00254237  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4769  glutamate racemase  52.53 
 
 		 287 aa  251  1e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000510238  normal  0.0239463 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3509  glutamate racemase  51.35 
 
 		 268 aa  247  1e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00151792  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4460  glutamate racemase  52.94 
 
 		 260 aa  245  6e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00398465  hitchhiker  0.000459053 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0199  glutamate racemase  57.73 
 
 		 285 aa  245  6e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000337886  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4373  glutamate racemase  52.94 
 
 		 260 aa  244  8e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000518556  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4537  glutamate racemase  52.94 
 
 		 260 aa  244  8e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00762513  hitchhiker  0.0000000000462365 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4463  glutamate racemase  52.94 
 
 		 260 aa  244  9e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.0000170429  hitchhiker  0.00000000000595997 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4342  glutamate racemase  52.94 
 
 		 260 aa  244  9e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.000000513683  normal  0.657896 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0207  glutamate racemase  52.31 
 
 		 302 aa  243  1.9999999999999999e-63  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0180  glutamate racemase  51.74 
 
 		 273 aa  243  1.9999999999999999e-63  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000177762  normal  0.815538 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0193  glutamate racemase  51.36 
 
 		 285 aa  242  5e-63  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00438881  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0179  glutamate racemase  57.94 
 
 		 272 aa  242  5e-63  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000377093  normal  0.781333 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0177  glutamate racemase  57.6 
 
 		 274 aa  241  7.999999999999999e-63  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000496539  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4177  glutamate racemase  49.81 
 
 		 274 aa  241  7.999999999999999e-63  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000486061  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0181  glutamate racemase  57.6 
 
 		 274 aa  241  9e-63  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000024601  hitchhiker  0.0092557 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4075  glutamate racemase  49.44 
 
 		 274 aa  239  2e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000696712  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0174  glutamate racemase  56.94 
 
 		 272 aa  239  2.9999999999999997e-62  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000222817  normal  0.0305567 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0133  glutamate racemase  51.16 
 
 		 290 aa  237  1e-61  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00475482  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0232  glutamate racemase  50.57 
 
 		 277 aa  237  1e-61  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000508837  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0143  glutamate racemase  51.37 
 
 		 287 aa  236  2e-61  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000547214  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4072  glutamate racemase  51.37 
 
 		 287 aa  237  2e-61  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.0000000000383263  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3782  glutamate racemase  50.19 
 
 		 295 aa  234  8e-61  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.0000154676  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4709  glutamate racemase  49.21 
 
 		 266 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000583223  normal  0.0898893 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0165  glutamate racemase  49.61 
 
 		 268 aa  232  4.0000000000000004e-60  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000122262  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03852  glutamate racemase  51.75 
 
 		 285 aa  231  8.000000000000001e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000349509  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4019  glutamate racemase  51.75 
 
 		 285 aa  231  8.000000000000001e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000548786  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0194  glutamate racemase  48.88 
 
 		 266 aa  231  8.000000000000001e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000010481  normal  0.0134241 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03801  hypothetical protein  51.75 
 
 		 285 aa  231  8.000000000000001e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000631879  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4337  glutamate racemase  48.5 
 
 		 282 aa  229  3e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000357145  hitchhiker  0.00000147212 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4049  glutamate racemase  51.76 
 
 		 262 aa  229  3e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.0000985082  hitchhiker  0.00105289 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4508  glutamate racemase  51.16 
 
 		 285 aa  229  4e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000739162  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4201  glutamate racemase  51.16 
 
 		 285 aa  229  4e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000637876  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5431  glutamate racemase  51.76 
 
 		 262 aa  229  4e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000134929  normal  0.011427 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0629  glutamate racemase  46.24 
 
 		 268 aa  227  1e-58  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4414  glutamate racemase  51.37 
 
 		 262 aa  227  1e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000386576  hitchhiker  0.00203904 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4453  glutamate racemase  51.76 
 
 		 262 aa  227  2e-58  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.00000000114143  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1453  glutamate racemase  47.18 
 
 		 267 aa  227  2e-58  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.010969  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0126  glutamate racemase  49 
 
 		 259 aa  223  2e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000153552  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4019  glutamate racemase  51.36 
 
 		 283 aa  217  1e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.0000000394018  decreased coverage  0.00413197 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0139  glutamate racemase  50.66 
 
 		 266 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000684264  normal  0.0718658 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0124  glutamate racemase  49.57 
 
 		 240 aa  204  2e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.000000284892  normal  0.0743553 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0781  glutamate racemase  41.7 
 
 		 291 aa  191  1e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.264959 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5384  glutamate racemase  42.34 
 
 		 265 aa  185  8e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.571769  normal  0.572623 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1326  glutamate racemase  43.72 
 
 		 287 aa  184  1.0000000000000001e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.219508  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3847  glutamate racemase  44.75 
 
 		 305 aa  184  1.0000000000000001e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.671121  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1613  glutamate racemase  45.95 
 
 		 272 aa  179  5.999999999999999e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.572761  normal  0.655413 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0153  glutamate racemase  37.55 
 
 		 274 aa  178  7e-44  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  hitchhiker  0.000846216  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0357  glutamate racemase  45.41 
 
 		 312 aa  177  1e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.264447  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2251  glutamate racemase  45.41 
 
 		 290 aa  176  4e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0194593  normal  0.0243965 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1780  glutamate racemase  41.74 
 
 		 264 aa  176  4e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2226  glutamate racemase  42.65 
 
 		 281 aa  175  7e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0827  glutamate racemase  41.96 
 
 		 271 aa  174  9e-43  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0389659  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1799  glutamate racemase  42.29 
 
 		 277 aa  173  2.9999999999999996e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.627391  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1207  glutamate racemase  44.59 
 
 		 268 aa  172  3.9999999999999995e-42  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3412  glutamate racemase  44.84 
 
 		 286 aa  171  1e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1338  glutamate racemase  42.46 
 
 		 267 aa  170  2e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.537109  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3824  glutamate racemase  43.95 
 
 		 264 aa  169  3e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0482316  normal  0.0601496 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3541  glutamate racemase  44.39 
 
 		 286 aa  166  5e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.476153 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3217  glutamate racemase  44.39 
 
 		 291 aa  164  9e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2160  glutamate racemase  41.63 
 
 		 267 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0454609  normal  0.382904 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0396  glutamate racemase  41.7 
 
 		 279 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.971705 
 
 
-
 
NC_004310  BR1195  glutamate racemase  37.9 
 
 		 277 aa  164  2.0000000000000002e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1317  glutamate racemase  44.7 
 
 		 271 aa  163  2.0000000000000002e-39  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3000  glutamate racemase  46.79 
 
 		 270 aa  163  3e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1645  glutamate racemase  40.41 
 
 		 265 aa  162  4.0000000000000004e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1157  glutamate racemase  37.5 
 
 		 277 aa  162  6e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.553374  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3694  glutamate racemase  40 
 
 		 264 aa  162  6e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1606  glutamate racemase  44.14 
 
 		 265 aa  161  1e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1996  glutamate racemase  39.01 
 
 		 278 aa  160  3e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1516  glutamate racemase  37.86 
 
 		 271 aa  159  4e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1768  glutamate racemase  38.67 
 
 		 266 aa  156  3e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.454909  normal  0.641778 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1269  glutamate racemase  40.43 
 
 		 274 aa  156  3e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.888431  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1916  glutamate racemase  35.39 
 
 		 269 aa  154  1e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1949  glutamate racemase  39.64 
 
 		 266 aa  154  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.513252  normal  0.377399 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0055  glutamate racemase  34.48 
 
 		 272 aa  149  5e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0124044  normal  0.0422358 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1295  glutamate racemase  36.64 
 
 		 276 aa  145  8.000000000000001e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0764463 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1140  glutamate racemase  40.55 
 
 		 268 aa  140  9.999999999999999e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0754  glutamate racemase  38.5 
 
 		 268 aa  140  1.9999999999999998e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1257  glutamate racemase  35.66 
 
 		 256 aa  137  2e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.402225  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2832  glutamate racemase  39.29 
 
 		 275 aa  136  3.0000000000000003e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0609148  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2597  glutamate racemase  32.61 
 
 		 271 aa  133  3e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2923  glutamate racemase  36.25 
 
 		 272 aa  132  3.9999999999999996e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0547  glutamate racemase  35.83 
 
 		 276 aa  132  6e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.77942  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0302  glutamate racemase  37.1 
 
 		 271 aa  132  6e-30  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1755  glutamate racemase  33.33 
 
 		 266 aa  132  6.999999999999999e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000954192  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4214  glutamate racemase  33.74 
 
 		 254 aa  132  6.999999999999999e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1240  glutamate racemase  32.71 
 
 		 282 aa  131  1.0000000000000001e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2085  glutamate racemase  38.29 
 
 		 271 aa  130  2.0000000000000002e-29  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1600  glutamate racemase  34.03 
 
 		 264 aa  130  3e-29  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0129686  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04380  Glutamate racemase  37.16 
 
 		 263 aa  129  3e-29  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0624  glutamate racemase  38.46 
 
 		 270 aa  129  5.0000000000000004e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000306047  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1411  glutamate racemase  35.39 
 
 		 272 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.093968  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0708  glutamate racemase  35.43 
 
 		 259 aa  127  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.235687 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0609  glutamate racemase  35.94 
 
 		 291 aa  127  2.0000000000000002e-28  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.765975  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0987  glutamate racemase  34.15 
 
 		 260 aa  127  3e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.507565  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1521  glutamate racemase  35.62 
 
 		 272 aa  126  3e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00432739  normal  0.0343831 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>