More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_3341 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014210  Ndas_3341  Glutamate racemase  100 
 
 		 261 aa  501  1e-141  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0263936  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2162  glutamate racemase  66.92 
 
 		 256 aa  295  5e-79  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0099  Glutamate racemase  49.24 
 
 		 265 aa  179  4e-44  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4745  glutamate racemase  35.77 
 
 		 263 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.13389  normal  0.141854 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1257  glutamate racemase  30.67 
 
 		 256 aa  115  6e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.402225  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0952  glutamate racemase  33.33 
 
 		 271 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.44485  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2597  glutamate racemase  33.73 
 
 		 271 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1112  glutamate racemase  34.23 
 
 		 275 aa  110  3e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1295  glutamate racemase  36.88 
 
 		 276 aa  109  5e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0764463 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0764  glutamate racemase  33.18 
 
 		 265 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1521  glutamate racemase  36.59 
 
 		 272 aa  107  2e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00432739  normal  0.0343831 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41440  glutamate racemase  34.17 
 
 		 263 aa  107  3e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.420201  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2884  glutamate racemase  34.88 
 
 		 272 aa  106  4e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.297231 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3847  glutamate racemase  36.33 
 
 		 305 aa  106  4e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.671121  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4453  glutamate racemase  32.88 
 
 		 265 aa  104  1e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2517  glutamate racemase  36.94 
 
 		 269 aa  105  1e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0777  glutamate racemase  33.78 
 
 		 265 aa  104  1e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0736  glutamate racemase  34.38 
 
 		 265 aa  103  2e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2265  glutamate racemase  34.63 
 
 		 288 aa  103  2e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2045  glutamate racemase  31.95 
 
 		 281 aa  104  2e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.36787  normal  0.0203699 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1453  glutamate racemase  31.53 
 
 		 267 aa  103  2e-21  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.010969  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0624  glutamate racemase  33.62 
 
 		 270 aa  103  3e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000306047  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2893  glutamate racemase  29.57 
 
 		 260 aa  103  4e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3247  glutamate racemase  36.02 
 
 		 266 aa  102  5e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2541  glutamate racemase  37.61 
 
 		 272 aa  102  5e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00114878 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4214  glutamate racemase  33.06 
 
 		 254 aa  102  6e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1755  glutamate racemase  32.27 
 
 		 266 aa  102  9e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000954192  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2884  glutamate racemase  31.98 
 
 		 265 aa  101  2e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00254237  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06670  glutamate racemase  35.14 
 
 		 264 aa  100  3e-20  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00000549454  normal  0.0772332 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0073  glutamate racemase  35.22 
 
 		 286 aa  100  3e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1276  glutamate racemase  34.25 
 
 		 271 aa  99  7e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.696646  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1780  glutamate racemase  35.09 
 
 		 264 aa  99  8e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1140  glutamate racemase  31.33 
 
 		 268 aa  97.8  1e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0165  glutamate racemase  31.7 
 
 		 268 aa  98.2  1e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000122262  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2572  glutamate racemase  29.2 
 
 		 260 aa  98.2  1e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0629  glutamate racemase  28.21 
 
 		 268 aa  96.3  4e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2251  glutamate racemase  37.07 
 
 		 290 aa  96.3  5e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0194593  normal  0.0243965 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2339  glutamate racemase  30.99 
 
 		 265 aa  95.9  6e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000177868  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3782  glutamate racemase  32.26 
 
 		 295 aa  95.9  6e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.0000154676  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4289  glutamate racemase  35.53 
 
 		 281 aa  95.5  7e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.244249 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0133  glutamate racemase  31.05 
 
 		 290 aa  95.5  8e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00475482  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2356  glutamate racemase  34.11 
 
 		 278 aa  94.7  1e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0280232  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3846  glutamate racemase  35.32 
 
 		 280 aa  94.7  1e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5384  glutamate racemase  32.46 
 
 		 265 aa  94.7  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.571769  normal  0.572623 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3920  glutamate racemase  35.32 
 
 		 280 aa  94.7  1e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1240  glutamate racemase  32.26 
 
 		 282 aa  94  2e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00256  glutamate racemase  32.41 
 
 		 268 aa  94.4  2e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0194  glutamate racemase  31.56 
 
 		 266 aa  94  2e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000010481  normal  0.0134241 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2842  glutamate racemase  37.05 
 
 		 269 aa  93.6  3e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.446044  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2085  glutamate racemase  34.65 
 
 		 271 aa  93.2  3e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2463  glutamate racemase  37.05 
 
 		 269 aa  93.6  3e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.794821  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0193  glutamate racemase  30.74 
 
 		 285 aa  93.6  3e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00438881  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0590  glutamate racemase  28.51 
 
 		 253 aa  93.6  3e-18  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.348712  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0621  glutamate racemase  34.43 
 
 		 290 aa  93.2  4e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.158475  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1063  glutamate racemase  30.49 
 
 		 263 aa  93.2  4e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3832  glutamate racemase  34.62 
 
 		 280 aa  92.8  5e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.131097 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0199  glutamate racemase  30.91 
 
 		 285 aa  92.8  5e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000337886  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2651  glutamate racemase  31.14 
 
 		 296 aa  92.8  5e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.589508  normal  0.507569 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1934  glutamate racemase  34.43 
 
 		 290 aa  92.8  5e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2022  glutamate racemase  32.23 
 
 		 288 aa  92.8  5e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0524  glutamate racemase  34.43 
 
 		 290 aa  92.8  5e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1687  glutamate racemase  28.83 
 
 		 259 aa  92.8  5e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1326  glutamate racemase  35.32 
 
 		 287 aa  92  9e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.219508  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2354  glutamate racemase  31.11 
 
 		 291 aa  91.3  1e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0496334  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4463  glutamate racemase  33.49 
 
 		 260 aa  90.9  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.0000170429  hitchhiker  0.00000000000595997 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4373  glutamate racemase  33.49 
 
 		 260 aa  90.5  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000518556  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4508  glutamate racemase  35.57 
 
 		 285 aa  90.5  2e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000739162  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4769  glutamate racemase  31.96 
 
 		 287 aa  91.3  2e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000510238  normal  0.0239463 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4537  glutamate racemase  33.49 
 
 		 260 aa  90.5  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00762513  hitchhiker  0.0000000000462365 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1768  glutamate racemase  33.46 
 
 		 266 aa  90.9  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.454909  normal  0.641778 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4201  glutamate racemase  35.57 
 
 		 285 aa  90.5  2e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000637876  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4342  glutamate racemase  33.49 
 
 		 260 aa  90.5  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.000000513683  normal  0.657896 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2867  glutamate racemase  32.78 
 
 		 291 aa  90.1  3e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11368  glutamate racemase  33.74 
 
 		 271 aa  90.1  3e-17  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000110986  normal  0.482837 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3694  glutamate racemase  33.84 
 
 		 264 aa  90.1  3e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1752  glutamate racemase  37.04 
 
 		 276 aa  90.1  3e-17  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4177  glutamate racemase  31.78 
 
 		 274 aa  89.4  5e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000486061  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0181  glutamate racemase  31.78 
 
 		 274 aa  89.4  5e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000024601  hitchhiker  0.0092557 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0754  glutamate racemase  30.77 
 
 		 268 aa  89.4  5e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3973  glutamate racemase  30.94 
 
 		 270 aa  89.4  5e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4460  glutamate racemase  33.03 
 
 		 260 aa  89  6e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00398465  hitchhiker  0.000459053 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0177  glutamate racemase  31.78 
 
 		 274 aa  89.4  6e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000496539  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1080  glutamate racemase  31.74 
 
 		 292 aa  89.4  6e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.878635  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1799  glutamate racemase  34.02 
 
 		 290 aa  88.6  8e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1088  glutamate racemase  34.02 
 
 		 290 aa  88.6  8e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2060  glutamate racemase  34.02 
 
 		 290 aa  88.6  8e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1207  glutamate racemase  37.33 
 
 		 268 aa  89  8e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0796  glutamate racemase  34.02 
 
 		 290 aa  88.6  8e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03852  glutamate racemase  35.57 
 
 		 285 aa  88.6  9e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000349509  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4019  glutamate racemase  35.57 
 
 		 285 aa  88.6  9e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000548786  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03801  hypothetical protein  35.57 
 
 		 285 aa  88.6  9e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000631879  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3509  glutamate racemase  31.94 
 
 		 268 aa  88.6  9e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00151792  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5431  glutamate racemase  35.57 
 
 		 262 aa  88.2  1e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000134929  normal  0.011427 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4709  glutamate racemase  31.86 
 
 		 266 aa  88.6  1e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000583223  normal  0.0898893 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4049  glutamate racemase  35.57 
 
 		 262 aa  88.6  1e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.0000985082  hitchhiker  0.00105289 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4019  glutamate racemase  35.38 
 
 		 283 aa  88.2  1e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.0000000394018  decreased coverage  0.00413197 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2233  glutamate racemase  30.74 
 
 		 272 aa  87.4  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.491949  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0357  glutamate racemase  37.63 
 
 		 312 aa  87  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.264447  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0139  glutamate racemase  31.16 
 
 		 266 aa  87.4  2e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000684264  normal  0.0718658 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4075  glutamate racemase  31.78 
 
 		 274 aa  87.8  2e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000696712  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>