More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_0099 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014158  Tpau_0099  Glutamate racemase  100 
 
 		 265 aa  515  1.0000000000000001e-145  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2162  glutamate racemase  48.24 
 
 		 256 aa  192  4e-48  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3341  Glutamate racemase  48.85 
 
 		 261 aa  181  9.000000000000001e-45  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0263936  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1257  glutamate racemase  31.98 
 
 		 256 aa  102  9e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.402225  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3509  glutamate racemase  30.7 
 
 		 268 aa  98.2  1e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00151792  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0777  glutamate racemase  32.31 
 
 		 265 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0174  glutamate racemase  31.98 
 
 		 272 aa  95.5  8e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000222817  normal  0.0305567 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0952  glutamate racemase  31.86 
 
 		 271 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.44485  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4745  glutamate racemase  31.51 
 
 		 263 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.13389  normal  0.141854 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1755  glutamate racemase  30.49 
 
 		 266 aa  95.1  1e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000954192  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0736  glutamate racemase  31.53 
 
 		 265 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3782  glutamate racemase  31.11 
 
 		 295 aa  94.4  2e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.0000154676  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0180  glutamate racemase  31.53 
 
 		 273 aa  94.4  2e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000177762  normal  0.815538 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1140  glutamate racemase  33.19 
 
 		 268 aa  94  3e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0133  glutamate racemase  32.83 
 
 		 290 aa  93.2  4e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00475482  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0764  glutamate racemase  31.53 
 
 		 265 aa  93.2  4e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4075  glutamate racemase  31.39 
 
 		 274 aa  93.2  4e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000696712  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0754  glutamate racemase  30.08 
 
 		 268 aa  92.8  5e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0179  glutamate racemase  30.91 
 
 		 272 aa  92.8  5e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000377093  normal  0.781333 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0284  glutamate racemase  28.51 
 
 		 340 aa  92.8  6e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2517  glutamate racemase  33.19 
 
 		 269 aa  92.4  6e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2463  glutamate racemase  34.22 
 
 		 269 aa  92.4  7e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.794821  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2842  glutamate racemase  34.22 
 
 		 269 aa  92.4  7e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.446044  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2045  glutamate racemase  33.33 
 
 		 281 aa  92  8e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.36787  normal  0.0203699 
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3616  Glutamate racemase  37.57 
 
 		 234 aa  92  9e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.0000824552  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0126  glutamate racemase  29.83 
 
 		 259 aa  92  9e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000153552  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0207  glutamate racemase  30.14 
 
 		 302 aa  91.7  1e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1112  glutamate racemase  31.22 
 
 		 275 aa  91.3  1e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0193  glutamate racemase  33.17 
 
 		 285 aa  91.7  1e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00438881  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1240  glutamate racemase  32.88 
 
 		 282 aa  91.3  1e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0177  glutamate racemase  30.94 
 
 		 274 aa  91.3  1e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000496539  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06670  glutamate racemase  33.63 
 
 		 264 aa  91.3  1e-17  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00000549454  normal  0.0772332 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0629  glutamate racemase  30.09 
 
 		 268 aa  91.7  1e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0181  glutamate racemase  30.94 
 
 		 274 aa  91.7  1e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000024601  hitchhiker  0.0092557 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3213  glutamate racemase  33.48 
 
 		 301 aa  90.9  2e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4453  glutamate racemase  31.51 
 
 		 265 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4177  glutamate racemase  30.94 
 
 		 274 aa  90.5  2e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000486061  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4342  glutamate racemase  32.35 
 
 		 260 aa  90.5  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.000000513683  normal  0.657896 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1488  glutamate racemase  32.9 
 
 		 296 aa  90.1  3e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.044045  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4537  glutamate racemase  32.35 
 
 		 260 aa  90.5  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00762513  hitchhiker  0.0000000000462365 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4373  glutamate racemase  32.7 
 
 		 260 aa  90.1  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000518556  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0199  glutamate racemase  32.67 
 
 		 285 aa  89.7  4e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000337886  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2884  glutamate racemase  34.19 
 
 		 272 aa  89.7  4e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.297231 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2884  glutamate racemase  29.26 
 
 		 265 aa  90.1  4e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00254237  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3847  glutamate racemase  32.84 
 
 		 305 aa  89.7  4e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.671121  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2651  glutamate racemase  31.82 
 
 		 296 aa  89.7  5e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.589508  normal  0.507569 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2597  glutamate racemase  31.75 
 
 		 271 aa  89.4  5e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4463  glutamate racemase  31.99 
 
 		 260 aa  89.4  6e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.0000170429  hitchhiker  0.00000000000595997 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4460  glutamate racemase  31.99 
 
 		 260 aa  89  6e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00398465  hitchhiker  0.000459053 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1295  glutamate racemase  33.8 
 
 		 276 aa  89.4  6e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0764463 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0590  glutamate racemase  26.64 
 
 		 253 aa  89  8e-17  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.348712  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2156  glutamate racemase  31.7 
 
 		 275 aa  88.2  1e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.185114  normal  0.250573 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00256  glutamate racemase  30.84 
 
 		 268 aa  88.6  1e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0139  glutamate racemase  30 
 
 		 266 aa  88.6  1e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000684264  normal  0.0718658 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1687  glutamate racemase  29.33 
 
 		 259 aa  88.2  1e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1521  glutamate racemase  33.02 
 
 		 272 aa  87.8  2e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00432739  normal  0.0343831 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002158  glutamate racemase  29.1 
 
 		 267 aa  87.8  2e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000004702  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5384  glutamate racemase  33.46 
 
 		 265 aa  87.4  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.571769  normal  0.572623 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0440  glutamate racemase  30.54 
 
 		 256 aa  87.8  2e-16  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000912391 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1954  glutamate racemase  29.79 
 
 		 330 aa  86.7  4e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.998132 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2541  glutamate racemase  33.48 
 
 		 272 aa  86.7  4e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00114878 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1613  glutamate racemase  32.27 
 
 		 272 aa  85.9  6e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.572761  normal  0.655413 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0624  glutamate racemase  31.51 
 
 		 270 aa  85.9  6e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000306047  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1779  glutamate racemase  33.33 
 
 		 280 aa  85.9  6e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.63205 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1752  glutamate racemase  35.12 
 
 		 276 aa  85.5  7e-16  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1338  glutamate racemase  35.91 
 
 		 267 aa  85.5  7e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.537109  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1063  glutamate racemase  30.91 
 
 		 263 aa  85.5  8e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2339  glutamate racemase  31.09 
 
 		 265 aa  85.5  8e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000177868  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0396  glutamate racemase  33.67 
 
 		 279 aa  84.7  0.000000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.971705 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2893  glutamate racemase  28.05 
 
 		 260 aa  85.1  0.000000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2265  glutamate racemase  31.72 
 
 		 288 aa  84.3  0.000000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41440  glutamate racemase  32.42 
 
 		 263 aa  84.3  0.000000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.420201  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1326  glutamate racemase  32.65 
 
 		 287 aa  84  0.000000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.219508  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2572  glutamate racemase  27.27 
 
 		 260 aa  84  0.000000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2251  glutamate racemase  36.32 
 
 		 290 aa  83.6  0.000000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0194593  normal  0.0243965 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0781  glutamate racemase  31.58 
 
 		 291 aa  83.6  0.000000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.264959 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2867  glutamate racemase  31.33 
 
 		 291 aa  83.6  0.000000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0165  glutamate racemase  28.19 
 
 		 268 aa  84  0.000000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000122262  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2354  glutamate racemase  31.33 
 
 		 291 aa  83.6  0.000000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0496334  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1956  glutamate racemase  32.88 
 
 		 277 aa  83.2  0.000000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.201101  normal  0.864089 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0357  glutamate racemase  32.14 
 
 		 312 aa  83.2  0.000000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.264447  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1780  glutamate racemase  33.59 
 
 		 264 aa  82.8  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4709  glutamate racemase  30.14 
 
 		 266 aa  82.4  0.000000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000583223  normal  0.0898893 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4214  glutamate racemase  29.84 
 
 		 254 aa  82.4  0.000000000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4337  glutamate racemase  30.09 
 
 		 282 aa  82  0.000000000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000357145  hitchhiker  0.00000147212 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4508  glutamate racemase  35.94 
 
 		 285 aa  81.6  0.00000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000739162  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4201  glutamate racemase  35.94 
 
 		 285 aa  81.6  0.00000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000637876  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4019  glutamate racemase  34.9 
 
 		 283 aa  80.9  0.00000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.0000000394018  decreased coverage  0.00413197 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4769  glutamate racemase  32.51 
 
 		 287 aa  80.9  0.00000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000510238  normal  0.0239463 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0143  glutamate racemase  31.68 
 
 		 287 aa  80.9  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000547214  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2249  glutamate racemase  27.93 
 
 		 333 aa  80.9  0.00000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.062681  normal  0.257999 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2274  glutamate racemase  30.8 
 
 		 270 aa  80.9  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0643046  hitchhiker  0.00406767 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1453  glutamate racemase  28.06 
 
 		 267 aa  80.5  0.00000000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.010969  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3231  glutamate racemase  29.71 
 
 		 272 aa  81.3  0.00000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.041198  normal  0.505933 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3247  glutamate racemase  30.67 
 
 		 266 aa  80.9  0.00000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1448  glutamate racemase, putative  27.88 
 
 		 271 aa  79.7  0.00000000000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2103  glutamate racemase  31.51 
 
 		 282 aa  79.7  0.00000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.447396  normal  0.629875 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4072  glutamate racemase  31.19 
 
 		 287 aa  79.7  0.00000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.0000000000383263  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1080  glutamate racemase  30 
 
 		 292 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.878635  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0232  glutamate racemase  28.05 
 
 		 277 aa  79.3  0.00000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000508837  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>