More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2444 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_4511  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  65.52 
 
 		 560 aa  687    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.547594  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0310  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  65.81 
 
 		 563 aa  727    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0589554  normal  0.08283 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1059  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  62.43 
 
 		 569 aa  666    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.773265 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1679  acyl-CoA dehydrogenase  75.73 
 
 		 548 aa  835    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0534807  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3064  isovaleryl-CoA dehydrogenase  61.82 
 
 		 563 aa  675    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.326905  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0530  Acyl-CoA dehydrogenase  76.86 
 
 		 560 aa  879    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0312  isovaleryl-CoA dehydrogenase  74.65 
 
 		 555 aa  844    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4575  isovaleryl-CoA dehydrogenase  66.29 
 
 		 560 aa  673    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.138907  hitchhiker  0.00955586 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1613  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  67.41 
 
 		 568 aa  719    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.10785  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2504  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  66.54 
 
 		 562 aa  705    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0181987  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2567  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  75.35 
 
 		 555 aa  853    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.349993 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2444  isovaleryl-CoA dehydrogenase  100 
 
 		 567 aa  1163    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.590306  normal  0.477736 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2228  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  66.54 
 
 		 562 aa  704    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.489531  normal  0.489903 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2186  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  65.78 
 
 		 562 aa  699    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0552217  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0204  acyl-CoA dehydrogenase  80.42 
 
 		 564 aa  952    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0731517  normal  0.952971 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4351  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  65.63 
 
 		 560 aa  715    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.05445  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2840  Acyl-CoA dehydrogenase  74.91 
 
 		 551 aa  792    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3795  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  57.4 
 
 		 528 aa  559  1e-158  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2897  acyl-CoA dehydrogenase-like protein  56.92 
 
 		 527 aa  556  1e-157  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4224  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  39.95 
 
 		 400 aa  292  9e-78  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0700017  normal  0.0824066 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2430  acyl-CoA dehydrogenase-like  42.6 
 
 		 385 aa  290  6e-77  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.000440313  normal  0.478447 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4427  Butyryl-CoA dehydrogenase  41.54 
 
 		 388 aa  279  8e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000160956  normal  0.322206 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3825  butyryl-CoA dehydrogenase  41.03 
 
 		 400 aa  276  7e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1583  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  40.46 
 
 		 412 aa  274  2.0000000000000002e-72  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.266068  hitchhiker  0.00354782 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2510  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  41.13 
 
 		 397 aa  273  4.0000000000000004e-72  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0195405  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4150  butyryl-CoA dehydrogenase  40.51 
 
 		 388 aa  273  5.000000000000001e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4180  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  38.97 
 
 		 383 aa  272  9e-72  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0446  butyryl-CoA dehydrogenase  39.49 
 
 		 385 aa  272  1e-71  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.981915  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0833  putative acyl-CoA dehydrogenase  40.36 
 
 		 385 aa  271  2e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00815342 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4054  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  39.69 
 
 		 384 aa  271  2e-71  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.168546 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2093  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  40.46 
 
 		 398 aa  271  2.9999999999999997e-71  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0300334  normal  0.0497691 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4635  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  38.92 
 
 		 386 aa  269  8.999999999999999e-71  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4085  putative acyl-CoA dehydrogenase  37.6 
 
 		 387 aa  267  4e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.14575  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0182  butyryl-CoA dehydrogenase  38.87 
 
 		 385 aa  267  4e-70  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0191  butyryl-CoA dehydrogenase  38.87 
 
 		 385 aa  267  4e-70  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.297032  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0171  butyryl-CoA dehydrogenase  38.87 
 
 		 385 aa  265  2e-69  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.260341 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1139  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  38.42 
 
 		 399 aa  264  3e-69  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7768  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  39.43 
 
 		 397 aa  263  6.999999999999999e-69  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1740  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  38.72 
 
 		 397 aa  263  8e-69  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0177648  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1806  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  38.72 
 
 		 397 aa  263  8e-69  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.580831 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1759  acyl-CoA dehydrogenase-like protein  38.72 
 
 		 397 aa  263  8e-69  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.218239  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4228  isovaleryl-CoA dehydrogenase  38.24 
 
 		 385 aa  263  8.999999999999999e-69  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.950044  normal  0.66405 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2091  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  40 
 
 		 386 aa  262  2e-68  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0244674  normal  0.176746 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1456  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  37.28 
 
 		 398 aa  259  1e-67  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4367  butyryl-CoA dehydrogenase  38.46 
 
 		 397 aa  258  2e-67  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0615  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  36.83 
 
 		 387 aa  258  2e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.210833  normal  0.0397055 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0221  butyryl-CoA dehydrogenase  40.51 
 
 		 385 aa  258  3e-67  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0556 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4169  butyryl-CoA dehydrogenase  38.36 
 
 		 383 aa  255  1.0000000000000001e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0614852  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4181  butyryl-CoA dehydrogenase  38.36 
 
 		 383 aa  255  1.0000000000000001e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0181503  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1052  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  39.53 
 
 		 386 aa  253  6e-66  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1977  butyryl-CoA dehydrogenase  38.21 
 
 		 397 aa  253  7e-66  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3683  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  36.01 
 
 		 384 aa  252  1e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.685138 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6335  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  36.76 
 
 		 386 aa  252  1e-65  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0389315  normal  0.725662 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0727  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  38.72 
 
 		 398 aa  251  2e-65  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.230975 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0148  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  38.28 
 
 		 385 aa  251  2e-65  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0673  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  38.46 
 
 		 400 aa  251  3e-65  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.514226  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3108  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  37.47 
 
 		 383 aa  251  3e-65  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0130  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  38.28 
 
 		 385 aa  251  3e-65  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0919  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  37.73 
 
 		 383 aa  250  5e-65  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1172  acyl-CoA dehydrogenase  36.72 
 
 		 384 aa  250  5e-65  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.336122 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1233  acyl-CoA dehydrogenase-like  36.72 
 
 		 384 aa  250  5e-65  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.831269  normal  0.440096 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2327  acyl-CoA dehydrogenase  38.34 
 
 		 381 aa  248  2e-64  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2560  acyl-CoA dehydrogenase  38.34 
 
 		 381 aa  248  2e-64  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.1486499999999994e-20 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2369  acyl-CoA dehydrogenase  38.34 
 
 		 381 aa  247  4e-64  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.73982  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2167  butyryl-CoA dehydrogenase  37.08 
 
 		 399 aa  247  4e-64  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.592182  normal  0.710802 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2511  acyl-CoA dehydrogenase  38.34 
 
 		 381 aa  247  4.9999999999999997e-64  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2812  acyl-CoA dehydrogenase  38.34 
 
 		 381 aa  247  4.9999999999999997e-64  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000163693 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1523  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  38.56 
 
 		 397 aa  246  6.999999999999999e-64  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0413288  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2548  acyl-CoA dehydrogenase  38.08 
 
 		 381 aa  246  8e-64  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.438014  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2285  acyl-CoA dehydrogenase  38.08 
 
 		 381 aa  246  8e-64  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.769883  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2603  acyl-CoA dehydrogenase  38.08 
 
 		 381 aa  246  8e-64  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.608519  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2068  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  36.95 
 
 		 385 aa  246  8e-64  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3342  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  37.47 
 
 		 379 aa  246  9.999999999999999e-64  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2547  acyl-CoA dehydrogenase  38.08 
 
 		 381 aa  245  9.999999999999999e-64  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2439  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  38.44 
 
 		 380 aa  245  1.9999999999999999e-63  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2355  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  38.08 
 
 		 381 aa  244  3e-63  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.774843  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2901  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  37.76 
 
 		 379 aa  242  1e-62  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1843  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  37.92 
 
 		 380 aa  242  2e-62  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0220  acyl-CoA dehydrogenase  36.79 
 
 		 384 aa  241  2.9999999999999997e-62  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0793985  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4031  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  37.34 
 
 		 399 aa  241  2.9999999999999997e-62  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.328111  normal  0.707323 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0274  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  37.14 
 
 		 382 aa  240  4e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.630772  normal  0.481537 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1770  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  40.05 
 
 		 512 aa  240  4e-62  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7329  Acyl-CoA dehydrogenase  36.62 
 
 		 383 aa  240  5.999999999999999e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.948773 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0298  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  37.98 
 
 		 381 aa  239  8e-62  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4533  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  37.08 
 
 		 398 aa  239  1e-61  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0920452  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10217  acyl-CoA dehydrogenase fadE3  37.19 
 
 		 373 aa  239  1e-61  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1802  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  37.05 
 
 		 381 aa  238  2e-61  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3450  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  39.59 
 
 		 380 aa  238  2e-61  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4073  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  35.73 
 
 		 386 aa  238  2e-61  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2353  Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal:Acyl-CoA dehydrogenase, central region:Acyl-CoA dehydrogenase, N-terminal  36.03 
 
 		 378 aa  237  3e-61  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.663187  normal  0.71414 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3341  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  39.02 
 
 		 379 aa  238  3e-61  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1546  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  37.53 
 
 		 381 aa  236  6e-61  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1318  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  35.57 
 
 		 384 aa  236  6e-61  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.0793911 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3863  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  36.79 
 
 		 376 aa  235  1.0000000000000001e-60  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0176  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  36.43 
 
 		 385 aa  236  1.0000000000000001e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.142689  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0847  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  35.28 
 
 		 386 aa  234  3e-60  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2715  acyl-CoA dehydrogenase-like  35.62 
 
 		 391 aa  234  4.0000000000000004e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.785448  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0155  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  37.79 
 
 		 388 aa  233  7.000000000000001e-60  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000954759  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2056  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  38.08 
 
 		 377 aa  232  1e-59  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.232194  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43420  putative acyl-CoA dehydrogenase  35.32 
 
 		 384 aa  232  1e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0779209  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>