More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2167 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009921  Franean1_4533  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  89.42 
 
 
398 aa  717    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0920452  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2167  butyryl-CoA dehydrogenase  100 
 
 
399 aa  815    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.592182  normal  0.710802 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4031  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  89.47 
 
 
399 aa  721    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.328111  normal  0.707323 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0673  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  77.39 
 
 
400 aa  634    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.514226  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0727  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  76.88 
 
 
398 aa  629  1e-179  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.230975 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1139  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  73.68 
 
 
399 aa  605  9.999999999999999e-173  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7768  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  71.54 
 
 
397 aa  594  1e-169  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2510  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  71.86 
 
 
397 aa  593  1e-168  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0195405  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1456  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  71.75 
 
 
398 aa  593  1e-168  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2093  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  71.93 
 
 
398 aa  590  1e-167  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0300334  normal  0.0497691 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1523  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  71.61 
 
 
397 aa  589  1e-167  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0413288  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1740  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  70.43 
 
 
397 aa  576  1.0000000000000001e-163  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0177648  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1759  acyl-CoA dehydrogenase-like protein  70.43 
 
 
397 aa  576  1.0000000000000001e-163  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.218239  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1806  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  70.43 
 
 
397 aa  576  1.0000000000000001e-163  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.580831 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4367  butyryl-CoA dehydrogenase  69.92 
 
 
397 aa  573  1.0000000000000001e-162  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1977  butyryl-CoA dehydrogenase  69.67 
 
 
397 aa  568  1e-161  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4224  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  58.02 
 
 
400 aa  469  1.0000000000000001e-131  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0700017  normal  0.0824066 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4635  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  51.17 
 
 
386 aa  398  9.999999999999999e-111  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0615  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  50.66 
 
 
387 aa  395  1e-109  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.210833  normal  0.0397055 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4085  putative acyl-CoA dehydrogenase  50.66 
 
 
387 aa  394  1e-108  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.14575  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4054  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  50.13 
 
 
384 aa  394  1e-108  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.168546 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4228  isovaleryl-CoA dehydrogenase  47.42 
 
 
385 aa  379  1e-104  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.950044  normal  0.66405 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0446  butyryl-CoA dehydrogenase  47.79 
 
 
385 aa  379  1e-104  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.981915  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2430  acyl-CoA dehydrogenase-like  48.04 
 
 
385 aa  377  1e-103  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.000440313  normal  0.478447 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6335  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  49.61 
 
 
386 aa  369  1e-101  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0389315  normal  0.725662 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4180  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  47.34 
 
 
383 aa  365  1e-100  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0182  butyryl-CoA dehydrogenase  47.66 
 
 
385 aa  366  1e-100  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0171  butyryl-CoA dehydrogenase  47.66 
 
 
385 aa  366  1e-100  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.260341 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0191  butyryl-CoA dehydrogenase  47.66 
 
 
385 aa  366  1e-100  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.297032  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0221  butyryl-CoA dehydrogenase  48.31 
 
 
385 aa  365  1e-100  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0556 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4169  butyryl-CoA dehydrogenase  46.88 
 
 
383 aa  362  6e-99  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0614852  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4181  butyryl-CoA dehydrogenase  46.88 
 
 
383 aa  362  6e-99  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0181503  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2091  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  46.49 
 
 
386 aa  360  3e-98  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0244674  normal  0.176746 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4073  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  47.27 
 
 
386 aa  353  4e-96  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2715  acyl-CoA dehydrogenase-like  44.96 
 
 
391 aa  340  2.9999999999999998e-92  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.785448  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10217  acyl-CoA dehydrogenase fadE3  47.28 
 
 
373 aa  336  3.9999999999999995e-91  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4372  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  42.82 
 
 
374 aa  297  3e-79  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.367452  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3825  butyryl-CoA dehydrogenase  42.78 
 
 
400 aa  292  8e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4427  Butyryl-CoA dehydrogenase  42.82 
 
 
388 aa  291  1e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000160956  normal  0.322206 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3341  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  41.71 
 
 
379 aa  289  6e-77  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4358  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  40.78 
 
 
381 aa  288  1e-76  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0892384  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2307  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  40.89 
 
 
381 aa  287  2.9999999999999996e-76  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4150  butyryl-CoA dehydrogenase  42.05 
 
 
388 aa  285  8e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3342  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  42.12 
 
 
379 aa  285  1.0000000000000001e-75  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1583  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  42.97 
 
 
412 aa  283  3.0000000000000004e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.266068  hitchhiker  0.00354782 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1715  Acyl-CoA dehydrogenase-like  40.62 
 
 
379 aa  283  4.0000000000000003e-75  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3040  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  40.36 
 
 
402 aa  282  8.000000000000001e-75  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0629704  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2832  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  40.52 
 
 
379 aa  282  8.000000000000001e-75  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1175  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  40.93 
 
 
381 aa  282  9e-75  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0397  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  41.86 
 
 
379 aa  280  2e-74  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.362138 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1381  Butyryl-CoA dehydrogenase  40.1 
 
 
379 aa  278  1e-73  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3450  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  39.64 
 
 
380 aa  277  2e-73  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0312  isovaleryl-CoA dehydrogenase  40.77 
 
 
555 aa  277  3e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1679  acyl-CoA dehydrogenase  40.66 
 
 
548 aa  275  9e-73  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0534807  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3822  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  40.67 
 
 
379 aa  275  1.0000000000000001e-72  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.962066  normal  0.565208 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0459  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  39.41 
 
 
376 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.672922 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1288  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  39.9 
 
 
379 aa  273  3e-72  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.751821 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3863  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  40 
 
 
376 aa  273  4.0000000000000004e-72  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0364  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  40.37 
 
 
386 aa  273  5.000000000000001e-72  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3778  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  39.43 
 
 
382 aa  273  5.000000000000001e-72  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.341587  normal  0.271407 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0837  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  38.89 
 
 
390 aa  272  6e-72  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1613  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  39.9 
 
 
568 aa  273  6e-72  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.10785  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5434  acyl-CoA dehydrogenase  40.41 
 
 
379 aa  272  7e-72  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000286159 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0833  putative acyl-CoA dehydrogenase  41.19 
 
 
385 aa  272  7e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00815342 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3455  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  39.22 
 
 
375 aa  272  7e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.129524 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5190  acyl-CoA dehydrogenase  40.41 
 
 
379 aa  271  1e-71  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5025  butyryl-CoA dehydrogenase (short-chain acyl-CoA dehydrogenase)  40.16 
 
 
379 aa  271  1e-71  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5586  acyl-CoA dehydrogenase  40.41 
 
 
379 aa  271  1e-71  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5464  acyl-CoA dehydrogenase  39.64 
 
 
379 aa  271  2e-71  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000608426  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2576  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  41.21 
 
 
378 aa  270  2.9999999999999997e-71  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4257  putative acyl-CoA dehydrogenase  38.67 
 
 
376 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.217203 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5488  acyl-CoA dehydrogenase  39.38 
 
 
379 aa  270  2.9999999999999997e-71  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.270181  hitchhiker  1.62736e-22 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2909  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  41.07 
 
 
389 aa  270  2.9999999999999997e-71  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.214496  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2355  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  41.09 
 
 
381 aa  270  2.9999999999999997e-71  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.774843  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2439  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  41.24 
 
 
380 aa  270  2.9999999999999997e-71  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5041  acyl-CoA dehydrogenase  40.16 
 
 
379 aa  270  4e-71  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2068  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  40.78 
 
 
385 aa  270  4e-71  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06620  butyryl-CoA dehydrogenase  39.38 
 
 
380 aa  270  4e-71  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5519  acyl-CoA dehydrogenase  39.9 
 
 
379 aa  269  5e-71  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.814074  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2500  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  39.9 
 
 
386 aa  270  5e-71  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0453809  normal  0.399884 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2216  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  38.02 
 
 
375 aa  269  7e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.585123  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0136  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  40 
 
 
379 aa  269  7e-71  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4146  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  41.87 
 
 
394 aa  269  7e-71  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.954368  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0919  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  40.57 
 
 
383 aa  269  8e-71  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5472  acyl-CoA dehydrogenase  39.9 
 
 
379 aa  268  8.999999999999999e-71  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0815  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  39.48 
 
 
377 aa  268  8.999999999999999e-71  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0634302  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3522  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  38.28 
 
 
375 aa  268  8.999999999999999e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0559083 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5641  Butyryl-CoA dehydrogenase  39.12 
 
 
379 aa  268  1e-70  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5191  acyl-CoA dehydrogenase  40.52 
 
 
376 aa  268  1e-70  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2567  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  39.49 
 
 
555 aa  268  1e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.349993 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5587  acyl-CoA dehydrogenase  40.52 
 
 
376 aa  268  1e-70  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1804  butyryl-CoA dehydrogenase  40.15 
 
 
386 aa  268  1e-70  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1802  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  40.98 
 
 
381 aa  268  1e-70  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1932  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  38.7 
 
 
380 aa  267  2e-70  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1842  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  38.28 
 
 
375 aa  267  2e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0292697  normal  0.208883 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2163  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  41.04 
 
 
389 aa  267  2e-70  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.820192  normal  0.287496 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1052  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  41.53 
 
 
386 aa  268  2e-70  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2865  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  41.15 
 
 
389 aa  267  2e-70  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5465  acyl-CoA dehydrogenase  40.26 
 
 
381 aa  267  2e-70  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000680329  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0730  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  37.92 
 
 
381 aa  267  2e-70  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>