More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4327 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_4327  isopropylmalate isomerase large subunit  100 
 
 		 475 aa  966    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2765  isopropylmalate isomerase large subunit  55.34 
 
 		 467 aa  542  1e-153  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0507  isopropylmalate isomerase large subunit  52.14 
 
 		 481 aa  480  1e-134  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1189  isopropylmalate isomerase large subunit  49.36 
 
 		 472 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.672672  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9636  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  50.68 
 
 		 449 aa  460  9.999999999999999e-129  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0337  isopropylmalate isomerase large subunit  48.41 
 
 		 470 aa  460  9.999999999999999e-129  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.301995  normal  0.508758 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3797  isopropylmalate isomerase large subunit  47.25 
 
 		 466 aa  457  1e-127  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3609  isopropylmalate isomerase large subunit  47.25 
 
 		 466 aa  455  1.0000000000000001e-126  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0592  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  47.25 
 
 		 466 aa  452  1.0000000000000001e-126  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3407  isopropylmalate isomerase large subunit  46.61 
 
 		 476 aa  449  1e-125  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0630  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  47.66 
 
 		 466 aa  449  1e-125  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1549  isopropylmalate isomerase large subunit  47.78 
 
 		 472 aa  450  1e-125  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.269438  normal  0.14031 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3537  isopropylmalate isomerase large subunit  46.61 
 
 		 476 aa  449  1e-125  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3818  isopropylmalate isomerase large subunit  47.96 
 
 		 470 aa  450  1e-125  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2938  isopropylmalate isomerase large subunit  46.61 
 
 		 476 aa  449  1e-125  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0127  isopropylmalate isomerase large subunit  46.82 
 
 		 466 aa  447  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.03719 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0120  isopropylmalate isomerase large subunit  46.82 
 
 		 466 aa  447  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0123  isopropylmalate isomerase large subunit  46.82 
 
 		 466 aa  447  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.610682  normal  0.713431 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0127  isopropylmalate isomerase large subunit  46.82 
 
 		 466 aa  447  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0122  isopropylmalate isomerase large subunit  46.82 
 
 		 466 aa  447  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.924094  normal  0.160243 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0620  isopropylmalate isomerase large subunit  46.82 
 
 		 466 aa  446  1.0000000000000001e-124  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.135441 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00074  isopropylmalate isomerase large subunit  47.45 
 
 		 466 aa  444  1e-123  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3526  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  47.45 
 
 		 466 aa  444  1e-123  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0387  isopropylmalate isomerase large subunit  47.41 
 
 		 468 aa  442  1e-123  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0066  isopropylmalate isomerase large subunit  47.45 
 
 		 466 aa  444  1e-123  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1416  isopropylmalate isomerase large subunit  48.28 
 
 		 470 aa  442  1e-123  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.941586  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0077  isopropylmalate isomerase large subunit  47.23 
 
 		 466 aa  444  1e-123  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0077  isopropylmalate isomerase large subunit  47.45 
 
 		 466 aa  444  1e-123  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.387894 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0399  isopropylmalate isomerase large subunit  47.41 
 
 		 468 aa  442  1e-123  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000573464 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00073  hypothetical protein  47.45 
 
 		 466 aa  444  1e-123  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3059  isopropylmalate isomerase large subunit  48.07 
 
 		 469 aa  444  1e-123  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3759  isopropylmalate isomerase large subunit  47.84 
 
 		 474 aa  442  1e-123  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.134544 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3585  isopropylmalate isomerase large subunit  47.23 
 
 		 466 aa  444  1e-123  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000478946 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0079  isopropylmalate isomerase large subunit  47.45 
 
 		 466 aa  444  1e-123  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0388  isopropylmalate isomerase large subunit  47.2 
 
 		 468 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0819  isopropylmalate isomerase large subunit  48.71 
 
 		 470 aa  439  9.999999999999999e-123  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0861  isopropylmalate isomerase large subunit  46.41 
 
 		 471 aa  440  9.999999999999999e-123  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0473  isopropylmalate isomerase large subunit  47 
 
 		 474 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0413  isopropylmalate isomerase large subunit  47.2 
 
 		 468 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000169798 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4707  isopropylmalate isomerase large subunit  48.11 
 
 		 479 aa  439  9.999999999999999e-123  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.9984 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2225  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  48.11 
 
 		 471 aa  439  9.999999999999999e-123  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.918253  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4879  isopropylmalate isomerase large subunit  48.93 
 
 		 469 aa  441  9.999999999999999e-123  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.29662  normal  0.101077 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2129  isopropylmalate isomerase large subunit  49.15 
 
 		 476 aa  441  9.999999999999999e-123  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3586  isopropylmalate isomerase large subunit  47.84 
 
 		 474 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0743  isopropylmalate isomerase large subunit  47.36 
 
 		 466 aa  439  9.999999999999999e-123  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3470  isopropylmalate isomerase large subunit  46.57 
 
 		 466 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.510231  normal  0.406012 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0075  isopropylmalate isomerase large subunit  47.23 
 
 		 466 aa  441  9.999999999999999e-123  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4234  isopropylmalate isomerase large subunit  47.41 
 
 		 474 aa  438  1e-121  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1961  isopropylmalate isomerase large subunit  47.56 
 
 		 474 aa  437  1e-121  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09810  isopropylmalate isomerase large subunit  47.44 
 
 		 473 aa  438  1e-121  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0764  isopropylmalate isomerase large subunit  47.85 
 
 		 470 aa  436  1e-121  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.266094 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0395  isopropylmalate isomerase large subunit  45.92 
 
 		 466 aa  437  1e-121  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000243407 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0459  isopropylmalate isomerase large subunit  50.74 
 
 		 473 aa  436  1e-121  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0336  isopropylmalate isomerase large subunit  46.77 
 
 		 482 aa  435  1e-121  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001658  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  46.09 
 
 		 466 aa  435  1e-121  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0370  isopropylmalate isomerase large subunit  47.84 
 
 		 474 aa  437  1e-121  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2149  isopropylmalate isomerase large subunit  46.7 
 
 		 466 aa  437  1e-121  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.754808  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4441  isopropylmalate isomerase large subunit  46.61 
 
 		 471 aa  433  1e-120  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0947  isopropylmalate isomerase large subunit  46.14 
 
 		 469 aa  432  1e-120  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1906  isopropylmalate isomerase large subunit  46.78 
 
 		 469 aa  433  1e-120  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.276241  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3280  isopropylmalate isomerase large subunit  46.35 
 
 		 467 aa  434  1e-120  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.215534  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00815  isopropylmalate isomerase large subunit  45.88 
 
 		 466 aa  433  1e-120  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1423  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  46.23 
 
 		 473 aa  432  1e-120  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1170  isopropylmalate isomerase large subunit  47.88 
 
 		 478 aa  434  1e-120  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.910867  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4757  isopropylmalate isomerase large subunit  48.07 
 
 		 469 aa  432  1e-120  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4548  isopropylmalate isomerase large subunit  45.71 
 
 		 466 aa  435  1e-120  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.182173  normal  0.0136159 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2916  isopropylmalate isomerase large subunit  46.51 
 
 		 470 aa  434  1e-120  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0194  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  46.71 
 
 		 469 aa  432  1e-120  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03087  isopropylmalate isomerase large subunit  45.74 
 
 		 466 aa  434  1e-120  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1591  isopropylmalate isomerase large subunit  47.85 
 
 		 473 aa  435  1e-120  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.777227 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1834  isopropylmalate isomerase large subunit  46.78 
 
 		 469 aa  433  1e-120  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.538456  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2316  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  48.31 
 
 		 480 aa  430  1e-119  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0965913 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2785  isopropylmalate isomerase large subunit  47.53 
 
 		 468 aa  430  1e-119  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.378068  normal  1 
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3567  isopropylmalate isomerase large subunit  46.38 
 
 		 477 aa  429  1e-119  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0227  isopropylmalate isomerase large subunit  47.73 
 
 		 473 aa  429  1e-119  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00400027 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_28677  predicted protein  46.32 
 
 		 722 aa  430  1e-119  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0504  isopropylmalate isomerase large subunit  46.88 
 
 		 470 aa  431  1e-119  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2591  isopropylmalate isomerase large subunit  45.67 
 
 		 471 aa  429  1e-119  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00933091  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0363  isopropylmalate isomerase large subunit  47.52 
 
 		 468 aa  429  1e-119  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.271446  normal  0.532793 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4355  isopropylmalate isomerase large subunit  48.07 
 
 		 480 aa  431  1e-119  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1228  isopropylmalate isomerase large subunit  47.44 
 
 		 469 aa  430  1e-119  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0896395 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0240  isopropylmalate isomerase large subunit  46.87 
 
 		 469 aa  426  1e-118  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0626  isopropylmalate isomerase large subunit  46.04 
 
 		 465 aa  427  1e-118  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0348  isopropylmalate isomerase large subunit  46.87 
 
 		 470 aa  426  1e-118  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3826  isopropylmalate isomerase large subunit  45.06 
 
 		 466 aa  427  1e-118  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3463  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  47.42 
 
 		 465 aa  426  1e-118  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0762821  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3448  isopropylmalate isomerase large subunit  46.57 
 
 		 469 aa  427  1e-118  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2360  isopropylmalate isomerase large subunit  47.86 
 
 		 472 aa  424  1e-117  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.116288 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3061  isopropylmalate isomerase large subunit  46.91 
 
 		 476 aa  422  1e-117  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3759  isopropylmalate isomerase large subunit  45.28 
 
 		 469 aa  423  1e-117  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3584  isopropylmalate isomerase large subunit  47.31 
 
 		 468 aa  423  1e-117  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.931395  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4084  isopropylmalate isomerase large subunit  45.06 
 
 		 469 aa  422  1e-117  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.774814  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3742  isopropylmalate isomerase large subunit  43.55 
 
 		 466 aa  422  1e-117  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0390  isopropylmalate isomerase large subunit  43.9 
 
 		 469 aa  423  1e-117  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4223  isopropylmalate isomerase large subunit  45.71 
 
 		 469 aa  422  1e-117  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1565  isopropylmalate isomerase large subunit  46.03 
 
 		 472 aa  424  1e-117  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.046679  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2065  isopropylmalate isomerase large subunit  46.88 
 
 		 470 aa  420  1e-116  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2067  isopropylmalate isomerase large subunit  45.74 
 
 		 467 aa  421  1e-116  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0375  isopropylmalate isomerase large subunit  44.4 
 
 		 471 aa  421  1e-116  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09060  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  46.79 
 
 		 471 aa  419  1e-116  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.918212  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>