More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_4548 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_00074  isopropylmalate isomerase large subunit  70.47 
 
 		 466 aa  676    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3526  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  70.47 
 
 		 466 aa  676    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3609  isopropylmalate isomerase large subunit  69.4 
 
 		 466 aa  666    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0399  isopropylmalate isomerase large subunit  86.18 
 
 		 468 aa  820    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000573464 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4210  isopropylmalate isomerase large subunit  69.55 
 
 		 471 aa  682    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4234  isopropylmalate isomerase large subunit  85.71 
 
 		 474 aa  817    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0592  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  70.26 
 
 		 466 aa  676    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0630  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  71.34 
 
 		 466 aa  687    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0473  isopropylmalate isomerase large subunit  85.99 
 
 		 474 aa  821    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2067  isopropylmalate isomerase large subunit  72.14 
 
 		 467 aa  676    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3470  isopropylmalate isomerase large subunit  88.79 
 
 		 466 aa  842    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.510231  normal  0.406012 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3797  isopropylmalate isomerase large subunit  69.61 
 
 		 466 aa  671    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0079  isopropylmalate isomerase large subunit  70.47 
 
 		 466 aa  676    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0743  isopropylmalate isomerase large subunit  70.63 
 
 		 466 aa  669    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0387  isopropylmalate isomerase large subunit  86.18 
 
 		 468 aa  820    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0075  isopropylmalate isomerase large subunit  70.26 
 
 		 466 aa  672    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3537  isopropylmalate isomerase large subunit  70.84 
 
 		 476 aa  685    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0395  isopropylmalate isomerase large subunit  93.53 
 
 		 466 aa  892    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000243407 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0413  isopropylmalate isomerase large subunit  86.18 
 
 		 468 aa  820    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000169798 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0120  isopropylmalate isomerase large subunit  70.84 
 
 		 466 aa  677    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3826  isopropylmalate isomerase large subunit  88.79 
 
 		 466 aa  845    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0336  isopropylmalate isomerase large subunit  83.37 
 
 		 482 aa  803    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0620  isopropylmalate isomerase large subunit  70.63 
 
 		 466 aa  674    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.135441 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0066  isopropylmalate isomerase large subunit  70.47 
 
 		 466 aa  676    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0122  isopropylmalate isomerase large subunit  70.84 
 
 		 466 aa  677    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.924094  normal  0.160243 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0375  isopropylmalate isomerase large subunit  71.65 
 
 		 471 aa  675    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00073  hypothetical protein  70.47 
 
 		 466 aa  676    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3407  isopropylmalate isomerase large subunit  70.84 
 
 		 476 aa  685    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2938  isopropylmalate isomerase large subunit  70.84 
 
 		 476 aa  685    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0123  isopropylmalate isomerase large subunit  70.84 
 
 		 466 aa  677    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.610682  normal  0.713431 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0077  isopropylmalate isomerase large subunit  70.69 
 
 		 466 aa  677    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0390  isopropylmalate isomerase large subunit  69.83 
 
 		 469 aa  657    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3586  isopropylmalate isomerase large subunit  85.71 
 
 		 474 aa  818    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0370  isopropylmalate isomerase large subunit  85.87 
 
 		 474 aa  815    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3818  isopropylmalate isomerase large subunit  85.28 
 
 		 470 aa  816    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001658  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  71.77 
 
 		 466 aa  683    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0127  isopropylmalate isomerase large subunit  70.84 
 
 		 466 aa  677    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4548  isopropylmalate isomerase large subunit  100 
 
 		 466 aa  960    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.182173  normal  0.0136159 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3585  isopropylmalate isomerase large subunit  70.69 
 
 		 466 aa  677    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000478946 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0388  isopropylmalate isomerase large subunit  85.96 
 
 		 468 aa  820    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0127  isopropylmalate isomerase large subunit  70.84 
 
 		 466 aa  677    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.03719 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3759  isopropylmalate isomerase large subunit  85.71 
 
 		 474 aa  818    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.134544 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0337  isopropylmalate isomerase large subunit  85.1 
 
 		 470 aa  800    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.301995  normal  0.508758 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0077  isopropylmalate isomerase large subunit  70.47 
 
 		 466 aa  676    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.387894 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00815  isopropylmalate isomerase large subunit  71.77 
 
 		 466 aa  683    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03087  isopropylmalate isomerase large subunit  65.44 
 
 		 466 aa  627  1e-178  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1705  isopropylmalate isomerase large subunit  64.81 
 
 		 468 aa  608  1e-173  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0785429  hitchhiker  0.00273209 
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3567  isopropylmalate isomerase large subunit  62.23 
 
 		 477 aa  608  1e-173  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1779  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  65.09 
 
 		 467 aa  610  1e-173  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00189563 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1189  isopropylmalate isomerase large subunit  63.18 
 
 		 472 aa  605  9.999999999999999e-173  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.672672  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3270  isopropylmalate isomerase large subunit  63.93 
 
 		 468 aa  603  1.0000000000000001e-171  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1245  isopropylmalate isomerase large subunit  63.93 
 
 		 470 aa  600  1e-170  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.923179  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1423  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  61.24 
 
 		 473 aa  599  1e-170  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0947  isopropylmalate isomerase large subunit  63.5 
 
 		 469 aa  599  1e-170  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1906  isopropylmalate isomerase large subunit  64.07 
 
 		 469 aa  597  1e-169  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.276241  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1834  isopropylmalate isomerase large subunit  64.07 
 
 		 469 aa  597  1e-169  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.538456  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3059  isopropylmalate isomerase large subunit  62.85 
 
 		 469 aa  596  1e-169  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1922  isopropylmalate isomerase large subunit  63.07 
 
 		 467 aa  591  1e-168  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4084  isopropylmalate isomerase large subunit  63.28 
 
 		 469 aa  593  1e-168  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.774814  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1228  isopropylmalate isomerase large subunit  61.85 
 
 		 469 aa  593  1e-168  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0896395 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3759  isopropylmalate isomerase large subunit  62.85 
 
 		 469 aa  591  1e-168  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2065  isopropylmalate isomerase large subunit  62.63 
 
 		 470 aa  588  1e-167  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0861  isopropylmalate isomerase large subunit  59.52 
 
 		 471 aa  587  1e-166  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0626  isopropylmalate isomerase large subunit  61.49 
 
 		 465 aa  586  1e-166  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0240  isopropylmalate isomerase large subunit  62.61 
 
 		 469 aa  585  1e-166  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2094  isopropylmalate isomerase large subunit  59.44 
 
 		 468 aa  585  1e-166  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0764  isopropylmalate isomerase large subunit  61.46 
 
 		 469 aa  582  1.0000000000000001e-165  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2173  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  61.03 
 
 		 475 aa  581  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0194  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  61.47 
 
 		 469 aa  582  1.0000000000000001e-165  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2935  isopropylmalate isomerase large subunit  61.82 
 
 		 469 aa  583  1.0000000000000001e-165  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1149  isopropylmalate isomerase large subunit  60.39 
 
 		 481 aa  582  1.0000000000000001e-165  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000597548 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4223  isopropylmalate isomerase large subunit  62.42 
 
 		 469 aa  583  1.0000000000000001e-165  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3584  isopropylmalate isomerase large subunit  62.69 
 
 		 468 aa  581  1.0000000000000001e-165  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.931395  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2225  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  62.28 
 
 		 471 aa  582  1.0000000000000001e-165  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.918253  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_05886  alpha isopropylmalate isomerase (Eurofung)  60.93 
 
 		 772 aa  579  1e-164  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  decreased coverage  0.00198619  normal  0.994666 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2591  isopropylmalate isomerase large subunit  59.74 
 
 		 471 aa  578  1e-164  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00933091  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1887  isopropylmalate isomerase large subunit  59.01 
 
 		 468 aa  580  1e-164  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.574068  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0764  isopropylmalate isomerase large subunit  61.04 
 
 		 470 aa  581  1e-164  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.266094 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0015  isopropylmalate isomerase large subunit  59.01 
 
 		 468 aa  580  1e-164  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2785  isopropylmalate isomerase large subunit  62.69 
 
 		 468 aa  581  1e-164  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.378068  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4367  isopropylmalate isomerase large subunit  61.67 
 
 		 469 aa  579  1e-164  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3280  isopropylmalate isomerase large subunit  59.78 
 
 		 467 aa  580  1e-164  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.215534  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0504  isopropylmalate isomerase large subunit  61.82 
 
 		 470 aa  579  1e-164  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3448  isopropylmalate isomerase large subunit  62.42 
 
 		 469 aa  578  1e-164  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2103  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  62.36 
 
 		 470 aa  579  1e-164  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0775087  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1591  isopropylmalate isomerase large subunit  61.27 
 
 		 473 aa  579  1e-164  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.777227 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0363  isopropylmalate isomerase large subunit  61.52 
 
 		 468 aa  577  1.0000000000000001e-163  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.271446  normal  0.532793 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3579  isopropylmalate isomerase large subunit  61.24 
 
 		 469 aa  576  1.0000000000000001e-163  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.482085  normal  0.399315 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2314  isopropylmalate isomerase large subunit  61.67 
 
 		 469 aa  577  1.0000000000000001e-163  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0778  isopropylmalate isomerase large subunit  61.03 
 
 		 479 aa  575  1.0000000000000001e-163  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000809283  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2454  isopropylmalate isomerase large subunit  61.03 
 
 		 469 aa  575  1.0000000000000001e-163  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0296584  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1516  isopropylmalate isomerase large subunit  60.13 
 
 		 477 aa  576  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.11161  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1416  isopropylmalate isomerase large subunit  61.04 
 
 		 470 aa  576  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.941586  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0672  isopropylmalate isomerase large subunit  61.46 
 
 		 469 aa  577  1.0000000000000001e-163  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00206744  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0520  isopropylmalate isomerase large subunit  61.03 
 
 		 469 aa  575  1.0000000000000001e-163  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.643053  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0348  isopropylmalate isomerase large subunit  61.96 
 
 		 470 aa  576  1.0000000000000001e-163  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0227  isopropylmalate isomerase large subunit  62.47 
 
 		 473 aa  578  1.0000000000000001e-163  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00400027 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1849  isopropylmalate isomerase large subunit  61.03 
 
 		 469 aa  575  1.0000000000000001e-163  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0604506  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3949  isopropylmalate isomerase large subunit  61.24 
 
 		 469 aa  576  1.0000000000000001e-163  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.373197 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1565  isopropylmalate isomerase large subunit  60.34 
 
 		 472 aa  575  1.0000000000000001e-163  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.046679  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>