More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_9636 on replicon NC_011991
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011991  Avi_9636  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  100 
 
 		 449 aa  924    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4327  isopropylmalate isomerase large subunit  50.68 
 
 		 475 aa  460  9.999999999999999e-129  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2765  isopropylmalate isomerase large subunit  52.14 
 
 		 467 aa  458  1e-127  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0015  isopropylmalate isomerase large subunit  45.6 
 
 		 468 aa  425  1e-118  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2094  isopropylmalate isomerase large subunit  45.6 
 
 		 468 aa  425  1e-118  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1887  isopropylmalate isomerase large subunit  45.37 
 
 		 468 aa  421  1e-117  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.574068  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_28677  predicted protein  47.32 
 
 		 722 aa  422  1e-117  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09810  isopropylmalate isomerase large subunit  47.52 
 
 		 473 aa  421  1e-116  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0123  isopropylmalate isomerase large subunit  48.88 
 
 		 466 aa  419  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.610682  normal  0.713431 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0120  isopropylmalate isomerase large subunit  48.88 
 
 		 466 aa  419  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0127  isopropylmalate isomerase large subunit  48.88 
 
 		 466 aa  419  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0127  isopropylmalate isomerase large subunit  48.88 
 
 		 466 aa  419  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.03719 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0122  isopropylmalate isomerase large subunit  48.88 
 
 		 466 aa  419  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.924094  normal  0.160243 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2938  isopropylmalate isomerase large subunit  47.64 
 
 		 476 aa  417  9.999999999999999e-116  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0507  isopropylmalate isomerase large subunit  48.2 
 
 		 481 aa  417  9.999999999999999e-116  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3797  isopropylmalate isomerase large subunit  47.87 
 
 		 466 aa  417  9.999999999999999e-116  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2149  isopropylmalate isomerase large subunit  48.66 
 
 		 466 aa  416  9.999999999999999e-116  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.754808  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3609  isopropylmalate isomerase large subunit  47.87 
 
 		 466 aa  417  9.999999999999999e-116  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3537  isopropylmalate isomerase large subunit  47.64 
 
 		 476 aa  417  9.999999999999999e-116  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3407  isopropylmalate isomerase large subunit  47.64 
 
 		 476 aa  417  9.999999999999999e-116  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00074  isopropylmalate isomerase large subunit  47.53 
 
 		 466 aa  412  1e-114  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3526  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  47.53 
 
 		 466 aa  412  1e-114  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0077  isopropylmalate isomerase large subunit  47.53 
 
 		 466 aa  412  1e-114  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.387894 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0066  isopropylmalate isomerase large subunit  47.53 
 
 		 466 aa  412  1e-114  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0620  isopropylmalate isomerase large subunit  48.21 
 
 		 466 aa  413  1e-114  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.135441 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00073  hypothetical protein  47.53 
 
 		 466 aa  412  1e-114  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0743  isopropylmalate isomerase large subunit  48.31 
 
 		 466 aa  415  1e-114  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0079  isopropylmalate isomerase large subunit  47.53 
 
 		 466 aa  412  1e-114  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0077  isopropylmalate isomerase large subunit  47.31 
 
 		 466 aa  412  1e-114  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0592  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  48.2 
 
 		 466 aa  415  1e-114  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3585  isopropylmalate isomerase large subunit  47.31 
 
 		 466 aa  412  1e-114  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000478946 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18560  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  47.73 
 
 		 479 aa  409  1e-113  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.242112  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001658  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  46.41 
 
 		 466 aa  410  1e-113  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1922  isopropylmalate isomerase large subunit  49.1 
 
 		 467 aa  411  1e-113  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0075  isopropylmalate isomerase large subunit  47.31 
 
 		 466 aa  408  1e-113  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3470  isopropylmalate isomerase large subunit  45.6 
 
 		 466 aa  411  1e-113  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.510231  normal  0.406012 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0630  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  47.97 
 
 		 466 aa  411  1e-113  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1189  isopropylmalate isomerase large subunit  45.62 
 
 		 472 aa  409  1e-113  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.672672  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00815  isopropylmalate isomerase large subunit  46.19 
 
 		 466 aa  409  1e-113  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2916  isopropylmalate isomerase large subunit  48.65 
 
 		 470 aa  410  1e-113  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24691  isopropylmalate isomerase large subunit  46.73 
 
 		 478 aa  409  1e-113  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0413  isopropylmalate isomerase large subunit  46.05 
 
 		 468 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000169798 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2261  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  48.77 
 
 		 472 aa  406  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0388  isopropylmalate isomerase large subunit  45.82 
 
 		 468 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0256  isopropylmalate isomerase large subunit  46.4 
 
 		 472 aa  406  1.0000000000000001e-112  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.809992  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0387  isopropylmalate isomerase large subunit  46.05 
 
 		 468 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0399  isopropylmalate isomerase large subunit  46.05 
 
 		 468 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000573464 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3059  isopropylmalate isomerase large subunit  47.66 
 
 		 469 aa  407  1.0000000000000001e-112  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03087  isopropylmalate isomerase large subunit  46.77 
 
 		 466 aa  405  1.0000000000000001e-112  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1834  isopropylmalate isomerase large subunit  46.38 
 
 		 469 aa  403  1e-111  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.538456  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1906  isopropylmalate isomerase large subunit  46.38 
 
 		 469 aa  403  1e-111  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.276241  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4234  isopropylmalate isomerase large subunit  46.05 
 
 		 474 aa  402  1e-111  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1549  isopropylmalate isomerase large subunit  46.19 
 
 		 472 aa  404  1e-111  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.269438  normal  0.14031 
 
 
-
 
NC_006670  CNA02270  3-isopropylmalate dehydratase, putative  45.71 
 
 		 762 aa  405  1e-111  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0205062  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3061  isopropylmalate isomerase large subunit  46.62 
 
 		 476 aa  403  1e-111  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2360  isopropylmalate isomerase large subunit  46.85 
 
 		 472 aa  404  1e-111  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.116288 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1921  isopropylmalate isomerase large subunit  47.53 
 
 		 469 aa  403  1e-111  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.724454  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1245  isopropylmalate isomerase large subunit  47.53 
 
 		 470 aa  402  1e-111  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.923179  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0473  isopropylmalate isomerase large subunit  45.37 
 
 		 474 aa  404  1e-111  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0194  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  45.84 
 
 		 469 aa  404  1e-111  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3586  isopropylmalate isomerase large subunit  46.05 
 
 		 474 aa  402  1e-111  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3759  isopropylmalate isomerase large subunit  46.05 
 
 		 474 aa  402  1e-111  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.134544 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0861  isopropylmalate isomerase large subunit  45.39 
 
 		 471 aa  404  1e-111  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_05886  alpha isopropylmalate isomerase (Eurofung)  47.11 
 
 		 772 aa  399  9.999999999999999e-111  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  decreased coverage  0.00198619  normal  0.994666 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1478  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  47.25 
 
 		 486 aa  400  9.999999999999999e-111  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.333411  normal  0.827202 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1622  isopropylmalate isomerase large subunit  42.66 
 
 		 469 aa  399  9.999999999999999e-111  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1423  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  45.13 
 
 		 473 aa  400  9.999999999999999e-111  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3280  isopropylmalate isomerase large subunit  46.64 
 
 		 467 aa  399  9.999999999999999e-111  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.215534  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_02821  isopropylmalate isomerase large subunit  43.65 
 
 		 471 aa  401  9.999999999999999e-111  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1705  isopropylmalate isomerase large subunit  47.77 
 
 		 468 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0785429  hitchhiker  0.00273209 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0624  isopropylmalate isomerase large subunit  48.42 
 
 		 470 aa  400  9.999999999999999e-111  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4084  isopropylmalate isomerase large subunit  46.19 
 
 		 469 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.774814  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0775  isopropylmalate isomerase large subunit  48.42 
 
 		 470 aa  400  9.999999999999999e-111  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0370  isopropylmalate isomerase large subunit  46.05 
 
 		 474 aa  401  9.999999999999999e-111  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1228  isopropylmalate isomerase large subunit  48.2 
 
 		 469 aa  400  9.999999999999999e-111  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0896395 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_03341  isopropylmalate isomerase large subunit  43.12 
 
 		 469 aa  400  9.999999999999999e-111  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.6876  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0375  isopropylmalate isomerase large subunit  45.62 
 
 		 471 aa  400  9.999999999999999e-111  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3759  isopropylmalate isomerase large subunit  45.96 
 
 		 469 aa  398  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1671  isopropylmalate isomerase large subunit  45.15 
 
 		 456 aa  398  1e-109  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2065  isopropylmalate isomerase large subunit  49.21 
 
 		 470 aa  396  1e-109  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1961  isopropylmalate isomerase large subunit  44.49 
 
 		 474 aa  397  1e-109  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4367  isopropylmalate isomerase large subunit  47.54 
 
 		 469 aa  395  1e-109  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0348  isopropylmalate isomerase large subunit  47.06 
 
 		 470 aa  395  1e-109  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3567  isopropylmalate isomerase large subunit  45.98 
 
 		 477 aa  398  1e-109  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0764  isopropylmalate isomerase large subunit  46.62 
 
 		 470 aa  396  1e-109  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.266094 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0459  isopropylmalate isomerase large subunit  50.68 
 
 		 473 aa  397  1e-109  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2067  isopropylmalate isomerase large subunit  46.29 
 
 		 467 aa  395  1e-109  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0336  isopropylmalate isomerase large subunit  44.92 
 
 		 482 aa  395  1e-109  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0278  isopropylmalate isomerase large subunit  46.35 
 
 		 469 aa  396  1e-109  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0390  isopropylmalate isomerase large subunit  46.99 
 
 		 469 aa  398  1e-109  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3818  isopropylmalate isomerase large subunit  44.7 
 
 		 470 aa  397  1e-109  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3463  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  47.44 
 
 		 465 aa  397  1e-109  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0762821  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2519  isopropylmalate isomerase large subunit  45.76 
 
 		 484 aa  395  1e-109  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.252815  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0337  isopropylmalate isomerase large subunit  45.7 
 
 		 470 aa  398  1e-109  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.301995  normal  0.508758 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1294  isopropylmalate isomerase large subunit  44.57 
 
 		 472 aa  397  1e-109  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0778  isopropylmalate isomerase large subunit  47.54 
 
 		 479 aa  392  1e-108  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000809283  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2732  isopropylmalate isomerase large subunit  45.5 
 
 		 477 aa  394  1e-108  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0458261 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0504  isopropylmalate isomerase large subunit  46.28 
 
 		 470 aa  394  1e-108  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2454  isopropylmalate isomerase large subunit  47.54 
 
 		 469 aa  393  1e-108  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0296584  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2316  isopropylmalate isomerase large subunit  47.54 
 
 		 469 aa  393  1e-108  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>