More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_2360 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_1294  isopropylmalate isomerase large subunit  71.09 
 
 		 472 aa  701    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2360  isopropylmalate isomerase large subunit  100 
 
 		 472 aa  975    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.116288 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3061  isopropylmalate isomerase large subunit  71.31 
 
 		 476 aa  688    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09810  isopropylmalate isomerase large subunit  81.82 
 
 		 473 aa  793    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0370  isopropylmalate isomerase large subunit  67.24 
 
 		 473 aa  650    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0361  isopropylmalate isomerase large subunit  67.24 
 
 		 473 aa  654    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.410569  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0421  isopropylmalate isomerase large subunit  67.45 
 
 		 473 aa  654    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00124409 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3457  isopropylmalate isomerase large subunit  65.89 
 
 		 477 aa  615  1e-175  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.549779 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1423  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  57.66 
 
 		 473 aa  555  1e-157  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3059  isopropylmalate isomerase large subunit  57.39 
 
 		 469 aa  545  1e-154  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0947  isopropylmalate isomerase large subunit  57.6 
 
 		 469 aa  547  1e-154  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1834  isopropylmalate isomerase large subunit  57.39 
 
 		 469 aa  544  1e-153  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.538456  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1906  isopropylmalate isomerase large subunit  57.39 
 
 		 469 aa  544  1e-153  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.276241  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1189  isopropylmalate isomerase large subunit  56.38 
 
 		 472 aa  542  1e-153  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.672672  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1445  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  59.73 
 
 		 480 aa  544  1e-153  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0303159  normal  0.651921 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0200  isopropylmalate isomerase large subunit  59.19 
 
 		 493 aa  541  1e-153  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.637292  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1381  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  59.73 
 
 		 480 aa  544  1e-153  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.8068  normal  0.283608 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4223  isopropylmalate isomerase large subunit  57.82 
 
 		 469 aa  543  1e-153  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2149  isopropylmalate isomerase large subunit  57.63 
 
 		 466 aa  537  1e-151  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.754808  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2065  isopropylmalate isomerase large subunit  56.99 
 
 		 470 aa  531  1e-150  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4084  isopropylmalate isomerase large subunit  57.36 
 
 		 469 aa  533  1e-150  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.774814  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0624  isopropylmalate isomerase large subunit  58.15 
 
 		 470 aa  532  1e-150  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1705  isopropylmalate isomerase large subunit  56.2 
 
 		 468 aa  531  1e-150  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0785429  hitchhiker  0.00273209 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0775  isopropylmalate isomerase large subunit  58.15 
 
 		 470 aa  532  1e-150  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3759  isopropylmalate isomerase large subunit  57.36 
 
 		 469 aa  533  1e-150  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1812  isopropylmalate isomerase large subunit  56.68 
 
 		 466 aa  531  1e-150  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.364535  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1228  isopropylmalate isomerase large subunit  57.08 
 
 		 469 aa  531  1e-150  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0896395 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0194  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  56.34 
 
 		 469 aa  529  1e-149  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0348  isopropylmalate isomerase large subunit  56.99 
 
 		 470 aa  530  1e-149  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0636  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  55.56 
 
 		 468 aa  530  1e-149  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0643204 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0504  isopropylmalate isomerase large subunit  57.2 
 
 		 470 aa  529  1e-149  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3448  isopropylmalate isomerase large subunit  55.46 
 
 		 469 aa  531  1e-149  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0819  isopropylmalate isomerase large subunit  56.34 
 
 		 470 aa  528  1e-149  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1565  isopropylmalate isomerase large subunit  55.13 
 
 		 472 aa  528  1e-149  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.046679  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_05886  alpha isopropylmalate isomerase (Eurofung)  55.18 
 
 		 772 aa  527  1e-148  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  decreased coverage  0.00198619  normal  0.994666 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2785  isopropylmalate isomerase large subunit  55.46 
 
 		 468 aa  526  1e-148  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.378068  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0863  isopropylmalate isomerase large subunit  56.26 
 
 		 475 aa  525  1e-148  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1921  isopropylmalate isomerase large subunit  55.56 
 
 		 469 aa  525  1e-148  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.724454  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0227  isopropylmalate isomerase large subunit  56.99 
 
 		 473 aa  526  1e-148  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00400027 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0240  isopropylmalate isomerase large subunit  56.34 
 
 		 469 aa  527  1e-148  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2916  isopropylmalate isomerase large subunit  54.39 
 
 		 470 aa  527  1e-148  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3280  isopropylmalate isomerase large subunit  56.16 
 
 		 467 aa  525  1e-148  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.215534  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0363  isopropylmalate isomerase large subunit  55.67 
 
 		 468 aa  525  1e-148  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.271446  normal  0.532793 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0158  isopropylmalate isomerase large subunit  55.93 
 
 		 472 aa  526  1e-148  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1416  isopropylmalate isomerase large subunit  55.05 
 
 		 470 aa  521  1e-147  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.941586  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1821  isopropylmalate isomerase large subunit  56.72 
 
 		 469 aa  523  1e-147  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.626663  normal  0.539563 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6956  isopropylmalate isomerase large subunit  58.46 
 
 		 470 aa  524  1e-147  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.43391  normal  0.604485 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2523  isopropylmalate isomerase large subunit  56.05 
 
 		 475 aa  523  1e-147  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.520601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4355  isopropylmalate isomerase large subunit  55.46 
 
 		 480 aa  521  1e-147  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4879  isopropylmalate isomerase large subunit  55.67 
 
 		 469 aa  522  1e-147  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.29662  normal  0.101077 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1990  isopropylmalate isomerase large subunit  55.98 
 
 		 469 aa  519  1e-146  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.508129  normal  0.146532 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_68659  3-isopropylmalate dehydratase  54.78 
 
 		 770 aa  521  1e-146  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.161777 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2145  isopropylmalate isomerase large subunit  56.08 
 
 		 469 aa  521  1e-146  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4757  isopropylmalate isomerase large subunit  55.46 
 
 		 469 aa  521  1e-146  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2103  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  56.76 
 
 		 470 aa  520  1e-146  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0775087  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4630  isopropylmalate isomerase large subunit  55.72 
 
 		 477 aa  519  1e-146  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1719  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  56.41 
 
 		 468 aa  521  1e-146  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_28677  predicted protein  55.44 
 
 		 722 aa  520  1e-146  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4273  isopropylmalate isomerase large subunit  55.74 
 
 		 477 aa  521  1e-146  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1245  isopropylmalate isomerase large subunit  55.89 
 
 		 470 aa  521  1e-146  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.923179  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1922  isopropylmalate isomerase large subunit  56.99 
 
 		 467 aa  517  1.0000000000000001e-145  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0778  isopropylmalate isomerase large subunit  55.32 
 
 		 479 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000809283  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0672  isopropylmalate isomerase large subunit  56.01 
 
 		 469 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00206744  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1343  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  56.7 
 
 		 470 aa  517  1.0000000000000001e-145  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.444862 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3584  isopropylmalate isomerase large subunit  54.6 
 
 		 468 aa  516  1.0000000000000001e-145  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.931395  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0764  isopropylmalate isomerase large subunit  55.67 
 
 		 470 aa  516  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.266094 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2316  isopropylmalate isomerase large subunit  55.58 
 
 		 469 aa  514  1e-144  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4234  isopropylmalate isomerase large subunit  54.08 
 
 		 474 aa  513  1e-144  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2454  isopropylmalate isomerase large subunit  55.58 
 
 		 469 aa  514  1e-144  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0296584  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1729  isopropylmalate isomerase large subunit  55.58 
 
 		 469 aa  513  1e-144  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.405505  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA02270  3-isopropylmalate dehydratase, putative  54.37 
 
 		 762 aa  514  1e-144  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0205062  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2133  isopropylmalate isomerase large subunit  55.34 
 
 		 469 aa  513  1e-144  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0241304 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1849  isopropylmalate isomerase large subunit  55.58 
 
 		 469 aa  513  1e-144  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0604506  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3579  isopropylmalate isomerase large subunit  55.34 
 
 		 469 aa  514  1e-144  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.482085  normal  0.399315 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0520  isopropylmalate isomerase large subunit  55.58 
 
 		 469 aa  513  1e-144  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.643053  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2582  isopropylmalate isomerase large subunit  54.87 
 
 		 473 aa  512  1e-144  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3844  isopropylmalate isomerase large subunit  55.34 
 
 		 469 aa  514  1e-144  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.777096 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4418  isopropylmalate isomerase large subunit  55.34 
 
 		 469 aa  514  1e-144  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3340  isopropylmalate isomerase large subunit  55.34 
 
 		 469 aa  514  1e-144  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.184073  normal  0.862322 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3229  isopropylmalate isomerase large subunit  54.87 
 
 		 473 aa  512  1e-144  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0550685  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1641  isopropylmalate isomerase large subunit  55.58 
 
 		 469 aa  513  1e-144  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.159625  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3949  isopropylmalate isomerase large subunit  55.34 
 
 		 469 aa  514  1e-144  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.373197 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4367  isopropylmalate isomerase large subunit  55.34 
 
 		 469 aa  512  1e-144  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1223  isopropylmalate isomerase large subunit  53.81 
 
 		 473 aa  513  1e-144  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.10034  normal  0.0157674 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00074  isopropylmalate isomerase large subunit  53 
 
 		 466 aa  510  1e-143  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3526  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  53 
 
 		 466 aa  510  1e-143  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2164  isopropylmalate isomerase large subunit  55.65 
 
 		 479 aa  508  1e-143  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.170701 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4707  isopropylmalate isomerase large subunit  54.14 
 
 		 479 aa  510  1e-143  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.9984 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3585  isopropylmalate isomerase large subunit  53.22 
 
 		 466 aa  510  1e-143  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000478946 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2314  isopropylmalate isomerase large subunit  54.27 
 
 		 469 aa  509  1e-143  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3774  isopropylmalate isomerase large subunit  54.37 
 
 		 477 aa  511  1e-143  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00073  hypothetical protein  53 
 
 		 466 aa  510  1e-143  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3567  isopropylmalate isomerase large subunit  52.87 
 
 		 477 aa  510  1e-143  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0066  isopropylmalate isomerase large subunit  53 
 
 		 466 aa  510  1e-143  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1516  isopropylmalate isomerase large subunit  54.37 
 
 		 477 aa  511  1e-143  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.11161  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3586  isopropylmalate isomerase large subunit  53.43 
 
 		 474 aa  509  1e-143  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3759  isopropylmalate isomerase large subunit  53.43 
 
 		 474 aa  509  1e-143  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.134544 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2520  isopropylmalate isomerase large subunit  55.74 
 
 		 478 aa  509  1e-143  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34280  isopropylmalate isomerase large subunit  54.58 
 
 		 474 aa  509  1e-143  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1180  isopropylmalate isomerase large subunit  56.68 
 
 		 480 aa  508  1e-143  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>