More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_0200 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_0200  isopropylmalate isomerase large subunit  100 
 
 		 493 aa  1003    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.637292  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2731  isopropylmalate isomerase large subunit  70.43 
 
 		 471 aa  644    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6956  isopropylmalate isomerase large subunit  68.37 
 
 		 470 aa  618  1e-176  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.43391  normal  0.604485 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3061  isopropylmalate isomerase large subunit  59.32 
 
 		 476 aa  558  1e-158  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2360  isopropylmalate isomerase large subunit  59.62 
 
 		 472 aa  551  1e-155  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.116288 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09810  isopropylmalate isomerase large subunit  59.57 
 
 		 473 aa  543  1e-153  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1294  isopropylmalate isomerase large subunit  55.7 
 
 		 472 aa  525  1e-148  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0361  isopropylmalate isomerase large subunit  55.98 
 
 		 473 aa  523  1e-147  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.410569  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0421  isopropylmalate isomerase large subunit  56.2 
 
 		 473 aa  523  1e-147  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00124409 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0370  isopropylmalate isomerase large subunit  55.98 
 
 		 473 aa  520  1e-146  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1906  isopropylmalate isomerase large subunit  54.33 
 
 		 469 aa  510  1e-143  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.276241  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0592  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  55.7 
 
 		 466 aa  508  1e-143  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3457  isopropylmalate isomerase large subunit  56.05 
 
 		 477 aa  508  1e-143  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.549779 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4223  isopropylmalate isomerase large subunit  54.41 
 
 		 469 aa  509  1e-143  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1834  isopropylmalate isomerase large subunit  54.33 
 
 		 469 aa  510  1e-143  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.538456  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2938  isopropylmalate isomerase large subunit  55.39 
 
 		 476 aa  505  9.999999999999999e-143  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3537  isopropylmalate isomerase large subunit  55.39 
 
 		 476 aa  505  9.999999999999999e-143  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3407  isopropylmalate isomerase large subunit  55.39 
 
 		 476 aa  505  9.999999999999999e-143  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_05886  alpha isopropylmalate isomerase (Eurofung)  53.93 
 
 		 772 aa  504  1e-141  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  decreased coverage  0.00198619  normal  0.994666 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_28677  predicted protein  54.39 
 
 		 722 aa  504  1e-141  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1189  isopropylmalate isomerase large subunit  52.8 
 
 		 472 aa  504  1e-141  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.672672  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3609  isopropylmalate isomerase large subunit  55.46 
 
 		 466 aa  503  1e-141  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0743  isopropylmalate isomerase large subunit  54.53 
 
 		 466 aa  503  1e-141  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1423  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  53.18 
 
 		 473 aa  501  1e-141  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0240  isopropylmalate isomerase large subunit  55.84 
 
 		 469 aa  504  1e-141  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3059  isopropylmalate isomerase large subunit  53.98 
 
 		 469 aa  503  1e-141  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4879  isopropylmalate isomerase large subunit  56.37 
 
 		 469 aa  504  1e-141  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.29662  normal  0.101077 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0764  isopropylmalate isomerase large subunit  56.37 
 
 		 470 aa  502  1e-141  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.266094 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00074  isopropylmalate isomerase large subunit  53.55 
 
 		 466 aa  499  1e-140  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3526  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  53.55 
 
 		 466 aa  499  1e-140  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00073  hypothetical protein  53.55 
 
 		 466 aa  499  1e-140  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2065  isopropylmalate isomerase large subunit  57.05 
 
 		 470 aa  499  1e-140  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0620  isopropylmalate isomerase large subunit  53.98 
 
 		 466 aa  500  1e-140  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.135441 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3585  isopropylmalate isomerase large subunit  53.55 
 
 		 466 aa  499  1e-140  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000478946 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3797  isopropylmalate isomerase large subunit  55.46 
 
 		 466 aa  500  1e-140  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0077  isopropylmalate isomerase large subunit  53.55 
 
 		 466 aa  499  1e-140  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.387894 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0079  isopropylmalate isomerase large subunit  53.55 
 
 		 466 aa  499  1e-140  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1922  isopropylmalate isomerase large subunit  56.84 
 
 		 467 aa  498  1e-140  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0348  isopropylmalate isomerase large subunit  55.63 
 
 		 470 aa  500  1e-140  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4355  isopropylmalate isomerase large subunit  55.94 
 
 		 480 aa  500  1e-140  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0504  isopropylmalate isomerase large subunit  55.63 
 
 		 470 aa  501  1e-140  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0077  isopropylmalate isomerase large subunit  53.55 
 
 		 466 aa  499  1e-140  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4757  isopropylmalate isomerase large subunit  55.94 
 
 		 469 aa  500  1e-140  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0066  isopropylmalate isomerase large subunit  53.55 
 
 		 466 aa  499  1e-140  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1245  isopropylmalate isomerase large subunit  56.41 
 
 		 470 aa  500  1e-140  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.923179  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0120  isopropylmalate isomerase large subunit  53.98 
 
 		 466 aa  496  1e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2012  isopropylmalate isomerase large subunit  55.3 
 
 		 474 aa  497  1e-139  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0300931  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3280  isopropylmalate isomerase large subunit  55.03 
 
 		 467 aa  498  1e-139  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.215534  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2149  isopropylmalate isomerase large subunit  53.56 
 
 		 466 aa  496  1e-139  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.754808  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1812  isopropylmalate isomerase large subunit  55.46 
 
 		 466 aa  498  1e-139  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.364535  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0127  isopropylmalate isomerase large subunit  53.98 
 
 		 466 aa  496  1e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3215  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  54.35 
 
 		 477 aa  495  1e-139  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.056695  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0194  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  53.83 
 
 		 469 aa  495  1e-139  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0363  isopropylmalate isomerase large subunit  54.98 
 
 		 468 aa  495  1e-139  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.271446  normal  0.532793 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0227  isopropylmalate isomerase large subunit  55.84 
 
 		 473 aa  498  1e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00400027 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4084  isopropylmalate isomerase large subunit  54 
 
 		 469 aa  496  1e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.774814  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0127  isopropylmalate isomerase large subunit  53.98 
 
 		 466 aa  496  1e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.03719 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0630  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  54.74 
 
 		 466 aa  497  1e-139  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0158  isopropylmalate isomerase large subunit  53.02 
 
 		 472 aa  497  1e-139  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3448  isopropylmalate isomerase large subunit  53.33 
 
 		 469 aa  496  1e-139  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3759  isopropylmalate isomerase large subunit  53.78 
 
 		 469 aa  496  1e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0075  isopropylmalate isomerase large subunit  53.33 
 
 		 466 aa  496  1e-139  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0123  isopropylmalate isomerase large subunit  54.19 
 
 		 466 aa  498  1e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.610682  normal  0.713431 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0122  isopropylmalate isomerase large subunit  54.19 
 
 		 466 aa  498  1e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.924094  normal  0.160243 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1416  isopropylmalate isomerase large subunit  56.01 
 
 		 470 aa  497  1e-139  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.941586  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2785  isopropylmalate isomerase large subunit  55.41 
 
 		 468 aa  494  9.999999999999999e-139  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.378068  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0863  isopropylmalate isomerase large subunit  53.45 
 
 		 475 aa  494  9.999999999999999e-139  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0947  isopropylmalate isomerase large subunit  52.7 
 
 		 469 aa  494  9.999999999999999e-139  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0819  isopropylmalate isomerase large subunit  55.58 
 
 		 470 aa  493  9.999999999999999e-139  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3818  isopropylmalate isomerase large subunit  52.58 
 
 		 470 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2523  isopropylmalate isomerase large subunit  53.66 
 
 		 475 aa  494  9.999999999999999e-139  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.520601  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23750  isopropylmalate isomerase large subunit  55.08 
 
 		 474 aa  494  9.999999999999999e-139  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0168844 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1573  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  55.27 
 
 		 493 aa  489  1e-137  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.488131  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2935  isopropylmalate isomerase large subunit  55.98 
 
 		 469 aa  489  1e-137  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2848  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  53.1 
 
 		 481 aa  489  1e-137  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3584  isopropylmalate isomerase large subunit  54.98 
 
 		 468 aa  488  1e-137  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.931395  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2475  isopropylmalate isomerase large subunit  55.25 
 
 		 469 aa  489  1e-137  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.891959  normal  0.311686 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09060  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  54.12 
 
 		 471 aa  490  1e-137  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.918212  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1548  isopropylmalate isomerase large subunit  54.99 
 
 		 477 aa  488  1e-137  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.272021 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3586  isopropylmalate isomerase large subunit  52.97 
 
 		 474 aa  490  1e-137  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3759  isopropylmalate isomerase large subunit  52.97 
 
 		 474 aa  489  1e-137  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.134544 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4548  isopropylmalate isomerase large subunit  52.48 
 
 		 466 aa  491  1e-137  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.182173  normal  0.0136159 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1985  isopropylmalate isomerase large subunit  54.14 
 
 		 477 aa  485  1e-136  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.682408  normal  0.0241842 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2173  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  54.78 
 
 		 475 aa  488  1e-136  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0764  isopropylmalate isomerase large subunit  54.18 
 
 		 469 aa  487  1e-136  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1478  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  52.01 
 
 		 486 aa  485  1e-136  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.333411  normal  0.827202 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3774  isopropylmalate isomerase large subunit  54.14 
 
 		 477 aa  486  1e-136  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1889  isopropylmalate isomerase large subunit  54.35 
 
 		 472 aa  487  1e-136  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.169279  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3470  isopropylmalate isomerase large subunit  52.05 
 
 		 466 aa  486  1e-136  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.510231  normal  0.406012 
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3567  isopropylmalate isomerase large subunit  52.24 
 
 		 477 aa  488  1e-136  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0861  isopropylmalate isomerase large subunit  51.28 
 
 		 471 aa  486  1e-136  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1228  isopropylmalate isomerase large subunit  54.51 
 
 		 469 aa  486  1e-136  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0896395 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2357  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  54.29 
 
 		 517 aa  485  1e-136  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2164  isopropylmalate isomerase large subunit  55.49 
 
 		 479 aa  485  1e-136  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.170701 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1516  isopropylmalate isomerase large subunit  54.14 
 
 		 477 aa  486  1e-136  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.11161  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34280  isopropylmalate isomerase large subunit  54.83 
 
 		 474 aa  482  1e-135  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0778  isopropylmalate isomerase large subunit  54.18 
 
 		 479 aa  482  1e-135  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000809283  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1705  isopropylmalate isomerase large subunit  54.27 
 
 		 468 aa  484  1e-135  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0785429  hitchhiker  0.00273209 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2889  isopropylmalate isomerase large subunit  53.96 
 
 		 469 aa  481  1e-135  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2453  isopropylmalate isomerase large subunit  54.03 
 
 		 487 aa  481  1e-135  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.142412  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>