More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0240 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
BN001301  ANIA_05886  alpha isopropylmalate isomerase (Eurofung)  65.96 
 
 		 772 aa  641    Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  decreased coverage  0.00198619  normal  0.994666 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0636  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  77.63 
 
 		 468 aa  741    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0643204 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2145  isopropylmalate isomerase large subunit  68.25 
 
 		 469 aa  634    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2103  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  78.26 
 
 		 470 aa  730    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0775087  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2454  isopropylmalate isomerase large subunit  68.9 
 
 		 469 aa  638    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0296584  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4084  isopropylmalate isomerase large subunit  78.72 
 
 		 469 aa  743    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.774814  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1906  isopropylmalate isomerase large subunit  80.17 
 
 		 469 aa  756    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.276241  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1416  isopropylmalate isomerase large subunit  78.45 
 
 		 470 aa  749    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.941586  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2523  isopropylmalate isomerase large subunit  70.47 
 
 		 475 aa  660    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.520601  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1729  isopropylmalate isomerase large subunit  68.9 
 
 		 469 aa  639    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.405505  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0520  isopropylmalate isomerase large subunit  68.9 
 
 		 469 aa  639    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.643053  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2785  isopropylmalate isomerase large subunit  90.77 
 
 		 468 aa  881    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.378068  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0240  isopropylmalate isomerase large subunit  100 
 
 		 469 aa  967    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0778  isopropylmalate isomerase large subunit  68.9 
 
 		 479 aa  636    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000809283  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1834  isopropylmalate isomerase large subunit  80.17 
 
 		 469 aa  756    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.538456  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0863  isopropylmalate isomerase large subunit  70.47 
 
 		 475 aa  662    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0947  isopropylmalate isomerase large subunit  77.87 
 
 		 469 aa  736    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0363  isopropylmalate isomerase large subunit  90.77 
 
 		 468 aa  875    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.271446  normal  0.532793 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0158  isopropylmalate isomerase large subunit  69.83 
 
 		 472 aa  659    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_28677  predicted protein  67.16 
 
 		 722 aa  650    Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1189  isopropylmalate isomerase large subunit  71.15 
 
 		 472 aa  695    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.672672  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0672  isopropylmalate isomerase large subunit  68.68 
 
 		 469 aa  637    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00206744  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4223  isopropylmalate isomerase large subunit  79.1 
 
 		 469 aa  748    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0348  isopropylmalate isomerase large subunit  96.15 
 
 		 470 aa  919    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3759  isopropylmalate isomerase large subunit  78.72 
 
 		 469 aa  744    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0227  isopropylmalate isomerase large subunit  94.22 
 
 		 473 aa  899    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00400027 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1705  isopropylmalate isomerase large subunit  68.52 
 
 		 468 aa  635    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0785429  hitchhiker  0.00273209 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1180  isopropylmalate isomerase large subunit  83.19 
 
 		 480 aa  762    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3059  isopropylmalate isomerase large subunit  78.89 
 
 		 469 aa  744    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0504  isopropylmalate isomerase large subunit  94.65 
 
 		 470 aa  909    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3584  isopropylmalate isomerase large subunit  90.58 
 
 		 468 aa  879    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.931395  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4879  isopropylmalate isomerase large subunit  76.94 
 
 		 469 aa  743    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.29662  normal  0.101077 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2508  isopropylmalate isomerase large subunit  69.46 
 
 		 467 aa  634    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1641  isopropylmalate isomerase large subunit  68.9 
 
 		 469 aa  639    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.159625  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4630  isopropylmalate isomerase large subunit  67.51 
 
 		 477 aa  634    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3448  isopropylmalate isomerase large subunit  80.22 
 
 		 469 aa  756    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2149  isopropylmalate isomerase large subunit  67.75 
 
 		 466 aa  645    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.754808  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4355  isopropylmalate isomerase large subunit  76.51 
 
 		 480 aa  743    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2316  isopropylmalate isomerase large subunit  68.9 
 
 		 469 aa  638    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1849  isopropylmalate isomerase large subunit  68.9 
 
 		 469 aa  639    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0604506  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1423  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  74.41 
 
 		 473 aa  731    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4757  isopropylmalate isomerase large subunit  76.51 
 
 		 469 aa  743    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0764  isopropylmalate isomerase large subunit  77.59 
 
 		 470 aa  744    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.266094 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0819  isopropylmalate isomerase large subunit  76.94 
 
 		 470 aa  741    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1990  isopropylmalate isomerase large subunit  67.82 
 
 		 469 aa  632  1e-180  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.508129  normal  0.146532 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_68659  3-isopropylmalate dehydratase  64.54 
 
 		 770 aa  631  1e-180  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.161777 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3579  isopropylmalate isomerase large subunit  68.25 
 
 		 469 aa  632  1e-180  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.482085  normal  0.399315 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2475  isopropylmalate isomerase large subunit  68.9 
 
 		 469 aa  631  1e-180  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.891959  normal  0.311686 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4418  isopropylmalate isomerase large subunit  68.25 
 
 		 469 aa  632  1e-180  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1821  isopropylmalate isomerase large subunit  68.25 
 
 		 469 aa  634  1e-180  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.626663  normal  0.539563 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1228  isopropylmalate isomerase large subunit  67.8 
 
 		 469 aa  634  1e-180  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0896395 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3949  isopropylmalate isomerase large subunit  68.25 
 
 		 469 aa  632  1e-180  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.373197 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2314  isopropylmalate isomerase large subunit  68.47 
 
 		 469 aa  629  1e-179  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2133  isopropylmalate isomerase large subunit  68.03 
 
 		 469 aa  629  1e-179  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0241304 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0216  isopropylmalate isomerase large subunit  66.67 
 
 		 480 aa  629  1e-179  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.146559 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0085  isopropylmalate isomerase large subunit  68.72 
 
 		 467 aa  629  1e-179  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.362256  normal  0.223362 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3280  isopropylmalate isomerase large subunit  64.45 
 
 		 467 aa  630  1e-179  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.215534  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1565  isopropylmalate isomerase large subunit  67.1 
 
 		 472 aa  629  1e-179  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.046679  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2065  isopropylmalate isomerase large subunit  67.81 
 
 		 470 aa  627  1e-178  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4367  isopropylmalate isomerase large subunit  68.03 
 
 		 469 aa  625  1e-178  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1245  isopropylmalate isomerase large subunit  67.46 
 
 		 470 aa  625  1e-178  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.923179  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6850  isopropylmalate isomerase large subunit  67.6 
 
 		 469 aa  624  1e-178  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.670748 
 
 
-
 
NC_006670  CNA02270  3-isopropylmalate dehydratase, putative  63.45 
 
 		 762 aa  623  1e-177  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0205062  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1921  isopropylmalate isomerase large subunit  66.24 
 
 		 469 aa  623  1e-177  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.724454  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0135  isopropylmalate isomerase large subunit  69.11 
 
 		 468 aa  622  1e-177  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0383908  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2889  isopropylmalate isomerase large subunit  67.82 
 
 		 469 aa  624  1e-177  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3340  isopropylmalate isomerase large subunit  67.39 
 
 		 469 aa  624  1e-177  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.184073  normal  0.862322 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3844  isopropylmalate isomerase large subunit  67.39 
 
 		 469 aa  624  1e-177  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.777096 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0764  isopropylmalate isomerase large subunit  67.17 
 
 		 469 aa  619  1e-176  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1422  isopropylmalate isomerase large subunit  66.74 
 
 		 473 aa  618  1e-176  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3608  isopropylmalate isomerase large subunit  66.52 
 
 		 473 aa  618  1e-176  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.629555 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1057  isopropylmalate isomerase large subunit  67.17 
 
 		 469 aa  619  1e-176  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.960077  normal  0.219462 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4707  isopropylmalate isomerase large subunit  63.29 
 
 		 479 aa  619  1e-176  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.9984 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2164  isopropylmalate isomerase large subunit  66.1 
 
 		 479 aa  615  1e-175  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.170701 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3039  isopropylmalate isomerase large subunit  66.6 
 
 		 483 aa  615  1e-175  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1812  isopropylmalate isomerase large subunit  66.23 
 
 		 466 aa  615  1e-175  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.364535  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1779  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  68.38 
 
 		 467 aa  616  1e-175  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00189563 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1985  isopropylmalate isomerase large subunit  66.09 
 
 		 477 aa  612  9.999999999999999e-175  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.682408  normal  0.0241842 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2173  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  65.45 
 
 		 475 aa  613  9.999999999999999e-175  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1983  isopropylmalate isomerase large subunit  65.24 
 
 		 474 aa  611  9.999999999999999e-175  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0478435 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3774  isopropylmalate isomerase large subunit  66.31 
 
 		 477 aa  613  9.999999999999999e-175  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2012  isopropylmalate isomerase large subunit  65.31 
 
 		 474 aa  614  9.999999999999999e-175  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0300931  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1922  isopropylmalate isomerase large subunit  66.52 
 
 		 467 aa  612  9.999999999999999e-175  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0194  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  65.09 
 
 		 469 aa  611  9.999999999999999e-175  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1516  isopropylmalate isomerase large subunit  66.09 
 
 		 477 aa  612  9.999999999999999e-175  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.11161  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2453  isopropylmalate isomerase large subunit  66.67 
 
 		 487 aa  613  9.999999999999999e-175  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.142412  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23750  isopropylmalate isomerase large subunit  65.52 
 
 		 474 aa  614  9.999999999999999e-175  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0168844 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2520  isopropylmalate isomerase large subunit  66.81 
 
 		 478 aa  614  9.999999999999999e-175  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1889  isopropylmalate isomerase large subunit  65.02 
 
 		 472 aa  608  1e-173  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.169279  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1795  isopropylmalate isomerase large subunit  65.27 
 
 		 490 aa  608  1e-173  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.367399  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02613  isopropylmalate isomerase large subunit  65.12 
 
 		 482 aa  609  1e-173  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5235  isopropylmalate isomerase large subunit  66.1 
 
 		 488 aa  608  1e-173  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.71536 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2935  isopropylmalate isomerase large subunit  66.3 
 
 		 469 aa  606  9.999999999999999e-173  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2582  isopropylmalate isomerase large subunit  66.31 
 
 		 473 aa  607  9.999999999999999e-173  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1548  isopropylmalate isomerase large subunit  65.67 
 
 		 477 aa  607  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.272021 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1049  isopropylmalate isomerase large subunit  66.38 
 
 		 502 aa  607  9.999999999999999e-173  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3229  isopropylmalate isomerase large subunit  66.31 
 
 		 473 aa  607  9.999999999999999e-173  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0550685  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3609  isopropylmalate isomerase large subunit  63.93 
 
 		 466 aa  605  9.999999999999999e-173  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1223  isopropylmalate isomerase large subunit  65.88 
 
 		 473 aa  607  9.999999999999999e-173  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.10034  normal  0.0157674 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3071  isopropylmalate isomerase large subunit  64.95 
 
 		 468 aa  602  1.0000000000000001e-171  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>