More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2520 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
BN001301  ANIA_05886  alpha isopropylmalate isomerase (Eurofung)  64.99 
 
 		 772 aa  643    Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  decreased coverage  0.00198619  normal  0.994666 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0158  isopropylmalate isomerase large subunit  84.89 
 
 		 472 aa  813    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1906  isopropylmalate isomerase large subunit  71.55 
 
 		 469 aa  684    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.276241  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0085  isopropylmalate isomerase large subunit  84.09 
 
 		 467 aa  772    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.362256  normal  0.223362 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2785  isopropylmalate isomerase large subunit  68.1 
 
 		 468 aa  639    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.378068  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4223  isopropylmalate isomerase large subunit  71.61 
 
 		 469 aa  678    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2149  isopropylmalate isomerase large subunit  69.55 
 
 		 466 aa  653    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.754808  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0863  isopropylmalate isomerase large subunit  86.05 
 
 		 475 aa  811    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4084  isopropylmalate isomerase large subunit  70.11 
 
 		 469 aa  664    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.774814  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1245  isopropylmalate isomerase large subunit  67.74 
 
 		 470 aa  639    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.923179  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3280  isopropylmalate isomerase large subunit  69.16 
 
 		 467 aa  664    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.215534  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2523  isopropylmalate isomerase large subunit  85.62 
 
 		 475 aa  808    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.520601  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1189  isopropylmalate isomerase large subunit  70.02 
 
 		 472 aa  672    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.672672  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0348  isopropylmalate isomerase large subunit  66.88 
 
 		 470 aa  637    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1170  isopropylmalate isomerase large subunit  66.88 
 
 		 478 aa  639    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.910867  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0135  isopropylmalate isomerase large subunit  83.01 
 
 		 468 aa  766    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0383908  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0227  isopropylmalate isomerase large subunit  66.81 
 
 		 473 aa  635    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00400027 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1705  isopropylmalate isomerase large subunit  66.95 
 
 		 468 aa  636    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0785429  hitchhiker  0.00273209 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1423  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  70.06 
 
 		 473 aa  682    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1416  isopropylmalate isomerase large subunit  67.31 
 
 		 470 aa  646    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.941586  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0504  isopropylmalate isomerase large subunit  67.31 
 
 		 470 aa  639    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0216  isopropylmalate isomerase large subunit  66.53 
 
 		 480 aa  647    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.146559 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2508  isopropylmalate isomerase large subunit  82.19 
 
 		 467 aa  765    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3448  isopropylmalate isomerase large subunit  70.54 
 
 		 469 aa  677    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0947  isopropylmalate isomerase large subunit  71.4 
 
 		 469 aa  683    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3059  isopropylmalate isomerase large subunit  70.11 
 
 		 469 aa  667    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0363  isopropylmalate isomerase large subunit  67.24 
 
 		 468 aa  634    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.271446  normal  0.532793 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2103  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  69.93 
 
 		 470 aa  637    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0775087  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0819  isopropylmalate isomerase large subunit  66.45 
 
 		 470 aa  638    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0240  isopropylmalate isomerase large subunit  66.38 
 
 		 469 aa  636    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2520  isopropylmalate isomerase large subunit  100 
 
 		 478 aa  980    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3759  isopropylmalate isomerase large subunit  69.89 
 
 		 469 aa  664    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1834  isopropylmalate isomerase large subunit  71.55 
 
 		 469 aa  684    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.538456  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0636  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  68.75 
 
 		 468 aa  631  1e-180  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0643204 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3584  isopropylmalate isomerase large subunit  67.24 
 
 		 468 aa  632  1e-180  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.931395  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00074  isopropylmalate isomerase large subunit  66.02 
 
 		 466 aa  625  1e-178  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3526  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  66.02 
 
 		 466 aa  625  1e-178  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_28677  predicted protein  65.38 
 
 		 722 aa  627  1e-178  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0077  isopropylmalate isomerase large subunit  66.02 
 
 		 466 aa  625  1e-178  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00073  hypothetical protein  66.02 
 
 		 466 aa  625  1e-178  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0066  isopropylmalate isomerase large subunit  66.02 
 
 		 466 aa  625  1e-178  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0764  isopropylmalate isomerase large subunit  64.95 
 
 		 470 aa  626  1e-178  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.266094 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3585  isopropylmalate isomerase large subunit  66.02 
 
 		 466 aa  625  1e-178  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000478946 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4879  isopropylmalate isomerase large subunit  65.59 
 
 		 469 aa  625  1e-178  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.29662  normal  0.101077 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0077  isopropylmalate isomerase large subunit  66.02 
 
 		 466 aa  625  1e-178  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.387894 
 
 
-
 
NC_006670  CNA02270  3-isopropylmalate dehydratase, putative  64.44 
 
 		 762 aa  622  1e-177  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0205062  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0079  isopropylmalate isomerase large subunit  65.81 
 
 		 466 aa  621  1e-177  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4757  isopropylmalate isomerase large subunit  65.16 
 
 		 469 aa  624  1e-177  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4355  isopropylmalate isomerase large subunit  65.16 
 
 		 480 aa  624  1e-177  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0075  isopropylmalate isomerase large subunit  65.81 
 
 		 466 aa  621  1e-177  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4707  isopropylmalate isomerase large subunit  65.39 
 
 		 479 aa  621  1e-176  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.9984 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2065  isopropylmalate isomerase large subunit  65.95 
 
 		 470 aa  613  9.999999999999999e-175  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0120  isopropylmalate isomerase large subunit  64.87 
 
 		 466 aa  612  9.999999999999999e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0764  isopropylmalate isomerase large subunit  65.74 
 
 		 469 aa  614  9.999999999999999e-175  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_68659  3-isopropylmalate dehydratase  63.52 
 
 		 770 aa  612  9.999999999999999e-175  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.161777 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1343  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  64.79 
 
 		 470 aa  613  9.999999999999999e-175  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.444862 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0620  isopropylmalate isomerase large subunit  65.38 
 
 		 466 aa  612  9.999999999999999e-175  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.135441 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0127  isopropylmalate isomerase large subunit  64.87 
 
 		 466 aa  612  9.999999999999999e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.03719 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0127  isopropylmalate isomerase large subunit  64.87 
 
 		 466 aa  612  9.999999999999999e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1057  isopropylmalate isomerase large subunit  65.31 
 
 		 469 aa  613  9.999999999999999e-175  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.960077  normal  0.219462 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0123  isopropylmalate isomerase large subunit  64.66 
 
 		 466 aa  610  1e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.610682  normal  0.713431 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1821  isopropylmalate isomerase large subunit  64.67 
 
 		 469 aa  608  1e-173  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.626663  normal  0.539563 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1180  isopropylmalate isomerase large subunit  67.82 
 
 		 480 aa  609  1e-173  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2475  isopropylmalate isomerase large subunit  65.1 
 
 		 469 aa  610  1e-173  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.891959  normal  0.311686 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2129  isopropylmalate isomerase large subunit  66.38 
 
 		 476 aa  609  1e-173  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0122  isopropylmalate isomerase large subunit  64.66 
 
 		 466 aa  610  1e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.924094  normal  0.160243 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0743  isopropylmalate isomerase large subunit  65.09 
 
 		 466 aa  606  9.999999999999999e-173  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2314  isopropylmalate isomerase large subunit  64.67 
 
 		 469 aa  606  9.999999999999999e-173  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0672  isopropylmalate isomerase large subunit  63.81 
 
 		 469 aa  605  9.999999999999999e-173  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00206744  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0194  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  65.16 
 
 		 469 aa  605  9.999999999999999e-173  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2145  isopropylmalate isomerase large subunit  64.45 
 
 		 469 aa  607  9.999999999999999e-173  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2582  isopropylmalate isomerase large subunit  64.89 
 
 		 473 aa  602  1.0000000000000001e-171  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5235  isopropylmalate isomerase large subunit  64.26 
 
 		 488 aa  602  1.0000000000000001e-171  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.71536 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1729  isopropylmalate isomerase large subunit  63.81 
 
 		 469 aa  603  1.0000000000000001e-171  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.405505  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2316  isopropylmalate isomerase large subunit  63.81 
 
 		 469 aa  603  1.0000000000000001e-171  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1922  isopropylmalate isomerase large subunit  65.53 
 
 		 467 aa  604  1.0000000000000001e-171  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0778  isopropylmalate isomerase large subunit  63.81 
 
 		 479 aa  603  1.0000000000000001e-171  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000809283  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34280  isopropylmalate isomerase large subunit  64.54 
 
 		 474 aa  604  1.0000000000000001e-171  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1641  isopropylmalate isomerase large subunit  63.81 
 
 		 469 aa  603  1.0000000000000001e-171  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.159625  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0520  isopropylmalate isomerase large subunit  63.81 
 
 		 469 aa  603  1.0000000000000001e-171  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.643053  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0630  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  64.3 
 
 		 466 aa  604  1.0000000000000001e-171  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6850  isopropylmalate isomerase large subunit  63.38 
 
 		 469 aa  602  1.0000000000000001e-171  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.670748 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4630  isopropylmalate isomerase large subunit  63.81 
 
 		 477 aa  603  1.0000000000000001e-171  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0592  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  64.3 
 
 		 466 aa  604  1.0000000000000001e-171  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3229  isopropylmalate isomerase large subunit  64.89 
 
 		 473 aa  602  1.0000000000000001e-171  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0550685  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2454  isopropylmalate isomerase large subunit  63.81 
 
 		 469 aa  603  1.0000000000000001e-171  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0296584  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1849  isopropylmalate isomerase large subunit  63.81 
 
 		 469 aa  603  1.0000000000000001e-171  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0604506  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1223  isopropylmalate isomerase large subunit  64.47 
 
 		 473 aa  601  1.0000000000000001e-171  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.10034  normal  0.0157674 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02613  isopropylmalate isomerase large subunit  64.18 
 
 		 482 aa  599  1e-170  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1990  isopropylmalate isomerase large subunit  64.03 
 
 		 469 aa  598  1e-170  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.508129  normal  0.146532 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1889  isopropylmalate isomerase large subunit  63.06 
 
 		 472 aa  600  1e-170  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.169279  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3844  isopropylmalate isomerase large subunit  63.6 
 
 		 469 aa  599  1e-170  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.777096 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2889  isopropylmalate isomerase large subunit  63.6 
 
 		 469 aa  600  1e-170  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1542  isopropylmalate isomerase large subunit  62.92 
 
 		 474 aa  598  1e-170  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.690084  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3407  isopropylmalate isomerase large subunit  62.32 
 
 		 476 aa  600  1e-170  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3340  isopropylmalate isomerase large subunit  63.6 
 
 		 469 aa  599  1e-170  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.184073  normal  0.862322 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3949  isopropylmalate isomerase large subunit  63.17 
 
 		 469 aa  599  1e-170  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.373197 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3537  isopropylmalate isomerase large subunit  62.32 
 
 		 476 aa  600  1e-170  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3579  isopropylmalate isomerase large subunit  63.17 
 
 		 469 aa  599  1e-170  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.482085  normal  0.399315 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1565  isopropylmalate isomerase large subunit  63.06 
 
 		 472 aa  598  1e-170  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.046679  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>