298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2280 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2280  ApbE family lipoprotein  100 
 
 		 372 aa  777    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.406356  normal  0.506741 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2090  ApbE family lipoprotein  59.83 
 
 		 427 aa  463  1e-129  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1971  ApbE family lipoprotein  56.16 
 
 		 392 aa  422  1e-117  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.196908 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1418  apbE family protein  52.25 
 
 		 375 aa  404  1e-111  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1117  ApbE family lipoprotein  33.23 
 
 		 350 aa  169  6e-41  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1278  ApbE family lipoprotein  29.52 
 
 		 389 aa  137  4e-31  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0673  ApbE family lipoprotein  27.13 
 
 		 345 aa  124  2e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.38992  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14840  ApbE family lipoprotein  26.62 
 
 		 360 aa  124  3e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.173743  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1956  thiamine biosynthesis lipoprotein  28.97 
 
 		 363 aa  123  4e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3036  ApbE family lipoprotein  29.63 
 
 		 381 aa  120  3.9999999999999996e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000431252  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0561  ApbE-like lipoprotein  28.92 
 
 		 348 aa  117  1.9999999999999998e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1504  ApbE family lipoprotein  26.07 
 
 		 366 aa  116  6.9999999999999995e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00453066  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1523  ApbE family lipoprotein  25 
 
 		 350 aa  116  7.999999999999999e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14280  ApbE family lipoprotein  26.92 
 
 		 336 aa  113  6e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  3.71424e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2813  ApbE family lipoprotein  26.71 
 
 		 308 aa  111  2.0000000000000002e-23  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000198345  hitchhiker  0.00117663 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1686  thiamine biosynthesis lipoprotein  28.4 
 
 		 349 aa  109  8.000000000000001e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3125  ApbE family lipoprotein  28.28 
 
 		 325 aa  109  8.000000000000001e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.779525  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0693  ApbE family lipoprotein  25.42 
 
 		 379 aa  109  9.000000000000001e-23  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2215  ApbE family lipoprotein  28.05 
 
 		 330 aa  108  1e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0332053  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0788  thiamine biosynthesis lipoprotein  26.99 
 
 		 297 aa  108  1e-22  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2491  ApbE family protein  25.71 
 
 		 342 aa  108  2e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0587  hypotehtical protein  27.54 
 
 		 342 aa  106  7e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4467  ApbE family lipoprotein  26.07 
 
 		 309 aa  104  2e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1387  ApbE-like lipoprotein  24.09 
 
 		 350 aa  104  2e-21  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.184425  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5054  ApbE family lipoprotein  25.32 
 
 		 362 aa  105  2e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.288464  normal  0.124828 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0976  ApbE family lipoprotein  30.77 
 
 		 346 aa  103  3e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.402435  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2624  ApbE family lipoprotein  28.01 
 
 		 323 aa  103  4e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.53738  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2654  ApbE family lipoprotein  24.61 
 
 		 326 aa  103  5e-21  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.131589 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2363  putative thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  25.53 
 
 		 343 aa  99.8  6e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21260  thiamine biosynthesis lipoprotein  26.52 
 
 		 306 aa  99.4  9e-20  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2350  ApbE family lipoprotein  29.17 
 
 		 323 aa  99  1e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1244  ApbE family lipoprotein  26.4 
 
 		 347 aa  99.4  1e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.75152  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3494  ApbE family lipoprotein  28.69 
 
 		 323 aa  98.6  2e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.960386  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05540  hypothetical protein  24.44 
 
 		 323 aa  98.6  2e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0510  ApbE family lipoprotein  25 
 
 		 353 aa  97.8  3e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00242012  hitchhiker  0.000000000324218 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0552  ApbE family lipoprotein  26.61 
 
 		 351 aa  96.7  5e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00140  thiamine biosynthesis lipoprotein  27.34 
 
 		 313 aa  97.1  5e-19  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.594186 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0414  membrane-associated lipoprotein for thiamine biosynthesis  29.63 
 
 		 325 aa  97.1  5e-19  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0146647  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1081  ApbE family protein  25.51 
 
 		 312 aa  96.7  6e-19  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0283392  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05200  thiamine biosynthesis lipoprotein  24.75 
 
 		 332 aa  96.7  6e-19  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.666118  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1086  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  25.33 
 
 		 343 aa  96.3  7e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0752  ApbE family lipoprotein  24.19 
 
 		 344 aa  96.3  8e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5637  ApbE-like lipoprotein, membrane-associated lipoprotein involved in thiamine biosynthesis  24.75 
 
 		 337 aa  95.5  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.85012 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1874  ApbE family lipoprotein  24 
 
 		 317 aa  95.5  1e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0211225  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1217  membrane-associated lipoprotein for thiamine biosynthesis  26.79 
 
 		 361 aa  95.9  1e-18  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000151125  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2693  ApbE family lipoprotein  23.44 
 
 		 352 aa  95.5  1e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00390804 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1925  ApbE family lipoprotein  24.75 
 
 		 349 aa  95.9  1e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2614  ApbE family protein  27.95 
 
 		 371 aa  94.7  2e-18  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0129  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  24.92 
 
 		 361 aa  95.1  2e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.791974  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0536  ApbE family lipoprotein  24.21 
 
 		 345 aa  95.1  2e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2727  ApbE-like lipoprotein  24.1 
 
 		 355 aa  94.7  2e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.619342  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1575  ApbE-like lipoprotein  24.25 
 
 		 350 aa  94.7  2e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.121916  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1097  ApbE family lipoprotein  25.95 
 
 		 339 aa  94.4  3e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000910901  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1597  ApbE family lipoprotein  25.35 
 
 		 305 aa  94.4  3e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.727207 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1499  ApbE family lipoprotein  26.61 
 
 		 380 aa  94  4e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000152679  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5212  ApbE-like lipoprotein  23.57 
 
 		 335 aa  94  4e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1803  thiamine biosynthesis lipoprotein  27.57 
 
 		 349 aa  93.6  5e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1338  ApbE family lipoprotein  27.7 
 
 		 339 aa  93.2  6e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.337899  unclonable  0.00000141849 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2875  ApbE family lipoprotein  23.95 
 
 		 338 aa  92.8  8e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3147  twin-arginine translocation pathway signal  25.4 
 
 		 344 aa  92.8  1e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0264  ApbE family lipoprotein  26.71 
 
 		 320 aa  91.3  2e-17  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.398879  normal  0.351019 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0541  ApbE family lipoprotein  27.94 
 
 		 343 aa  91.3  2e-17  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3758  ApbE family lipoprotein  26.56 
 
 		 316 aa  91.3  2e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.390614  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1216  thiamine biosynthesis lipoprotein  24.03 
 
 		 336 aa  91.3  3e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0427  ApbE-like lipoprotein  23.31 
 
 		 332 aa  90.9  3e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.846061  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3233  ApbE family lipoprotein  21.74 
 
 		 344 aa  90.5  4e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000188784  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1244  ApbE family lipoprotein  27.3 
 
 		 348 aa  90.5  4e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.462864  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3097  ApbE family lipoprotein  27.27 
 
 		 338 aa  90.1  6e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03269  hypothetical protein  23.87 
 
 		 379 aa  89.4  9e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1239  ApbE family lipoprotein  25.17 
 
 		 349 aa  89.4  9e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4038  ApbE family lipoprotein  25.15 
 
 		 386 aa  89  1e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.618341  normal  0.564525 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1954  ApbE family lipoprotein  25.48 
 
 		 337 aa  88.2  2e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.355281  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2093  ApbE family lipoprotein  27.83 
 
 		 333 aa  88.2  2e-16  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  3.11656e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1601  thiamine biosynthesis membrane-associated lipoprotein  24.81 
 
 		 358 aa  88.6  2e-16  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1073  ApbE family lipoprotein  24.11 
 
 		 331 aa  87.4  3e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.651926  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1216  ApbE family lipoprotein  24.83 
 
 		 349 aa  87.8  3e-16  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0609  ApbE family lipoprotein  27.92 
 
 		 316 aa  87.8  3e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0104099 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1878  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  26.94 
 
 		 367 aa  87.4  3e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21060  thiamine biosynthesis lipoprotein  23.49 
 
 		 320 aa  87.4  3e-16  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1144  ApbE family lipoprotein  26.3 
 
 		 338 aa  87  4e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.301499  normal  0.219283 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3160  putative thiamine biosynthesis lipoprotein apbE  23.76 
 
 		 345 aa  86.7  5e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3311  thiamine biosynthesis lipoprotein  23.76 
 
 		 331 aa  87  5e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.465607  hitchhiker  0.00000384441 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002713  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  26.13 
 
 		 334 aa  87  5e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0237  ApbE family lipoprotein  26.1 
 
 		 335 aa  86.7  6e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0955  ApbE family lipoprotein  24.24 
 
 		 337 aa  86.3  7e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0462769  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3299  ApbE family lipoprotein  23.76 
 
 		 359 aa  86.3  7e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.753835  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3592  ApbE family lipoprotein  23.26 
 
 		 332 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.481358 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1601  ApbE family lipoprotein  22.63 
 
 		 341 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0279572  normal  0.0160847 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3767  ApbE family lipoprotein  24.65 
 
 		 417 aa  85.5  0.000000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.301189  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5765  ApbE family lipoprotein  23.96 
 
 		 315 aa  85.5  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.734986 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3569  membrane protein  25.08 
 
 		 336 aa  85.5  0.000000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.325217 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1461  ApbE family lipoprotein  25.66 
 
 		 345 aa  85.5  0.000000000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3418  ApbE-like lipoprotein  22.86 
 
 		 343 aa  85.1  0.000000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.999205 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1746  thiamine biosynthesis membrane-associated lipoprotein  24.23 
 
 		 308 aa  85.1  0.000000000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.000000775168  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3425  ApbE family lipoprotein  24.24 
 
 		 338 aa  84.3  0.000000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2150  ApbE family lipoprotein  22.92 
 
 		 332 aa  84  0.000000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.344488  normal  0.0417056 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3611  ApbE family lipoprotein  24.8 
 
 		 338 aa  84  0.000000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.698198  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2557  ApbE family lipoprotein  25.5 
 
 		 321 aa  83.6  0.000000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0513612 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1109  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  23.73 
 
 		 347 aa  83.6  0.000000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2638  ApbE family lipoprotein  23.72 
 
 		 344 aa  83.6  0.000000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.489922  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>