More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1971 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_1971  ApbE family lipoprotein  100 
 
 		 392 aa  819    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.196908 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2090  ApbE family lipoprotein  56.45 
 
 		 427 aa  433  1e-120  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2280  ApbE family lipoprotein  56.16 
 
 		 372 aa  422  1e-117  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.406356  normal  0.506741 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1418  apbE family protein  49.71 
 
 		 375 aa  372  1e-102  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1117  ApbE family lipoprotein  32.93 
 
 		 350 aa  181  2.9999999999999997e-44  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1278  ApbE family lipoprotein  29.82 
 
 		 389 aa  156  6e-37  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3036  ApbE family lipoprotein  29.64 
 
 		 381 aa  141  1.9999999999999998e-32  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000431252  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14840  ApbE family lipoprotein  29.39 
 
 		 360 aa  134  1.9999999999999998e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.173743  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0673  ApbE family lipoprotein  30.57 
 
 		 345 aa  134  3.9999999999999996e-30  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.38992  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21260  thiamine biosynthesis lipoprotein  25.94 
 
 		 306 aa  133  5e-30  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2693  ApbE family lipoprotein  29.75 
 
 		 352 aa  132  1.0000000000000001e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00390804 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2491  ApbE family protein  27.74 
 
 		 342 aa  130  3e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14280  ApbE family lipoprotein  27.12 
 
 		 336 aa  128  2.0000000000000002e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  3.71424e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1504  ApbE family lipoprotein  30.11 
 
 		 366 aa  127  3e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00453066  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1387  ApbE-like lipoprotein  27.76 
 
 		 350 aa  127  3e-28  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.184425  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0561  ApbE-like lipoprotein  29.41 
 
 		 348 aa  124  3e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3125  ApbE family lipoprotein  31.88 
 
 		 325 aa  124  3e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.779525  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1575  ApbE-like lipoprotein  27.12 
 
 		 350 aa  124  3e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.121916  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1523  ApbE family lipoprotein  26.23 
 
 		 350 aa  123  5e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1956  thiamine biosynthesis lipoprotein  28.2 
 
 		 363 aa  123  6e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1874  ApbE family lipoprotein  28.52 
 
 		 317 aa  120  3e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0211225  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3758  ApbE family lipoprotein  30.69 
 
 		 316 aa  120  3.9999999999999996e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.390614  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2614  ApbE family protein  30.49 
 
 		 371 aa  119  9.999999999999999e-26  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2350  ApbE family lipoprotein  31.85 
 
 		 323 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1499  ApbE family lipoprotein  25.48 
 
 		 380 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000152679  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0510  ApbE family lipoprotein  27.93 
 
 		 353 aa  118  1.9999999999999998e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00242012  hitchhiker  0.000000000324218 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1686  thiamine biosynthesis lipoprotein  29.36 
 
 		 349 aa  118  1.9999999999999998e-25  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2813  ApbE family lipoprotein  27.11 
 
 		 308 aa  118  1.9999999999999998e-25  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000198345  hitchhiker  0.00117663 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1097  ApbE family lipoprotein  30.53 
 
 		 339 aa  116  6e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000910901  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05540  hypothetical protein  27.58 
 
 		 323 aa  115  1.0000000000000001e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5054  ApbE family lipoprotein  24.68 
 
 		 362 aa  115  2.0000000000000002e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.288464  normal  0.124828 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05200  thiamine biosynthesis lipoprotein  26.25 
 
 		 332 aa  115  2.0000000000000002e-24  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.666118  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2624  ApbE family lipoprotein  31.7 
 
 		 323 aa  114  3e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.53738  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2654  ApbE family lipoprotein  26.03 
 
 		 326 aa  114  3e-24  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.131589 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21060  thiamine biosynthesis lipoprotein  28.94 
 
 		 320 aa  114  4.0000000000000004e-24  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0541  ApbE family lipoprotein  29.43 
 
 		 343 aa  113  6e-24  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1611  ApbE family lipoprotein  26.1 
 
 		 331 aa  110  5e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5637  ApbE-like lipoprotein, membrane-associated lipoprotein involved in thiamine biosynthesis  25.1 
 
 		 337 aa  110  6e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.85012 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1086  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  25 
 
 		 343 aa  109  9.000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0693  ApbE family lipoprotein  24.14 
 
 		 379 aa  108  1e-22  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4467  ApbE family lipoprotein  30 
 
 		 309 aa  108  1e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2557  ApbE family lipoprotein  27.83 
 
 		 321 aa  108  2e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0513612 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1239  ApbE family lipoprotein  26.76 
 
 		 349 aa  107  2e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0536  ApbE family lipoprotein  26.47 
 
 		 345 aa  108  2e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0552  ApbE family lipoprotein  29.19 
 
 		 351 aa  108  2e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1461  ApbE family lipoprotein  28.76 
 
 		 345 aa  108  2e-22  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1216  ApbE family lipoprotein  26.76 
 
 		 349 aa  108  2e-22  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2215  ApbE family lipoprotein  26.17 
 
 		 330 aa  107  3e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0332053  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1803  thiamine biosynthesis lipoprotein  28.37 
 
 		 349 aa  107  3e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0092  ApbE family lipoprotein  26.13 
 
 		 308 aa  107  3e-22  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0025456  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1925  ApbE family lipoprotein  26.03 
 
 		 349 aa  107  3e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0264  ApbE family lipoprotein  29.35 
 
 		 320 aa  107  5e-22  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.398879  normal  0.351019 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03269  hypothetical protein  26.25 
 
 		 379 aa  107  5e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0788  thiamine biosynthesis lipoprotein  30.53 
 
 		 297 aa  107  5e-22  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3233  ApbE family lipoprotein  23.88 
 
 		 344 aa  106  6e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000188784  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0976  ApbE family lipoprotein  28.38 
 
 		 346 aa  106  8e-22  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.402435  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0353  ApbE family lipoprotein  27.43 
 
 		 350 aa  106  8e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.315811  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1664  ApbE family lipoprotein  25.84 
 
 		 328 aa  105  1e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.517464 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00140  thiamine biosynthesis lipoprotein  28.57 
 
 		 313 aa  105  1e-21  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.594186 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3494  ApbE family lipoprotein  28.09 
 
 		 323 aa  105  1e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.960386  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1144  ApbE family lipoprotein  27.33 
 
 		 338 aa  104  2e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.301499  normal  0.219283 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2727  ApbE-like lipoprotein  27.59 
 
 		 355 aa  104  2e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.619342  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1216  thiamine biosynthesis lipoprotein  29.47 
 
 		 336 aa  104  2e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1484  ApbE family lipoprotein  31.11 
 
 		 369 aa  104  3e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0759035 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1338  ApbE family lipoprotein  26.45 
 
 		 339 aa  103  4e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.337899  unclonable  0.00000141849 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0587  hypotehtical protein  29.29 
 
 		 342 aa  103  5e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3592  ApbE family lipoprotein  26.09 
 
 		 332 aa  103  5e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.481358 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1081  ApbE family protein  26.37 
 
 		 312 aa  103  8e-21  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0283392  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5212  ApbE-like lipoprotein  25.4 
 
 		 335 aa  102  1e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4070  ApbE family lipoprotein  26.28 
 
 		 335 aa  102  1e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.785623  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2363  putative thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  23.85 
 
 		 343 aa  102  1e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1217  membrane-associated lipoprotein for thiamine biosynthesis  26.86 
 
 		 361 aa  102  1e-20  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000151125  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2411  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE, putative  25.73 
 
 		 310 aa  101  2e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.39462  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1244  ApbE family lipoprotein  26.54 
 
 		 348 aa  101  2e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.462864  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002713  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  27.85 
 
 		 334 aa  100  3e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0982  ApbE family lipoprotein  26.32 
 
 		 353 aa  100  4e-20  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1135  ApbE family lipoprotein  26 
 
 		 321 aa  100  5e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.930021  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2093  ApbE family lipoprotein  29.27 
 
 		 333 aa  100  6e-20  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  3.11656e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1691  ApbE family lipoprotein  25.98 
 
 		 338 aa  99.8  7e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.258239 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2150  ApbE family lipoprotein  25.78 
 
 		 332 aa  99.4  9e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.344488  normal  0.0417056 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0414  membrane-associated lipoprotein for thiamine biosynthesis  25.52 
 
 		 325 aa  99  1e-19  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0146647  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1601  thiamine biosynthesis membrane-associated lipoprotein  28.88 
 
 		 358 aa  99  1e-19  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1878  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  26.12 
 
 		 367 aa  98.2  2e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0237  ApbE family lipoprotein  27.63 
 
 		 335 aa  98.6  2e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2739  ApbE family lipoprotein  24.75 
 
 		 321 aa  97.8  3e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2906  ApbE family lipoprotein  29.45 
 
 		 347 aa  97.1  5e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5765  ApbE family lipoprotein  27.63 
 
 		 315 aa  96.7  6e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.734986 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1601  ApbE family lipoprotein  21.8 
 
 		 341 aa  96.7  6e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0279572  normal  0.0160847 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3299  ApbE family lipoprotein  24.32 
 
 		 359 aa  96.3  8e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.753835  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3311  thiamine biosynthesis lipoprotein  24.32 
 
 		 331 aa  96.3  8e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.465607  hitchhiker  0.00000384441 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3160  putative thiamine biosynthesis lipoprotein apbE  24.32 
 
 		 345 aa  96.3  9e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4038  ApbE family lipoprotein  26.3 
 
 		 386 aa  96.3  9e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.618341  normal  0.564525 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3418  ApbE-like lipoprotein  25 
 
 		 343 aa  95.9  1e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.999205 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1717  ApbE family lipoprotein  25.58 
 
 		 337 aa  95.5  1e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.117102  normal  0.0292335 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1683  ApbE family lipoprotein  27.27 
 
 		 304 aa  95.9  1e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000335311  normal  0.588824 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3727  thiamine biosynthesis protein  24.67 
 
 		 345 aa  94  4e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.351343 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25360  putative thiamine biosynthesis lipoprotein  25.45 
 
 		 342 aa  94  4e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1391  ApbE family lipoprotein  26.87 
 
 		 347 aa  93.6  6e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0161542  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0427  ApbE-like lipoprotein  24.59 
 
 		 332 aa  92.4  1e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.846061  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3097  ApbE family lipoprotein  26.67 
 
 		 338 aa  92  2e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>