More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_1418 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_1418  apbE family protein  100 
 
 		 375 aa  781    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2090  ApbE family lipoprotein  54.55 
 
 		 427 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2280  ApbE family lipoprotein  52.25 
 
 		 372 aa  404  1e-111  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.406356  normal  0.506741 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1971  ApbE family lipoprotein  49.71 
 
 		 392 aa  372  1e-102  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.196908 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1117  ApbE family lipoprotein  32 
 
 		 350 aa  167  2.9999999999999998e-40  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1387  ApbE-like lipoprotein  28.77 
 
 		 350 aa  139  8.999999999999999e-32  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.184425  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3036  ApbE family lipoprotein  27.32 
 
 		 381 aa  139  1e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000431252  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1956  thiamine biosynthesis lipoprotein  28.43 
 
 		 363 aa  138  2e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1278  ApbE family lipoprotein  28.36 
 
 		 389 aa  137  3.0000000000000003e-31  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14280  ApbE family lipoprotein  27.18 
 
 		 336 aa  125  9e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  3.71424e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0561  ApbE-like lipoprotein  28.99 
 
 		 348 aa  123  5e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1504  ApbE family lipoprotein  27.33 
 
 		 366 aa  121  1.9999999999999998e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00453066  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14840  ApbE family lipoprotein  26.71 
 
 		 360 aa  121  1.9999999999999998e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.173743  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1097  ApbE family lipoprotein  27.52 
 
 		 339 aa  120  3e-26  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000910901  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2614  ApbE family protein  31.02 
 
 		 371 aa  120  3.9999999999999996e-26  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1523  ApbE family lipoprotein  24.5 
 
 		 350 aa  117  3.9999999999999997e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0510  ApbE family lipoprotein  27.66 
 
 		 353 aa  116  6.9999999999999995e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00242012  hitchhiker  0.000000000324218 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1499  ApbE family lipoprotein  24.65 
 
 		 380 aa  115  7.999999999999999e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000152679  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0552  ApbE family lipoprotein  28.25 
 
 		 351 aa  115  8.999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1575  ApbE-like lipoprotein  25.5 
 
 		 350 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.121916  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0673  ApbE family lipoprotein  27.16 
 
 		 345 aa  114  3e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.38992  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1664  ApbE family lipoprotein  25.32 
 
 		 328 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.517464 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0976  ApbE family lipoprotein  26.49 
 
 		 346 aa  110  5e-23  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.402435  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1925  ApbE family lipoprotein  24.83 
 
 		 349 aa  109  1e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1081  ApbE family protein  26.75 
 
 		 312 aa  108  2e-22  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0283392  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1216  ApbE family lipoprotein  25.82 
 
 		 349 aa  107  3e-22  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0541  ApbE family lipoprotein  27.86 
 
 		 343 aa  107  3e-22  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2363  putative thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  25.57 
 
 		 343 aa  106  5e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2491  ApbE family protein  27.3 
 
 		 342 aa  107  5e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1239  ApbE family lipoprotein  25.82 
 
 		 349 aa  106  6e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05200  thiamine biosynthesis lipoprotein  25.17 
 
 		 332 aa  105  1e-21  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.666118  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4070  ApbE family lipoprotein  26.16 
 
 		 335 aa  105  1e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.785623  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0536  ApbE family lipoprotein  27.07 
 
 		 345 aa  105  2e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3758  ApbE family lipoprotein  27.3 
 
 		 316 aa  105  2e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.390614  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2533  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  25.63 
 
 		 341 aa  103  4e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.903036 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00140  thiamine biosynthesis lipoprotein  27.62 
 
 		 313 aa  103  5e-21  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.594186 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002713  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  27.11 
 
 		 334 aa  103  6e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4467  ApbE family lipoprotein  26.98 
 
 		 309 aa  102  1e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21260  thiamine biosynthesis lipoprotein  24.33 
 
 		 306 aa  101  2e-20  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1686  thiamine biosynthesis lipoprotein  24.44 
 
 		 349 aa  101  2e-20  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1803  thiamine biosynthesis lipoprotein  25.5 
 
 		 349 aa  100  3e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0264  ApbE family lipoprotein  27.78 
 
 		 320 aa  100  4e-20  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.398879  normal  0.351019 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0788  thiamine biosynthesis lipoprotein  28.88 
 
 		 297 aa  100  5e-20  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1135  ApbE family lipoprotein  25 
 
 		 321 aa  100  5e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.930021  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1338  ApbE family lipoprotein  26.1 
 
 		 339 aa  100  6e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.337899  unclonable  0.00000141849 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1878  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  29.22 
 
 		 367 aa  99.8  6e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2243  ApbE family lipoprotein  28.95 
 
 		 327 aa  100  6e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.208149 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0587  hypotehtical protein  27.82 
 
 		 342 aa  100  6e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2693  ApbE family lipoprotein  24.85 
 
 		 352 aa  99.8  6e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00390804 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03269  hypothetical protein  25.66 
 
 		 379 aa  99.8  7e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5765  ApbE family lipoprotein  26.01 
 
 		 315 aa  99.8  8e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.734986 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2093  ApbE family lipoprotein  27.19 
 
 		 333 aa  99  1e-19  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  3.11656e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2215  ApbE family lipoprotein  25.74 
 
 		 330 aa  99  1e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0332053  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2563  ApbE family lipoprotein  22.8 
 
 		 329 aa  99.4  1e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0129  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  24.34 
 
 		 361 aa  97.8  2e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.791974  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2727  ApbE-like lipoprotein  23.89 
 
 		 355 aa  98.2  2e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.619342  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3125  ApbE family lipoprotein  30 
 
 		 325 aa  98.2  2e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.779525  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1244  ApbE family lipoprotein  25 
 
 		 348 aa  98.2  2e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.462864  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2813  ApbE family lipoprotein  22.58 
 
 		 308 aa  97.4  3e-19  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000198345  hitchhiker  0.00117663 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0693  ApbE family lipoprotein  24.02 
 
 		 379 aa  97.8  3e-19  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3611  ApbE family lipoprotein  24.52 
 
 		 338 aa  97.1  4e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.698198  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1874  ApbE family lipoprotein  24.91 
 
 		 317 aa  97.1  4e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0211225  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5212  ApbE-like lipoprotein  20.54 
 
 		 335 aa  97.1  5e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4038  ApbE family lipoprotein  24.44 
 
 		 386 aa  97.1  5e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.618341  normal  0.564525 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2739  ApbE family lipoprotein  23.64 
 
 		 321 aa  96.7  6e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1461  ApbE family lipoprotein  26.76 
 
 		 345 aa  94.7  2e-18  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3299  ApbE family lipoprotein  24.31 
 
 		 359 aa  94.7  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.753835  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3160  putative thiamine biosynthesis lipoprotein apbE  24.31 
 
 		 345 aa  94.7  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2654  ApbE family lipoprotein  22.61 
 
 		 326 aa  95.1  2e-18  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.131589 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3311  thiamine biosynthesis lipoprotein  24.31 
 
 		 331 aa  94.7  2e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.465607  hitchhiker  0.00000384441 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5637  ApbE-like lipoprotein, membrane-associated lipoprotein involved in thiamine biosynthesis  26.19 
 
 		 337 aa  94.4  3e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.85012 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1825  ApbE family lipoprotein  23.89 
 
 		 336 aa  94.4  3e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1086  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  24.56 
 
 		 343 aa  94  4e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2875  ApbE family lipoprotein  24.52 
 
 		 338 aa  93.2  7e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2606  ApbE family lipoprotein  26.92 
 
 		 323 aa  93.2  7e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.636226  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05540  hypothetical protein  27.23 
 
 		 323 aa  92.8  9e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1746  thiamine biosynthesis membrane-associated lipoprotein  26.83 
 
 		 308 aa  92.8  9e-18  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.000000775168  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2557  ApbE family lipoprotein  28.7 
 
 		 321 aa  92  1e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0513612 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3097  ApbE family lipoprotein  25.63 
 
 		 338 aa  92  1e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0092  ApbE family lipoprotein  27.8 
 
 		 308 aa  92  1e-17  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0025456  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3767  ApbE family lipoprotein  25 
 
 		 417 aa  92.8  1e-17  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.301189  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0946  ApbE family lipoprotein  23.55 
 
 		 347 aa  91.3  2e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0414  membrane-associated lipoprotein for thiamine biosynthesis  26.01 
 
 		 325 aa  91.7  2e-17  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0146647  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0944  ApbE family lipoprotein  23.55 
 
 		 374 aa  91.7  2e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3425  ApbE family lipoprotein  24 
 
 		 338 aa  90.9  3e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5054  ApbE family lipoprotein  21.31 
 
 		 362 aa  90.9  3e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.288464  normal  0.124828 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1109  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  23.91 
 
 		 347 aa  90.5  4e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0942  ApbE family lipoprotein  23.19 
 
 		 374 aa  90.5  4e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.324541  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0982  ApbE family lipoprotein  25.67 
 
 		 353 aa  90.5  4e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2166  putative lipoprotein  24.17 
 
 		 342 aa  90.1  5e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3816  ApbE family lipoprotein  26.85 
 
 		 304 aa  90.1  6e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00039468 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3494  ApbE family lipoprotein  25.66 
 
 		 323 aa  90.1  6e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.960386  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4966  ApbE family lipoprotein  22.33 
 
 		 335 aa  89.7  8e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.475076  normal  0.736011 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3394  ApbE family lipoprotein  23.02 
 
 		 315 aa  89  1e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1484  ApbE family lipoprotein  24.85 
 
 		 369 aa  89  1e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0759035 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0955  ApbE family lipoprotein  23.02 
 
 		 337 aa  88.6  1e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0462769  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1601  ApbE family lipoprotein  23.69 
 
 		 341 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0279572  normal  0.0160847 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3418  ApbE-like lipoprotein  24.45 
 
 		 343 aa  88.2  2e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.999205 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0936  ApbE family lipoprotein  25.35 
 
 		 349 aa  88.6  2e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0317624  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2638  ApbE family lipoprotein  24.77 
 
 		 344 aa  88.2  2e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.489922  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>