More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5992 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009621  Smed_5992  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  100 
 
 
551 aa  1137    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0792937 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6051  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  96.82 
 
 
393 aa  630  1e-179  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.221657  normal  0.609485 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3836  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  34.67 
 
 
586 aa  338  9.999999999999999e-92  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.742198  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0887  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  35.25 
 
 
557 aa  310  5.9999999999999995e-83  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2218  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  36.35 
 
 
552 aa  306  6e-82  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.209747 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2156  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  36.35 
 
 
552 aa  306  7e-82  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2390  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  35.46 
 
 
550 aa  299  1e-79  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.517187  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4879  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  36.3 
 
 
546 aa  295  1e-78  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2440  putative indolepyruvate decarboxylase  32.38 
 
 
558 aa  291  2e-77  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00745629  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2858  pyruvate decarboxylase  32.47 
 
 
547 aa  291  3e-77  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2279  indolepyruvate decarboxylase  32.32 
 
 
561 aa  288  1e-76  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000128489  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2507  putative indolepyruvate decarboxylase  32.32 
 
 
558 aa  289  1e-76  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2581  putative indolepyruvate decarboxylase  31.91 
 
 
558 aa  285  1.0000000000000001e-75  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.0000000225581  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2311  indolepyruvate decarboxylase  31.96 
 
 
561 aa  285  1.0000000000000001e-75  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.252232  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2486  indolepyruvate decarboxylase  31.96 
 
 
561 aa  285  1.0000000000000001e-75  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00246816  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2232  indolepyruvate decarboxylase  31.79 
 
 
561 aa  285  2.0000000000000002e-75  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.224159  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2517  indolepyruvate decarboxylase, putative  31.96 
 
 
561 aa  281  1e-74  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000921209  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2242  indole-3-pyruvate decarboxylase  33.97 
 
 
549 aa  277  4e-73  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1571  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  32.47 
 
 
545 aa  262  1e-68  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0173  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  30.05 
 
 
546 aa  256  9e-67  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0178  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  30.05 
 
 
546 aa  256  9e-67  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1429  indolepyruvate decarboxylase  32.05 
 
 
542 aa  254  3e-66  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0493266 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0996  thiamine pyrophosphate enzyme family decarboxylase  32.47 
 
 
549 aa  248  2e-64  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.604603  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2434  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  31.99 
 
 
572 aa  245  1.9999999999999999e-63  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.118986  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3389  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  31.25 
 
 
562 aa  244  3e-63  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.887563  normal  0.228354 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3412  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  31.24 
 
 
553 aa  239  6.999999999999999e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0109  putative pyruvate decarboxylase  30.38 
 
 
580 aa  239  6.999999999999999e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.731177  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4114  thiamine pyrophosphate enzyme  30.44 
 
 
541 aa  238  2e-61  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.178401 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1754  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding  30.74 
 
 
572 aa  238  3e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2923  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  30.7 
 
 
552 aa  230  4e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.356965  normal  0.0604993 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0101  indolepyruvate/phenylpyruvate decarboxylase  30.13 
 
 
542 aa  227  4e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.438272  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_08396  pyruvate decarboxylase, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G00750)  30.31 
 
 
575 aa  222  9.999999999999999e-57  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1157  hypothetical protein  29.4 
 
 
559 aa  222  9.999999999999999e-57  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1162  hypothetical protein  29.4 
 
 
559 aa  222  9.999999999999999e-57  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0518  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP binding protein  30.13 
 
 
540 aa  219  1e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10870  pyruvate or indole-3-pyruvate decarboxylase pdc  29.95 
 
 
560 aa  214  2.9999999999999995e-54  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0234089 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2548  indole-3-pyruvate decarboxylase  29.5 
 
 
550 aa  214  4.9999999999999996e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.581828  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2597  indole-3-pyruvate decarboxylase  29.32 
 
 
550 aa  213  5.999999999999999e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.380997  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2663  indole-3-pyruvate decarboxylase  29.32 
 
 
550 aa  213  5.999999999999999e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.603651 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3426  indolepyruvate decarboxylase  29.72 
 
 
555 aa  213  5.999999999999999e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.310622  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2639  indole-3-pyruvate decarboxylase  29.57 
 
 
550 aa  211  3e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2362  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  28.75 
 
 
553 aa  208  2e-52  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0838  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  28.12 
 
 
576 aa  208  2e-52  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  decreased coverage  0.00172744  normal  0.208315 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2242  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  30.36 
 
 
558 aa  207  4e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04888  Pyruvate decarboxylase (EC 4.1.1.1) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:P87208]  28.77 
 
 
568 aa  206  1e-51  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0997848  normal  0.116699 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0964  pyruvate decarboxylase  28.29 
 
 
556 aa  204  5e-51  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.719154  unclonable  0.0000449891 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0858  putative pyruvate decarboxylase  27.61 
 
 
556 aa  199  1.0000000000000001e-49  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.434282  normal  0.563377 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3526  indolepyruvate/phenylpyruvate decarboxylase  28.94 
 
 
543 aa  198  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0476584  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3027  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP binding region  29.4 
 
 
543 aa  196  1e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.306897  normal  0.499119 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2425  indole-3-pyruvate decarboxylase  28.99 
 
 
543 aa  195  2e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0467064 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2719  phenylpyruvate decarboxylase  27.68 
 
 
553 aa  191  2e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.572163  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1794  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  27.75 
 
 
547 aa  192  2e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.163596  normal  0.90828 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0512  indole-3-pyruvate decarboxylase  28.39 
 
 
545 aa  190  7e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.396725  normal  0.198842 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0992  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  28.67 
 
 
558 aa  187  5e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_86443  pyruvate decarboxylase  26.06 
 
 
570 aa  184  3e-45  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2331  putative phenylpyruvate decarboxylase  27.68 
 
 
555 aa  181  2.9999999999999997e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00138899  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_64926  pyruvate decarboxylase  25.29 
 
 
596 aa  172  2e-41  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.99262  normal  0.284292 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0182  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  26.79 
 
 
561 aa  168  2.9999999999999998e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.217855 
 
 
-
 
NC_006679  CNJ00950  pyruvate decarboxylase, putative  24.02 
 
 
713 aa  152  2e-35  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0027  indolepyruvate/phenylpyruvate decarboxylase  29.52 
 
 
572 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.173161 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4795  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  33.01 
 
 
554 aa  133  9e-30  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.781269 
 
 
-
 
NC_009046  PICST_62095  pyruvate decarboxylase (PDC6) (PDC3)  25.78 
 
 
623 aa  132  2.0000000000000002e-29  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.732507  normal  0.466164 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03866  thiamine pyrophosphate-binding domain protein  24.19 
 
 
600 aa  129  1.0000000000000001e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1025  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP binding region  25.54 
 
 
605 aa  126  8.000000000000001e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0389  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  25.18 
 
 
581 aa  119  1.9999999999999998e-25  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.143896  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0372  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  25.49 
 
 
581 aa  118  3e-25  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1376  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP binding region  23.95 
 
 
610 aa  118  3e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2267  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  24.42 
 
 
549 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.158148 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3087  thiamine pyrophosphate protein central region  26.44 
 
 
564 aa  116  1.0000000000000001e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0171  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  24.87 
 
 
599 aa  113  7.000000000000001e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3635  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  25.85 
 
 
603 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4942  thiamine pyrophosphate protein  25.79 
 
 
567 aa  110  9.000000000000001e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2379  acetolactate synthase  22.45 
 
 
563 aa  109  1e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.707802  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1252  thiamine pyrophosphate protein  23.38 
 
 
551 aa  108  4e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0428  acetolactate synthase  23.22 
 
 
583 aa  107  8e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1530  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding  23.67 
 
 
537 aa  107  8e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.717927 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1187  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  25.45 
 
 
557 aa  106  1e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1978  acetolactate synthase, large subunit  24.74 
 
 
568 aa  106  1e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0174  acetolactate synthase, large subunit  21.91 
 
 
544 aa  106  1e-21  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.936487  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1900  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  24.91 
 
 
568 aa  106  1e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4081  thiamine pyrophosphate protein central region  23.39 
 
 
583 aa  105  2e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.721438  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3204  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding  25.64 
 
 
537 aa  105  2e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0137  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding  24.72 
 
 
589 aa  105  2e-21  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.114513 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1985  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  24.91 
 
 
568 aa  105  2e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0587  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding protein  22.28 
 
 
531 aa  105  3e-21  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0776726  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1877  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  26.24 
 
 
570 aa  105  3e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.082916 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5588  thiamine pyrophosphate protein central region  22.5 
 
 
583 aa  105  3e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.130518  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5394  acetolactate synthase  23.7 
 
 
548 aa  104  4e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.752966  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2714  acetolactate synthase, large subunit  23.39 
 
 
555 aa  104  5e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2183  hypothetical protein  27.69 
 
 
535 aa  104  5e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1666  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  23.96 
 
 
570 aa  103  6e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3401  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  23.1 
 
 
575 aa  102  1e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0984  thiamine pyrophosphate protein central region  21.48 
 
 
553 aa  102  1e-20  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.351073 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3531  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  23.1 
 
 
575 aa  102  1e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2843  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  25 
 
 
587 aa  103  1e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.882306 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2040  hypothetical protein  27.76 
 
 
535 aa  102  2e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.463751  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2932  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  23.1 
 
 
593 aa  102  2e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00656  acetolactate synthase  22.67 
 
 
546 aa  102  3e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1826  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding  23.16 
 
 
546 aa  101  4e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.339659  normal  0.631348 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3347  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  24.82 
 
 
561 aa  100  5e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.18132  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>