More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3526 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_3526  indolepyruvate/phenylpyruvate decarboxylase  100 
 
 
543 aa  1097    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0476584  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2425  indole-3-pyruvate decarboxylase  91.53 
 
 
543 aa  984    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0467064 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3027  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP binding region  92.27 
 
 
543 aa  995    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.306897  normal  0.499119 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0512  indole-3-pyruvate decarboxylase  80.81 
 
 
545 aa  864    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.396725  normal  0.198842 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0101  indolepyruvate/phenylpyruvate decarboxylase  60.41 
 
 
542 aa  645    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.438272  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0518  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP binding protein  57.84 
 
 
540 aa  631  1e-179  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2719  phenylpyruvate decarboxylase  58.46 
 
 
553 aa  613  9.999999999999999e-175  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.572163  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2331  putative phenylpyruvate decarboxylase  55.09 
 
 
555 aa  581  1e-164  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00138899  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0027  indolepyruvate/phenylpyruvate decarboxylase  51.68 
 
 
572 aa  525  1e-147  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.173161 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4114  thiamine pyrophosphate enzyme  38.83 
 
 
541 aa  340  4e-92  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.178401 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0887  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  36.48 
 
 
557 aa  336  7.999999999999999e-91  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2858  pyruvate decarboxylase  35.78 
 
 
547 aa  307  4.0000000000000004e-82  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1571  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  36.55 
 
 
545 aa  303  4.0000000000000003e-81  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2218  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  32.78 
 
 
552 aa  285  1.0000000000000001e-75  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.209747 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2156  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  32.6 
 
 
552 aa  284  3.0000000000000004e-75  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0996  thiamine pyrophosphate enzyme family decarboxylase  37.29 
 
 
549 aa  283  6.000000000000001e-75  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.604603  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4879  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  32.72 
 
 
546 aa  271  2e-71  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2390  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  33.76 
 
 
550 aa  244  3.9999999999999997e-63  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.517187  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3412  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  29.44 
 
 
553 aa  203  6e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2232  indolepyruvate decarboxylase  25.68 
 
 
561 aa  200  7e-50  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.224159  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_08396  pyruvate decarboxylase, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G00750)  29.65 
 
 
575 aa  199  9e-50  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2434  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  28.1 
 
 
572 aa  199  1.0000000000000001e-49  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.118986  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2581  putative indolepyruvate decarboxylase  25.89 
 
 
558 aa  199  1.0000000000000001e-49  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.0000000225581  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5992  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  28.94 
 
 
551 aa  198  2.0000000000000003e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0792937 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0109  putative pyruvate decarboxylase  30.24 
 
 
580 aa  197  3e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.731177  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2311  indolepyruvate decarboxylase  25.14 
 
 
561 aa  196  9e-49  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.252232  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2486  indolepyruvate decarboxylase  25.14 
 
 
561 aa  196  9e-49  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00246816  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2507  putative indolepyruvate decarboxylase  25.64 
 
 
558 aa  196  1e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2440  putative indolepyruvate decarboxylase  26.17 
 
 
558 aa  195  1e-48  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00745629  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2279  indolepyruvate decarboxylase  25.82 
 
 
561 aa  195  2e-48  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000128489  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2242  indole-3-pyruvate decarboxylase  26.09 
 
 
549 aa  193  6e-48  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2517  indolepyruvate decarboxylase, putative  25.36 
 
 
561 aa  189  1e-46  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000921209  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1429  indolepyruvate decarboxylase  27.16 
 
 
542 aa  189  1e-46  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0493266 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3426  indolepyruvate decarboxylase  27.89 
 
 
555 aa  183  7e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.310622  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10870  pyruvate or indole-3-pyruvate decarboxylase pdc  30.07 
 
 
560 aa  182  1e-44  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0234089 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1794  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  28.15 
 
 
547 aa  176  9e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.163596  normal  0.90828 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0858  putative pyruvate decarboxylase  27.02 
 
 
556 aa  172  2e-41  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.434282  normal  0.563377 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2923  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  28.21 
 
 
552 aa  172  2e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.356965  normal  0.0604993 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2362  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  26.34 
 
 
553 aa  171  2e-41  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_64926  pyruvate decarboxylase  26.66 
 
 
596 aa  170  6e-41  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.99262  normal  0.284292 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1162  hypothetical protein  24.19 
 
 
559 aa  169  1e-40  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04888  Pyruvate decarboxylase (EC 4.1.1.1) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:P87208]  27.17 
 
 
568 aa  168  2e-40  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0997848  normal  0.116699 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1157  hypothetical protein  24.19 
 
 
559 aa  169  2e-40  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3389  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  27.27 
 
 
562 aa  168  2e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.887563  normal  0.228354 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0964  pyruvate decarboxylase  26.97 
 
 
556 aa  169  2e-40  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.719154  unclonable  0.0000449891 
 
 
-
 
NC_006679  CNJ00950  pyruvate decarboxylase, putative  25.79 
 
 
713 aa  167  4e-40  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0992  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  26.58 
 
 
558 aa  167  4e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2663  indole-3-pyruvate decarboxylase  27.21 
 
 
550 aa  167  6.9999999999999995e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.603651 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2597  indole-3-pyruvate decarboxylase  27.21 
 
 
550 aa  166  8e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.380997  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2548  indole-3-pyruvate decarboxylase  27.21 
 
 
550 aa  166  9e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.581828  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_86443  pyruvate decarboxylase  26.18 
 
 
570 aa  166  1.0000000000000001e-39  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2639  indole-3-pyruvate decarboxylase  27.02 
 
 
550 aa  165  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2242  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  28.86 
 
 
558 aa  164  3e-39  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0173  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  25.4 
 
 
546 aa  163  7e-39  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0178  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  25.4 
 
 
546 aa  163  7e-39  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3836  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  26.23 
 
 
586 aa  162  2e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.742198  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0838  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  29.44 
 
 
576 aa  154  4e-36  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  decreased coverage  0.00172744  normal  0.208315 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0182  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  27.17 
 
 
561 aa  153  5.9999999999999996e-36  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.217855 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1754  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding  26.87 
 
 
572 aa  149  9e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0605  acetolactate synthase, large subunit  26.23 
 
 
567 aa  142  1.9999999999999998e-32  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.102703 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0526  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  25.6 
 
 
587 aa  140  6e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1242  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  25.05 
 
 
563 aa  138  2e-31  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.0519918 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0594  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  25.79 
 
 
557 aa  136  8e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000784156  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05521  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  25.65 
 
 
587 aa  135  1.9999999999999998e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.78481  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1858  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  27.97 
 
 
582 aa  135  1.9999999999999998e-30  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.667431  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_05901  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  26.37 
 
 
587 aa  135  3e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0502  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  26.09 
 
 
535 aa  135  3e-30  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0235829  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1911  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  25.54 
 
 
573 aa  134  3e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.274178  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05821  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  25.56 
 
 
587 aa  134  5e-30  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.449821  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05831  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  27.62 
 
 
587 aa  134  6e-30  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1850  acetolactate synthase catalytic subunit  26.39 
 
 
566 aa  133  6e-30  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0174  acetolactate synthase, large subunit  25.74 
 
 
544 aa  133  6.999999999999999e-30  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.936487  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0717  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  27.86 
 
 
574 aa  133  7.999999999999999e-30  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0590  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  26.52 
 
 
553 aa  132  2.0000000000000002e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000684717  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1642  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  27.42 
 
 
618 aa  130  6e-29  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.132379  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0984  thiamine pyrophosphate protein central region  25.05 
 
 
553 aa  130  8.000000000000001e-29  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.351073 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1025  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP binding region  26.9 
 
 
605 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1877  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  26.64 
 
 
636 aa  128  2.0000000000000002e-28  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000157707 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0389  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  24.81 
 
 
581 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.143896  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08870  acetolactate synthase 1 catalytic subunit  26.7 
 
 
620 aa  128  3e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1070  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  26.79 
 
 
558 aa  128  3e-28  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0531725  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0051  acetolactate synthase  25.41 
 
 
547 aa  127  7e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1141  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  24.68 
 
 
565 aa  127  7e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2401  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  27.34 
 
 
558 aa  127  7e-28  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0019  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  24.56 
 
 
554 aa  126  9e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1776  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  24.59 
 
 
573 aa  126  1e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0223  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  26.1 
 
 
552 aa  126  1e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.387939  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0281  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  24.77 
 
 
554 aa  126  1e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0372  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  24.63 
 
 
581 aa  125  2e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0501  acetolactate synthase, large subunit  24.86 
 
 
585 aa  125  2e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.143294  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3437  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  26.21 
 
 
542 aa  125  2e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00701573  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1928  acetolactate synthase  25.94 
 
 
545 aa  125  2e-27  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.886275  normal  0.0286883 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1547  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  26.36 
 
 
569 aa  125  3e-27  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.272513  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0682  acetolactate synthase catalytic subunit  24.04 
 
 
599 aa  124  5e-27  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2843  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  25.27 
 
 
587 aa  124  5e-27  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.882306 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00079  acetolactate synthase III large subunit  26.16 
 
 
574 aa  124  6e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00078  hypothetical protein  26.16 
 
 
574 aa  124  6e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2714  acetolactate synthase, large subunit  24.72 
 
 
555 aa  124  6e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2516  acetolactate synthase, large subunit  25.93 
 
 
542 aa  124  6e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000744784  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0289  acetolactate synthase 2 catalytic subunit  27.36 
 
 
572 aa  123  7e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.403033  normal  0.363537 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>