286 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_1376 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0171  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  63.93 
 
 		 599 aa  813    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1376  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP binding region  100 
 
 		 610 aa  1256    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1025  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP binding region  62.13 
 
 		 605 aa  741    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3635  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  65.62 
 
 		 603 aa  810    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0688  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  47.19 
 
 		 586 aa  564  1.0000000000000001e-159  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03866  thiamine pyrophosphate-binding domain protein  47.76 
 
 		 600 aa  547  1e-154  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4114  thiamine pyrophosphate enzyme  25.73 
 
 		 541 aa  125  2e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.178401 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0512  indole-3-pyruvate decarboxylase  25.74 
 
 		 545 aa  124  7e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.396725  normal  0.198842 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0887  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  23.62 
 
 		 557 aa  123  9e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2858  pyruvate decarboxylase  25.66 
 
 		 547 aa  122  9.999999999999999e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2218  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  26.22 
 
 		 552 aa  122  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.209747 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2156  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  26.22 
 
 		 552 aa  122  3e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2719  phenylpyruvate decarboxylase  27.24 
 
 		 553 aa  120  7e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.572163  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5992  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  23.95 
 
 		 551 aa  118  3.9999999999999997e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0792937 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3526  indolepyruvate/phenylpyruvate decarboxylase  24.11 
 
 		 543 aa  116  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0476584  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0101  indolepyruvate/phenylpyruvate decarboxylase  26.25 
 
 		 542 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.438272  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0518  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP binding protein  25.44 
 
 		 540 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4879  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  25.2 
 
 		 546 aa  113  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2390  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  26.77 
 
 		 550 aa  110  1e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.517187  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2331  putative phenylpyruvate decarboxylase  24.19 
 
 		 555 aa  108  2e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00138899  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1571  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  24.12 
 
 		 545 aa  106  1e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3027  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP binding region  25.24 
 
 		 543 aa  103  1e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.306897  normal  0.499119 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2425  indole-3-pyruvate decarboxylase  24.06 
 
 		 543 aa  102  3e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0467064 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2434  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  21.53 
 
 		 572 aa  100  7e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.118986  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2242  indole-3-pyruvate decarboxylase  20.64 
 
 		 549 aa  99.8  1e-19  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0996  thiamine pyrophosphate enzyme family decarboxylase  25.99 
 
 		 549 aa  99.8  1e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.604603  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0838  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  24.16 
 
 		 576 aa  100  1e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  decreased coverage  0.00172744  normal  0.208315 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0173  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  21.69 
 
 		 546 aa  95.9  2e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0178  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  21.69 
 
 		 546 aa  95.9  2e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2232  indolepyruvate decarboxylase  21.9 
 
 		 561 aa  92  3e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.224159  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2517  indolepyruvate decarboxylase, putative  21.88 
 
 		 561 aa  89.4  2e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000921209  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0182  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  24.66 
 
 		 561 aa  89  2e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.217855 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2581  putative indolepyruvate decarboxylase  21.68 
 
 		 558 aa  88.6  3e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.0000000225581  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0109  putative pyruvate decarboxylase  22 
 
 		 580 aa  89  3e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.731177  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2440  putative indolepyruvate decarboxylase  21.31 
 
 		 558 aa  87  9e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00745629  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04888  Pyruvate decarboxylase (EC 4.1.1.1) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:P87208]  22.08 
 
 		 568 aa  86.3  0.000000000000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0997848  normal  0.116699 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2279  indolepyruvate decarboxylase  21.8 
 
 		 561 aa  86.7  0.000000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000128489  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1157  hypothetical protein  24.11 
 
 		 559 aa  86.3  0.000000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3850  acetolactate synthase  22.53 
 
 		 546 aa  86.7  0.000000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.780618  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2507  putative indolepyruvate decarboxylase  21.97 
 
 		 558 aa  85.9  0.000000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1162  hypothetical protein  24.3 
 
 		 559 aa  86.3  0.000000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2311  indolepyruvate decarboxylase  21.59 
 
 		 561 aa  84.3  0.000000000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.252232  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2486  indolepyruvate decarboxylase  21.59 
 
 		 561 aa  84.3  0.000000000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00246816  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0992  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  25.97 
 
 		 558 aa  84  0.000000000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0913  acetolactate synthase  24.5 
 
 		 547 aa  83.2  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09820  acetolactate synthase  24.17 
 
 		 547 aa  83.2  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.537219  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1794  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  25.91 
 
 		 547 aa  82  0.00000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.163596  normal  0.90828 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1157  acetolactate synthase  23.74 
 
 		 547 aa  81.3  0.00000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0170983 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3365  acetolactate synthase  23.74 
 
 		 547 aa  81.3  0.00000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.248135  normal  0.345219 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2393  acetolactate synthase  23.74 
 
 		 547 aa  81.3  0.00000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.459354  normal  1 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_86443  pyruvate decarboxylase  21.55 
 
 		 570 aa  81.3  0.00000000000005  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1191  acetolactate synthase  23.74 
 
 		 547 aa  80.9  0.00000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.817809 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4257  acetolactate synthase  23.57 
 
 		 547 aa  80.9  0.00000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2585  acetolactate synthase  23.57 
 
 		 547 aa  80.9  0.00000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.78585  normal  0.153261 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_08396  pyruvate decarboxylase, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G00750)  22.75 
 
 		 575 aa  80.5  0.00000000000009  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3389  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  23.17 
 
 		 562 aa  80.5  0.00000000000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.887563  normal  0.228354 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5290  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding protein  23.38 
 
 		 547 aa  79.7  0.0000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1174  acetolactate synthase  23.57 
 
 		 547 aa  79.7  0.0000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.75325  normal  0.0167286 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3674  acetolactate synthase  22.17 
 
 		 546 aa  79  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.839187 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3298  acetolactate synthase  22.2 
 
 		 550 aa  79  0.0000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0757379  normal  0.853044 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5509  acetolactate synthase  22.17 
 
 		 546 aa  78.6  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2312  acetolactate synthase  22.17 
 
 		 546 aa  78.2  0.0000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.798449 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3741  acetolactate synthase  21.83 
 
 		 546 aa  76.6  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.489898  normal  0.875754 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4581  acetolactate synthase  21.83 
 
 		 546 aa  76.6  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.29409  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3782  acetolactate synthase  21.83 
 
 		 546 aa  76.6  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.393352  normal  0.291819 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4950  acetolactate synthase  22.3 
 
 		 546 aa  75.5  0.000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0497  acetolactate synthase  22.55 
 
 		 546 aa  74.7  0.000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2127  acetolactate synthase  22.47 
 
 		 547 aa  74.7  0.000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.240788  decreased coverage  0.000000336537 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0027  indolepyruvate/phenylpyruvate decarboxylase  22.92 
 
 		 572 aa  74.7  0.000000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.173161 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2362  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  23.68 
 
 		 553 aa  74.7  0.000000000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2027  acetolactate synthase  23.31 
 
 		 559 aa  74.7  0.000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.302538 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0101  acetolactate synthase  22.2 
 
 		 547 aa  73.9  0.000000000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.636834  normal  0.539081 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1248  acetolactate synthase  22.35 
 
 		 550 aa  73.2  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.888375 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0619  acetolactate synthase  22.65 
 
 		 559 aa  72.8  0.00000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.395948  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0836  acetolactate synthase  22.83 
 
 		 559 aa  72.4  0.00000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0964  pyruvate decarboxylase  23.08 
 
 		 556 aa  72.4  0.00000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.719154  unclonable  0.0000449891 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3412  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  23.3 
 
 		 553 aa  72  0.00000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0974  acetolactate synthase  22.68 
 
 		 546 aa  71.6  0.00000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13507  acetolactate synthase large subunit ilvB2  26.42 
 
 		 552 aa  71.6  0.00000000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2696  acetolactate synthase  22.68 
 
 		 546 aa  71.6  0.00000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010373  M446_7024  hypothetical protein  22.22 
 
 		 565 aa  71.6  0.00000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0863974  normal  0.0979808 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2550  acetolactate synthase  22.68 
 
 		 546 aa  71.6  0.00000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0212  acetolactate synthase  22.68 
 
 		 546 aa  71.2  0.00000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.625863  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0246  acetolactate synthase  22.68 
 
 		 546 aa  71.2  0.00000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1390  acetolactate synthase  22.68 
 
 		 546 aa  71.2  0.00000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1587  acetolactate synthase  22.68 
 
 		 546 aa  71.2  0.00000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2242  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  23.48 
 
 		 558 aa  70.1  0.0000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4795  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  26.26 
 
 		 554 aa  68.6  0.0000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.781269 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1429  indolepyruvate decarboxylase  21.24 
 
 		 542 aa  68.6  0.0000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0493266 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2084  acetolactate synthase  21.9 
 
 		 550 aa  68.2  0.0000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.167502  normal  0.0947077 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_64926  pyruvate decarboxylase  24.4 
 
 		 596 aa  68.2  0.0000000004  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.99262  normal  0.284292 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0228  acetolactate synthase  21.28 
 
 		 550 aa  67.8  0.0000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.027454  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3439  acetolactate synthase  22.62 
 
 		 559 aa  67  0.0000000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006679  CNJ00950  pyruvate decarboxylase, putative  21.37 
 
 		 713 aa  66.6  0.000000001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2032  acetolactate synthase  22.73 
 
 		 558 aa  67  0.000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.101383  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1826  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding  22.56 
 
 		 546 aa  66.6  0.000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.339659  normal  0.631348 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0662  acetolactate synthase, large subunit  21.85 
 
 		 553 aa  65.9  0.000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0231424  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10870  pyruvate or indole-3-pyruvate decarboxylase pdc  21.54 
 
 		 560 aa  65.9  0.000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0234089 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2923  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  23.37 
 
 		 552 aa  65.5  0.000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.356965  normal  0.0604993 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3836  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  20.44 
 
 		 586 aa  65.9  0.000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.742198  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>