More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_03866 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011138  MADE_03866  thiamine pyrophosphate-binding domain protein  100 
 
 
600 aa  1251    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0688  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  50.09 
 
 
586 aa  620  1e-176  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3635  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  48.15 
 
 
603 aa  566  1e-160  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0171  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  48.17 
 
 
599 aa  568  1e-160  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1025  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP binding region  48.05 
 
 
605 aa  563  1.0000000000000001e-159  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1376  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP binding region  47.76 
 
 
610 aa  547  1e-154  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0887  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  26.32 
 
 
557 aa  157  5.0000000000000005e-37  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2858  pyruvate decarboxylase  25.49 
 
 
547 aa  147  6e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1571  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  24.41 
 
 
545 aa  143  9.999999999999999e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4114  thiamine pyrophosphate enzyme  26.18 
 
 
541 aa  139  1e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.178401 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0178  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  23.79 
 
 
546 aa  129  2.0000000000000002e-28  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2581  putative indolepyruvate decarboxylase  25.67 
 
 
558 aa  129  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.0000000225581  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0173  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  23.79 
 
 
546 aa  129  2.0000000000000002e-28  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5992  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  24.19 
 
 
551 aa  129  2.0000000000000002e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0792937 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2517  indolepyruvate decarboxylase, putative  24.91 
 
 
561 aa  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000921209  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2232  indolepyruvate decarboxylase  25.76 
 
 
561 aa  124  4e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.224159  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2279  indolepyruvate decarboxylase  26.28 
 
 
561 aa  123  8e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000128489  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0858  putative pyruvate decarboxylase  24.82 
 
 
556 aa  122  9.999999999999999e-27  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.434282  normal  0.563377 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2242  indole-3-pyruvate decarboxylase  23.39 
 
 
549 aa  122  1.9999999999999998e-26  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2311  indolepyruvate decarboxylase  25.76 
 
 
561 aa  122  1.9999999999999998e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.252232  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2486  indolepyruvate decarboxylase  25.76 
 
 
561 aa  122  1.9999999999999998e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00246816  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0964  pyruvate decarboxylase  25.44 
 
 
556 aa  120  7.999999999999999e-26  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.719154  unclonable  0.0000449891 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0996  thiamine pyrophosphate enzyme family decarboxylase  24.9 
 
 
549 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.604603  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2507  putative indolepyruvate decarboxylase  25.94 
 
 
558 aa  119  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0101  indolepyruvate/phenylpyruvate decarboxylase  24.65 
 
 
542 aa  120  9.999999999999999e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.438272  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3526  indolepyruvate/phenylpyruvate decarboxylase  23.93 
 
 
543 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0476584  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2218  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  23.78 
 
 
552 aa  115  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.209747 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2156  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  23.78 
 
 
552 aa  115  3e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0518  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP binding protein  24.42 
 
 
540 aa  115  3e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2440  putative indolepyruvate decarboxylase  24.27 
 
 
558 aa  114  7.000000000000001e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00745629  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4879  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  24.46 
 
 
546 aa  113  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0838  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  24.41 
 
 
576 aa  113  1.0000000000000001e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  decreased coverage  0.00172744  normal  0.208315 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2434  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  23.84 
 
 
572 aa  112  2.0000000000000002e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.118986  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10870  pyruvate or indole-3-pyruvate decarboxylase pdc  23.49 
 
 
560 aa  110  8.000000000000001e-23  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0234089 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3426  indolepyruvate decarboxylase  25.05 
 
 
555 aa  110  1e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.310622  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0512  indole-3-pyruvate decarboxylase  23.1 
 
 
545 aa  109  1e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.396725  normal  0.198842 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2425  indole-3-pyruvate decarboxylase  24.2 
 
 
543 aa  110  1e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0467064 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0109  putative pyruvate decarboxylase  24.03 
 
 
580 aa  108  3e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.731177  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2719  phenylpyruvate decarboxylase  24.43 
 
 
553 aa  107  9e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.572163  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2390  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  24.86 
 
 
550 aa  106  1e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.517187  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3027  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP binding region  24.2 
 
 
543 aa  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.306897  normal  0.499119 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3389  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  21.69 
 
 
562 aa  105  2e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.887563  normal  0.228354 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2331  putative phenylpyruvate decarboxylase  23.42 
 
 
555 aa  103  9e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00138899  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2362  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  24.43 
 
 
553 aa  103  1e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2548  indole-3-pyruvate decarboxylase  24.02 
 
 
550 aa  100  6e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.581828  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3412  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  24.86 
 
 
553 aa  100  6e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2663  indole-3-pyruvate decarboxylase  24.02 
 
 
550 aa  100  6e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.603651 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2597  indole-3-pyruvate decarboxylase  24.02 
 
 
550 aa  100  6e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.380997  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5290  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding protein  23.06 
 
 
547 aa  100  1e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1794  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  27.63 
 
 
547 aa  99.4  2e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.163596  normal  0.90828 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2639  indole-3-pyruvate decarboxylase  23.83 
 
 
550 aa  98.6  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0992  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  28.32 
 
 
558 aa  96.7  1e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2923  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  23.43 
 
 
552 aa  95.1  3e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.356965  normal  0.0604993 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1157  hypothetical protein  24.6 
 
 
559 aa  94.7  4e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1162  hypothetical protein  24.44 
 
 
559 aa  94.7  4e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04888  Pyruvate decarboxylase (EC 4.1.1.1) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:P87208]  22.31 
 
 
568 aa  94.4  6e-18  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0997848  normal  0.116699 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3298  acetolactate synthase  22.77 
 
 
550 aa  91.7  3e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0757379  normal  0.853044 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1248  acetolactate synthase  23.46 
 
 
550 aa  91.3  5e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.888375 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3850  acetolactate synthase  22.75 
 
 
546 aa  90.5  9e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.780618  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_08396  pyruvate decarboxylase, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G00750)  24.03 
 
 
575 aa  90.1  1e-16  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3741  acetolactate synthase  22.48 
 
 
546 aa  90.1  1e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.489898  normal  0.875754 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4581  acetolactate synthase  22.48 
 
 
546 aa  90.1  1e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.29409  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3782  acetolactate synthase  22.48 
 
 
546 aa  90.1  1e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.393352  normal  0.291819 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0182  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  25.84 
 
 
561 aa  89  2e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.217855 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4950  acetolactate synthase  22.82 
 
 
546 aa  89  2e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0624  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  23.13 
 
 
574 aa  89.4  2e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.146468 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3674  acetolactate synthase  22.3 
 
 
546 aa  89.4  2e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.839187 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5509  acetolactate synthase  22.3 
 
 
546 aa  89  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0497  acetolactate synthase  22.07 
 
 
546 aa  87.4  6e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_86443  pyruvate decarboxylase  21.72 
 
 
570 aa  87.4  7e-16  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2312  acetolactate synthase  22.32 
 
 
546 aa  87.4  8e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.798449 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2127  acetolactate synthase  22.34 
 
 
547 aa  86.3  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.240788  decreased coverage  0.000000336537 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2084  acetolactate synthase  21.87 
 
 
550 aa  85.1  0.000000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.167502  normal  0.0947077 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2216  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  21.58 
 
 
557 aa  84.7  0.000000000000004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1429  indolepyruvate decarboxylase  23.8 
 
 
542 aa  84.7  0.000000000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0493266 
 
 
-
 
NC_006679  CNJ00950  pyruvate decarboxylase, putative  21.78 
 
 
713 aa  83.6  0.000000000000009  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1174  acetolactate synthase  22.7 
 
 
547 aa  83.2  0.00000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.75325  normal  0.0167286 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1157  acetolactate synthase  21.17 
 
 
547 aa  82  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0170983 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3365  acetolactate synthase  21.17 
 
 
547 aa  82  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.248135  normal  0.345219 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0974  acetolactate synthase  21.9 
 
 
546 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00656  acetolactate synthase  23.34 
 
 
546 aa  82.4  0.00000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2393  acetolactate synthase  21.17 
 
 
547 aa  82  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.459354  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2550  acetolactate synthase  21.9 
 
 
546 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2696  acetolactate synthase  21.9 
 
 
546 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0212  acetolactate synthase  21.9 
 
 
546 aa  81.6  0.00000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.625863  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2585  acetolactate synthase  21.81 
 
 
547 aa  82  0.00000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.78585  normal  0.153261 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0246  acetolactate synthase  21.9 
 
 
546 aa  81.6  0.00000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4257  acetolactate synthase  21.81 
 
 
547 aa  82  0.00000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1390  acetolactate synthase  21.9 
 
 
546 aa  81.6  0.00000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1587  acetolactate synthase  21.9 
 
 
546 aa  81.6  0.00000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1191  acetolactate synthase  21.89 
 
 
547 aa  81.6  0.00000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.817809 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1613  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  23.16 
 
 
558 aa  81.6  0.00000000000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1043  acetolactate synthase  22.88 
 
 
583 aa  80.5  0.00000000000007  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2032  acetolactate synthase  22.22 
 
 
558 aa  79.7  0.0000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.101383  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0125  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  21.25 
 
 
584 aa  79  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0186  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  21.09 
 
 
576 aa  79.3  0.0000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0527  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  22.17 
 
 
608 aa  78.2  0.0000000000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.372461 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1592  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  22 
 
 
569 aa  78.2  0.0000000000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0734  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  22.06 
 
 
526 aa  77.8  0.0000000000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0634  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  22.54 
 
 
573 aa  77.4  0.0000000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0951931  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>