40 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5130 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5130  TPR repeat-containing protein  100 
 
 		 175 aa  355  1.9999999999999998e-97  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.22563 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0612  tetratricopeptide TPR_2  56.77 
 
 		 171 aa  175  2e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3786  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  41.51 
 
 		 181 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.849163  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2697  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  40.26 
 
 		 173 aa  101  5e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1521  hypothetical protein  48.15 
 
 		 120 aa  100  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.689528  normal  0.747581 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2572  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  38.71 
 
 		 161 aa  98.2  5e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4391  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  36.02 
 
 		 172 aa  88.2  5e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1157  TPR repeat-containing protein  30.51 
 
 		 522 aa  52.4  0.000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.934871  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0195  TPR repeat-containing protein  29.87 
 
 		 247 aa  52  0.000004  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0471215  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0295  TPR repeat-containing protein  40.91 
 
 		 290 aa  50.1  0.00002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2893  O-linked N-acetylglucosamine transferase  32.38 
 
 		 397 aa  48.5  0.00004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.272299 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0385  tetratricopeptide TPR_2  40.3 
 
 		 269 aa  48.5  0.00005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0729  TPR repeat-containing protein  37.68 
 
 		 268 aa  47.8  0.00007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7038  hypothetical protein  31.31 
 
 		 309 aa  47  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.573891 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1778  TPR repeat-containing protein  31.31 
 
 		 269 aa  45.8  0.0003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.822909  normal  0.123613 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3012  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  35.87 
 
 		 254 aa  45.8  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3253  TPR domain-containing protein  37.63 
 
 		 591 aa  45.4  0.0004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000563369  normal  0.0756352 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3526  tetratricopeptide TPR_2  33.33 
 
 		 281 aa  45.4  0.0004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.476305  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0290  hypothetical protein  37.14 
 
 		 262 aa  45.1  0.0005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.422068  n/a   
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_43422  predicted protein  31.63 
 
 		 836 aa  45.1  0.0005  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.293567  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4206  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  31.31 
 
 		 264 aa  45.1  0.0005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.356132  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14850  type 4 fimbrial biogenesis protein PilF  30.37 
 
 		 252 aa  44.7  0.0007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5686  TPR domain-containing protein  31.31 
 
 		 279 aa  44.7  0.0007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.471833  normal  0.415957 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2761  TPR repeat-containing protein  28.77 
 
 		 468 aa  43.9  0.001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.594013  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1501  TPR repeat-containing protein  31.43 
 
 		 629 aa  43.9  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.961258  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0957  TPR repeat-containing protein  27.43 
 
 		 161 aa  43.9  0.001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000843973  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2383  TPR repeat-containing protein  33.78 
 
 		 1421 aa  44.3  0.001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.823331 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2562  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  29 
 
 		 364 aa  43.1  0.002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2626  TPR repeat-containing protein  28.57 
 
 		 587 aa  42.7  0.002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3161  tetratricopeptide TPR_2  31.43 
 
 		 444 aa  43.5  0.002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2351  hypothetical protein  27.59 
 
 		 395 aa  43.1  0.002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.212242  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1158  TPR repeat-containing protein  30.3 
 
 		 315 aa  43.1  0.002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.804036  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3330  TPR repeat-containing protein  28.16 
 
 		 1038 aa  43.1  0.002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0200  TPR repeat-containing protein  30.53 
 
 		 505 aa  42  0.004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0336  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  27.84 
 
 		 557 aa  42  0.004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000572448  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1755  Flp pilus assembly protein TadD  29.59 
 
 		 321 aa  41.2  0.007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1759  TPR repeat-containing protein  31.25 
 
 		 207 aa  40.8  0.009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2093  TPR repeat-containing protein  24.73 
 
 		 1714 aa  40.8  0.01  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3744  tetratricopeptide TPR_2  30.19 
 
 		 572 aa  40.8  0.01  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1943  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  33.9 
 
 		 917 aa  40.8  0.01  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.0509436 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>