More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2607 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2607  response regulator receiver protein  100 
 
 		 120 aa  237  4e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.212729  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3337  response regulator receiver protein  68.33 
 
 		 120 aa  169  1e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.487426 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3080  response regulator receiver protein  67.5 
 
 		 120 aa  167  5e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.425562 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3528  two component response regulator  63.03 
 
 		 119 aa  164  4e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1693  response regulator receiver protein  36.84 
 
 		 121 aa  87.8  5e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.26323  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6557  chemotaxis protein cheY  35.34 
 
 		 121 aa  87.4  7e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.803572  normal  0.643564 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0526  chemotaxis protein cheY  35.34 
 
 		 129 aa  85.5  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.958591 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4836  response regulator receiver protein  35.96 
 
 		 121 aa  85.5  2e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.442815  hitchhiker  0.0072817 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0522  CheY protein  33.62 
 
 		 121 aa  84  6e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.757769 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1819  response regulator receiver protein  33.62 
 
 		 121 aa  83.6  9e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1570  response regulator receiver protein  38.94 
 
 		 127 aa  82.8  0.000000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3918  response regulator receiver domain-containing protein  33.62 
 
 		 121 aa  82.4  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.734494 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3676  response regulator receiver  33.62 
 
 		 121 aa  82.8  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.284761  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3374  response regulator receiver domain-containing protein  33.62 
 
 		 121 aa  80.5  0.000000000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.103489  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4245  response regulator receiver domain-containing protein  32.76 
 
 		 121 aa  80.1  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0096  response regulator receiver protein  31.03 
 
 		 121 aa  78.6  0.00000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0434623 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0660  response regulator receiver protein  33.04 
 
 		 124 aa  76.3  0.0000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.711341 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1738  response regulator receiver protein  32.14 
 
 		 124 aa  73.9  0.0000000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0418251 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1712  response regulator receiver protein  33.04 
 
 		 137 aa  73.6  0.0000000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.599884  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4033  response regulator receiver protein  34.55 
 
 		 130 aa  73.6  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.102003  normal  0.596674 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1531  response regulator receiver  33.33 
 
 		 140 aa  72  0.000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0584637 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1811  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 140 aa  72  0.000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  unclonable  0.000108366  normal  0.182528 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0067  response regulator receiver protein  31.58 
 
 		 122 aa  72.4  0.000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0522  response regulator receiver domain-containing protein  31.3 
 
 		 123 aa  70.5  0.000000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2212  response regulator receiver protein  38.26 
 
 		 122 aa  70.5  0.000000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1534  putative chemotaxis protein cheY  27.93 
 
 		 121 aa  60.5  0.000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.358935 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3328  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.33 
 
 		 711 aa  59.3  0.00000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2061  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.64 
 
 		 318 aa  59.3  0.00000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000365539  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3298  response regulator receiver protein  32.76 
 
 		 121 aa  58.2  0.00000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0544  two component transcriptional regulator  31.53 
 
 		 227 aa  58.2  0.00000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2686  response regulator receiver protein  33.04 
 
 		 153 aa  57.8  0.00000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1787  response regulator receiver protein  30.77 
 
 		 141 aa  55.8  0.0000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.860265  normal  0.648843 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0339  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.23 
 
 		 1390 aa  55.1  0.0000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.726297  normal  0.77171 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0350  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.23 
 
 		 1390 aa  55.1  0.0000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0937102  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0360  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.23 
 
 		 1390 aa  55.1  0.0000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.592677 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0611  response regulator receiver protein  33.04 
 
 		 121 aa  54.7  0.0000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0649  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  28.21 
 
 		 387 aa  54.3  0.0000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.736737  normal  0.226718 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2296  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  32.2 
 
 		 394 aa  53.9  0.0000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1910  response regulator receiver  28.33 
 
 		 122 aa  53.5  0.0000009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0109911  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1398  response regulator receiver domain-containing protein  28.32 
 
 		 123 aa  53.5  0.000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.503734  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4687  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.33 
 
 		 230 aa  52.8  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000280381  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4156  two component transcriptional regulator  33.93 
 
 		 232 aa  52.4  0.000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.0000307056  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2815  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.41 
 
 		 238 aa  52.8  0.000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.180318  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3240  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.29 
 
 		 229 aa  52.8  0.000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.713085  normal  0.151148 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1931  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 		 1385 aa  52  0.000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1645  two component transcriptional regulator, AraC family  31.15 
 
 		 526 aa  52  0.000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.168722  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00411  chemotaxis protein CheY  29.82 
 
 		 121 aa  52  0.000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1525  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.17 
 
 		 316 aa  52  0.000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.15223e-23 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3564  response regulator receiver protein  29.2 
 
 		 122 aa  52  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0923704 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1768  two component transcriptional regulator  33.94 
 
 		 229 aa  51.2  0.000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0372211  hitchhiker  0.00235645 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0249  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.37 
 
 		 232 aa  51.2  0.000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2715  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.17 
 
 		 314 aa  51.6  0.000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1781  response regulator receiver  33.96 
 
 		 226 aa  51.2  0.000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.365073  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2177  response regulator receiver protein  31.03 
 
 		 120 aa  51.2  0.000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0654  response regulator receiver protein  31.9 
 
 		 120 aa  50.8  0.000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.54464 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1873  response regulator receiver protein  27.12 
 
 		 123 aa  50.8  0.000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.576406  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3265  response regulator receiver protein  30.09 
 
 		 122 aa  50.8  0.000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.571434  normal  0.349593 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1107  response regulator receiver protein  31.58 
 
 		 122 aa  50.8  0.000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.91502 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2443  putative chemotaxis response regulator, CheY5  31.58 
 
 		 122 aa  50.8  0.000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.451762  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0842  response regulator receiver protein  32.26 
 
 		 390 aa  50.8  0.000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.884409  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0725  response regulator receiver  29.82 
 
 		 121 aa  50.4  0.000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.537285 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0243  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 485 aa  49.7  0.00001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0692  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.56 
 
 		 270 aa  49.7  0.00001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.370043  unclonable  0.00000000838432 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0674  response regulator receiver protein  35.24 
 
 		 120 aa  49.7  0.00001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0682036 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3065  response regulator receiver protein  31.03 
 
 		 120 aa  49.7  0.00001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1606  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 230 aa  50.1  0.00001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.307098  normal  0.688459 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3791  response regulator receiver protein  31.03 
 
 		 120 aa  49.7  0.00001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  28.16 
 
 		 548 aa  48.9  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4423  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.78 
 
 		 1361 aa  49.3  0.00002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.498632 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0065  response regulator receiver domain-containing protein  23.85 
 
 		 196 aa  49.7  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.670969  normal  0.0252366 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1590  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 485 aa  48.9  0.00002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0352913  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4812  response regulator receiver protein  28.95 
 
 		 121 aa  49.3  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00197217 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0978  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 321 aa  49.3  0.00002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.323902  normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0581  chemotaxis response regulator  30.43 
 
 		 124 aa  49.3  0.00002  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2191  response regulator receiver protein  31.78 
 
 		 139 aa  49.3  0.00002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0761  two component transcriptional regulator  29.09 
 
 		 229 aa  49.3  0.00002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.179681 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0902  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.78 
 
 		 718 aa  48.9  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.651526  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3054  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.91 
 
 		 237 aa  49.3  0.00002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4379  response regulator receiver protein  30.17 
 
 		 120 aa  48.9  0.00002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0563  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 451 aa  48.5  0.00003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0314  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 131 aa  48.9  0.00003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0234873  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2694  putative PAS/PAC sensor protein  29.52 
 
 		 969 aa  48.5  0.00003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0176534  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0332  response regulator receiver protein  28.04 
 
 		 806 aa  48.5  0.00003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.112355  normal  0.937153 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0114  response regulator receiver protein  28.7 
 
 		 120 aa  48.5  0.00003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2710  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.44 
 
 		 704 aa  48.5  0.00003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00325078 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0298  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  28.21 
 
 		 331 aa  48.5  0.00003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.7054  normal  0.177262 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1653  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  30.36 
 
 		 478 aa  48.1  0.00004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2543  response regulator receiver protein  27.1 
 
 		 121 aa  48.1  0.00004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2161  adenylate/guanylate cyclase with GAF sensor(s)  31.73 
 
 		 1020 aa  48.1  0.00004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0428251  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3302  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.68 
 
 		 231 aa  48.1  0.00004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000343135 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6678  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.41 
 
 		 207 aa  48.1  0.00004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0821  two component transcriptional regulator  29.21 
 
 		 232 aa  48.1  0.00004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.60557  hitchhiker  0.00503775 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0600  response regulator receiver protein  32.08 
 
 		 301 aa  48.1  0.00004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0602  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 451 aa  48.1  0.00004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1748  response regulator receiver  29.2 
 
 		 123 aa  48.1  0.00004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.122601  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1787  response regulator receiver protein  29.82 
 
 		 122 aa  48.1  0.00004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2238  response regulator receiver protein  28.97 
 
 		 140 aa  48.1  0.00004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0218186  hitchhiker  0.00000354209 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1409  putative chemotaxis response regulator transcription regulator protein  33.04 
 
 		 137 aa  47.8  0.00005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.265627 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1976  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.69 
 
 		 1383 aa  47.8  0.00005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.624185 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2625  two component transcriptional regulator  29.57 
 
 		 232 aa  47.8  0.00005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000000000561273 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>