More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3528 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_3528  two component response regulator  100 
 
 		 119 aa  242  9.999999999999999e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2607  response regulator receiver protein  63.03 
 
 		 120 aa  164  4e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.212729  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3337  response regulator receiver protein  65.55 
 
 		 120 aa  160  4.0000000000000004e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.487426 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3080  response regulator receiver protein  64.71 
 
 		 120 aa  159  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.425562 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1570  response regulator receiver protein  46.43 
 
 		 127 aa  101  3e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0526  chemotaxis protein cheY  33.33 
 
 		 129 aa  88.6  3e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.958591 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1819  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 121 aa  87  7e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0522  CheY protein  31.62 
 
 		 121 aa  86.3  1e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.757769 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3676  response regulator receiver  32.48 
 
 		 121 aa  85.5  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.284761  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3918  response regulator receiver domain-containing protein  32.48 
 
 		 121 aa  84.7  4e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.734494 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6557  chemotaxis protein cheY  31.62 
 
 		 121 aa  84.3  5e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.803572  normal  0.643564 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0660  response regulator receiver protein  35.34 
 
 		 124 aa  84.3  5e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.711341 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3374  response regulator receiver domain-containing protein  31.62 
 
 		 121 aa  84  6e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.103489  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4245  response regulator receiver domain-containing protein  31.62 
 
 		 121 aa  83.6  8e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0522  response regulator receiver domain-containing protein  32.76 
 
 		 123 aa  79.3  0.00000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0067  response regulator receiver protein  35.71 
 
 		 122 aa  77.8  0.00000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1738  response regulator receiver protein  35.96 
 
 		 124 aa  77.8  0.00000000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0418251 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4033  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 130 aa  77.8  0.00000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.102003  normal  0.596674 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1693  response regulator receiver protein  31.25 
 
 		 121 aa  77.4  0.00000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.26323  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4836  response regulator receiver protein  31.25 
 
 		 121 aa  76.3  0.0000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.442815  hitchhiker  0.0072817 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1712  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 137 aa  76.6  0.0000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.599884  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0096  response regulator receiver protein  27.35 
 
 		 121 aa  75.9  0.0000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0434623 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1531  response regulator receiver  31.82 
 
 		 140 aa  73.6  0.000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0584637 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1811  response regulator receiver protein  31.82 
 
 		 140 aa  73.6  0.000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  unclonable  0.000108366  normal  0.182528 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2212  response regulator receiver protein  33.91 
 
 		 122 aa  70.5  0.000000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1534  putative chemotaxis protein cheY  29.2 
 
 		 121 aa  65.1  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.358935 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3298  response regulator receiver protein  33.04 
 
 		 121 aa  63.2  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2061  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.91 
 
 		 318 aa  63.2  0.000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000365539  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2686  response regulator receiver protein  32.14 
 
 		 153 aa  59.7  0.00000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4047  response regulator receiver protein  35.65 
 
 		 137 aa  59.3  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.772934  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2443  putative chemotaxis response regulator, CheY5  32.74 
 
 		 122 aa  59.3  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.451762  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1107  response regulator receiver protein  32.74 
 
 		 122 aa  59.3  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.91502 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4159  response regulator receiver protein  35.65 
 
 		 137 aa  59.3  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.174794  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1787  response regulator receiver protein  31.86 
 
 		 122 aa  57.8  0.00000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1625  response regulator receiver domain-containing protein  33.62 
 
 		 120 aa  57.4  0.00000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.608115 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3065  response regulator receiver protein  28.45 
 
 		 120 aa  57  0.00000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3791  response regulator receiver protein  28.45 
 
 		 120 aa  57  0.00000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3328  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.53 
 
 		 711 aa  57  0.00000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1409  putative chemotaxis response regulator transcription regulator protein  33.04 
 
 		 137 aa  56.6  0.0000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.265627 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2177  response regulator receiver protein  29.31 
 
 		 120 aa  56.6  0.0000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3680  response regulator receiver domain-containing protein  33.03 
 
 		 127 aa  55.5  0.0000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.383377  normal  0.047176 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4379  response regulator receiver protein  28.45 
 
 		 120 aa  56.2  0.0000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0081  two component transcriptional regulator, AraC family  32.08 
 
 		 399 aa  55.1  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3597  response regulator receiver  34.48 
 
 		 131 aa  54.7  0.0000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.593554  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0114  response regulator receiver protein  28.83 
 
 		 120 aa  54.3  0.0000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2296  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  27.83 
 
 		 394 aa  54.3  0.0000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2379  two component transcriptional regulator  39.6 
 
 		 250 aa  54.3  0.0000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.524484  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0611  response regulator receiver protein  31.58 
 
 		 121 aa  54.3  0.0000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00411  chemotaxis protein CheY  29.2 
 
 		 121 aa  54.3  0.0000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0725  response regulator receiver  28.32 
 
 		 121 aa  53.9  0.0000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.537285 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4677  response regulator receiver domain-containing protein  26.72 
 
 		 121 aa  53.9  0.0000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1527  response regulator receiver protein, CheY  26.61 
 
 		 124 aa  53.9  0.0000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.439374 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4285  response regulator receiver protein  27.35 
 
 		 122 aa  53.5  0.0000009  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0843  response regulator receiver protein  30.19 
 
 		 251 aa  53.5  0.0000009  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000594696  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4345  response regulator receiver protein  27.35 
 
 		 122 aa  53.5  0.0000009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.114649  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2248  response regulator receiver protein  30.97 
 
 		 121 aa  53.1  0.000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.426629  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2365  response regulator receiver protein  30.97 
 
 		 121 aa  53.1  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00457125  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3265  response regulator receiver protein  28.57 
 
 		 122 aa  53.1  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.571434  normal  0.349593 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2097  response regulator receiver protein  30.97 
 
 		 121 aa  53.1  0.000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.371893  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02260  putative two-component response regulator  28.32 
 
 		 121 aa  53.1  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.797803  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0902  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.28 
 
 		 718 aa  53.1  0.000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.651526  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2111  Fis family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 121 aa  52.8  0.000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0187  response regulator receiver protein  29.73 
 
 		 120 aa  52.8  0.000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2120  chemotaxis protein CheY  30.09 
 
 		 121 aa  52  0.000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3223  response regulator receiver protein  28.83 
 
 		 132 aa  52.4  0.000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.197956  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0566  response regulator receiver domain-containing protein  33.63 
 
 		 120 aa  52.4  0.000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0259  putative two-component response regulator  28.32 
 
 		 121 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.40567  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0518  putative response regulator receiver (CheY-like protein)  28.57 
 
 		 129 aa  52.8  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.150153  normal  0.211066 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0278  response regulator receiver protein  27.68 
 
 		 121 aa  52  0.000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.143889  normal  0.948049 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3494  response regulator receiver protein  29.73 
 
 		 120 aa  52.8  0.000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.313433 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0736  response regulator receiver  28.83 
 
 		 131 aa  51.6  0.000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6678  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.81 
 
 		 207 aa  52  0.000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0167  response regulator receiver protein  29.73 
 
 		 120 aa  52  0.000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0332  response regulator receiver protein  26.96 
 
 		 806 aa  51.6  0.000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.112355  normal  0.937153 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4088  response regulator receiver  31.73 
 
 		 231 aa  51.2  0.000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0754  response regulator receiver protein  28.21 
 
 		 121 aa  51.6  0.000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00160234 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1910  response regulator receiver  27.59 
 
 		 122 aa  51.2  0.000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0109911  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0739  response regulator receiver protein  28.21 
 
 		 121 aa  51.6  0.000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0188  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  30.28 
 
 		 438 aa  51.2  0.000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1139  response regulator receiver  30.19 
 
 		 121 aa  50.8  0.000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0323  response regulator receiver protein  31.62 
 
 		 127 aa  51.2  0.000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.47332  normal  0.784994 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0692  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  26.79 
 
 		 270 aa  51.2  0.000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.370043  unclonable  0.00000000838432 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3564  response regulator receiver protein  27.03 
 
 		 122 aa  50.8  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0923704 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2238  response regulator receiver protein  28.7 
 
 		 140 aa  51.2  0.000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0218186  hitchhiker  0.00000354209 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2994  response regulator receiver protein  31.58 
 
 		 121 aa  50.8  0.000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1880  response regulator receiver protein  30.09 
 
 		 121 aa  50.8  0.000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.578036 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0194  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  30.28 
 
 		 438 aa  50.8  0.000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0392315 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06210  chemotaxis response regulator CheY  27.93 
 
 		 130 aa  50.4  0.000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.987782  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2715  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.66 
 
 		 314 aa  50.8  0.000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1366  response regulator receiver protein  27.78 
 
 		 131 aa  50.4  0.000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.280194  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01810  transcriptional regulatory protein  32.11 
 
 		 226 aa  50.8  0.000007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00956  chemotaxis response regulator CheY  27.93 
 
 		 130 aa  50.4  0.000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.328186  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0544  two component transcriptional regulator  29.73 
 
 		 227 aa  50.8  0.000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1748  response regulator receiver  30.63 
 
 		 123 aa  50.8  0.000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.122601  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2620  response regulator receiver protein  30.7 
 
 		 121 aa  50.1  0.000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1593  response regulator receiver protein  30.7 
 
 		 121 aa  50.1  0.000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1181  response regulator receiver domain-containing protein  28.57 
 
 		 131 aa  50.4  0.000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.125402 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0350  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.77 
 
 		 1390 aa  50.4  0.000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0937102  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0339  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.77 
 
 		 1390 aa  50.4  0.000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.726297  normal  0.77171 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0360  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.77 
 
 		 1390 aa  50.4  0.000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.592677 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>