266 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2525 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2525  HhH-GPD family protein  100 
 
 		 215 aa  428  1e-119  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.435858 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3847  HhH-GPD family protein  56.81 
 
 		 214 aa  241  3.9999999999999997e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.583366  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3554  HhH-GPD family protein  56.81 
 
 		 214 aa  239  2e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.624286  normal  0.658408 
 
 
-
 
NC_004310  BR1646  base-excision DNA repair protein  55.14 
 
 		 232 aa  227  1e-58  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.558106  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1593  base-excision DNA repair protein  54.21 
 
 		 219 aa  223  1e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.184582  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1271  HhH-GPD family protein  55.14 
 
 		 219 aa  223  2e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4002  DNA-3-methyladenine glycosidase II  52.11 
 
 		 217 aa  206  2e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3025  HhH-GPD  52.17 
 
 		 214 aa  196  3e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.559258  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1846  HhH-GPD family protein  43.87 
 
 		 229 aa  167  1e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0813  HhH-GPD  45.15 
 
 		 240 aa  163  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0242454  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0747  DNA-3-methyladenine glycosidase II  42.31 
 
 		 217 aa  159  2e-38  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1134  putative DNA-3-methyladenine glycosidase  42.23 
 
 		 217 aa  158  5e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.983538  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0924  HhH-GPD  44.66 
 
 		 243 aa  158  5e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4878  HhH-GPD family protein  45.33 
 
 		 227 aa  158  5e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.537085  normal  0.0724165 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4886  HhH-GPD  43.75 
 
 		 220 aa  155  4e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.301844  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5238  HhH-GPD family protein  43.69 
 
 		 239 aa  154  1e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3487  HhH-GPD  42.45 
 
 		 217 aa  153  2e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3841  HhH-GPD family protein  44.67 
 
 		 217 aa  144  1e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1673  DNA repair protein  36 
 
 		 202 aa  139  1.9999999999999998e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.185829  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3124  HhH-GPD family protein  43.56 
 
 		 249 aa  139  3e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0495  HhH-GPD family protein  36.74 
 
 		 231 aa  138  7e-32  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.65814  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1157  HhH-GPD  41.58 
 
 		 210 aa  135  6.0000000000000005e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.018776 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2427  HhH-GPD family protein  41.71 
 
 		 368 aa  131  6.999999999999999e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.610261  normal  0.215219 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1116  HhH-GPD  44.12 
 
 		 205 aa  129  3e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1385  HhH-GPD family protein  40.38 
 
 		 209 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0499849  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1964  HhH-GPD  42.31 
 
 		 225 aa  127  2.0000000000000002e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0340706  normal  0.441447 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0844  HhH-GPD  38.89 
 
 		 205 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.141037 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2665  HhH-GPD family protein  35.71 
 
 		 201 aa  126  2.0000000000000002e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1689  DNA-glycosylase family protein  37.44 
 
 		 210 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.053666  normal  0.0261669 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2727  3-methyladenine DNA glycosylase/8-oxoguanine DNA glycosylase  39.9 
 
 		 209 aa  125  5e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0884865  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1445  HhH-GPD  32.24 
 
 		 219 aa  119  3e-26  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0863627  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1477  HhH-GPD family protein  32.24 
 
 		 199 aa  115  6e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3118  HhH-GPD family protein  41.1 
 
 		 209 aa  110  1.0000000000000001e-23  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3657  DNA-3-methyladenine glycosylase II  35.94 
 
 		 199 aa  110  1.0000000000000001e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00421015  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3945  HhH-GPD family protein  40.59 
 
 		 207 aa  108  8.000000000000001e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0107  HhH-GPD  37.5 
 
 		 216 aa  107  1e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2509  HhH-GPD family protein  37.97 
 
 		 349 aa  106  2e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00962302  hitchhiker  0.00345677 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3699  HhH-GPD family protein  37.5 
 
 		 206 aa  107  2e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.297795  normal  0.345513 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1742  HhH-GPD family protein  35.42 
 
 		 198 aa  105  4e-22  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.480671  normal  0.468533 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1627  HhH-GPD superfamily base excision DNA repair protein  37.97 
 
 		 281 aa  105  4e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.312409 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2412  DNA-3-methyladenine glycosylase II  36.88 
 
 		 206 aa  105  5e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1389  HhH-GPD family protein  36.9 
 
 		 340 aa  104  1e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.844993  normal  0.0527923 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0843  HhH-GPD  33.16 
 
 		 205 aa  103  1e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00392281 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0925  HhH-GPD family protein  37.58 
 
 		 196 aa  103  1e-21  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1655  DNA-3-methyladenine glycosylase  33.16 
 
 		 221 aa  102  5e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00300264  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1942  DNA-3-methyladenine glycosylase  33.16 
 
 		 312 aa  101  9e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1204  HhH-GPD family protein  35.6 
 
 		 293 aa  101  9e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.259574 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2680  base excision DNA repair protein  33.87 
 
 		 312 aa  100  1e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.126721  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2158  DNA-3-methyladenine glycosylase  33.87 
 
 		 312 aa  101  1e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3157  DNA-3-methyladenine glycosylase  33.87 
 
 		 295 aa  101  1e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.405929  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2544  base excision DNA repair protein  33.87 
 
 		 312 aa  100  1e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2595  base excision DNA repair protein  33.87 
 
 		 312 aa  101  1e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0401886  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1431  base excision DNA repair protein  33.87 
 
 		 312 aa  101  1e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.433378  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2112  HhH-GPD family protein  36.13 
 
 		 287 aa  100  2e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2892  HhH-GPD family protein  35.52 
 
 		 246 aa  99.4  3e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.866657  hitchhiker  0.00930162 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6000  DNA-3-methyladenine glycosylase II  35.6 
 
 		 275 aa  99  4e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2096  DNA-3-methyladenine glycosylase II  35.6 
 
 		 275 aa  99  4e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.761483  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2077  DNA-3-methyladenine glycosylase II  35.6 
 
 		 275 aa  99  4e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.641102  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1086  HhH-GPD  36.36 
 
 		 261 aa  99  5e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0200313  normal  0.0245193 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0979  HhH-GPD family protein  33.85 
 
 		 223 aa  99  5e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1123  HhH-GPD  36.36 
 
 		 256 aa  98.6  6e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.754505  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1982  HhH-GPD family protein  35.6 
 
 		 287 aa  96.7  2e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.963922  normal  0.532764 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5383  3-methyladenine DNA glycosylase/8- oxoguaninedna glycosylase  35.08 
 
 		 275 aa  96.3  3e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3244  HhH-GPD family protein  30.56 
 
 		 198 aa  95.9  4e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  2.73498e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3495  DNA-3-methyladenine glycosylase II  34.54 
 
 		 220 aa  95.5  5e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.482188 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1009  HhH-GPD family protein  33.51 
 
 		 290 aa  95.5  6e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.12314  normal  0.125939 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1103  HhH-GPD family protein  33.51 
 
 		 290 aa  95.1  7e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.622773  normal  0.391901 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2070  HhH-GPD family protein  38 
 
 		 202 aa  95.1  7e-19  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.40062  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4117  HhH-GPD family protein  27.37 
 
 		 201 aa  94.7  8e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.288029  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1125  HhH-GPD family protein  32.18 
 
 		 207 aa  94.7  9e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.473348 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2436  3-methyladenine DNA glycosylase II  34.57 
 
 		 208 aa  94.4  1e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.811433  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1350  HhH-GPD  34.64 
 
 		 216 aa  94.4  1e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.646647  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4937  HhH-GPD family protein  33.67 
 
 		 234 aa  94.4  1e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.556635  normal  0.704455 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1168  hypothetical protein  33.51 
 
 		 291 aa  93.2  2e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0414711  normal  0.721492 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10470  3-methyladenine DNA glycosylase/8-oxoguanine DNA glycosylase  32.91 
 
 		 234 aa  93.6  2e-18  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2321  HhH-GPD family protein  36.41 
 
 		 219 aa  93.6  2e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.903456  hitchhiker  0.0000733182 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2076  HhH-GPD family protein  36.06 
 
 		 209 aa  93.2  2e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.180031  normal  0.218221 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0859  HhH-GPD family protein  31.96 
 
 		 218 aa  93.2  3e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0534  HhH-GPD family protein  29.59 
 
 		 219 aa  92.4  4e-18  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.723386  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2090  HhH-GPD family protein  33.16 
 
 		 219 aa  92  6e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.72517  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1624  HhH-GPD family protein  33.16 
 
 		 219 aa  91.7  7e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3089  HhH-GPD family protein  33.5 
 
 		 217 aa  90.9  1e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.823092  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2864  HhH-GPD  32.79 
 
 		 231 aa  91.3  1e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.832817 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0702  DNA-3-methyladenine glycosylase II  30.33 
 
 		 251 aa  89.7  3e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0124  HhH-GPD family protein  28.65 
 
 		 210 aa  88.6  7e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.238812 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1671  HhH-GPD family protein  34.04 
 
 		 216 aa  88.2  8e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2508  HhH-GPD family protein  31.52 
 
 		 269 aa  86.7  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1215  DNA-3-methyladenine glycosylase II  32.47 
 
 		 163 aa  87  2e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.543969  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2455  DNA-3-methyladenine glycosylase  32.43 
 
 		 217 aa  87  2e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0427  DNA-3-methyladenine glycosylase II  31.71 
 
 		 288 aa  86.7  3e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1307  DNA-3-methyladenine glycosylase II  35.77 
 
 		 288 aa  85.5  5e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0630  DNA-3-methyladenine glycosylase II  30.12 
 
 		 186 aa  85.9  5e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00000706264  normal  0.223656 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3766  DNA-3-methyladenine glycosylase  32.3 
 
 		 218 aa  85.1  7e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2269  HhH-GPD family protein  32.76 
 
 		 207 aa  84.7  0.000000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.309984  normal  0.119846 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0601  HhH-GPD family protein  29.8 
 
 		 226 aa  84.7  0.000000000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0684  DNA-3-methyladenine glycosidase  29.35 
 
 		 226 aa  83.2  0.000000000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1779  DNA-3-methyladenine glycosylase II  35.76 
 
 		 301 aa  82  0.000000000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3774  DNA-3-methyladenine glycosidase  28.83 
 
 		 303 aa  80.9  0.00000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.727577  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2156  DNA-3-methyladenine glycosylase II  29.47 
 
 		 208 aa  80.9  0.00000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2635  DNA-3-methyladenine glycosylase II  32 
 
 		 209 aa  80.9  0.00000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>