254 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3089 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3089  HhH-GPD family protein  100 
 
 		 217 aa  443  1.0000000000000001e-124  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.823092  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1350  HhH-GPD  81.59 
 
 		 216 aa  354  5e-97  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.646647  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2864  HhH-GPD  78.95 
 
 		 231 aa  351  5e-96  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.832817 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4937  HhH-GPD family protein  77.34 
 
 		 234 aa  337  9.999999999999999e-92  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.556635  normal  0.704455 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2892  HhH-GPD family protein  76.26 
 
 		 246 aa  328  3e-89  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.866657  hitchhiker  0.00930162 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2090  HhH-GPD family protein  72.91 
 
 		 219 aa  319  1.9999999999999998e-86  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.72517  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1624  HhH-GPD family protein  72.91 
 
 		 219 aa  318  3e-86  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2321  HhH-GPD family protein  74.38 
 
 		 219 aa  318  3.9999999999999996e-86  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.903456  hitchhiker  0.0000733182 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2508  HhH-GPD family protein  67.94 
 
 		 269 aa  302  2.0000000000000002e-81  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2455  DNA-3-methyladenine glycosylase  69.63 
 
 		 217 aa  300  1e-80  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1671  HhH-GPD family protein  66.98 
 
 		 216 aa  295  3e-79  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0979  HhH-GPD family protein  62.2 
 
 		 223 aa  292  3e-78  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0859  HhH-GPD family protein  60.77 
 
 		 218 aa  286  1e-76  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1123  HhH-GPD  62.07 
 
 		 256 aa  273  1.0000000000000001e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.754505  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1086  HhH-GPD  60.58 
 
 		 261 aa  273  2.0000000000000002e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0200313  normal  0.0245193 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2509  HhH-GPD family protein  60.39 
 
 		 349 aa  270  1e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00962302  hitchhiker  0.00345677 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1103  HhH-GPD family protein  61.42 
 
 		 290 aa  267  1e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.622773  normal  0.391901 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1009  HhH-GPD family protein  61.42 
 
 		 290 aa  265  4e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.12314  normal  0.125939 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1627  HhH-GPD superfamily base excision DNA repair protein  59.9 
 
 		 281 aa  265  4e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.312409 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1942  DNA-3-methyladenine glycosylase  61.46 
 
 		 312 aa  265  5e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2158  DNA-3-methyladenine glycosylase  61.46 
 
 		 312 aa  265  5e-70  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2595  base excision DNA repair protein  61.46 
 
 		 312 aa  265  5e-70  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0401886  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1431  base excision DNA repair protein  61.46 
 
 		 312 aa  265  5e-70  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.433378  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2680  base excision DNA repair protein  61.46 
 
 		 312 aa  264  5.999999999999999e-70  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.126721  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3157  DNA-3-methyladenine glycosylase  61.46 
 
 		 295 aa  264  5.999999999999999e-70  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.405929  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2544  base excision DNA repair protein  61.46 
 
 		 312 aa  264  5.999999999999999e-70  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1168  hypothetical protein  61.42 
 
 		 291 aa  264  8e-70  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0414711  normal  0.721492 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1655  DNA-3-methyladenine glycosylase  61.46 
 
 		 221 aa  263  1e-69  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00300264  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1204  HhH-GPD family protein  60 
 
 		 293 aa  256  2e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.259574 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1389  HhH-GPD family protein  57.35 
 
 		 340 aa  255  3e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.844993  normal  0.0527923 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2096  DNA-3-methyladenine glycosylase II  58.37 
 
 		 275 aa  252  3e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.761483  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6000  DNA-3-methyladenine glycosylase II  58.37 
 
 		 275 aa  252  3e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2077  DNA-3-methyladenine glycosylase II  58.37 
 
 		 275 aa  252  3e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.641102  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5383  3-methyladenine DNA glycosylase/8- oxoguaninedna glycosylase  60 
 
 		 275 aa  251  5.000000000000001e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2112  HhH-GPD family protein  60 
 
 		 287 aa  251  9.000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1982  HhH-GPD family protein  60 
 
 		 287 aa  248  4e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.963922  normal  0.532764 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0843  HhH-GPD  54.19 
 
 		 205 aa  226  2e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00392281 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2436  3-methyladenine DNA glycosylase II  52.71 
 
 		 208 aa  209  3e-53  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.811433  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3699  HhH-GPD family protein  40.39 
 
 		 206 aa  181  1e-44  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.297795  normal  0.345513 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2412  DNA-3-methyladenine glycosylase II  39.9 
 
 		 206 aa  179  4e-44  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3657  DNA-3-methyladenine glycosylase II  38.42 
 
 		 199 aa  137  1e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00421015  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1742  HhH-GPD family protein  40.22 
 
 		 198 aa  134  9.999999999999999e-31  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.480671  normal  0.468533 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0630  DNA-3-methyladenine glycosylase II  39.89 
 
 		 186 aa  132  3e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00000706264  normal  0.223656 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0925  HhH-GPD family protein  39.01 
 
 		 196 aa  124  1e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3118  HhH-GPD family protein  38.46 
 
 		 209 aa  121  7e-27  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3495  DNA-3-methyladenine glycosylase II  39.68 
 
 		 220 aa  120  1.9999999999999998e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.482188 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10470  3-methyladenine DNA glycosylase/8-oxoguanine DNA glycosylase  33.33 
 
 		 234 aa  115  3e-25  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4117  HhH-GPD family protein  30.89 
 
 		 201 aa  115  6.9999999999999995e-25  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.288029  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04389  DNA-3-methyladenine glycosylase, putative (AFU_orthologue; AFUA_4G06800)  31.93 
 
 		 391 aa  114  7.999999999999999e-25  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0702  DNA-3-methyladenine glycosylase II  35.19 
 
 		 251 aa  114  1.0000000000000001e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0790  DNA-3-methyladenine glycosylase II  32.84 
 
 		 220 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0294828  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3244  HhH-GPD family protein  33.17 
 
 		 198 aa  112  3e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  2.73498e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1215  DNA-3-methyladenine glycosylase II  36.02 
 
 		 163 aa  113  3e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.543969  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0124  HhH-GPD family protein  33.33 
 
 		 210 aa  112  4.0000000000000004e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.238812 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1673  DNA repair protein  31.77 
 
 		 202 aa  112  4.0000000000000004e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.185829  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0738  DNA-3-methyladenine glycosylase II  33.33 
 
 		 207 aa  111  9e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2269  HhH-GPD family protein  36.36 
 
 		 207 aa  109  2.0000000000000002e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.309984  normal  0.119846 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0739  DNA-3-methyladenine glycosylase II  33.82 
 
 		 208 aa  108  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0705  DNA-3-methyladenine glycosylase II  32.85 
 
 		 208 aa  108  5e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.545476  normal  0.965549 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1026  DNA-3-methyladenine glycosylase II  31.86 
 
 		 220 aa  108  6e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2070  HhH-GPD family protein  34.43 
 
 		 202 aa  107  2e-22  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.40062  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0291  HhH-GPD family protein  34.59 
 
 		 190 aa  107  2e-22  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  hitchhiker  0.0000526477  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2335  HhH-GPD family protein  35.83 
 
 		 195 aa  105  4e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.695781  normal  0.75211 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4478  DNA-3-methyladenine glycosylase II  33.33 
 
 		 208 aa  105  4e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.795178 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4930  DNA-3-methyladenine glycosylase II  33.5 
 
 		 214 aa  105  5e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2635  DNA-3-methyladenine glycosylase II  35.45 
 
 		 209 aa  105  6e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1125  HhH-GPD family protein  33.18 
 
 		 207 aa  105  6e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.473348 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1116  HhH-GPD  34.92 
 
 		 205 aa  104  1e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2525  HhH-GPD family protein  31.87 
 
 		 201 aa  104  1e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.0239966 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2156  DNA-3-methyladenine glycosylase II  33.66 
 
 		 208 aa  103  2e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1159  HhH-GPD family protein  30.73 
 
 		 235 aa  102  4e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.000000451555  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1307  DNA-3-methyladenine glycosylase II  35.03 
 
 		 288 aa  102  4e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006681  CNL04530  DNA-3-methyladenine glycosidase, putative  41.48 
 
 		 461 aa  102  5e-21  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0427  DNA-3-methyladenine glycosylase II  28 
 
 		 288 aa  100  1e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0495  HhH-GPD family protein  33 
 
 		 231 aa  101  1e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.65814  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0534  HhH-GPD family protein  30.21 
 
 		 219 aa  100  2e-20  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.723386  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1486  DNA-3-methyladenine glycosylase II  31.9 
 
 		 230 aa  100  2e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.253605 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2435  DNA-3-methyladenine glycosylase II  36.05 
 
 		 216 aa  100  2e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2427  HhH-GPD family protein  32.39 
 
 		 368 aa  100  2e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.610261  normal  0.215219 
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_46865  predicted protein  32.81 
 
 		 394 aa  99.4  4e-20  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.259126  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3766  DNA-3-methyladenine glycosylase  31.03 
 
 		 218 aa  99.4  4e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2841  DNA-3-methyladenine glycosylase II  36.05 
 
 		 216 aa  99.4  4e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0405  HhH-GPD family protein  31.61 
 
 		 287 aa  98.2  8e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3255  DNA-3-methyladenine glycosylase II  34.52 
 
 		 224 aa  98.2  9e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00136627  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0411  DNA-3-methyladenine glycosylase II  26.64 
 
 		 287 aa  98.2  9e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0399  DNA-3-methyladenine glycosylase II (3-methyladenine-DNA glycosidase)  31.61 
 
 		 287 aa  97.4  1e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0541  endonuclease III domain protein  31.61 
 
 		 287 aa  97.4  1e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000150125  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0107  HhH-GPD  38.85 
 
 		 216 aa  97.4  1e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0844  HhH-GPD  34.04 
 
 		 205 aa  97.8  1e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.141037 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04456  DNA-3-methyladenine glycosylase  35.92 
 
 		 224 aa  97.4  1e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0413  DNA-3-methyladenine glycosylase II, C-terminus  31.61 
 
 		 213 aa  96.7  2e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2288  base excision DNA repair protein  32.46 
 
 		 203 aa  97.1  2e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2387  HhH-GPD family protein  32.46 
 
 		 203 aa  97.1  2e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2016  base excision DNA repair protein  32.46 
 
 		 203 aa  97.1  2e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1689  DNA-glycosylase family protein  32.65 
 
 		 210 aa  97.1  2e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.053666  normal  0.0261669 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0403  DNA-3-methyladenine glycosylase II  31.61 
 
 		 287 aa  96.3  3e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0471  endonuclease III domain protein  31.61 
 
 		 287 aa  96.3  3e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0490  endonuclease III domain protein  31.61 
 
 		 287 aa  95.1  6e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1299  DNA-3-methyladenine glycosylase II  43.31 
 
 		 142 aa  94.7  8e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0767189  normal  0.0206516 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0541  HhH-GPD superfamily base excision DNA repair protein  31.03 
 
 		 287 aa  94.4  1e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.256846  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>