245 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2435 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_2435  DNA-3-methyladenine glycosylase II  100 
 
 		 216 aa  435  1e-121  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2841  DNA-3-methyladenine glycosylase II  96.76 
 
 		 216 aa  423  1e-117  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2569  DNA-3-methyladenine glycosylase protein  79.25 
 
 		 212 aa  354  5.999999999999999e-97  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4930  DNA-3-methyladenine glycosylase II  73.21 
 
 		 214 aa  319  1.9999999999999998e-86  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3766  DNA-3-methyladenine glycosylase  72.25 
 
 		 218 aa  315  2e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0739  DNA-3-methyladenine glycosylase II  73.3 
 
 		 208 aa  312  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0705  DNA-3-methyladenine glycosylase II  71.08 
 
 		 208 aa  300  1e-80  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.545476  normal  0.965549 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2156  DNA-3-methyladenine glycosylase II  69.95 
 
 		 208 aa  299  3e-80  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4478  DNA-3-methyladenine glycosylase II  69.9 
 
 		 208 aa  298  4e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.795178 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0738  DNA-3-methyladenine glycosylase II  70.59 
 
 		 207 aa  298  4e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0547  DNA-3-methyladenine glycosylase II  58.25 
 
 		 212 aa  232  3e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3366  DNA-3-methyladenine glycosylase II  50.47 
 
 		 221 aa  219  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1486  DNA-3-methyladenine glycosylase II  55.61 
 
 		 230 aa  218  7.999999999999999e-56  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.253605 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0790  DNA-3-methyladenine glycosylase II  51.02 
 
 		 220 aa  213  9.999999999999999e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0294828  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1026  DNA-3-methyladenine glycosylase II  50.51 
 
 		 220 aa  210  2e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3255  DNA-3-methyladenine glycosylase II  52.26 
 
 		 224 aa  207  1e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00136627  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2635  DNA-3-methyladenine glycosylase II  57.54 
 
 		 209 aa  202  4e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3183  DNA-3-methyladenine glycosylase II  47.98 
 
 		 225 aa  195  4.0000000000000005e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.13027  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1299  DNA-3-methyladenine glycosylase II  61.83 
 
 		 142 aa  168  6e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0767189  normal  0.0206516 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0702  DNA-3-methyladenine glycosylase II  38.1 
 
 		 251 aa  154  7e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0630  DNA-3-methyladenine glycosylase II  43.89 
 
 		 186 aa  152  2.9999999999999998e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00000706264  normal  0.223656 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0684  DNA-3-methyladenine glycosidase  41.42 
 
 		 226 aa  137  1e-31  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0601  HhH-GPD family protein  41.42 
 
 		 226 aa  136  2e-31  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04456  DNA-3-methyladenine glycosylase  40.22 
 
 		 224 aa  134  7.000000000000001e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3495  DNA-3-methyladenine glycosylase II  42.6 
 
 		 220 aa  134  9.999999999999999e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.482188 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0124  HhH-GPD family protein  37.56 
 
 		 210 aa  134  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.238812 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3699  HhH-GPD family protein  37.19 
 
 		 206 aa  123  2e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.297795  normal  0.345513 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2412  DNA-3-methyladenine glycosylase II  36.68 
 
 		 206 aa  122  5e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0855  HhH-GPD family protein  40.99 
 
 		 206 aa  119  3.9999999999999996e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.908552 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2455  DNA-3-methyladenine glycosylase  36.79 
 
 		 217 aa  119  3.9999999999999996e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3657  DNA-3-methyladenine glycosylase II  36.95 
 
 		 199 aa  119  4.9999999999999996e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00421015  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1742  HhH-GPD family protein  40.84 
 
 		 198 aa  115  3.9999999999999997e-25  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.480671  normal  0.468533 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1671  HhH-GPD family protein  37.95 
 
 		 216 aa  114  1.0000000000000001e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2436  3-methyladenine DNA glycosylase II  40.61 
 
 		 208 aa  113  2.0000000000000002e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.811433  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2269  HhH-GPD family protein  37.43 
 
 		 207 aa  111  8.000000000000001e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.309984  normal  0.119846 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1673  DNA repair protein  32.18 
 
 		 202 aa  108  8.000000000000001e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.185829  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1215  DNA-3-methyladenine glycosylase II  36.71 
 
 		 163 aa  107  2e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.543969  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1086  HhH-GPD  32.85 
 
 		 261 aa  105  7e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0200313  normal  0.0245193 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1009  HhH-GPD family protein  31.98 
 
 		 290 aa  104  8e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.12314  normal  0.125939 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1103  HhH-GPD family protein  32.49 
 
 		 290 aa  104  9e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.622773  normal  0.391901 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1168  hypothetical protein  32.49 
 
 		 291 aa  104  1e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0414711  normal  0.721492 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0495  HhH-GPD family protein  35.15 
 
 		 231 aa  104  1e-21  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.65814  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1123  HhH-GPD  32.99 
 
 		 256 aa  103  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.754505  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2864  HhH-GPD  34.03 
 
 		 231 aa  103  2e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.832817 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0979  HhH-GPD family protein  34.55 
 
 		 223 aa  103  2e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4937  HhH-GPD family protein  36.97 
 
 		 234 aa  102  4e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.556635  normal  0.704455 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0843  HhH-GPD  36.42 
 
 		 205 aa  100  1e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00392281 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2509  HhH-GPD family protein  33.94 
 
 		 349 aa  101  1e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00962302  hitchhiker  0.00345677 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1204  HhH-GPD family protein  33.84 
 
 		 293 aa  101  1e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.259574 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0291  HhH-GPD family protein  33.88 
 
 		 190 aa  100  2e-20  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  hitchhiker  0.0000526477  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2335  HhH-GPD family protein  36.9 
 
 		 195 aa  100  2e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.695781  normal  0.75211 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3089  HhH-GPD family protein  36.05 
 
 		 217 aa  100  2e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.823092  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1655  DNA-3-methyladenine glycosylase  32.83 
 
 		 221 aa  99.8  3e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00300264  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1627  HhH-GPD superfamily base excision DNA repair protein  31.82 
 
 		 281 aa  99.8  3e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.312409 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1385  HhH-GPD family protein  36.46 
 
 		 209 aa  99.8  3e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0499849  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1942  DNA-3-methyladenine glycosylase  32.83 
 
 		 312 aa  99.4  4e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1350  HhH-GPD  35.37 
 
 		 216 aa  99  4e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.646647  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3118  HhH-GPD family protein  35.84 
 
 		 209 aa  99.4  4e-20  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3157  DNA-3-methyladenine glycosylase  32.83 
 
 		 295 aa  99.4  4e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.405929  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2680  base excision DNA repair protein  32.83 
 
 		 312 aa  99  5e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.126721  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2158  DNA-3-methyladenine glycosylase  32.83 
 
 		 312 aa  99  5e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2595  base excision DNA repair protein  32.83 
 
 		 312 aa  99  5e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0401886  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1431  base excision DNA repair protein  32.83 
 
 		 312 aa  99  5e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.433378  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0859  HhH-GPD family protein  36.2 
 
 		 218 aa  99  5e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04389  DNA-3-methyladenine glycosylase, putative (AFU_orthologue; AFUA_4G06800)  30.39 
 
 		 391 aa  98.6  6e-20  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1125  HhH-GPD family protein  32.35 
 
 		 207 aa  98.6  6e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.473348 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4117  HhH-GPD family protein  29.7 
 
 		 201 aa  98.6  6e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.288029  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0107  HhH-GPD  39.26 
 
 		 216 aa  98.2  7e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2892  HhH-GPD family protein  35.37 
 
 		 246 aa  98.2  8e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.866657  hitchhiker  0.00930162 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1689  DNA-glycosylase family protein  33.51 
 
 		 210 aa  97.8  1e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.053666  normal  0.0261669 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2112  HhH-GPD family protein  33.33 
 
 		 287 aa  97.8  1e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2096  DNA-3-methyladenine glycosylase II  32.83 
 
 		 275 aa  97.1  2e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.761483  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1389  HhH-GPD family protein  30.96 
 
 		 340 aa  96.7  2e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.844993  normal  0.0527923 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5383  3-methyladenine DNA glycosylase/8- oxoguaninedna glycosylase  32.83 
 
 		 275 aa  97.1  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6000  DNA-3-methyladenine glycosylase II  32.83 
 
 		 275 aa  97.1  2e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2077  DNA-3-methyladenine glycosylase II  32.83 
 
 		 275 aa  97.1  2e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.641102  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2544  base excision DNA repair protein  32.32 
 
 		 312 aa  97.1  2e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1982  HhH-GPD family protein  33.02 
 
 		 287 aa  96.3  3e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.963922  normal  0.532764 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0844  HhH-GPD  35.98 
 
 		 205 aa  95.5  6e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.141037 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2508  HhH-GPD family protein  34.52 
 
 		 269 aa  95.1  7e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2727  3-methyladenine DNA glycosylase/8-oxoguanine DNA glycosylase  34.81 
 
 		 209 aa  93.2  3e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0884865  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0925  HhH-GPD family protein  32.95 
 
 		 196 aa  91.3  1e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1116  HhH-GPD  33.73 
 
 		 205 aa  90.9  1e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2070  HhH-GPD family protein  32.35 
 
 		 202 aa  90.9  1e-17  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.40062  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3244  HhH-GPD family protein  32.28 
 
 		 198 aa  90.5  2e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  2.73498e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1307  DNA-3-methyladenine glycosylase II  31.74 
 
 		 288 aa  89.7  3e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0427  DNA-3-methyladenine glycosylase II  29.34 
 
 		 288 aa  88.6  6e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1445  HhH-GPD  31.68 
 
 		 219 aa  88.6  7e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0863627  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2321  HhH-GPD family protein  31.41 
 
 		 219 aa  88.6  7e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.903456  hitchhiker  0.0000733182 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2525  HhH-GPD family protein  30.12 
 
 		 201 aa  88.2  8e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.0239966 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0411  DNA-3-methyladenine glycosylase II  29.34 
 
 		 287 aa  86.7  3e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2427  HhH-GPD family protein  31.68 
 
 		 368 aa  85.5  6e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.610261  normal  0.215219 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1159  HhH-GPD family protein  29.65 
 
 		 235 aa  83.2  0.000000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.000000451555  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1848  base excision repair protein, HhH-GPD family  33.92 
 
 		 322 aa  82.4  0.000000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1527  HhH-GPD family protein  33.92 
 
 		 322 aa  82.4  0.000000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0472301  normal  0.34415 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1624  HhH-GPD family protein  28.92 
 
 		 219 aa  82  0.000000000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2090  HhH-GPD family protein  28.8 
 
 		 219 aa  82  0.000000000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.72517  n/a   
 
 
-
 
NC_006681  CNL04530  DNA-3-methyladenine glycosidase, putative  34.97 
 
 		 461 aa  81.6  0.000000000000007  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2076  HhH-GPD family protein  40 
 
 		 209 aa  81.6  0.000000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.180031  normal  0.218221 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0471  endonuclease III domain protein  29.07 
 
 		 287 aa  80.9  0.00000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>