280 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1689 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_1689  DNA-glycosylase family protein  100 
 
 
210 aa  416  9.999999999999999e-116  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.053666  normal  0.0261669 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1157  HhH-GPD  74.76 
 
 
210 aa  315  4e-85  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.018776 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1964  HhH-GPD  63.86 
 
 
225 aa  234  5.0000000000000005e-61  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0340706  normal  0.441447 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1385  HhH-GPD family protein  59.22 
 
 
209 aa  229  2e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0499849  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2727  3-methyladenine DNA glycosylase/8-oxoguanine DNA glycosylase  59.71 
 
 
209 aa  228  4e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0884865  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2076  HhH-GPD family protein  60.19 
 
 
209 aa  212  2.9999999999999995e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.180031  normal  0.218221 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1445  HhH-GPD  44.83 
 
 
219 aa  177  7e-44  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0863627  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0495  HhH-GPD family protein  44.71 
 
 
231 aa  177  1e-43  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.65814  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3945  HhH-GPD family protein  56.31 
 
 
207 aa  174  7e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1846  HhH-GPD family protein  46.67 
 
 
229 aa  158  5e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1271  HhH-GPD family protein  45.93 
 
 
219 aa  147  8e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3124  HhH-GPD family protein  45.58 
 
 
249 aa  147  9e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4878  HhH-GPD family protein  48.8 
 
 
227 aa  145  5e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.537085  normal  0.0724165 
 
 
-
 
NC_004310  BR1646  base-excision DNA repair protein  43.75 
 
 
232 aa  142  3e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.558106  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1593  base-excision DNA repair protein  43.27 
 
 
219 aa  142  3e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.184582  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3847  HhH-GPD family protein  41.23 
 
 
214 aa  140  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.583366  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3554  HhH-GPD family protein  41.23 
 
 
214 aa  140  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.624286  normal  0.658408 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2427  HhH-GPD family protein  45.18 
 
 
368 aa  140  9.999999999999999e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.610261  normal  0.215219 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1673  DNA repair protein  40.31 
 
 
202 aa  139  3e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.185829  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1116  HhH-GPD  42.5 
 
 
205 aa  135  6.0000000000000005e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3841  HhH-GPD family protein  43.23 
 
 
217 aa  132  5e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3025  HhH-GPD  39.32 
 
 
214 aa  130  1.0000000000000001e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.559258  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0844  HhH-GPD  43 
 
 
205 aa  128  8.000000000000001e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.141037 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4886  HhH-GPD  38.46 
 
 
220 aa  124  1e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.301844  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0747  DNA-3-methyladenine glycosidase II  39.9 
 
 
217 aa  123  2e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3657  DNA-3-methyladenine glycosylase II  40.1 
 
 
199 aa  123  2e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00421015  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0924  HhH-GPD  38.94 
 
 
243 aa  123  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5238  HhH-GPD family protein  37.98 
 
 
239 aa  123  2e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2525  HhH-GPD family protein  37.26 
 
 
215 aa  123  2e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.435858 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3487  HhH-GPD  38.46 
 
 
217 aa  122  4e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1134  putative DNA-3-methyladenine glycosidase  37.02 
 
 
217 aa  121  6e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.983538  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0813  HhH-GPD  37.5 
 
 
240 aa  120  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0242454  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1477  HhH-GPD family protein  31.66 
 
 
199 aa  119  3.9999999999999996e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1215  DNA-3-methyladenine glycosylase II  44.23 
 
 
163 aa  118  7.999999999999999e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.543969  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4002  DNA-3-methyladenine glycosidase II  39.7 
 
 
217 aa  115  6.9999999999999995e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2436  3-methyladenine DNA glycosylase II  38.27 
 
 
208 aa  113  2.0000000000000002e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.811433  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0859  HhH-GPD family protein  34.62 
 
 
218 aa  112  3e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0979  HhH-GPD family protein  33.51 
 
 
223 aa  110  2.0000000000000002e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2269  HhH-GPD family protein  38.24 
 
 
207 aa  110  2.0000000000000002e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.309984  normal  0.119846 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0739  DNA-3-methyladenine glycosylase II  36.82 
 
 
208 aa  107  1e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0843  HhH-GPD  35.2 
 
 
205 aa  107  1e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00392281 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1655  DNA-3-methyladenine glycosylase  33.5 
 
 
221 aa  107  2e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00300264  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0124  HhH-GPD family protein  31.44 
 
 
210 aa  106  3e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.238812 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1942  DNA-3-methyladenine glycosylase  33.17 
 
 
312 aa  105  3e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1086  HhH-GPD  36.6 
 
 
261 aa  106  3e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0200313  normal  0.0245193 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3157  DNA-3-methyladenine glycosylase  33.17 
 
 
295 aa  105  3e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.405929  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2680  base excision DNA repair protein  33.17 
 
 
312 aa  105  4e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.126721  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2595  base excision DNA repair protein  33.17 
 
 
312 aa  105  4e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0401886  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1431  base excision DNA repair protein  33.17 
 
 
312 aa  105  4e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.433378  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2158  DNA-3-methyladenine glycosylase  33.17 
 
 
312 aa  105  4e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2544  base excision DNA repair protein  32.67 
 
 
312 aa  105  4e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1123  HhH-GPD  36.6 
 
 
256 aa  105  5e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.754505  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0855  HhH-GPD family protein  34.54 
 
 
206 aa  105  6e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.908552 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2455  DNA-3-methyladenine glycosylase  35.18 
 
 
217 aa  103  1e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1486  DNA-3-methyladenine glycosylase II  37.81 
 
 
230 aa  104  1e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.253605 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0705  DNA-3-methyladenine glycosylase II  34.5 
 
 
208 aa  103  2e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.545476  normal  0.965549 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2665  HhH-GPD family protein  35.09 
 
 
201 aa  103  2e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0738  DNA-3-methyladenine glycosylase II  34.5 
 
 
207 aa  103  2e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4478  DNA-3-methyladenine glycosylase II  35.5 
 
 
208 aa  103  3e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.795178 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0107  HhH-GPD  40.12 
 
 
216 aa  102  5e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2569  DNA-3-methyladenine glycosylase protein  35.9 
 
 
212 aa  101  9e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3244  HhH-GPD family protein  34.22 
 
 
198 aa  101  9e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  2.73498e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2112  HhH-GPD family protein  34.2 
 
 
287 aa  101  1e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1168  hypothetical protein  36.55 
 
 
291 aa  100  2e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0414711  normal  0.721492 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2412  DNA-3-methyladenine glycosylase II  37.5 
 
 
206 aa  100  2e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2096  DNA-3-methyladenine glycosylase II  33.68 
 
 
275 aa  100  2e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.761483  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3699  HhH-GPD family protein  37.5 
 
 
206 aa  100  2e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.297795  normal  0.345513 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5383  3-methyladenine DNA glycosylase/8- oxoguaninedna glycosylase  32.99 
 
 
275 aa  99.8  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2864  HhH-GPD  32.47 
 
 
231 aa  100  2e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.832817 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1627  HhH-GPD superfamily base excision DNA repair protein  33.5 
 
 
281 aa  99.8  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.312409 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6000  DNA-3-methyladenine glycosylase II  33.68 
 
 
275 aa  100  2e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2077  DNA-3-methyladenine glycosylase II  33.68 
 
 
275 aa  100  2e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.641102  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2509  HhH-GPD family protein  33.5 
 
 
349 aa  100  2e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00962302  hitchhiker  0.00345677 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1125  HhH-GPD family protein  34.57 
 
 
207 aa  99.8  3e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.473348 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1009  HhH-GPD family protein  34.54 
 
 
290 aa  99.8  3e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.12314  normal  0.125939 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1103  HhH-GPD family protein  35.03 
 
 
290 aa  98.6  7e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.622773  normal  0.391901 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3118  HhH-GPD family protein  35.19 
 
 
209 aa  98.2  8e-20  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1982  HhH-GPD family protein  33.68 
 
 
287 aa  98.2  8e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.963922  normal  0.532764 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2435  DNA-3-methyladenine glycosylase II  33.51 
 
 
216 aa  97.8  1e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2892  HhH-GPD family protein  32.99 
 
 
246 aa  97.8  1e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.866657  hitchhiker  0.00930162 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3089  HhH-GPD family protein  32.65 
 
 
217 aa  97.1  2e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.823092  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0925  HhH-GPD family protein  36.75 
 
 
196 aa  97.1  2e-19  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4117  HhH-GPD family protein  30.81 
 
 
201 aa  96.7  2e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.288029  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1624  HhH-GPD family protein  30.57 
 
 
219 aa  95.9  4e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1204  HhH-GPD family protein  32.49 
 
 
293 aa  95.5  5e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.259574 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2070  HhH-GPD family protein  36.07 
 
 
202 aa  95.1  6e-19  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.40062  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1671  HhH-GPD family protein  32.99 
 
 
216 aa  95.1  6e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3183  DNA-3-methyladenine glycosylase II  32.51 
 
 
225 aa  95.1  6e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.13027  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2090  HhH-GPD family protein  30.57 
 
 
219 aa  95.1  7e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.72517  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2321  HhH-GPD family protein  32.12 
 
 
219 aa  95.1  7e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.903456  hitchhiker  0.0000733182 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1389  HhH-GPD family protein  31.63 
 
 
340 aa  94.7  8e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.844993  normal  0.0527923 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2841  DNA-3-methyladenine glycosylase II  32.99 
 
 
216 aa  94.7  9e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4937  HhH-GPD family protein  31.61 
 
 
234 aa  94.7  1e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.556635  normal  0.704455 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3255  DNA-3-methyladenine glycosylase II  33.5 
 
 
224 aa  93.6  2e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00136627  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1742  HhH-GPD family protein  33.33 
 
 
198 aa  92.8  3e-18  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.480671  normal  0.468533 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3766  DNA-3-methyladenine glycosylase  31.5 
 
 
218 aa  93.2  3e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0547  DNA-3-methyladenine glycosylase II  40.1 
 
 
212 aa  92.8  3e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1159  HhH-GPD family protein  36.24 
 
 
235 aa  92.4  4e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.000000451555  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4930  DNA-3-methyladenine glycosylase II  29 
 
 
214 aa  92  5e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10470  3-methyladenine DNA glycosylase/8-oxoguanine DNA glycosylase  30.57 
 
 
234 aa  92  5e-18  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>