More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_1527 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011206  Lferr_1527  HhH-GPD family protein  100 
 
 
322 aa  643    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0472301  normal  0.34415 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1848  base excision repair protein, HhH-GPD family  100 
 
 
322 aa  643    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0522  HhH-GPD  32.23 
 
 
309 aa  123  4e-27  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.589168  normal  0.454329 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1064  HhH-GPD family protein  30.38 
 
 
300 aa  101  2e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.510793 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0044  Ada metal-binding domain-containing protein  31.14 
 
 
513 aa  100  4e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2923  8-oxoguanine DNA glycosylase domain protein  30.04 
 
 
302 aa  99  9e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2036  hypothetical protein  41.6 
 
 
125 aa  99  1e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1486  DNA-3-methyladenine glycosylase II  41.98 
 
 
230 aa  99  1e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.253605 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0318  HhH-GPD family protein  27.3 
 
 
301 aa  96.7  5e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.536275 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2569  DNA-3-methyladenine glycosylase protein  36.63 
 
 
212 aa  92.8  7e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2635  DNA-3-methyladenine glycosylase II  40.76 
 
 
209 aa  92.8  8e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2435  DNA-3-methyladenine glycosylase II  34.3 
 
 
216 aa  91.3  2e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2163  HhH-GPD family protein  34.56 
 
 
328 aa  90.9  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.338559  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2841  DNA-3-methyladenine glycosylase II  32.08 
 
 
216 aa  90.1  5e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1748  hypothetical protein  70.69 
 
 
88 aa  88.6  1e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0955333 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3753  DNA-3-methyladenine glycosidase  33.52 
 
 
303 aa  88.2  2e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000204691 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3587  DNA-3-methyladenine glycosidase  33.52 
 
 
303 aa  88.2  2e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.655108  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3499  DNA-3-methyladenine glycosidase  33.52 
 
 
303 aa  88.2  2e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.596222  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3871  DNA-3-methyladenine glycosidase  33.52 
 
 
303 aa  88.2  2e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.85694  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3487  DNA-3-methyladenine glycosidase  33.52 
 
 
303 aa  87.4  3e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.604427  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42700  DNA-3-methyladenine glycosidase II  33.82 
 
 
297 aa  86.3  6e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3774  DNA-3-methyladenine glycosidase  33.33 
 
 
303 aa  86.3  7e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.727577  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3510  DNA-3-methyladenine glycosylase II  33.33 
 
 
303 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.043579  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1457  DNA-3-methyladenine glycosidase  34.29 
 
 
303 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000180203 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3255  DNA-3-methyladenine glycosylase II  35.46 
 
 
224 aa  84.3  0.000000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00136627  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3585  DNA-3-methyladenine glycosidase II  34.11 
 
 
297 aa  83.6  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3755  AraC family transcriptional regulator  30.41 
 
 
489 aa  83.6  0.000000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00051726  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1779  DNA-3-methyladenine glycosylase II  33.83 
 
 
301 aa  83.6  0.000000000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0702  DNA-3-methyladenine glycosylase II  31.11 
 
 
251 aa  83.2  0.000000000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3766  DNA-3-methyladenine glycosylase  38.26 
 
 
218 aa  82.8  0.000000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3790  DNA-3-methyladenine glycosidase  32.42 
 
 
303 aa  82  0.00000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4930  DNA-3-methyladenine glycosylase II  33.52 
 
 
214 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3657  DNA-3-methyladenine glycosylase II  36.6 
 
 
199 aa  81.3  0.00000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00421015  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1673  DNA repair protein  31.03 
 
 
202 aa  80.5  0.00000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.185829  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28630  3-methyladenine DNA glycosylase/8-oxoguanine DNA glycosylase  34.09 
 
 
324 aa  79.7  0.00000000000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.387023  normal  0.162457 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3842  DNA-3-methyladenine glycosidase  33.71 
 
 
303 aa  79.7  0.00000000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4163  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 
482 aa  79.7  0.00000000000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.813535  hitchhiker  0.00229992 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4117  HhH-GPD family protein  26.98 
 
 
201 aa  79  0.0000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.288029  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3357  transcriptional regulator Ada / DNA-3-methyladenine glycosylase II / DNA-O6-methylguanine--protein-cysteine S-methyltransferase  29.51 
 
 
486 aa  79  0.0000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0595  3-methyladenine DNA glycosylase/8-oxoguanine DNA glycosylase-like protein  27.87 
 
 
300 aa  77.4  0.0000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2892  HhH-GPD family protein  29.63 
 
 
246 aa  77.4  0.0000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.866657  hitchhiker  0.00930162 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0979  HhH-GPD family protein  30.37 
 
 
223 aa  77  0.0000000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4133  transcriptional regulator, AraC family  33.22 
 
 
484 aa  77  0.0000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1307  DNA-3-methyladenine glycosylase II  29.44 
 
 
288 aa  76.6  0.0000000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0738  DNA-3-methyladenine glycosylase II  32.93 
 
 
207 aa  76.6  0.0000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0705  DNA-3-methyladenine glycosylase II  31.96 
 
 
208 aa  76.6  0.0000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.545476  normal  0.965549 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0843  HhH-GPD  31.35 
 
 
205 aa  75.9  0.0000000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00392281 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0547  DNA-3-methyladenine glycosylase II  36.57 
 
 
212 aa  75.5  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0353  HhH-GPD family protein  24.54 
 
 
282 aa  75.9  0.000000000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1125  HhH-GPD family protein  32.29 
 
 
207 aa  75.5  0.000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.473348 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3183  DNA-3-methyladenine glycosylase II  30.25 
 
 
225 aa  74.7  0.000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.13027  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2950  HhH-GPD family protein  28.57 
 
 
300 aa  74.7  0.000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.296829  hitchhiker  0.000432102 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0859  HhH-GPD family protein  30.37 
 
 
218 aa  74.7  0.000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1317  transcriptional regulator Ada  35.19 
 
 
467 aa  73.9  0.000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.238838  normal  0.620865 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0739  DNA-3-methyladenine glycosylase II  32.3 
 
 
208 aa  74.3  0.000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2156  DNA-3-methyladenine glycosylase II  32.12 
 
 
208 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2269  HhH-GPD family protein  27.27 
 
 
207 aa  74.3  0.000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.309984  normal  0.119846 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1299  DNA-3-methyladenine glycosylase II  39.58 
 
 
142 aa  73.2  0.000000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0767189  normal  0.0206516 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0411  DNA-3-methyladenine glycosylase II  27.27 
 
 
287 aa  73.2  0.000000000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2864  HhH-GPD  25 
 
 
231 aa  72.8  0.000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.832817 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3037  AlkA domain protein  28.95 
 
 
376 aa  72.8  0.000000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0138739  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1888  alcohol dehydrogenase  31.22 
 
 
292 aa  72.4  0.000000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.753852  normal  0.559526 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0790  DNA-3-methyladenine glycosylase II  34.72 
 
 
220 aa  72.4  0.00000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0294828  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3470  AraC family transcriptional regulator  34.18 
 
 
523 aa  72  0.00000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.884533  normal  0.876764 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4478  DNA-3-methyladenine glycosylase II  33.82 
 
 
208 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.795178 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2419  AlkA domain protein  36.18 
 
 
302 aa  72.4  0.00000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.839778  hitchhiker  0.00593166 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0107  HhH-GPD  36.02 
 
 
216 aa  72  0.00000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3726  transcriptional regulator, AraC family  36.05 
 
 
534 aa  71.2  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1012  transcriptional regulator, AraC family  31 
 
 
495 aa  71.2  0.00000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1026  DNA-3-methyladenine glycosylase II  33.78 
 
 
220 aa  70.9  0.00000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2436  3-methyladenine DNA glycosylase II  31.68 
 
 
208 aa  70.5  0.00000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.811433  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1107  AraC family transcriptional regulator  28.91 
 
 
502 aa  70.9  0.00000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0739915 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0291  HhH-GPD family protein  27.64 
 
 
190 aa  70.5  0.00000000004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  hitchhiker  0.0000526477  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6507  DNA-3-methyladenine glycosylase II  31.46 
 
 
319 aa  70.1  0.00000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000337261  normal  0.0896284 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2508  HhH-GPD family protein  26.7 
 
 
269 aa  70.1  0.00000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5315  transcriptional regulator Ada  32.81 
 
 
509 aa  69.7  0.00000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2538  AlkA-like  31.92 
 
 
319 aa  69.7  0.00000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000684088  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3151  alcohol dehydrogenase  31.92 
 
 
319 aa  69.7  0.00000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000306407  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2423  transcriptional regulator, AraC family  26.44 
 
 
496 aa  69.7  0.00000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00245966 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2799  transcriptional regulator, Ada family/DNA-3-methyladenine glycosylase II  26.44 
 
 
496 aa  69.7  0.00000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3170  alcohol dehydrogenase  31.92 
 
 
319 aa  69.7  0.00000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000626479  decreased coverage  0.000000129498 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3954  AlkA domain protein  30.43 
 
 
305 aa  69.3  0.00000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0202431  normal  0.626285 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3025  HhH-GPD  28.71 
 
 
214 aa  68.9  0.0000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.559258  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0427  DNA-3-methyladenine glycosylase II  27.5 
 
 
288 aa  68.6  0.0000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3783  alcohol dehydrogenase  33.03 
 
 
551 aa  68.2  0.0000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006681  CNL04530  DNA-3-methyladenine glycosidase, putative  30.14 
 
 
461 aa  68.6  0.0000000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1116  HhH-GPD  30.57 
 
 
205 aa  68.2  0.0000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1350  HhH-GPD  27.16 
 
 
216 aa  68.2  0.0000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.646647  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4322  alcohol dehydrogenase  30.91 
 
 
495 aa  68.2  0.0000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0749959 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0323  DNA-3-methyladenine glycosylase II  30.84 
 
 
343 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000000246796  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1086  HhH-GPD  24.2 
 
 
261 aa  67.4  0.0000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0200313  normal  0.0245193 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1213  HhH-GPD  30.29 
 
 
297 aa  67  0.0000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.235749  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04780  DNA methylation and regulatory protein  30.71 
 
 
487 aa  67  0.0000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0086  DNA-3-methyladenine glycosylase II  31.1 
 
 
343 aa  66.6  0.0000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00010571  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24680  DNA-3-methyladenine glycosylase II /DNA-O6-methylguanine--protein-cysteine S-methyltransferase /Transcriptional regulator Ada  32.23 
 
 
536 aa  66.6  0.0000000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1215  DNA-3-methyladenine glycosylase II  39.83 
 
 
163 aa  66.6  0.0000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.543969  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0133  DNA-3-methyladenine glycosylase 2  30.37 
 
 
304 aa  66.6  0.0000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.221432  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2913  alcohol dehydrogenase  32.74 
 
 
308 aa  66.6  0.0000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.304572 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4878  HhH-GPD family protein  33.76 
 
 
227 aa  66.6  0.0000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.537085  normal  0.0724165 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2835  DNA-3-methyladenine glycosylase II  30.37 
 
 
304 aa  66.2  0.0000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000406051  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>