263 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1168 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1168  hypothetical protein  100 
 
 		 291 aa  590  1e-167  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0414711  normal  0.721492 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1103  HhH-GPD family protein  84.88 
 
 		 290 aa  481  1e-135  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.622773  normal  0.391901 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1009  HhH-GPD family protein  84.19 
 
 		 290 aa  482  1e-135  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.12314  normal  0.125939 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1123  HhH-GPD  78.24 
 
 		 256 aa  380  1e-104  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.754505  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1086  HhH-GPD  80.45 
 
 		 261 aa  374  1e-103  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0200313  normal  0.0245193 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2509  HhH-GPD family protein  79.7 
 
 		 349 aa  349  3e-95  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00962302  hitchhiker  0.00345677 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1389  HhH-GPD family protein  74.18 
 
 		 340 aa  346  2e-94  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.844993  normal  0.0527923 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1942  DNA-3-methyladenine glycosylase  77.03 
 
 		 312 aa  346  3e-94  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2158  DNA-3-methyladenine glycosylase  77.03 
 
 		 312 aa  346  3e-94  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3157  DNA-3-methyladenine glycosylase  77.03 
 
 		 295 aa  346  3e-94  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.405929  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2595  base excision DNA repair protein  77.03 
 
 		 312 aa  346  3e-94  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0401886  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1431  base excision DNA repair protein  77.03 
 
 		 312 aa  346  3e-94  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.433378  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2680  base excision DNA repair protein  64.55 
 
 		 312 aa  345  4e-94  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.126721  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2544  base excision DNA repair protein  77.03 
 
 		 312 aa  345  6e-94  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1655  DNA-3-methyladenine glycosylase  77.03 
 
 		 221 aa  344  1e-93  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00300264  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1627  HhH-GPD superfamily base excision DNA repair protein  79.19 
 
 		 281 aa  341  8e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.312409 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2096  DNA-3-methyladenine glycosylase II  78.17 
 
 		 275 aa  336  2.9999999999999997e-91  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.761483  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6000  DNA-3-methyladenine glycosylase II  78.17 
 
 		 275 aa  336  2.9999999999999997e-91  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2077  DNA-3-methyladenine glycosylase II  78.17 
 
 		 275 aa  336  2.9999999999999997e-91  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.641102  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5383  3-methyladenine DNA glycosylase/8- oxoguaninedna glycosylase  78.17 
 
 		 275 aa  335  3.9999999999999995e-91  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2112  HhH-GPD family protein  77.66 
 
 		 287 aa  334  1e-90  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1204  HhH-GPD family protein  78.17 
 
 		 293 aa  333  2e-90  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.259574 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1982  HhH-GPD family protein  74.52 
 
 		 287 aa  332  4e-90  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.963922  normal  0.532764 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0979  HhH-GPD family protein  62.5 
 
 		 223 aa  293  2e-78  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0859  HhH-GPD family protein  65.15 
 
 		 218 aa  284  1.0000000000000001e-75  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2864  HhH-GPD  61.11 
 
 		 231 aa  273  3e-72  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.832817 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4937  HhH-GPD family protein  62.44 
 
 		 234 aa  268  7e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.556635  normal  0.704455 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1350  HhH-GPD  62.56 
 
 		 216 aa  267  2e-70  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.646647  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2455  DNA-3-methyladenine glycosylase  62.32 
 
 		 217 aa  266  2e-70  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2892  HhH-GPD family protein  61.5 
 
 		 246 aa  266  2.9999999999999995e-70  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.866657  hitchhiker  0.00930162 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3089  HhH-GPD family protein  61.42 
 
 		 217 aa  265  8e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.823092  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2090  HhH-GPD family protein  55.61 
 
 		 219 aa  251  7e-66  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.72517  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1624  HhH-GPD family protein  55.84 
 
 		 219 aa  250  2e-65  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1671  HhH-GPD family protein  59.2 
 
 		 216 aa  249  3e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2508  HhH-GPD family protein  55.71 
 
 		 269 aa  246  3e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2321  HhH-GPD family protein  55.28 
 
 		 219 aa  245  6.999999999999999e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.903456  hitchhiker  0.0000733182 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0843  HhH-GPD  55.05 
 
 		 205 aa  239  2.9999999999999997e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00392281 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2436  3-methyladenine DNA glycosylase II  52.48 
 
 		 208 aa  219  3.9999999999999997e-56  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.811433  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2412  DNA-3-methyladenine glycosylase II  43.15 
 
 		 206 aa  181  1e-44  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3699  HhH-GPD family protein  43.15 
 
 		 206 aa  181  1e-44  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.297795  normal  0.345513 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0630  DNA-3-methyladenine glycosylase II  41.92 
 
 		 186 aa  136  5e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00000706264  normal  0.223656 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3657  DNA-3-methyladenine glycosylase II  37.37 
 
 		 199 aa  132  6e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00421015  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3495  DNA-3-methyladenine glycosylase II  39.89 
 
 		 220 aa  130  3e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.482188 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3118  HhH-GPD family protein  34.24 
 
 		 209 aa  124  2e-27  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1742  HhH-GPD family protein  35.94 
 
 		 198 aa  124  3e-27  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.480671  normal  0.468533 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1125  HhH-GPD family protein  39.89 
 
 		 207 aa  122  5e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.473348 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0925  HhH-GPD family protein  38.86 
 
 		 196 aa  122  8e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1215  DNA-3-methyladenine glycosylase II  40.37 
 
 		 163 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.543969  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10470  3-methyladenine DNA glycosylase/8-oxoguanine DNA glycosylase  34.36 
 
 		 234 aa  119  7.999999999999999e-26  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0124  HhH-GPD family protein  35.18 
 
 		 210 aa  118  9.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.238812 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0702  DNA-3-methyladenine glycosylase II  35.35 
 
 		 251 aa  117  1.9999999999999998e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0790  DNA-3-methyladenine glycosylase II  33.73 
 
 		 220 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0294828  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4117  HhH-GPD family protein  31.94 
 
 		 201 aa  116  5e-25  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.288029  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2335  HhH-GPD family protein  39.04 
 
 		 195 aa  115  1.0000000000000001e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.695781  normal  0.75211 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04389  DNA-3-methyladenine glycosylase, putative (AFU_orthologue; AFUA_4G06800)  33.03 
 
 		 391 aa  114  2.0000000000000002e-24  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1026  DNA-3-methyladenine glycosylase II  33.13 
 
 		 220 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2156  DNA-3-methyladenine glycosylase II  35.5 
 
 		 208 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1673  DNA repair protein  34.81 
 
 		 202 aa  112  5e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.185829  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0107  HhH-GPD  41.77 
 
 		 216 aa  112  6e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0739  DNA-3-methyladenine glycosylase II  34.83 
 
 		 208 aa  112  6e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1159  HhH-GPD family protein  32.79 
 
 		 235 aa  110  3e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.000000451555  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0705  DNA-3-methyladenine glycosylase II  34.33 
 
 		 208 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.545476  normal  0.965549 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4478  DNA-3-methyladenine glycosylase II  35.32 
 
 		 208 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.795178 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2070  HhH-GPD family protein  32.97 
 
 		 202 aa  110  4.0000000000000004e-23  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.40062  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0738  DNA-3-methyladenine glycosylase II  34.33 
 
 		 207 aa  109  5e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1779  DNA-3-methyladenine glycosylase II  33.5 
 
 		 301 aa  108  8.000000000000001e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3244  HhH-GPD family protein  31.94 
 
 		 198 aa  107  3e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  2.73498e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2569  DNA-3-methyladenine glycosylase protein  32.99 
 
 		 212 aa  106  5e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2635  DNA-3-methyladenine glycosylase II  34.5 
 
 		 209 aa  105  1e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3766  DNA-3-methyladenine glycosylase  34.08 
 
 		 218 aa  105  1e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0427  DNA-3-methyladenine glycosylase II  32.16 
 
 		 288 aa  105  1e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0855  HhH-GPD family protein  34.22 
 
 		 206 aa  103  3e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.908552 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2435  DNA-3-methyladenine glycosylase II  32.49 
 
 		 216 aa  103  3e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0291  HhH-GPD family protein  34.04 
 
 		 190 aa  103  3e-21  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  hitchhiker  0.0000526477  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2665  HhH-GPD family protein  28.8 
 
 		 201 aa  103  3e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1486  DNA-3-methyladenine glycosylase II  34.69 
 
 		 230 aa  103  4e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.253605 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3510  DNA-3-methyladenine glycosylase II  34.17 
 
 		 303 aa  103  5e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.043579  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2525  HhH-GPD family protein  32.08 
 
 		 201 aa  102  6e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.0239966 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0844  HhH-GPD  35.8 
 
 		 205 aa  102  8e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.141037 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2841  DNA-3-methyladenine glycosylase II  31.98 
 
 		 216 aa  102  8e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1271  HhH-GPD family protein  34.57 
 
 		 219 aa  102  8e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0495  HhH-GPD family protein  31.88 
 
 		 231 aa  102  1e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.65814  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3183  DNA-3-methyladenine glycosylase II  33.33 
 
 		 225 aa  101  1e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.13027  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1646  base-excision DNA repair protein  33.95 
 
 		 232 aa  101  2e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.558106  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1116  HhH-GPD  36.59 
 
 		 205 aa  100  2e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1307  DNA-3-methyladenine glycosylase II  32.95 
 
 		 288 aa  100  2e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006681  CNL04530  DNA-3-methyladenine glycosidase, putative  40 
 
 		 461 aa  99.8  5e-20  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2727  3-methyladenine DNA glycosylase/8-oxoguanine DNA glycosylase  41.44 
 
 		 209 aa  99.8  5e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0884865  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1593  base-excision DNA repair protein  33.95 
 
 		 219 aa  99.8  5e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.184582  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2269  HhH-GPD family protein  33.14 
 
 		 207 aa  99.4  6e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.309984  normal  0.119846 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1689  DNA-glycosylase family protein  36.55 
 
 		 210 aa  99.4  7e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.053666  normal  0.0261669 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3790  DNA-3-methyladenine glycosidase  34.33 
 
 		 303 aa  98.2  1e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2427  HhH-GPD family protein  33.88 
 
 		 368 aa  98.2  1e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.610261  normal  0.215219 
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_46865  predicted protein  32.64 
 
 		 394 aa  98.2  1e-19  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.259126  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1385  HhH-GPD family protein  40 
 
 		 209 aa  98.2  1e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0499849  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1477  HhH-GPD family protein  31.25 
 
 		 199 aa  98.6  1e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4930  DNA-3-methyladenine glycosylase II  29.33 
 
 		 214 aa  97.4  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04456  DNA-3-methyladenine glycosylase  35.5 
 
 		 224 aa  97.4  3e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0522  HhH-GPD  33.14 
 
 		 309 aa  96.3  5e-19  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.589168  normal  0.454329 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2387  HhH-GPD family protein  32.46 
 
 		 203 aa  96.3  6e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>