246 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_4002 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_4002  DNA-3-methyladenine glycosidase II  100 
 
 		 217 aa  427  1e-119  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3554  HhH-GPD family protein  57.28 
 
 		 214 aa  230  1e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.624286  normal  0.658408 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3847  HhH-GPD family protein  55.87 
 
 		 214 aa  228  5e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.583366  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2525  HhH-GPD family protein  52.11 
 
 		 215 aa  198  6e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.435858 
 
 
-
 
NC_004310  BR1646  base-excision DNA repair protein  50.7 
 
 		 232 aa  192  2e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.558106  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1593  base-excision DNA repair protein  51.17 
 
 		 219 aa  193  2e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.184582  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1271  HhH-GPD family protein  51.17 
 
 		 219 aa  192  2e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3025  HhH-GPD  46.23 
 
 		 214 aa  172  1.9999999999999998e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.559258  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0747  DNA-3-methyladenine glycosidase II  44.71 
 
 		 217 aa  151  7e-36  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3487  HhH-GPD  43.6 
 
 		 217 aa  150  1e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4886  HhH-GPD  42.65 
 
 		 220 aa  144  1e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.301844  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0924  HhH-GPD  41.35 
 
 		 243 aa  142  4e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5238  HhH-GPD family protein  41.83 
 
 		 239 aa  142  6e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0813  HhH-GPD  39.9 
 
 		 240 aa  141  9e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0242454  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3841  HhH-GPD family protein  40.74 
 
 		 217 aa  139  1.9999999999999998e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1134  putative DNA-3-methyladenine glycosidase  40.85 
 
 		 217 aa  139  3e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.983538  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3124  HhH-GPD family protein  42.44 
 
 		 249 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1846  HhH-GPD family protein  40.28 
 
 		 229 aa  131  7.999999999999999e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1964  HhH-GPD  42.11 
 
 		 225 aa  124  8.000000000000001e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0340706  normal  0.441447 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2427  HhH-GPD family protein  40.61 
 
 		 368 aa  121  9.999999999999999e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.610261  normal  0.215219 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1157  HhH-GPD  40 
 
 		 210 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.018776 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4878  HhH-GPD family protein  40.38 
 
 		 227 aa  119  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.537085  normal  0.0724165 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0495  HhH-GPD family protein  34.45 
 
 		 231 aa  115  3.9999999999999997e-25  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.65814  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1689  DNA-glycosylase family protein  39.7 
 
 		 210 aa  115  6.9999999999999995e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.053666  normal  0.0261669 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1673  DNA repair protein  32.99 
 
 		 202 aa  111  6e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.185829  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1445  HhH-GPD  33.81 
 
 		 219 aa  110  1.0000000000000001e-23  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0863627  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0844  HhH-GPD  36.87 
 
 		 205 aa  110  1.0000000000000001e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.141037 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1116  HhH-GPD  38.76 
 
 		 205 aa  110  2.0000000000000002e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1477  HhH-GPD family protein  31 
 
 		 199 aa  107  2e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1125  HhH-GPD family protein  37.7 
 
 		 207 aa  101  8e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.473348 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2665  HhH-GPD family protein  32.24 
 
 		 201 aa  101  8e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0843  HhH-GPD  34.47 
 
 		 205 aa  99.8  3e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00392281 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3657  DNA-3-methyladenine glycosylase II  37.63 
 
 		 199 aa  99.8  3e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00421015  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2727  3-methyladenine DNA glycosylase/8-oxoguanine DNA glycosylase  39.38 
 
 		 209 aa  99  4e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0884865  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3945  HhH-GPD family protein  40.76 
 
 		 207 aa  98.2  8e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1385  HhH-GPD family protein  38.86 
 
 		 209 aa  95.9  4e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0499849  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0925  HhH-GPD family protein  37.13 
 
 		 196 aa  95.5  6e-19  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0291  HhH-GPD family protein  35 
 
 		 190 aa  90.9  1e-17  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  hitchhiker  0.0000526477  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1742  HhH-GPD family protein  38.33 
 
 		 198 aa  89.7  3e-17  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.480671  normal  0.468533 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3118  HhH-GPD family protein  33.5 
 
 		 209 aa  88.6  7e-17  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1123  HhH-GPD  33.17 
 
 		 256 aa  87.8  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.754505  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1168  hypothetical protein  33.7 
 
 		 291 aa  86.3  4e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0414711  normal  0.721492 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2412  DNA-3-methyladenine glycosylase II  31.25 
 
 		 206 aa  85.9  4e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1779  DNA-3-methyladenine glycosylase II  38.33 
 
 		 301 aa  85.5  5e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3699  HhH-GPD family protein  31.25 
 
 		 206 aa  85.5  5e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.297795  normal  0.345513 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1086  HhH-GPD  33.91 
 
 		 261 aa  84.3  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0200313  normal  0.0245193 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1009  HhH-GPD family protein  32.07 
 
 		 290 aa  83.2  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.12314  normal  0.125939 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1103  HhH-GPD family protein  32.07 
 
 		 290 aa  82.8  0.000000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.622773  normal  0.391901 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2070  HhH-GPD family protein  33.15 
 
 		 202 aa  82.8  0.000000000000004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.40062  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0124  HhH-GPD family protein  30.63 
 
 		 210 aa  82.4  0.000000000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.238812 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1655  DNA-3-methyladenine glycosylase  32.26 
 
 		 221 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00300264  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2680  base excision DNA repair protein  32.26 
 
 		 312 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.126721  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1942  DNA-3-methyladenine glycosylase  32.26 
 
 		 312 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0107  HhH-GPD  37.97 
 
 		 216 aa  80.1  0.00000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2158  DNA-3-methyladenine glycosylase  32.26 
 
 		 312 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3157  DNA-3-methyladenine glycosylase  32.26 
 
 		 295 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.405929  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2595  base excision DNA repair protein  32.26 
 
 		 312 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0401886  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1431  base excision DNA repair protein  32.26 
 
 		 312 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.433378  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2544  base excision DNA repair protein  32.26 
 
 		 312 aa  79.7  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2509  HhH-GPD family protein  31.5 
 
 		 349 aa  79.3  0.00000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00962302  hitchhiker  0.00345677 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1389  HhH-GPD family protein  31.95 
 
 		 340 aa  79  0.00000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.844993  normal  0.0527923 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1627  HhH-GPD superfamily base excision DNA repair protein  31.5 
 
 		 281 aa  78.6  0.00000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.312409 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0044  Ada metal-binding domain-containing protein  37.5 
 
 		 513 aa  78.2  0.00000000000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2076  HhH-GPD family protein  38.19 
 
 		 209 aa  77.4  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.180031  normal  0.218221 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5383  3-methyladenine DNA glycosylase/8- oxoguaninedna glycosylase  31.72 
 
 		 275 aa  76.6  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10470  3-methyladenine DNA glycosylase/8-oxoguanine DNA glycosylase  29.33 
 
 		 234 aa  77  0.0000000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2112  HhH-GPD family protein  32.26 
 
 		 287 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2436  3-methyladenine DNA glycosylase II  34.39 
 
 		 208 aa  76.3  0.0000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.811433  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6000  DNA-3-methyladenine glycosylase II  31.72 
 
 		 275 aa  76.6  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2077  DNA-3-methyladenine glycosylase II  31.72 
 
 		 275 aa  76.6  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.641102  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2096  DNA-3-methyladenine glycosylase II  31.72 
 
 		 275 aa  76.3  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.761483  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0979  HhH-GPD family protein  30.46 
 
 		 223 aa  75.9  0.0000000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1204  HhH-GPD family protein  30.98 
 
 		 293 aa  75.1  0.0000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.259574 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1982  HhH-GPD family protein  31.72 
 
 		 287 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.963922  normal  0.532764 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3037  AlkA domain protein  36.28 
 
 		 376 aa  72.8  0.000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0138739  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1215  DNA-3-methyladenine glycosylase II  34.21 
 
 		 163 aa  72  0.000000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.543969  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0859  HhH-GPD family protein  30.46 
 
 		 218 aa  72  0.000000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2335  HhH-GPD family protein  31.41 
 
 		 195 aa  71.2  0.00000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.695781  normal  0.75211 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2892  HhH-GPD family protein  33.54 
 
 		 246 aa  71.2  0.00000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.866657  hitchhiker  0.00930162 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3470  AraC family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 523 aa  70.5  0.00000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.884533  normal  0.876764 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4117  HhH-GPD family protein  25.7 
 
 		 201 aa  70.1  0.00000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.288029  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3244  HhH-GPD family protein  28.95 
 
 		 198 aa  69.3  0.00000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  2.73498e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3726  transcriptional regulator, AraC family  33.98 
 
 		 534 aa  68.9  0.00000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0855  HhH-GPD family protein  30.89 
 
 		 206 aa  68.9  0.00000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.908552 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3495  DNA-3-methyladenine glycosylase II  30.93 
 
 		 220 aa  68.6  0.00000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.482188 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0630  DNA-3-methyladenine glycosylase II  32.5 
 
 		 186 aa  68.6  0.00000000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00000706264  normal  0.223656 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4937  HhH-GPD family protein  29.11 
 
 		 234 aa  68.2  0.00000000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.556635  normal  0.704455 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1486  DNA-3-methyladenine glycosylase II  34.05 
 
 		 230 aa  67.4  0.0000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.253605 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2435  DNA-3-methyladenine glycosylase II  33.54 
 
 		 216 aa  67  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0427  DNA-3-methyladenine glycosylase II  25.95 
 
 		 288 aa  67  0.0000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3089  HhH-GPD family protein  31.67 
 
 		 217 aa  67  0.0000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.823092  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1055  HhH-GPD family protein  31.02 
 
 		 202 aa  66.2  0.0000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2269  HhH-GPD family protein  32.73 
 
 		 207 aa  65.9  0.0000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.309984  normal  0.119846 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2321  HhH-GPD family protein  32.78 
 
 		 219 aa  66.2  0.0000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.903456  hitchhiker  0.0000733182 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2455  DNA-3-methyladenine glycosylase  31.48 
 
 		 217 aa  65.9  0.0000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3755  AraC family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 489 aa  65.9  0.0000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00051726  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2635  DNA-3-methyladenine glycosylase II  34.41 
 
 		 209 aa  65.9  0.0000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2841  DNA-3-methyladenine glycosylase II  32.93 
 
 		 216 aa  64.7  0.0000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3139  AlkA domain protein  36.46 
 
 		 308 aa  64.3  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.311361  normal  0.952267 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4930  DNA-3-methyladenine glycosylase II  33.53 
 
 		 214 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>