267 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1157 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1157  HhH-GPD  100 
 
 		 210 aa  417  1e-116  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.018776 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1689  DNA-glycosylase family protein  74.76 
 
 		 210 aa  315  4e-85  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.053666  normal  0.0261669 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2727  3-methyladenine DNA glycosylase/8-oxoguanine DNA glycosylase  61.65 
 
 		 209 aa  242  3e-63  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0884865  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1385  HhH-GPD family protein  60.68 
 
 		 209 aa  242  3e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0499849  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2076  HhH-GPD family protein  61.17 
 
 		 209 aa  229  3e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.180031  normal  0.218221 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1964  HhH-GPD  60.89 
 
 		 225 aa  219  3e-56  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0340706  normal  0.441447 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0495  HhH-GPD family protein  50.54 
 
 		 231 aa  184  1.0000000000000001e-45  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.65814  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1445  HhH-GPD  48.42 
 
 		 219 aa  179  2.9999999999999997e-44  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0863627  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3945  HhH-GPD family protein  56.31 
 
 		 207 aa  166  2e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1846  HhH-GPD family protein  46.41 
 
 		 229 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1646  base-excision DNA repair protein  45.19 
 
 		 232 aa  154  9e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.558106  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1271  HhH-GPD family protein  46.15 
 
 		 219 aa  154  9e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1593  base-excision DNA repair protein  44.71 
 
 		 219 aa  153  2e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.184582  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3554  HhH-GPD family protein  46.07 
 
 		 214 aa  149  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.624286  normal  0.658408 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3847  HhH-GPD family protein  45.05 
 
 		 214 aa  149  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.583366  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2427  HhH-GPD family protein  47.87 
 
 		 368 aa  145  3e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.610261  normal  0.215219 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3841  HhH-GPD family protein  45.41 
 
 		 217 aa  144  1e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3124  HhH-GPD family protein  44.65 
 
 		 249 aa  142  5e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3025  HhH-GPD  44.22 
 
 		 214 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.559258  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4878  HhH-GPD family protein  46.67 
 
 		 227 aa  138  4.999999999999999e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.537085  normal  0.0724165 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1477  HhH-GPD family protein  34.17 
 
 		 199 aa  134  7.000000000000001e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1134  putative DNA-3-methyladenine glycosidase  41.03 
 
 		 217 aa  133  1.9999999999999998e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.983538  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0844  HhH-GPD  44.97 
 
 		 205 aa  133  1.9999999999999998e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.141037 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1116  HhH-GPD  41.62 
 
 		 205 aa  132  3e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4886  HhH-GPD  39.25 
 
 		 220 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.301844  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2525  HhH-GPD family protein  41.87 
 
 		 215 aa  127  1.0000000000000001e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.435858 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5238  HhH-GPD family protein  37.98 
 
 		 239 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3657  DNA-3-methyladenine glycosylase II  41.36 
 
 		 199 aa  127  1.0000000000000001e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00421015  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0924  HhH-GPD  39.42 
 
 		 243 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0813  HhH-GPD  40 
 
 		 240 aa  125  5e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0242454  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0747  DNA-3-methyladenine glycosidase II  38.94 
 
 		 217 aa  125  7e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1673  DNA repair protein  39.52 
 
 		 202 aa  120  9.999999999999999e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.185829  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3487  HhH-GPD  37.95 
 
 		 217 aa  120  1.9999999999999998e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4002  DNA-3-methyladenine glycosidase II  40 
 
 		 217 aa  120  1.9999999999999998e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1125  HhH-GPD family protein  36.67 
 
 		 207 aa  110  2.0000000000000002e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.473348 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2665  HhH-GPD family protein  38.37 
 
 		 201 aa  108  5e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2335  HhH-GPD family protein  41.25 
 
 		 195 aa  106  2e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.695781  normal  0.75211 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0925  HhH-GPD family protein  40.24 
 
 		 196 aa  107  2e-22  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2436  3-methyladenine DNA glycosylase II  36.07 
 
 		 208 aa  105  3e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.811433  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2070  HhH-GPD family protein  37.99 
 
 		 202 aa  105  6e-22  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.40062  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1215  DNA-3-methyladenine glycosylase II  38.46 
 
 		 163 aa  105  7e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.543969  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0534  HhH-GPD family protein  35.29 
 
 		 219 aa  104  1e-21  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.723386  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10470  3-methyladenine DNA glycosylase/8-oxoguanine DNA glycosylase  34.38 
 
 		 234 aa  104  1e-21  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0124  HhH-GPD family protein  30.93 
 
 		 210 aa  103  2e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.238812 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1159  HhH-GPD family protein  35.29 
 
 		 235 aa  103  2e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.000000451555  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0107  HhH-GPD  39.8 
 
 		 216 aa  101  8e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3118  HhH-GPD family protein  36.42 
 
 		 209 aa  101  1e-20  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0855  HhH-GPD family protein  38.89 
 
 		 206 aa  100  2e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.908552 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3699  HhH-GPD family protein  31.63 
 
 		 206 aa  99.4  3e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.297795  normal  0.345513 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1742  HhH-GPD family protein  33.33 
 
 		 198 aa  99.4  3e-20  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.480671  normal  0.468533 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0843  HhH-GPD  33.7 
 
 		 205 aa  99  5e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00392281 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0859  HhH-GPD family protein  31.73 
 
 		 218 aa  99  5e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0979  HhH-GPD family protein  32.61 
 
 		 223 aa  98.6  6e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2412  DNA-3-methyladenine glycosylase II  31.12 
 
 		 206 aa  98.2  7e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0291  HhH-GPD family protein  36.87 
 
 		 190 aa  97.4  1e-19  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  hitchhiker  0.0000526477  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2269  HhH-GPD family protein  34.85 
 
 		 207 aa  95.9  4e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.309984  normal  0.119846 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4117  HhH-GPD family protein  32.82 
 
 		 201 aa  95.9  4e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.288029  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1624  HhH-GPD family protein  31.98 
 
 		 219 aa  94  1e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2544  base excision DNA repair protein  34.68 
 
 		 312 aa  94.4  1e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1655  DNA-3-methyladenine glycosylase  34.1 
 
 		 221 aa  93.6  2e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00300264  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4937  HhH-GPD family protein  33.5 
 
 		 234 aa  93.6  2e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.556635  normal  0.704455 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2090  HhH-GPD family protein  34.68 
 
 		 219 aa  93.6  2e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.72517  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2680  base excision DNA repair protein  34.1 
 
 		 312 aa  92.8  3e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.126721  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1942  DNA-3-methyladenine glycosylase  34.1 
 
 		 312 aa  92.8  3e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2158  DNA-3-methyladenine glycosylase  34.1 
 
 		 312 aa  92.8  3e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3157  DNA-3-methyladenine glycosylase  34.1 
 
 		 295 aa  92.8  3e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.405929  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2595  base excision DNA repair protein  34.1 
 
 		 312 aa  92.8  3e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0401886  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1431  base excision DNA repair protein  34.1 
 
 		 312 aa  92.8  3e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.433378  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3244  HhH-GPD family protein  32.26 
 
 		 198 aa  92.4  5e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  2.73498e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1086  HhH-GPD  33.51 
 
 		 261 aa  92.4  5e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0200313  normal  0.0245193 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2509  HhH-GPD family protein  34.88 
 
 		 349 aa  92.4  5e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00962302  hitchhiker  0.00345677 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2321  HhH-GPD family protein  34.02 
 
 		 219 aa  92  5e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.903456  hitchhiker  0.0000733182 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1627  HhH-GPD superfamily base excision DNA repair protein  32.65 
 
 		 281 aa  91.7  7e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.312409 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1123  HhH-GPD  34.02 
 
 		 256 aa  91.7  8e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.754505  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1671  HhH-GPD family protein  35.52 
 
 		 216 aa  90.5  1e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1486  DNA-3-methyladenine glycosylase II  35.94 
 
 		 230 aa  90.1  2e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.253605 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2525  HhH-GPD family protein  30.27 
 
 		 201 aa  90.5  2e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.0239966 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2864  HhH-GPD  34.66 
 
 		 231 aa  90.5  2e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.832817 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2455  DNA-3-methyladenine glycosylase  32.16 
 
 		 217 aa  89.7  3e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1307  DNA-3-methyladenine glycosylase II  30.43 
 
 		 288 aa  89.7  3e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2635  DNA-3-methyladenine glycosylase II  35.15 
 
 		 209 aa  89.4  4e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1168  hypothetical protein  34.52 
 
 		 291 aa  89  5e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0414711  normal  0.721492 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1389  HhH-GPD family protein  33.14 
 
 		 340 aa  88.6  5e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.844993  normal  0.0527923 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2112  HhH-GPD family protein  31.61 
 
 		 287 aa  88.6  7e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4930  DNA-3-methyladenine glycosylase II  29 
 
 		 214 aa  87.8  1e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6000  DNA-3-methyladenine glycosylase II  31.09 
 
 		 275 aa  87.4  1e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2077  DNA-3-methyladenine glycosylase II  31.09 
 
 		 275 aa  87.4  1e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.641102  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1204  HhH-GPD family protein  30.96 
 
 		 293 aa  87.8  1e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.259574 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3089  HhH-GPD family protein  31.84 
 
 		 217 aa  86.7  2e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.823092  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5383  3-methyladenine DNA glycosylase/8- oxoguaninedna glycosylase  30.46 
 
 		 275 aa  87.4  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2096  DNA-3-methyladenine glycosylase II  31.09 
 
 		 275 aa  87.4  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.761483  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2892  HhH-GPD family protein  30.46 
 
 		 246 aa  86.7  2e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.866657  hitchhiker  0.00930162 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1779  DNA-3-methyladenine glycosylase II  35.96 
 
 		 301 aa  87  2e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3766  DNA-3-methyladenine glycosylase  32.3 
 
 		 218 aa  86.3  3e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1103  HhH-GPD family protein  34.59 
 
 		 290 aa  86.3  3e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.622773  normal  0.391901 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0411  DNA-3-methyladenine glycosylase II  29.48 
 
 		 287 aa  85.9  4e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1009  HhH-GPD family protein  32.56 
 
 		 290 aa  85.9  4e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.12314  normal  0.125939 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3495  DNA-3-methyladenine glycosylase II  35.43 
 
 		 220 aa  85.5  5e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.482188 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1982  HhH-GPD family protein  31.09 
 
 		 287 aa  85.5  5e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.963922  normal  0.532764 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1350  HhH-GPD  33.52 
 
 		 216 aa  84.7  9e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.646647  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>