254 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4886 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_4886  HhH-GPD  100 
 
 		 220 aa  437  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.301844  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0924  HhH-GPD  82.65 
 
 		 243 aa  363  1e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0813  HhH-GPD  82.95 
 
 		 240 aa  360  1e-98  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0242454  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5238  HhH-GPD family protein  84.58 
 
 		 239 aa  348  3e-95  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0747  DNA-3-methyladenine glycosidase II  77.46 
 
 		 217 aa  340  9e-93  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1134  putative DNA-3-methyladenine glycosidase  74.54 
 
 		 217 aa  327  9e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.983538  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3487  HhH-GPD  78.4 
 
 		 217 aa  324  7e-88  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3841  HhH-GPD family protein  53.59 
 
 		 217 aa  196  2.0000000000000003e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1846  HhH-GPD family protein  47.57 
 
 		 229 aa  176  4e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3847  HhH-GPD family protein  45.19 
 
 		 214 aa  169  4e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.583366  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3554  HhH-GPD family protein  44.71 
 
 		 214 aa  167  1e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.624286  normal  0.658408 
 
 
-
 
NC_004310  BR1646  base-excision DNA repair protein  45.63 
 
 		 232 aa  159  3e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.558106  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1593  base-excision DNA repair protein  45.15 
 
 		 219 aa  159  4e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.184582  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1271  HhH-GPD family protein  44.66 
 
 		 219 aa  158  7e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3124  HhH-GPD family protein  50 
 
 		 249 aa  158  7e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2525  HhH-GPD family protein  43.75 
 
 		 215 aa  155  3e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.435858 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4878  HhH-GPD family protein  47.62 
 
 		 227 aa  155  4e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.537085  normal  0.0724165 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3025  HhH-GPD  44.44 
 
 		 214 aa  154  1e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.559258  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4002  DNA-3-methyladenine glycosidase II  42.65 
 
 		 217 aa  150  2e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0495  HhH-GPD family protein  39.05 
 
 		 231 aa  139  3.9999999999999997e-32  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.65814  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1964  HhH-GPD  41.51 
 
 		 225 aa  137  2e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0340706  normal  0.441447 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0844  HhH-GPD  42.71 
 
 		 205 aa  133  1.9999999999999998e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.141037 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1385  HhH-GPD family protein  43.33 
 
 		 209 aa  128  5.0000000000000004e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0499849  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1157  HhH-GPD  39.25 
 
 		 210 aa  128  6e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.018776 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2727  3-methyladenine DNA glycosylase/8-oxoguanine DNA glycosylase  42.86 
 
 		 209 aa  126  3e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0884865  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2427  HhH-GPD family protein  40.7 
 
 		 368 aa  124  8.000000000000001e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.610261  normal  0.215219 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1689  DNA-glycosylase family protein  38.46 
 
 		 210 aa  124  1e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.053666  normal  0.0261669 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1445  HhH-GPD  35.07 
 
 		 219 aa  120  1.9999999999999998e-26  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0863627  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1116  HhH-GPD  39.69 
 
 		 205 aa  118  7e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2665  HhH-GPD family protein  32.4 
 
 		 201 aa  114  8.999999999999998e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1673  DNA repair protein  36.59 
 
 		 202 aa  113  2.0000000000000002e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.185829  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3657  DNA-3-methyladenine glycosylase II  33.84 
 
 		 199 aa  113  2.0000000000000002e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00421015  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1477  HhH-GPD family protein  30 
 
 		 199 aa  111  7.000000000000001e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2076  HhH-GPD family protein  39.9 
 
 		 209 aa  105  4e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.180031  normal  0.218221 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3945  HhH-GPD family protein  42.25 
 
 		 207 aa  96.3  3e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0925  HhH-GPD family protein  33.16 
 
 		 196 aa  92.4  5e-18  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1655  DNA-3-methyladenine glycosylase  32.46 
 
 		 221 aa  90.5  2e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00300264  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2544  base excision DNA repair protein  32.98 
 
 		 312 aa  90.5  2e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1204  HhH-GPD family protein  33.51 
 
 		 293 aa  89.4  4e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.259574 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1942  DNA-3-methyladenine glycosylase  32.46 
 
 		 312 aa  89.4  4e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2158  DNA-3-methyladenine glycosylase  32.46 
 
 		 312 aa  89.4  4e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3157  DNA-3-methyladenine glycosylase  32.46 
 
 		 295 aa  89.4  4e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.405929  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2595  base excision DNA repair protein  32.46 
 
 		 312 aa  89.4  4e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0401886  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1431  base excision DNA repair protein  32.46 
 
 		 312 aa  89.4  4e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.433378  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2680  base excision DNA repair protein  32.46 
 
 		 312 aa  89  5e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.126721  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3495  DNA-3-methyladenine glycosylase II  36.84 
 
 		 220 aa  89  6e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.482188 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0291  HhH-GPD family protein  31.69 
 
 		 190 aa  88.2  8e-17  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  hitchhiker  0.0000526477  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2112  HhH-GPD family protein  33.51 
 
 		 287 aa  87.8  1e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2096  DNA-3-methyladenine glycosylase II  32.98 
 
 		 275 aa  86.7  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.761483  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6000  DNA-3-methyladenine glycosylase II  32.98 
 
 		 275 aa  86.7  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2070  HhH-GPD family protein  33.15 
 
 		 202 aa  87  2e-16  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.40062  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2077  DNA-3-methyladenine glycosylase II  32.98 
 
 		 275 aa  86.7  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.641102  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2509  HhH-GPD family protein  33.51 
 
 		 349 aa  87.4  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00962302  hitchhiker  0.00345677 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5383  3-methyladenine DNA glycosylase/8- oxoguaninedna glycosylase  32.98 
 
 		 275 aa  86.7  3e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1627  HhH-GPD superfamily base excision DNA repair protein  33.51 
 
 		 281 aa  86.7  3e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.312409 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1742  HhH-GPD family protein  31.84 
 
 		 198 aa  86.3  3e-16  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.480671  normal  0.468533 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2436  3-methyladenine DNA glycosylase II  32.83 
 
 		 208 aa  85.5  5e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.811433  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1123  HhH-GPD  32.46 
 
 		 256 aa  85.1  7e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.754505  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1982  HhH-GPD family protein  32.98 
 
 		 287 aa  84.7  9e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.963922  normal  0.532764 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1125  HhH-GPD family protein  34.97 
 
 		 207 aa  84.7  0.000000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.473348 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0843  HhH-GPD  30.32 
 
 		 205 aa  84  0.000000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00392281 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4937  HhH-GPD family protein  30.69 
 
 		 234 aa  84.3  0.000000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.556635  normal  0.704455 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0979  HhH-GPD family protein  29.32 
 
 		 223 aa  83.6  0.000000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3118  HhH-GPD family protein  34.97 
 
 		 209 aa  84  0.000000000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0859  HhH-GPD family protein  29.32 
 
 		 218 aa  83.6  0.000000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0381  HhH-GPD family protein  34.31 
 
 		 250 aa  83.2  0.000000000000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0471539  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2269  HhH-GPD family protein  31.37 
 
 		 207 aa  82.8  0.000000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.309984  normal  0.119846 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1671  HhH-GPD family protein  30.93 
 
 		 216 aa  82.4  0.000000000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1307  DNA-3-methyladenine glycosylase II  40.87 
 
 		 288 aa  82.4  0.000000000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3357  transcriptional regulator Ada / DNA-3-methyladenine glycosylase II / DNA-O6-methylguanine--protein-cysteine S-methyltransferase  37.33 
 
 		 486 aa  82  0.000000000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0044  Ada metal-binding domain-containing protein  37.68 
 
 		 513 aa  80.9  0.00000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2321  HhH-GPD family protein  32.28 
 
 		 219 aa  80.1  0.00000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.903456  hitchhiker  0.0000733182 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10470  3-methyladenine DNA glycosylase/8-oxoguanine DNA glycosylase  27.84 
 
 		 234 aa  80.5  0.00000000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0427  DNA-3-methyladenine glycosylase II  30.11 
 
 		 288 aa  80.1  0.00000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0107  HhH-GPD  36.14 
 
 		 216 aa  79.7  0.00000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2090  HhH-GPD family protein  29.47 
 
 		 219 aa  79.3  0.00000000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.72517  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1086  HhH-GPD  30.37 
 
 		 261 aa  79.3  0.00000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0200313  normal  0.0245193 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1215  DNA-3-methyladenine glycosylase II  35.44 
 
 		 163 aa  79  0.00000000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.543969  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2892  HhH-GPD family protein  32.67 
 
 		 246 aa  79  0.00000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.866657  hitchhiker  0.00930162 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4117  HhH-GPD family protein  31.33 
 
 		 201 aa  78.6  0.00000000000006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.288029  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1624  HhH-GPD family protein  29.47 
 
 		 219 aa  79  0.00000000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2335  HhH-GPD family protein  35.8 
 
 		 195 aa  79  0.00000000000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.695781  normal  0.75211 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1486  DNA-3-methyladenine glycosylase II  34.12 
 
 		 230 aa  77.4  0.0000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.253605 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2455  DNA-3-methyladenine glycosylase  31.79 
 
 		 217 aa  77.4  0.0000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1389  HhH-GPD family protein  31.94 
 
 		 340 aa  76.3  0.0000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.844993  normal  0.0527923 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1103  HhH-GPD family protein  30.37 
 
 		 290 aa  76.6  0.0000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.622773  normal  0.391901 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0124  HhH-GPD family protein  31.19 
 
 		 210 aa  76.3  0.0000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.238812 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3842  DNA-3-methyladenine glycosidase  27.42 
 
 		 303 aa  75.1  0.0000000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0705  DNA-3-methyladenine glycosylase II  33.33 
 
 		 208 aa  74.7  0.0000000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.545476  normal  0.965549 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0738  DNA-3-methyladenine glycosylase II  34.16 
 
 		 207 aa  74.7  0.0000000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3790  DNA-3-methyladenine glycosidase  25.95 
 
 		 303 aa  74.7  0.0000000000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0855  HhH-GPD family protein  28.74 
 
 		 206 aa  74.3  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.908552 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1009  HhH-GPD family protein  29.32 
 
 		 290 aa  74.3  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.12314  normal  0.125939 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3550  alcohol dehydrogenase  34.55 
 
 		 485 aa  74.7  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00982033 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1457  DNA-3-methyladenine glycosidase  25.95 
 
 		 303 aa  74.3  0.000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000180203 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1055  HhH-GPD family protein  30.81 
 
 		 202 aa  73.6  0.000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3089  HhH-GPD family protein  27.64 
 
 		 217 aa  72.8  0.000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.823092  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2864  HhH-GPD  31.33 
 
 		 231 aa  72.8  0.000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.832817 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1168  hypothetical protein  29.32 
 
 		 291 aa  72.4  0.000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0414711  normal  0.721492 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3487  DNA-3-methyladenine glycosidase  25.41 
 
 		 303 aa  72.4  0.000000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.604427  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>