More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_2546 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_3157  peptide synthase  65.66 
 
 		 574 aa  768    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.950706  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2155  peptide synthase  59.77 
 
 		 598 aa  708    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.287616  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1744  peptide synthase  87.02 
 
 		 614 aa  1114    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1447  peptide synthase  76.86 
 
 		 608 aa  964    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.888245  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1582  peptide synthase  77.56 
 
 		 628 aa  986    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.125823  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2798  peptide synthase  78.1 
 
 		 629 aa  988    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1552  peptide synthase  78.06 
 
 		 624 aa  989    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1371  peptide synthase  65.33 
 
 		 571 aa  764    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1715  peptide synthase  65.82 
 
 		 563 aa  765    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2546  peptide synthase  100 
 
 		 613 aa  1267    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2613  peptide synthase  97.39 
 
 		 608 aa  1229    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1367  peptide synthase  66.78 
 
 		 564 aa  788    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1548  peptide synthase  78.34 
 
 		 624 aa  986    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2713  peptide synthase  94.62 
 
 		 608 aa  1194    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1184  peptide synthase  59.13 
 
 		 564 aa  679    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1999  peptide synthase  59.7 
 
 		 554 aa  684    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1512  peptide synthase  67.11 
 
 		 585 aa  787    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2734  peptide synthase  68.83 
 
 		 573 aa  805    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.608034  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2008  peptide synthase  47.03 
 
 		 545 aa  526  1e-148  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2118  peptide synthase  47.04 
 
 		 546 aa  523  1e-147  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2271  peptide synthase  47.12 
 
 		 542 aa  523  1e-147  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2100  peptide synthase  46.53 
 
 		 546 aa  519  1e-146  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3117  peptide synthase  44.67 
 
 		 544 aa  495  9.999999999999999e-139  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0052425  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3597  AMP-dependent synthetase and ligase  42.98 
 
 		 564 aa  466  9.999999999999999e-131  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2010  peptide synthase  42.91 
 
 		 564 aa  460  9.999999999999999e-129  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0170  peptide synthase  41.22 
 
 		 552 aa  412  1e-113  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03950  peptide synthase  40.97 
 
 		 556 aa  411  1e-113  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1395  peptide synthase  41.32 
 
 		 548 aa  403  1e-111  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1468  peptide synthase  41.65 
 
 		 548 aa  404  1e-111  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.153396  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0550  peptide synthase  37.25 
 
 		 564 aa  391  1e-107  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0858  peptide synthase  36.19 
 
 		 555 aa  339  7e-92  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1080  peptide synthase  30.82 
 
 		 581 aa  251  3e-65  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0447  AMP-dependent synthetase and ligase  29.58 
 
 		 927 aa  199  7.999999999999999e-50  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07150  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  28.37 
 
 		 922 aa  189  1e-46  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0417779  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17450  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  29.22 
 
 		 899 aa  185  2.0000000000000003e-45  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.17047  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13240  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  28.13 
 
 		 978 aa  184  3e-45  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4241  AMP-dependent synthetase and ligase  28.15 
 
 		 875 aa  184  3e-45  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.727325  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1681  AMP-dependent synthetase and ligase  29.58 
 
 		 915 aa  184  4.0000000000000006e-45  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0151795  normal  0.841697 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36600  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  28.75 
 
 		 922 aa  180  8e-44  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.478291  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2462  AMP-dependent synthetase and ligase  27.6 
 
 		 861 aa  174  5e-42  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.199446  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1953  AMP-dependent synthetase and ligase  26.12 
 
 		 525 aa  163  1e-38  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  23.94 
 
 		 520 aa  107  5e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  25.31 
 
 		 525 aa  104  6e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1569  long-chain fatty-acid-CoA ligase, putative  24.38 
 
 		 510 aa  101  4e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.890411  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0789  AMP-dependent synthetase and ligase  25.9 
 
 		 553 aa  100  7e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.109867  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  25.15 
 
 		 514 aa  99.8  1e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0662  AMP-dependent synthetase and ligase  23.82 
 
 		 548 aa  100  1e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.27921  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3490  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  24.21 
 
 		 481 aa  99.8  1e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2867  AMP-dependent synthetase and ligase  24.28 
 
 		 552 aa  99  2e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.533017  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0851  acyl-CoA synthetase  25.15 
 
 		 504 aa  97.4  7e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0227528 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4691  AMP-dependent synthetase and ligase  25.87 
 
 		 502 aa  96.3  1e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0255  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  28.17 
 
 		 482 aa  96.7  1e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000679638  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3987  AMP-dependent synthetase and ligase  23.44 
 
 		 662 aa  95.9  2e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3775  AMP-dependent synthetase and ligase  24.17 
 
 		 564 aa  95.5  2e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2407  AMP-dependent synthetase and ligase  24.23 
 
 		 498 aa  95.9  2e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.676828  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1774  O-succinylbenzoate-CoA ligase  27.14 
 
 		 528 aa  95.5  2e-18  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0519  AMP-dependent synthetase and ligase  26.18 
 
 		 564 aa  95.1  3e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4993  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  28.8 
 
 		 481 aa  95.1  3e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0928  AMP-dependent synthetase and ligase  23.6 
 
 		 553 aa  95.5  3e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1238  AMP-dependent synthetase and ligase  23.29 
 
 		 555 aa  95.1  4e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4965  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  28.26 
 
 		 482 aa  94.4  5e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0839  AMP-dependent synthetase and ligase  25.67 
 
 		 577 aa  94.4  5e-18  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5012  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  28.48 
 
 		 481 aa  94.4  6e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4585  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  28.26 
 
 		 482 aa  94.4  6e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4982  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  27.86 
 
 		 482 aa  94  7e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4747  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  28.26 
 
 		 482 aa  93.6  1e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1864  AMP-dependent synthetase and ligase  23.99 
 
 		 506 aa  93.6  1e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5108  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  28.26 
 
 		 481 aa  93.6  1e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1515  AMP-dependent synthetase and ligase  28.16 
 
 		 515 aa  93.6  1e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  decreased coverage  0.00288915  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1538  AMP-dependent synthetase and ligase  28.16 
 
 		 515 aa  93.6  1e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4694  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  27.73 
 
 		 481 aa  92.8  2e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2248  O-succinylbenzoate-CoA ligase  26.76 
 
 		 513 aa  92.4  2e-17  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.2585 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3917  AMP-dependent synthetase and ligase  24.18 
 
 		 521 aa  92.8  2e-17  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.287192  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2515  AMP-dependent synthetase and ligase  26.47 
 
 		 527 aa  92.4  2e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.921526 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3040  long-chain acyl-CoA synthetase  25.99 
 
 		 518 aa  92.8  2e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0100  AMP-dependent synthetase and ligase  22.85 
 
 		 519 aa  92  3e-17  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1756  AMP-dependent synthetase and ligase  24.21 
 
 		 564 aa  91.3  4e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.598576 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0108  AMP-dependent synthetase and ligase  22.02 
 
 		 569 aa  91.7  4e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.824706  normal  0.320607 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1225  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.48 
 
 		 519 aa  91.7  4e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.399435  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5071  AMP-dependent synthetase and ligase  26.7 
 
 		 496 aa  91.3  5e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0267103  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4454  long-chain-fatty-acid-CoA ligase  22.54 
 
 		 555 aa  91.3  5e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.100007 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1611  AMP-dependent synthetase and ligase  24.56 
 
 		 584 aa  90.9  6e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.187495  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2202  putative O-succinylbenzoate--CoA ligase  29.56 
 
 		 483 aa  90.9  6e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3555  AMP-dependent synthetase and ligase  25.64 
 
 		 561 aa  90.9  6e-17  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.779432  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4080  AMP-dependent synthetase and ligase  26.34 
 
 		 518 aa  90.5  8e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.656205  normal  0.161644 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1399  short chain acyl-CoA synthetase  24.76 
 
 		 555 aa  90.5  8e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0216639  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4921  acyl-CoA synthetase  23.67 
 
 		 531 aa  90.5  9e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4607  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  28.04 
 
 		 482 aa  89.7  1e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2094  malonyl-CoA synthase  24.48 
 
 		 506 aa  90.1  1e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0754737  normal  0.347898 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0734  AMP-dependent synthetase and ligase  23.52 
 
 		 511 aa  89.7  1e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1980  AMP-dependent synthetase and ligase  25 
 
 		 532 aa  89.4  2e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0106234  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1256  AMP-dependent synthetase and ligase  24.67 
 
 		 573 aa  89.4  2e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.590511 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4115  AMP-dependent synthetase and ligase  28.02 
 
 		 517 aa  89.4  2e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1943  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.25 
 
 		 560 aa  89  2e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0256  AMP-dependent synthetase and ligase  23.05 
 
 		 583 aa  89  2e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0139167 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2631  AMP-dependent synthetase and ligase  22.31 
 
 		 539 aa  88.6  3e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3720  AMP-dependent synthetase and ligase  26.54 
 
 		 518 aa  88.6  3e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.189603  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2685  AMP-dependent synthetase and ligase  22.31 
 
 		 539 aa  88.6  3e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  23.21 
 
 		 512 aa  88.6  3e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.19 
 
 		 512 aa  88.6  3e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>