More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1367 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_2155  peptide synthase  57.85 
 
 		 598 aa  675    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.287616  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1744  peptide synthase  67.29 
 
 		 614 aa  780    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2798  peptide synthase  64.51 
 
 		 629 aa  773    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1512  peptide synthase  66.37 
 
 		 585 aa  762    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3157  peptide synthase  65.96 
 
 		 574 aa  759    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.950706  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1548  peptide synthase  64.43 
 
 		 624 aa  770    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1371  peptide synthase  65.32 
 
 		 571 aa  751    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2734  peptide synthase  67.79 
 
 		 573 aa  788    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.608034  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2546  peptide synthase  66.39 
 
 		 613 aa  785    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2613  peptide synthase  67.12 
 
 		 608 aa  787    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1367  peptide synthase  100 
 
 		 564 aa  1171    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2713  peptide synthase  67.35 
 
 		 608 aa  778    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1582  peptide synthase  64.62 
 
 		 628 aa  770    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.125823  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1184  peptide synthase  58.04 
 
 		 564 aa  660    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1999  peptide synthase  60.87 
 
 		 554 aa  687    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1715  peptide synthase  65.01 
 
 		 563 aa  737    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1552  peptide synthase  64.88 
 
 		 624 aa  772    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1447  peptide synthase  66.32 
 
 		 608 aa  784    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.888245  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2100  peptide synthase  49.46 
 
 		 546 aa  535  1e-151  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2008  peptide synthase  49.18 
 
 		 545 aa  535  1e-151  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3117  peptide synthase  48.28 
 
 		 544 aa  532  1e-150  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0052425  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2118  peptide synthase  49.64 
 
 		 546 aa  534  1e-150  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2271  peptide synthase  48.92 
 
 		 542 aa  530  1e-149  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3597  AMP-dependent synthetase and ligase  43.16 
 
 		 564 aa  460  9.999999999999999e-129  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2010  peptide synthase  42.63 
 
 		 564 aa  455  1.0000000000000001e-126  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0170  peptide synthase  44.76 
 
 		 552 aa  442  1e-123  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03950  peptide synthase  43.59 
 
 		 556 aa  437  1e-121  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0550  peptide synthase  41.35 
 
 		 564 aa  432  1e-119  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1395  peptide synthase  44.91 
 
 		 548 aa  417  9.999999999999999e-116  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1468  peptide synthase  44.07 
 
 		 548 aa  412  1e-114  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.153396  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0858  peptide synthase  36.84 
 
 		 555 aa  364  3e-99  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1080  peptide synthase  32.98 
 
 		 581 aa  280  4e-74  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0447  AMP-dependent synthetase and ligase  30.47 
 
 		 927 aa  209  1e-52  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07150  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  29.93 
 
 		 922 aa  207  3e-52  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0417779  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36600  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  29.48 
 
 		 922 aa  206  7e-52  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.478291  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17450  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  30.84 
 
 		 899 aa  205  2e-51  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.17047  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4241  AMP-dependent synthetase and ligase  30.42 
 
 		 875 aa  202  1.9999999999999998e-50  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.727325  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13240  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  28.32 
 
 		 978 aa  191  2e-47  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1681  AMP-dependent synthetase and ligase  28.57 
 
 		 915 aa  187  4e-46  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0151795  normal  0.841697 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2462  AMP-dependent synthetase and ligase  31.48 
 
 		 861 aa  186  1.0000000000000001e-45  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.199446  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1953  AMP-dependent synthetase and ligase  25.49 
 
 		 525 aa  166  1.0000000000000001e-39  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  24.89 
 
 		 520 aa  124  3e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2450  AMP-dependent synthetase and ligase  23.96 
 
 		 517 aa  123  8e-27  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.459608 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  24.41 
 
 		 525 aa  120  4.9999999999999996e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0789  AMP-dependent synthetase and ligase  25.21 
 
 		 553 aa  120  9.999999999999999e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.109867  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2407  AMP-dependent synthetase and ligase  26.76 
 
 		 498 aa  118  1.9999999999999998e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.676828  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3987  AMP-dependent synthetase and ligase  24.9 
 
 		 662 aa  115  1.0000000000000001e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1943  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  24.66 
 
 		 560 aa  114  5e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0100  AMP-dependent synthetase and ligase  23.52 
 
 		 519 aa  113  8.000000000000001e-24  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1864  AMP-dependent synthetase and ligase  24.82 
 
 		 506 aa  112  2.0000000000000002e-23  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  24.65 
 
 		 512 aa  110  5e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2867  AMP-dependent synthetase and ligase  24.2 
 
 		 552 aa  110  7.000000000000001e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.533017  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0265  AMP-dependent synthetase and ligase  23.58 
 
 		 512 aa  109  1e-22  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.73102  normal  0.999121 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1238  AMP-dependent synthetase and ligase  25.7 
 
 		 555 aa  109  1e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1515  AMP-dependent synthetase and ligase  29.97 
 
 		 515 aa  108  2e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  decreased coverage  0.00288915  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1538  AMP-dependent synthetase and ligase  29.97 
 
 		 515 aa  108  2e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0734  AMP-dependent synthetase and ligase  25.33 
 
 		 511 aa  108  3e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2084  AMP-dependent synthetase and ligase  24.39 
 
 		 591 aa  107  7e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.557199 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  24.7 
 
 		 521 aa  107  7e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4037  AMP-dependent synthetase and ligase  23.39 
 
 		 558 aa  106  9e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0518356  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0662  AMP-dependent synthetase and ligase  24.5 
 
 		 548 aa  106  9e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.27921  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1241  acyl-CoA synthetase  24.02 
 
 		 572 aa  106  1e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1784  AMP-dependent synthetase and ligase  23.89 
 
 		 590 aa  106  1e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.682843  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0571  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  27.07 
 
 		 490 aa  106  1e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4238  AMP-dependent synthetase and ligase  26.5 
 
 		 527 aa  105  2e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1569  long-chain fatty-acid-CoA ligase, putative  23.57 
 
 		 510 aa  105  2e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.890411  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5071  AMP-dependent synthetase and ligase  27.71 
 
 		 496 aa  105  2e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0267103  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2202  putative O-succinylbenzoate--CoA ligase  25.77 
 
 		 483 aa  105  2e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2154  AMP-dependent synthetase and ligase  22.85 
 
 		 513 aa  105  2e-21  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003081  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  25.54 
 
 		 513 aa  105  3e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000326821  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1884  AMP-dependent synthetase and ligase  24.27 
 
 		 495 aa  104  3e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1668  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  22.95 
 
 		 514 aa  104  4e-21  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2371  acyl-CoA synthetase  24.95 
 
 		 532 aa  103  9e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  22.73 
 
 		 514 aa  102  1e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4379  AMP-dependent synthetase and ligase  27.41 
 
 		 506 aa  102  2e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.177409 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6769  AMP-dependent synthetase and ligase  26.75 
 
 		 507 aa  102  2e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.147424  normal  0.533441 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2902  AMP-dependent synthetase and ligase  24.71 
 
 		 523 aa  102  2e-20  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.475075  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1627  AMP-dependent synthetase and ligase  24.36 
 
 		 571 aa  102  2e-20  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0861  AMP-dependent synthetase and ligase  27.02 
 
 		 514 aa  102  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  25.93 
 
 		 536 aa  102  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000011697 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4454  long-chain-fatty-acid-CoA ligase  24.15 
 
 		 555 aa  102  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.100007 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2357  AMP-binding domain protein  25.29 
 
 		 570 aa  102  2e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0641132  normal  0.0814981 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2018  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  25.59 
 
 		 561 aa  101  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.456222  normal  0.253755 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1958  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  25.59 
 
 		 561 aa  101  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0509331  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5438  AMP-dependent synthetase and ligase  26.54 
 
 		 515 aa  101  3e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.427259  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1961  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  25.59 
 
 		 561 aa  101  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0286809  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1498  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  25.59 
 
 		 561 aa  101  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0422042  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2631  AMP-dependent synthetase and ligase  26.09 
 
 		 539 aa  101  4e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2685  AMP-dependent synthetase and ligase  26.09 
 
 		 539 aa  101  4e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1611  AMP-dependent synthetase and ligase  23.72 
 
 		 584 aa  100  5e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.187495  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2485  AMP-dependent synthetase and ligase  23.47 
 
 		 534 aa  100  5e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2963  AMP-dependent synthetase and ligase  22.09 
 
 		 551 aa  100  6e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000191926  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0154  AMP-dependent synthetase and ligase  23.82 
 
 		 566 aa  100  6e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1314  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  25.59 
 
 		 561 aa  100  6e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000394382  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5763  AMP-dependent synthetase and ligase  26.51 
 
 		 500 aa  100  7e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2503  AMP-binding domain protein  24.36 
 
 		 568 aa  100  8e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3747  AMP-dependent synthetase and ligase  23.58 
 
 		 514 aa  100  8e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1435  AMP-dependent synthetase and ligase  26.01 
 
 		 577 aa  100  8e-20  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0654989  normal  0.0257553 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4965  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  25.05 
 
 		 482 aa  100  8e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2525  AMP-dependent synthetase and ligase  24.18 
 
 		 516 aa  100  9e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.695888 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>