More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0479 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_0472  hypothetical protein  90.88 
 
 		 373 aa  639    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0479  hypothetical protein  100 
 
 		 372 aa  732    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3551  hypothetical protein  98.9 
 
 		 364 aa  707    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0477  hypothetical protein  95.37 
 
 		 368 aa  653    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3886  hypothetical protein  91.04 
 
 		 359 aa  618  1e-176  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0447  hypothetical protein  90.5 
 
 		 360 aa  618  1e-176  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3812  protein of unknown function UPF0118  91.01 
 
 		 356 aa  616  1e-175  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4008  hypothetical protein  90.22 
 
 		 360 aa  617  1e-175  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3370  hypothetical protein  89.17 
 
 		 360 aa  607  9.999999999999999e-173  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1838  protein of unknown function UPF0118  60.51 
 
 		 398 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00200619  normal  0.0419691 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2037  protein of unknown function UPF0118  57.52 
 
 		 405 aa  404  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0579571  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4064  permease  56.45 
 
 		 349 aa  404  1e-111  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0111  hypothetical protein  58.28 
 
 		 391 aa  397  1e-109  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.239724 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3044  hypothetical protein  54.8 
 
 		 398 aa  385  1e-106  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1564  putative transmembrane transport protein  54.55 
 
 		 406 aa  384  1e-105  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0215  hypothetical protein  54.55 
 
 		 406 aa  384  1e-105  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.776259 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3672  hypothetical protein  56.41 
 
 		 396 aa  383  1e-105  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00326083  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0268  protein of unknown function UPF0118  33.24 
 
 		 363 aa  185  9e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1275  hypothetical protein  33.13 
 
 		 354 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0767  hypothetical protein  31.25 
 
 		 350 aa  180  4e-44  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1578  protein of unknown function UPF0118  32.35 
 
 		 373 aa  175  9.999999999999999e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.373133  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0796  hypothetical protein  31.56 
 
 		 350 aa  168  1e-40  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2098  hypothetical protein  31.92 
 
 		 368 aa  164  3e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4321  hypothetical protein  32.3 
 
 		 380 aa  162  6e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0949244  normal  0.333615 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2601  hypothetical protein  34.26 
 
 		 352 aa  161  1e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.99204  normal  0.455316 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5018  hypothetical protein  33.54 
 
 		 372 aa  160  3e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.454575  normal  0.302548 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4274  hypothetical protein  32.4 
 
 		 356 aa  159  6e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.444788  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2709  hypothetical protein  32.42 
 
 		 362 aa  157  3e-37  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3243  hypothetical protein  32.4 
 
 		 356 aa  157  3e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.340258  normal  0.654322 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4945  protein of unknown function UPF0118  30.22 
 
 		 360 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0255148  normal  0.175503 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3296  protein of unknown function UPF0118  31.69 
 
 		 381 aa  152  8e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.854034  normal  0.185219 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0271  hypothetical protein  33.52 
 
 		 379 aa  152  8e-36  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5011  protein of unknown function UPF0118  33.23 
 
 		 359 aa  152  1e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.022243  normal  0.128908 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4551  hypothetical protein  33.23 
 
 		 359 aa  150  2e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0235388 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5064  protein of unknown function UPF0118  33.85 
 
 		 359 aa  150  3e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.949113 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0297  hypothetical protein  31.81 
 
 		 379 aa  150  3e-35  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.738414 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2209  hypothetical protein  31.73 
 
 		 409 aa  149  1.0000000000000001e-34  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4180  hypothetical protein  33.54 
 
 		 356 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.664917 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3702  hypothetical protein  33.85 
 
 		 356 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0810  protein of unknown function UPF0118  32.48 
 
 		 351 aa  148  2.0000000000000003e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3280  hypothetical protein  31.73 
 
 		 361 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.300759  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0661  hypothetical protein  32.48 
 
 		 351 aa  148  2.0000000000000003e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1067  hypothetical protein  30.53 
 
 		 356 aa  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1735  hypothetical protein  30.68 
 
 		 356 aa  146  7.0000000000000006e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.661691  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2147  hypothetical protein  33.83 
 
 		 357 aa  146  7.0000000000000006e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0984  hypothetical protein  30.53 
 
 		 356 aa  145  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2299  hypothetical protein  30.53 
 
 		 356 aa  145  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1696  hypothetical protein  30.84 
 
 		 391 aa  145  1e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.551892  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0130  hypothetical protein  30.22 
 
 		 356 aa  142  8e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0518  hypothetical protein  30.22 
 
 		 356 aa  142  8e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1401  hypothetical protein  30.22 
 
 		 356 aa  142  8e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1484  hypothetical protein  30.22 
 
 		 356 aa  142  8e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1702  hypothetical protein  28.3 
 
 		 360 aa  139  6e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.221894  normal  0.568838 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4853  hypothetical protein  31.7 
 
 		 361 aa  136  5e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.197887 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3734  hypothetical protein  30.16 
 
 		 350 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1381  protein of unknown function UPF0118  27.09 
 
 		 371 aa  126  6e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  unclonable  0.0000000171014  decreased coverage  0.00070323 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2676  hypothetical protein  27.93 
 
 		 388 aa  125  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1705  hypothetical protein  30.48 
 
 		 349 aa  124  3e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.873743  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4162  hypothetical protein  30.48 
 
 		 350 aa  123  5e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3492  hypothetical protein  28.57 
 
 		 387 aa  122  8e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.705437  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3487  hypothetical protein  29.84 
 
 		 354 aa  122  9e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4061  hypothetical protein  26.55 
 
 		 351 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0013  hypothetical protein  33.54 
 
 		 363 aa  120  3e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00247664 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0582  hypothetical protein  27.09 
 
 		 367 aa  120  4.9999999999999996e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0275552  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1869  protein of unknown function UPF0118  32.67 
 
 		 363 aa  119  6e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0338  hypothetical protein  28 
 
 		 365 aa  119  9e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.88474  normal  0.474349 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2029  hypothetical protein  27.41 
 
 		 348 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.850073 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4200  hypothetical protein  28.16 
 
 		 346 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1154  hypothetical protein  27.24 
 
 		 358 aa  116  6.9999999999999995e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000550105  normal  0.0344505 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3174  hypothetical protein  25.92 
 
 		 371 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000169461  normal  0.752301 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0783  hypothetical protein  27.47 
 
 		 353 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1973  hypothetical protein  26.41 
 
 		 382 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000012652  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29820  hypothetical protein  26.85 
 
 		 352 aa  113  6e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0125581  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3950  protein of unknown function UPF0118  28.36 
 
 		 360 aa  112  1.0000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0488  hypothetical protein  27.25 
 
 		 371 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.131577  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2221  lipoprotein, putative  26.58 
 
 		 349 aa  111  3e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0102435  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0826  hypothetical protein  28.93 
 
 		 369 aa  110  4.0000000000000004e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.981363  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2457  hypothetical protein  29.22 
 
 		 362 aa  109  6e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3980  hypothetical protein  29.72 
 
 		 352 aa  109  7.000000000000001e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0869717 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0491  hypothetical protein  29.03 
 
 		 359 aa  108  1e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000229793  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2549  hypothetical protein  27.04 
 
 		 352 aa  108  2e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.705186  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3189  protein of unknown function UPF0118  29.31 
 
 		 361 aa  107  3e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000846761  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0549  protein of unknown function UPF0118  26.49 
 
 		 384 aa  107  4e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0941477  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43510  hypothetical protein  28.88 
 
 		 355 aa  107  4e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2012  protein of unknown function UPF0118  28.77 
 
 		 363 aa  106  7e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.578603 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10160  hypothetical protein  27.49 
 
 		 364 aa  105  2e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.406243  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2207  hypothetical protein  27.62 
 
 		 354 aa  105  2e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2868  hypothetical protein  28.89 
 
 		 358 aa  105  2e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.838475  normal  0.0422213 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2083  hypothetical protein  27.63 
 
 		 356 aa  103  5e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.84015  normal  0.251587 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3648  hypothetical protein  28.35 
 
 		 354 aa  103  5e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.505772  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3531  hypothetical protein  27.62 
 
 		 354 aa  103  5e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.43917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4092  permease-like  29.69 
 
 		 385 aa  102  1e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.322579  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1267  protein of unknown function UPF0118  25.68 
 
 		 371 aa  101  2e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0792338  normal  0.0741439 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0987  hypothetical protein  27.93 
 
 		 394 aa  100  3e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.89372 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3249  hypothetical protein  33.64 
 
 		 350 aa  100  5e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.691639  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1738  putative inner membrane protein  25.38 
 
 		 367 aa  99.8  7e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1844  putative inner membrane protein  25.38 
 
 		 367 aa  99.8  7e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7289  hypothetical protein  27.74 
 
 		 353 aa  99  1e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.815912  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4026  hypothetical protein  24.71 
 
 		 360 aa  98.6  1e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1653  hypothetical protein  30.72 
 
 		 362 aa  98.6  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.212682  normal  0.81767 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>