More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0111 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_0111  hypothetical protein  100 
 
 		 391 aa  767    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.239724 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4064  permease  75.71 
 
 		 349 aa  517  1.0000000000000001e-145  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2037  protein of unknown function UPF0118  67.64 
 
 		 405 aa  476  1e-133  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0579571  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1838  protein of unknown function UPF0118  68.17 
 
 		 398 aa  478  1e-133  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00200619  normal  0.0419691 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3044  hypothetical protein  62.67 
 
 		 398 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3672  hypothetical protein  62.16 
 
 		 396 aa  451  1.0000000000000001e-126  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00326083  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1564  putative transmembrane transport protein  60.33 
 
 		 406 aa  448  1e-125  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0215  hypothetical protein  60.33 
 
 		 406 aa  448  1e-125  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.776259 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3370  hypothetical protein  58.74 
 
 		 360 aa  385  1e-106  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4008  hypothetical protein  59.65 
 
 		 360 aa  387  1e-106  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3812  protein of unknown function UPF0118  59.65 
 
 		 356 aa  387  1e-106  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3886  hypothetical protein  58.69 
 
 		 359 aa  387  1e-106  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3551  hypothetical protein  57.71 
 
 		 364 aa  385  1e-106  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0447  hypothetical protein  59.65 
 
 		 360 aa  387  1e-106  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0479  hypothetical protein  55.99 
 
 		 372 aa  384  1e-105  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0477  hypothetical protein  59 
 
 		 368 aa  384  1e-105  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0472  hypothetical protein  57.18 
 
 		 373 aa  380  1e-104  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1275  hypothetical protein  34.44 
 
 		 354 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0767  hypothetical protein  33.64 
 
 		 350 aa  180  4e-44  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5064  protein of unknown function UPF0118  34.94 
 
 		 359 aa  174  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.949113 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5011  protein of unknown function UPF0118  34.91 
 
 		 359 aa  173  5e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.022243  normal  0.128908 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4551  hypothetical protein  34.91 
 
 		 359 aa  172  7.999999999999999e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0235388 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4321  hypothetical protein  34.28 
 
 		 380 aa  171  1e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0949244  normal  0.333615 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0268  protein of unknown function UPF0118  33.33 
 
 		 363 aa  169  1e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5018  hypothetical protein  34.67 
 
 		 372 aa  168  2e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.454575  normal  0.302548 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3296  protein of unknown function UPF0118  32.49 
 
 		 381 aa  167  2.9999999999999998e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.854034  normal  0.185219 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0796  hypothetical protein  33.94 
 
 		 350 aa  166  4e-40  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4274  hypothetical protein  32.92 
 
 		 356 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.444788  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3243  hypothetical protein  32.6 
 
 		 356 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.340258  normal  0.654322 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4180  hypothetical protein  34.38 
 
 		 356 aa  164  3e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.664917 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3702  hypothetical protein  34.38 
 
 		 356 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1735  hypothetical protein  33.23 
 
 		 356 aa  158  2e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.661691  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3280  hypothetical protein  30.54 
 
 		 361 aa  156  6e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.300759  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0518  hypothetical protein  33.33 
 
 		 356 aa  155  8e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1067  hypothetical protein  33.33 
 
 		 356 aa  156  8e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1484  hypothetical protein  33.33 
 
 		 356 aa  155  8e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1401  hypothetical protein  33.33 
 
 		 356 aa  155  8e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0130  hypothetical protein  33.33 
 
 		 356 aa  155  8e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0984  hypothetical protein  33.33 
 
 		 356 aa  154  2e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2299  hypothetical protein  33.33 
 
 		 356 aa  154  2e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1578  protein of unknown function UPF0118  32.78 
 
 		 373 aa  154  2e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.373133  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4945  protein of unknown function UPF0118  30.49 
 
 		 360 aa  151  2e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0255148  normal  0.175503 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0271  hypothetical protein  28.69 
 
 		 379 aa  150  3e-35  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0297  hypothetical protein  29.36 
 
 		 379 aa  149  1.0000000000000001e-34  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.738414 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2709  hypothetical protein  27.88 
 
 		 362 aa  147  3e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4853  hypothetical protein  34.32 
 
 		 361 aa  147  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.197887 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1696  hypothetical protein  31.97 
 
 		 391 aa  145  1e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.551892  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2209  hypothetical protein  29.59 
 
 		 409 aa  145  1e-33  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0810  protein of unknown function UPF0118  33.52 
 
 		 351 aa  144  2e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0661  hypothetical protein  33.52 
 
 		 351 aa  144  2e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2601  hypothetical protein  30.29 
 
 		 352 aa  138  1e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.99204  normal  0.455316 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2098  hypothetical protein  33.24 
 
 		 368 aa  139  1e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3734  hypothetical protein  29.79 
 
 		 350 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1702  hypothetical protein  30.03 
 
 		 360 aa  136  7.000000000000001e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.221894  normal  0.568838 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3487  hypothetical protein  30.27 
 
 		 354 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4162  hypothetical protein  29.66 
 
 		 350 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1705  hypothetical protein  28.96 
 
 		 349 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.873743  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1869  protein of unknown function UPF0118  33.04 
 
 		 363 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0013  hypothetical protein  32.08 
 
 		 363 aa  124  4e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00247664 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4200  hypothetical protein  29.07 
 
 		 346 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2147  hypothetical protein  29.75 
 
 		 357 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2029  hypothetical protein  28.71 
 
 		 348 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.850073 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2221  lipoprotein, putative  28.75 
 
 		 349 aa  116  6e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0102435  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1154  hypothetical protein  27.86 
 
 		 358 aa  113  6e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000550105  normal  0.0344505 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2457  hypothetical protein  29.82 
 
 		 362 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0987  hypothetical protein  27.69 
 
 		 394 aa  109  7.000000000000001e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.89372 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3950  protein of unknown function UPF0118  27.04 
 
 		 360 aa  108  1e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3189  protein of unknown function UPF0118  27.87 
 
 		 361 aa  108  1e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000846761  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3492  hypothetical protein  27.54 
 
 		 387 aa  108  2e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.705437  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7289  hypothetical protein  28.53 
 
 		 353 aa  107  3e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.815912  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0338  hypothetical protein  27.73 
 
 		 365 aa  107  4e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.88474  normal  0.474349 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10160  hypothetical protein  30.09 
 
 		 364 aa  107  4e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.406243  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4092  permease-like  30.89 
 
 		 385 aa  106  8e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.322579  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2676  hypothetical protein  27.3 
 
 		 388 aa  105  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1381  protein of unknown function UPF0118  27.67 
 
 		 371 aa  105  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  unclonable  0.0000000171014  decreased coverage  0.00070323 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4061  hypothetical protein  27.74 
 
 		 351 aa  103  5e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4988  hypothetical protein  27.08 
 
 		 347 aa  103  5e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0549  protein of unknown function UPF0118  27.3 
 
 		 384 aa  103  6e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0941477  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0192  protein of unknown function UPF0118  28.57 
 
 		 358 aa  102  8e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.146754  normal  0.226796 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4026  hypothetical protein  26.41 
 
 		 360 aa  101  2e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0582  hypothetical protein  25.71 
 
 		 367 aa  100  3e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0275552  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3648  hypothetical protein  28.92 
 
 		 354 aa  100  4e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.505772  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2083  hypothetical protein  26.55 
 
 		 356 aa  99.4  9e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.84015  normal  0.251587 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1973  hypothetical protein  25 
 
 		 382 aa  98.2  2e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000012652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3398  hypothetical protein  26.88 
 
 		 360 aa  97.8  3e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43510  hypothetical protein  28.12 
 
 		 355 aa  97.4  4e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3174  hypothetical protein  26.92 
 
 		 371 aa  96.3  8e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000169461  normal  0.752301 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3980  hypothetical protein  27.95 
 
 		 352 aa  95.5  1e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0869717 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1821  hypothetical protein  31.61 
 
 		 381 aa  92  1e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.693161 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0901  protein of unknown function UPF0118  31.13 
 
 		 365 aa  91.7  2e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0854  membrane protein  27.14 
 
 		 363 aa  92  2e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0563046  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1907  protein of unknown function UPF0118  31.61 
 
 		 352 aa  92  2e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.492921  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0020  hypothetical protein  29.7 
 
 		 358 aa  91.7  2e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1746  putative inner membrane protein  24.42 
 
 		 371 aa  90.9  3e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00422506 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0491  hypothetical protein  25.77 
 
 		 359 aa  90.9  3e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000229793  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0488  hypothetical protein  31.61 
 
 		 371 aa  90.9  3e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.131577  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2403  putative inner membrane protein  25.29 
 
 		 370 aa  90.9  3e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0340493 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1889  putative inner membrane protein  25.29 
 
 		 370 aa  90.9  4e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1769  putative inner membrane protein  25.29 
 
 		 370 aa  90.9  4e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1943  putative inner membrane protein  25.29 
 
 		 370 aa  90.9  4e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000987664 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>