More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0338 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_0338  hypothetical protein  100 
 
 
365 aa  703    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.88474  normal  0.474349 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0549  protein of unknown function UPF0118  71.51 
 
 
384 aa  516  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0941477  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0488  hypothetical protein  72.78 
 
 
371 aa  514  1e-144  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.131577  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2083  hypothetical protein  60.06 
 
 
356 aa  424  1e-117  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.84015  normal  0.251587 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29820  hypothetical protein  57.89 
 
 
352 aa  395  1e-109  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0125581  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2549  hypothetical protein  57.6 
 
 
352 aa  394  1e-108  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.705186  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0737  hypothetical protein  55.85 
 
 
356 aa  392  1e-108  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.203827  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2998  hypothetical protein  59.94 
 
 
359 aa  394  1e-108  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7289  hypothetical protein  57.8 
 
 
353 aa  388  1e-107  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.815912  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3492  hypothetical protein  56.51 
 
 
387 aa  385  1e-106  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.705437  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0987  hypothetical protein  54.94 
 
 
394 aa  385  1e-106  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.89372 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1226  hypothetical protein  55.49 
 
 
352 aa  381  1e-104  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3980  hypothetical protein  56.51 
 
 
352 aa  381  1e-104  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0869717 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3249  hypothetical protein  58.19 
 
 
350 aa  374  1e-102  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.691639  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3717  hypothetical protein  52.62 
 
 
353 aa  368  1e-101  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.396811  normal  0.610069 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3950  protein of unknown function UPF0118  52.72 
 
 
360 aa  369  1e-101  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1855  hypothetical protein  53.94 
 
 
354 aa  365  1e-100  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0258165 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1821  hypothetical protein  57.93 
 
 
381 aa  362  4e-99  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.693161 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0020  hypothetical protein  55.43 
 
 
358 aa  362  5.0000000000000005e-99  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2207  hypothetical protein  53.94 
 
 
354 aa  362  7.0000000000000005e-99  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1907  protein of unknown function UPF0118  58.51 
 
 
352 aa  361  9e-99  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.492921  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2289  hypothetical protein  51.02 
 
 
353 aa  360  2e-98  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.864507  normal  0.333993 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1830  hypothetical protein  53.64 
 
 
354 aa  358  6e-98  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3531  hypothetical protein  53.35 
 
 
354 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.43917  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3378  hypothetical protein  53.52 
 
 
354 aa  353  2e-96  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3210  hypothetical protein  52.6 
 
 
354 aa  353  2e-96  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.212604 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4053  hypothetical protein  54.15 
 
 
361 aa  352  8e-96  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.920687 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3717  hypothetical protein  50.73 
 
 
350 aa  350  3e-95  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0661403  normal  0.22421 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4556  hypothetical protein  50.73 
 
 
398 aa  350  3e-95  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.173549  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5533  hypothetical protein  50.44 
 
 
355 aa  350  3e-95  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3807  hypothetical protein  50.73 
 
 
353 aa  349  3e-95  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.911463  normal  0.300572 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3708  hypothetical protein  50.15 
 
 
355 aa  349  5e-95  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.860776  normal  0.168874 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4931  hypothetical protein  53.71 
 
 
351 aa  342  7e-93  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0253  hypothetical protein  51.31 
 
 
352 aa  340  2e-92  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.077494  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0289  hypothetical protein  51.31 
 
 
352 aa  340  2e-92  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.700262  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2503  hypothetical protein  51.31 
 
 
352 aa  340  2e-92  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2642  hypothetical protein  51.31 
 
 
352 aa  340  2e-92  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00776691  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1436  hypothetical protein  51.31 
 
 
352 aa  340  2e-92  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1633  hypothetical protein  51.31 
 
 
352 aa  340  2e-92  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0540  protein of unknown function UPF0118  50.15 
 
 
349 aa  341  2e-92  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0937  PerM family permease  51.31 
 
 
374 aa  339  2.9999999999999998e-92  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1653  hypothetical protein  52.19 
 
 
362 aa  337  9.999999999999999e-92  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.212682  normal  0.81767 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11000  hypothetical protein  49.56 
 
 
346 aa  337  1.9999999999999998e-91  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0529  hypothetical protein  50.73 
 
 
352 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4130  hypothetical protein  46.55 
 
 
406 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.189132  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4931  hypothetical protein  49.57 
 
 
353 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.850306  normal  0.602485 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4411  protein of unknown function UPF0118  46.55 
 
 
389 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2050  hypothetical protein  45.66 
 
 
373 aa  326  4.0000000000000003e-88  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0826  hypothetical protein  44.41 
 
 
369 aa  324  2e-87  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.981363  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3427  hypothetical protein  49.42 
 
 
355 aa  320  1.9999999999999998e-86  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2868  hypothetical protein  45.66 
 
 
358 aa  314  9.999999999999999e-85  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.838475  normal  0.0422213 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0460  hypothetical protein  48.84 
 
 
352 aa  307  2.0000000000000002e-82  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.353952  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0400  hypothetical protein  48.84 
 
 
372 aa  306  3e-82  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.413713  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2425  hypothetical protein  49.85 
 
 
363 aa  306  5.0000000000000004e-82  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4988  hypothetical protein  45 
 
 
347 aa  305  6e-82  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0901  protein of unknown function UPF0118  45.89 
 
 
365 aa  298  1e-79  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1267  protein of unknown function UPF0118  41.55 
 
 
371 aa  268  1e-70  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0792338  normal  0.0741439 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2012  protein of unknown function UPF0118  34.8 
 
 
363 aa  187  2e-46  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.578603 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0203  hypothetical protein  31.76 
 
 
362 aa  171  3e-41  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2238  protein of unknown function UPF0118  32.6 
 
 
379 aa  169  8e-41  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.605073  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0338  protein of unknown function UPF0118  29.31 
 
 
363 aa  169  8e-41  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0491  hypothetical protein  31.07 
 
 
359 aa  167  2.9999999999999998e-40  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000229793  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1563  hypothetical protein  34.15 
 
 
398 aa  164  3e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.78708  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2181  protein of unknown function UPF0118  33.9 
 
 
376 aa  161  1e-38  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00612132  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1154  hypothetical protein  32.94 
 
 
358 aa  160  5e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000550105  normal  0.0344505 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0783  hypothetical protein  30.82 
 
 
353 aa  150  3e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0292  hypothetical protein  30.25 
 
 
391 aa  149  6e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0152  putative lipoprotein  29.55 
 
 
361 aa  147  2.0000000000000003e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0228  hypothetical protein  31.55 
 
 
356 aa  145  1e-33  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2369  hypothetical protein  32.08 
 
 
357 aa  140  3.9999999999999997e-32  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00120754  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4731  hypothetical protein  31.68 
 
 
359 aa  140  4.999999999999999e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.226742  hitchhiker  0.00240822 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2573  membrane protein  27.68 
 
 
361 aa  139  6e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0560  protein of unknown function UPF0118  28.11 
 
 
339 aa  138  2e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0854  membrane protein  31.47 
 
 
363 aa  137  4e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0563046  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2229  hypothetical protein  30.7 
 
 
392 aa  135  8e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2679  hypothetical protein  34.65 
 
 
352 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0689913  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2610  protein of unknown function UPF0118  29.34 
 
 
370 aa  134  1.9999999999999998e-30  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2709  hypothetical protein  29.86 
 
 
362 aa  133  6e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2311  protein of unknown function UPF0118  31.38 
 
 
393 aa  133  6e-30  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4026  hypothetical protein  28.66 
 
 
360 aa  132  1.0000000000000001e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2413  hypothetical protein  27.02 
 
 
345 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.480547  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1102  hypothetical protein  33.14 
 
 
365 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00400546  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2601  hypothetical protein  30.32 
 
 
352 aa  126  5e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.99204  normal  0.455316 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0398  protein of unknown function UPF0118  33.14 
 
 
425 aa  126  6e-28  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  decreased coverage  0.0034127  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3734  hypothetical protein  33.43 
 
 
350 aa  125  9e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2448  hypothetical protein  28.53 
 
 
415 aa  124  2e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0466557  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002589  predicted permease  29.18 
 
 
361 aa  120  3e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00334796  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4200  hypothetical protein  30.38 
 
 
346 aa  120  3e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2029  hypothetical protein  28.53 
 
 
348 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.850073 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3487  hypothetical protein  32.21 
 
 
354 aa  119  7e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3189  protein of unknown function UPF0118  28.49 
 
 
361 aa  119  9e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000846761  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4162  hypothetical protein  32.93 
 
 
350 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2676  hypothetical protein  30.15 
 
 
388 aa  119  9.999999999999999e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2294  hypothetical protein  31.96 
 
 
360 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1705  hypothetical protein  32.93 
 
 
349 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.873743  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0810  protein of unknown function UPF0118  29.38 
 
 
351 aa  118  1.9999999999999998e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0661  hypothetical protein  29.38 
 
 
351 aa  118  1.9999999999999998e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4064  permease  30.11 
 
 
349 aa  117  1.9999999999999998e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0582  hypothetical protein  28.07 
 
 
367 aa  117  3e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0275552  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2221  lipoprotein, putative  30.03 
 
 
349 aa  116  5e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0102435  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>