More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3672 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3672  hypothetical protein  100 
 
 		 396 aa  782    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00326083  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3044  hypothetical protein  68.98 
 
 		 398 aa  519  1e-146  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1564  putative transmembrane transport protein  68.34 
 
 		 406 aa  515  1.0000000000000001e-145  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0215  hypothetical protein  68.34 
 
 		 406 aa  515  1.0000000000000001e-145  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.776259 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0111  hypothetical protein  62.16 
 
 		 391 aa  458  9.999999999999999e-129  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.239724 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4064  permease  64.83 
 
 		 349 aa  455  1e-127  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1838  protein of unknown function UPF0118  62.73 
 
 		 398 aa  437  1e-121  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00200619  normal  0.0419691 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2037  protein of unknown function UPF0118  61.64 
 
 		 405 aa  435  1e-121  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0579571  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0447  hypothetical protein  55.28 
 
 		 360 aa  375  1e-103  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3370  hypothetical protein  57.31 
 
 		 360 aa  376  1e-103  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4008  hypothetical protein  55.28 
 
 		 360 aa  374  1e-102  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0472  hypothetical protein  57.68 
 
 		 373 aa  372  1e-102  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3812  protein of unknown function UPF0118  55.46 
 
 		 356 aa  373  1e-102  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3886  hypothetical protein  55.03 
 
 		 359 aa  374  1e-102  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0479  hypothetical protein  56.13 
 
 		 372 aa  372  1e-102  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0477  hypothetical protein  55.49 
 
 		 368 aa  372  1e-102  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3551  hypothetical protein  55.84 
 
 		 364 aa  370  1e-101  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0767  hypothetical protein  36.14 
 
 		 350 aa  207  4e-52  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1275  hypothetical protein  33.54 
 
 		 354 aa  195  9e-49  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0796  hypothetical protein  35.84 
 
 		 350 aa  193  5e-48  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5064  protein of unknown function UPF0118  38.7 
 
 		 359 aa  189  5.999999999999999e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.949113 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4551  hypothetical protein  37.84 
 
 		 359 aa  186  7e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0235388 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5011  protein of unknown function UPF0118  37.54 
 
 		 359 aa  185  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.022243  normal  0.128908 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0268  protein of unknown function UPF0118  33.73 
 
 		 363 aa  181  2e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4321  hypothetical protein  35.74 
 
 		 380 aa  180  4e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0949244  normal  0.333615 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4274  hypothetical protein  35.22 
 
 		 356 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.444788  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3243  hypothetical protein  34.28 
 
 		 356 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.340258  normal  0.654322 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3296  protein of unknown function UPF0118  30.38 
 
 		 381 aa  171  2e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.854034  normal  0.185219 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1735  hypothetical protein  33.33 
 
 		 356 aa  162  1e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.661691  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1067  hypothetical protein  34.08 
 
 		 356 aa  160  3e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4853  hypothetical protein  36.57 
 
 		 361 aa  160  5e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.197887 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4945  protein of unknown function UPF0118  31.15 
 
 		 360 aa  160  5e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0255148  normal  0.175503 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0984  hypothetical protein  33.76 
 
 		 356 aa  159  8e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2299  hypothetical protein  33.76 
 
 		 356 aa  159  8e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1696  hypothetical protein  33.65 
 
 		 391 aa  158  1e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.551892  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5018  hypothetical protein  34.25 
 
 		 372 aa  157  3e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.454575  normal  0.302548 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4180  hypothetical protein  35.53 
 
 		 356 aa  157  3e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.664917 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3280  hypothetical protein  33.43 
 
 		 361 aa  157  3e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.300759  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1702  hypothetical protein  31.67 
 
 		 360 aa  157  4e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.221894  normal  0.568838 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3702  hypothetical protein  35.53 
 
 		 356 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1484  hypothetical protein  33.12 
 
 		 356 aa  155  8e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1401  hypothetical protein  33.12 
 
 		 356 aa  155  8e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0518  hypothetical protein  33.12 
 
 		 356 aa  155  8e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0130  hypothetical protein  33.12 
 
 		 356 aa  155  8e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1578  protein of unknown function UPF0118  32.43 
 
 		 373 aa  153  4e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.373133  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2098  hypothetical protein  34.12 
 
 		 368 aa  152  1e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0271  hypothetical protein  29.82 
 
 		 379 aa  149  1.0000000000000001e-34  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0297  hypothetical protein  30.7 
 
 		 379 aa  148  2.0000000000000003e-34  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.738414 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2709  hypothetical protein  25.97 
 
 		 362 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0810  protein of unknown function UPF0118  34.57 
 
 		 351 aa  140  3e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0661  hypothetical protein  34.57 
 
 		 351 aa  140  3e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2209  hypothetical protein  29.91 
 
 		 409 aa  140  3.9999999999999997e-32  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2601  hypothetical protein  31.05 
 
 		 352 aa  132  9e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.99204  normal  0.455316 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0013  hypothetical protein  32.42 
 
 		 363 aa  132  1.0000000000000001e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00247664 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1869  protein of unknown function UPF0118  33.14 
 
 		 363 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2147  hypothetical protein  31.66 
 
 		 357 aa  124  3e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3734  hypothetical protein  26.22 
 
 		 350 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1154  hypothetical protein  34.15 
 
 		 358 aa  117  5e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000550105  normal  0.0344505 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4092  permease-like  32.67 
 
 		 385 aa  116  6e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.322579  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4162  hypothetical protein  26.52 
 
 		 350 aa  116  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1705  hypothetical protein  26.61 
 
 		 349 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.873743  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3950  protein of unknown function UPF0118  29.64 
 
 		 360 aa  114  4.0000000000000004e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3492  hypothetical protein  28.8 
 
 		 387 aa  111  2.0000000000000002e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.705437  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0549  protein of unknown function UPF0118  29.41 
 
 		 384 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0941477  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3487  hypothetical protein  25.52 
 
 		 354 aa  110  5e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4200  hypothetical protein  27.19 
 
 		 346 aa  107  3e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0338  hypothetical protein  29.66 
 
 		 365 aa  107  3e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.88474  normal  0.474349 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0192  protein of unknown function UPF0118  30.24 
 
 		 358 aa  105  2e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.146754  normal  0.226796 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0783  hypothetical protein  27.84 
 
 		 353 aa  105  2e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3189  protein of unknown function UPF0118  26.93 
 
 		 361 aa  103  4e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000846761  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1844  putative inner membrane protein  25.07 
 
 		 367 aa  103  4e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1738  putative inner membrane protein  25.07 
 
 		 367 aa  103  4e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2676  hypothetical protein  25.22 
 
 		 388 aa  102  1e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2597  putative inner membrane protein  25.93 
 
 		 365 aa  102  1e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7289  hypothetical protein  27.65 
 
 		 353 aa  102  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.815912  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0488  hypothetical protein  33.51 
 
 		 371 aa  101  2e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.131577  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0582  hypothetical protein  25.21 
 
 		 367 aa  101  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0275552  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1973  hypothetical protein  27.66 
 
 		 382 aa  101  3e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000012652  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1381  protein of unknown function UPF0118  26.11 
 
 		 371 aa  100  3e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  unclonable  0.0000000171014  decreased coverage  0.00070323 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3980  hypothetical protein  29.64 
 
 		 352 aa  100  4e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0869717 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0737  hypothetical protein  26.82 
 
 		 356 aa  100  4e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.203827  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2029  hypothetical protein  27.33 
 
 		 348 aa  99  1e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.850073 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1746  putative inner membrane protein  26.42 
 
 		 371 aa  98.2  2e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00422506 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2633  hypothetical protein  25.79 
 
 		 365 aa  98.2  2e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0987  hypothetical protein  25.67 
 
 		 394 aa  98.6  2e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.89372 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4026  hypothetical protein  26.49 
 
 		 360 aa  97.8  3e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1907  protein of unknown function UPF0118  27.3 
 
 		 352 aa  97.8  3e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.492921  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0901  protein of unknown function UPF0118  29.34 
 
 		 365 aa  97.4  4e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3249  hypothetical protein  30.24 
 
 		 350 aa  97.4  4e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.691639  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1821  hypothetical protein  27.3 
 
 		 381 aa  97.1  5e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.693161 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2012  protein of unknown function UPF0118  29.96 
 
 		 363 aa  97.1  5e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.578603 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3174  hypothetical protein  26.84 
 
 		 371 aa  96.7  6e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000169461  normal  0.752301 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4988  hypothetical protein  28 
 
 		 347 aa  96.7  6e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2083  hypothetical protein  28.96 
 
 		 356 aa  96.7  7e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.84015  normal  0.251587 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0854  membrane protein  32.67 
 
 		 363 aa  95.1  2e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0563046  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2221  lipoprotein, putative  26.93 
 
 		 349 aa  95.1  2e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0102435  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2454  putative inner membrane protein  24.74 
 
 		 395 aa  95.1  2e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.272244  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10160  hypothetical protein  29.72 
 
 		 364 aa  94.7  2e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.406243  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0020  hypothetical protein  31.25 
 
 		 358 aa  94.4  3e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1690  putative inner membrane protein  26.69 
 
 		 370 aa  93.6  5e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.534784  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>